本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 |
Cryo-EM structure of cyanopodophage A4 reveals a pentameric pre-ejectosome in the double-stabilized capsid
2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2423403122
PMID:40163721
|
研究论文 | 本研究通过冷冻电镜解析了蓝藻噬菌体A4的完整结构,揭示了其双稳定衣壳内的五聚体预喷射体结构 | 首次发现由四种喷射蛋白组成的五聚体预喷射体结构,并观察到基因组DNA沿带正电荷环形裂隙分布的独特特征 | NA | 阐明蓝藻噬菌体A4的结构特征及其基因组包装和喷射机制 | 蓝藻噬菌体A4病毒颗粒 | 结构生物学 | NA | 冷冻电镜 | NA | 冷冻电镜图像数据 | NA | NA | 蓝藻 | NA | 合成生物学 |
| 222 | 2025-10-05 |
From nonexistence to novel applications: Nullomers and related k-mer based concepts in bioinformatics
2025, Advances in clinical chemistry
DOI:10.1016/bs.acc.2025.06.009
PMID:41033729
|
综述 | 本章节系统阐述了生物信息学中未被充分代表的k-mer序列(包括空位体和相关概念)的研究进展与应用前景 | 提出了基于缺失序列(空位体和新位体)的创新研究框架,为癌症检测、组织溯源和进化研究提供了新方法 | 讨论了分析缺失序列时面临的计算挑战 | 探索k-mer序列在基因组学和蛋白质组学中的基础与应用研究价值 | 空位体、新位体和准素数等未被充分代表的k-mer序列 | 生物信息学 | 癌症 | k-mer分析,液体活检 | NA | 基因组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA | 医学诊断,药物发现,合成生物学 |
| 223 | 2025-10-05 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01677-3
PMID:38977789
|
研究论文 | 开发基于邻近触发蛋白质反式剪接技术的时控蛋白质合成方法,用于解析细胞信号传导的动态过程 | 利用邻近触发蛋白质反式剪接技术实现目标蛋白质的时控合成,可区分起始材料和产物的细胞定位及活性状态 | NA | 开发合成生物学工具以操纵细胞状态并解析细胞信号传导动态过程 | 多种蛋白质包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc激酶融合蛋白 | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发蛋白质反式剪接技术 | NA | 蛋白质活性数据 | NA | 蛋白质反式剪接 | 哺乳动物细胞 | 蛋白质合成控制系统 | 医学 |
| 224 | 2025-10-05 |
Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01628-y
PMID:38783133
|
研究论文 | 本研究通过胞外电子转移机制实现了活细胞代谢与合成材料性能的可编程调控 | 首次利用微生物胞外电子转移作为桥梁,通过基因电路设计控制合成聚合物网络的力学性能 | NA | 开发可编程的工程活材料,实现生物系统与合成材料的智能整合 | 希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)和合成聚合物水凝胶 | 合成生物学 | NA | 胞外电子转移(EET)、荧光参数化、基因电路设计 | 布尔逻辑门 | NA | NA | 合成生物学 | Shewanella oneidensis | 转录布尔逻辑门、基因表达调控电路 | 材料科学 |
| 225 | 2025-10-05 |
De Novo Synthesis of Error-Free Long Oligos
2024-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70028
PMID:39422193
|
研究论文 | 介绍无错误长寡核苷酸从头合成的完整实验方案 | 结合CBP纯化方法与克隆测序筛选,首次实现长达401-mer无错误寡核苷酸的合成 | NA | 开发高精度长链寡核苷酸合成技术 | 寡核苷酸合成与纯化 | 合成生物学 | NA | 固相合成、CBP方法、克隆、Sanger测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |
| 226 | 2025-10-05 |
ReCARving the future: bridging CAR T-cell therapy gaps with synthetic biology, engineering, and economic insights
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1432799
PMID:39301026
|
综述 | 本文全面探讨如何通过合成生物学、工程学和经济视角解决CAR-T细胞疗法在实体瘤疗效、安全性和可及性方面的挑战 | 整合合成生物学与工程学方法开发同种异体CAR-T细胞,提出新型抗原靶向策略及联合治疗方案 | NA | 突破CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中的局限并提升其安全性与可及性 | CAR-T细胞疗法及其在肿瘤治疗中的应用 | 合成生物学 | 血液恶性肿瘤与实体瘤 | CAR-T细胞工程 | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 嵌合抗原受体设计 | 医学 |
| 227 | 2025-10-05 |
Dynamic Gene Expression Mitigates Mutational Escape in Lysis-Driven Bacteria Cancer Therapy
2024, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0049
PMID:39301524
|
研究论文 | 本研究探讨了通过动态基因表达策略优化工程化细菌在癌症治疗中的疗效,防止突变逃逸 | 首次发现PFO表达会导致细菌裂解并引发突变逃逸,并提出动态诱导策略来维持治疗性细菌种群 | NA | 优化工程化细菌在肿瘤治疗中的持久定植和持续有效载荷释放 | 表达Perfringolysin O(PFO)细菌毒素的非致病性工程细菌 | 合成生物学 | 癌症 | 分子动力学,数学模型,微流体系统,测序 | 种群动态数学模型 | 实验数据,测序数据,模拟数据 | NA | 合成生物学工具 | 工程细菌 | 动态基因表达系统,PFO毒素表达回路 | 医学 |
| 228 | 2025-10-05 |
High-Throughput Stationary 13C-Based Metabolic Flux Analysis of Pichia pastoris Strains
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4779-0_9
PMID:41028460
|
研究