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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-05 |
AI-directed gene fusing prolongs the evolutionary half-life of synthetic gene circuits
2025-Oct-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx0796
PMID:41032600
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研究论文 | 提出一种名为STABLES的基因融合策略,通过机器学习优化基因配对和连接设计,显著提高合成基因电路的进化稳定性 | 开发了结合机器学习预测的基因融合策略,通过将目的基因与必需内源基因连接并在中间插入“渗漏”终止密码子,同时实现选择压力和高表达 | NA | 解决合成生物学中异源基因表达随时间丢失的进化不稳定性问题 | 合成基因电路、荧光蛋白、人胰岛素原 | 合成生物学 | NA | 机器学习、生物信息学分析、生物物理特征分析 | 机器学习框架 | 生物信息学数据、生物物理特征数据 | NA | 基因融合技术 | 大肠杆菌 | 基因融合电路,包含目的基因、必需内源基因和中间渗漏终止密码子 | 工业生物技术,合成生物学 |
| 202 | 2025-10-05 |
The mechanism of thioamide formation by the YcfA-YcfC system in 6-thioguanine biosynthesis
2025-Oct-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63937-7
PMID:41044055
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研究论文 | 本研究揭示了YcfA-YcfC系统在6-硫代鸟嘌呤生物合成中形成硫酰胺键的分子机制 | 首次通过生化与结构生物学方法阐明了YcfA的七聚体组装机制及其与GTP和PLP的相互作用,并成功合成具有抗菌活性的硒代类似物 | 未在完整细胞环境中验证该系统的功能,且对YcfC的具体催化机制仍需进一步研究 | 阐明6-硫代鸟嘌呤生物合成中关键硫酰胺基团形成的分子机制 | YcfA-YcfC酶系统及其在6-硫代鸟嘌呤生物合成中的作用 | 结构生物学与生物化学 | 儿童急性淋巴细胞白血病 | 晶体结构解析、冷冻电镜(cryo-EM)、功能分析、多组学分析 | NA | 结构数据、生化数据、组学数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、合成生物学 |
| 203 | 2025-10-05 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
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研究论文 | 本文探讨了生命系统封装面临的一般性约束条件 | 通过分析现存生物化学系统和通用自催化系统,揭示了封装生命系统的速率和体积分数限制 | 基于地球现有生物系统的分析可能不具普适性 | 研究生命系统封装的基本约束条件 | 地球现存生物化学系统、通用自催化系统 | 合成生物学 | NA | 理论建模 | NA | 理论分析 | NA | NA | NA | NA | 生命起源研究, 天体生物学, 合成生物学 |
| 204 | 2025-10-05 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
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研究论文 | 探讨从地球化学到生物化学的转变过程,通过计算方法和系统化学研究原始生化系统的演化 | 将LUCA代谢反应规则映射到前生物反应,探索非生物化学与早期生命之间的可能联系 | 连接原始地球化学与LUCA更复杂代谢能力仍存在挑战 | 研究生命起源过程中代谢系统的演化机制 | 原始生化系统、前生物反应、LUCA代谢 | 系统化学、计算生物学 | NA | 计算方法、生成模型 | 生成模型 | 化学反应数据、热力学数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 205 | 2025-10-05 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
|
综述 | 本文概述了人工生命领域特别是虚拟生命在定义、检测和起源机制方面的研究现状 | 提出了基于工程视角的人工生命定义框架,将生命系统分解为抽象需求、通用设计和具体实现机制三个层次 | 目前尚未展示出完全满足所有工程要求的虚拟人工生命系统 | 探讨人工生命特别是虚拟生命的起源机制和定义标准 | 人工生命系统,重点关注虚拟生命形式 | 人工生命 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2025-10-05 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-Oct-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
|
综述 | 本文探讨生命起源的核心问题,包括生命形成的可能途径、必然性及多样性表现 | 整合多学科视角系统分析生命起源的理论框架与实验方法,强调原始细胞系统的关键作用 | NA | 理解生命起源的机制与约束条件 | 原始细胞系统与生命起源过程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2025-10-05 |
Harnessing transposable elements for plant functional genomics and genome engineering
2025-Oct, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.03.007
PMID:40240259
|
综述 | 本文系统阐述了植物转座元件的功能机制及其在功能基因组学和基因组工程中的前沿应用 | 整合转座元件的基础发现与前沿生物技术应用,提出将转座元件知识应用于作物育种和植物合成生物学的新视角 | NA | 系统梳理植物转座元件的综合知识与生物技术应用 | 植物转座元件 | 植物功能基因组学 | NA | 基因组工程 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业, 合成生物学 |
| 208 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology and Biomaterials Strategies to Deceive the Tumor Microenvironment in CAR-T Immunotherapy
2025-Oct, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506429
PMID:40888234
|
综述 | 探讨合成生物学和生物材料在改善CAR-T细胞免疫疗法对抗实体瘤效果中的创新策略 | 将生物材料作为精准递送载体、人工抗原呈递细胞和高通量筛选平台,结合合成生物学电路设计增强CAR-T细胞在肿瘤微环境中的功能 | NA | 通过合成生物学和生物材料技术克服CAR-T细胞在实体瘤治疗中的局限性 | CAR-T细胞免疫疗法和肿瘤微环境 | 合成生物学 | 实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 合成生物学电路设计用于增强CAR-T细胞功能 | 医学 |
| 209 | 2025-10-05 |
Mutation-induced filaments of folded proteins are inert and non-toxic in a cellular system
2025-Oct, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00144-y
PMID:40954318
|
研究论文 | 本研究系统表征了由折叠蛋白质聚合形成的丝状组装体(聚集体),并揭示了其在细胞中的惰性和无毒性特征 | 首次明确定义并系统表征了区别于传统聚集体的蛋白质折叠态聚集体,开发了区分这两种组装体的细胞实验方法 | 研究仅基于特定细胞系统,尚未验证在其他生物体系中的普适性 | 探究突变诱导的折叠蛋白质丝状组装体的细胞生物学特性 | 蛋白质丝状组装体(聚集体) | 合成生物学 | NA | 定量蛋白质组学、细胞共定位分析 | NA | 蛋白质组数据、细胞成像数据 | NA | NA | 细胞系统 | NA | 合成生物学, 细胞内工程 |
| 210 | 2025-10-05 |
Technological and industrial trends in China's pharmaceutical sector
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1579037
PMID:41035909
|
综述 | 本文综合分析中国医药行业的关键趋势,重点关注新兴技术对药物开发的影响及产业转型驱动因素 | 系统分析中国作为全球第二大医药市场的独特发展路径,整合政策环境、资本周期与技术创新的多维视角 | 未提供具体实证数据支持趋势分析,主要基于宏观观察和理论推演 | 探讨中国医药行业的技术创新与产业升级路径 | 中国医药行业的政策环境、技术发展、市场需求和产业转型 | 医药产业研究 | 慢性病、罕见病 | 精准医疗、合成生物学 | NA | 行业分析报告 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 211 | 2025-10-05 |
Synthetic Whole-Cell Bioelectronic Chemical Sensing with In Situ Genetic Computing
2025-Sep-25, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.5c00015
PMID:41031321
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建了结合全细胞细菌生物传感器与电化学传感技术的生物电子化学传感器 | 将全细胞生物传感器的多功能性与电化学传感灵敏度相结合,开发了具有遗传计算能力的模块化生物电子传感器 | NA | 开发可编程的模块化生物电子传感器用于化学检测 | 汞污染物检测、双输入逻辑计算、多通道电化学信号输出 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、电化学传感 | NA | 电化学信号 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 细菌 | T7 RNAP信号放大器、布尔逻辑计算模块、双通道电化学输出系统 | 环境监测 |
| 212 | 2025-10-05 |
Secure biosystems design in Saccharomyces cerevisiae establishes effective biocontainment strategies and mechanisms of escape
2025-Sep-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00741-25
PMID:40801494
|
研究论文 | 本研究在酿酒酵母中开发了高分辨率分析平台,评估杀开关系统的生物防护效果及逃逸机制 | 建立了首个在实验室和工业酵母菌株中系统评估杀开关逃逸机制的高分辨率分析平台,揭示了多种逃逸途径 | 多拷贝整合杀开关系统虽能显著减少逃逸但仍无法建立持续生物防护 | 开发有效的生物防护策略并理解其逃逸机制 | 酿酒酵母实验室和工业菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR介导的整合、基因组重测序 | NA | 基因组测序数据、表型数据 | 实验室和工业酵母菌株 | CRISPR | 酿酒酵母 | 樟脑调控的RelE毒素杀开关系统 | 工业生物技术 |
| 213 | 2025-10-05 |
SpyRing-Mediated Cyclization of TEV Protease, Guided by AlphaFold, Improves Thermostability
2025-Aug-05, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c05386
PMID:40787351
|
研究论文 | 本研究通过SpyRing系统实现TEV蛋白酶环化,结合AlphaFold结构预测优化设计,显著提高了酶的热稳定性 | 首次将SpyTag/SpyCatcher介导的环化系统与AlphaFold结构预测相结合,成功实现了N端和C端相距较远(约40 Å)的TEV蛋白酶环化 | 研究仅针对特定TEVp变体(L56V, S135G, S219V, Δ238-242),未验证在其他蛋白酶或蛋白质中的普适性 | 开发一种计算引导的蛋白质环化策略,提高蛋白酶的热稳定性 | 烟草蚀纹病毒蛋白酶(TEVp)及其环化变体 | 蛋白质工程 | NA | SpyTag/SpyCatcher环化系统,AlphaFold结构预测 | NA | 蛋白质结构数据,酶活性数据 | NA | SpyRing系统 | NA | 通过SpyTag和SpyCatcher结构域融合实现分子内环化 | 合成生物学,工业生物技术 |
| 214 | 2025-10-05 |
Unveiling the Frontiers of Synthetic Biology in Brazil: Pioneering the National Synthetic Biology Network
2025-Aug-05, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c03077
PMID:40787363
|
综述 | 本文探讨巴西合成生物学发展现状及国家合成生物学网络的建立意义 | 首次系统阐述巴西合成生物学网络的建设框架与发展潜力 | 国际社会对巴西科研监管环境认知不足 | 分析巴西合成生物学生态系统关键要素并推动国家生物技术能力建设 | 巴西合成生物学研究群体与基础设施 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 215 | 2025-10-05 |
Comparative transcriptome analyses of different orthosiphon aristatus tissues reveal differentially expressed genes associated with flavonoid biosynthesis
2025-01-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85266-x
PMID:39775135
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研究论文 | 通过比较猫须草不同组织的转录组分析,揭示与黄酮类化合物生物合成相关的差异表达基因 | 首次对猫须草所有组织进行黄酮类化合物合成生物学的比较转录组分析,发现根部黄酮含量更高并鉴定出212个与根部黄酮积累强相关的差异表达基因 | 研究仅限于猫须草单一物种,未进行功能验证实验 | 探究猫须草不同组织中黄酮类化合物生物合成的分子机制 | 猫须草(Orthosiphon aristatus)的根、茎、叶等不同组织 | 合成生物学 | 肾脏疾病 | 高效液相色谱分析, 转录组分析, 实时定量PCR | NA | 转录组数据, 代谢组数据 | 猫须草不同组织样本 | NA | 猫须草(Orthosiphon aristatus) | 黄酮类化合物生物合成通路 | 医药 |
| 216 | 2025-10-05 |
KDBI-RP: Kinetic Data of RNA-Protein Interactions Database
2025-Nov-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169357
PMID:40716733
|
研究论文 | 介绍专门用于RNA-蛋白质相互作用动力学数据的数据库KDBI-RP | 首个专注于RNA-蛋白质相互作用动力学的专用数据库,扩展了原有的KDBI数据库 | NA | 建立RNA-蛋白质相互作用动力学数据的系统化数据库资源 | RNA-蛋白质相互作用动力学数据 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 动力学数据、序列数据、结构数据 | 包含3657个结合速率常数条目、3761个解离速率常数条目和175,932个平衡解离常数条目 | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 217 | 2025-10-05 |
Turbocharging fundamental science translation through controlled environment agriculture
2025-Sep-30, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.08.014
PMID:41033905
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综述 | 本文探讨了受控环境农业如何加速植物科学成果向农业应用的转化 | 提出将受控环境农业作为多功能研究平台和高产生产系统,整合新兴育种、基因组和合成生物学工具 | NA | 通过受控环境农业加速植物科学基础研究成果向农业应用的转化 | 作物设计和农业生产系统 | 农业生物技术 | NA | 育种技术、基因组学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 218 | 2025-10-05 |
Beyond Purification: Evolving Roles of Fusion Tags in Biotechnology
2025-Sep-17, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47090768
PMID:41020890
|
综述 | 本文总结了融合标签在生物技术中的多样化应用及其发展历程 | 系统阐述了融合标签从传统纯化功能向实时成像、空间定位、靶向递送和蛋白质活性调控等新型多功能工具的演变 | 未完全涵盖所有相关研究内容 | 帮助研究人员针对特定目标设计合适的标签格式 | 蛋白质标签和肽标签及其去除方法 | 生物技术 | NA | 基因融合技术、下拉实验、免疫沉淀 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、治疗设计 |
| 219 | 2025-10-05 |
Metabolic Engineering of Terpenoid Biosynthesis in Medicinal Plants: From Genomic Insights to Biotechnological Applications
2025-Sep-05, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47090723
PMID:41020846
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综述 | 本文综述了药用植物中萜类化合物生物合成的代谢工程策略及其生物技术应用 | 提出'从基因组见解到生物技术应用'的研究范式,整合多组学技术和CRISPR工具实现萜类化合物产量的显著提升 | 面临代谢通量平衡、细胞毒性和规模化经济性等持续挑战 | 加速萜类化合物生物制造从发现到商业化应用的转化 | 萜类化合物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 基因组学、转录组学、代谢组学、CRISPR | NA | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 药用植物、微生物系统、异源植物宿主 | 萜类化合物生物合成代谢途径 | 医药、工业生物技术 |
| 220 | 2025-10-05 |
Analysis of Poly-3-Hydroxybutyrate Production with Different Microorganisms Using the Dynamic Simulations for Evaluation of Economic Potential Approach
2025-Jul-08, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c11178
PMID:40657095
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研究论文 | 本文提出DySEEP方法,通过动态通量平衡分析和经济指标评估工业生物产品的生产潜力,并以PHB生产为案例进行研究 | 开发了结合动态通量平衡分析和经济指标评估的新型方法DySEEP,用于系统评估生物产品生产的经济潜力 | 由于DFBA模拟的性质,无法预测某些关键聚合物性质 | 评估不同微生物生产PHB的经济潜力,优化生物塑料生产工艺 | 重组大肠杆菌、重组谷氨酸棒杆菌和重组罗尔斯通氏菌的PHB生产能力 | 代谢工程 | NA | 动态通量平衡分析(DFBA) | 代谢网络模型 | 代谢通量数据 | 三种重组微生物的模拟分析 | CRISPR-Cas9, 基因敲除, 合成生物学 | 大肠杆菌, 谷氨酸棒杆菌, 罗尔斯通氏菌 | 遗传拨动开关, NADPH依赖的PHB合成途径, 代谢途径调控 | 工业生物技术, 环境 |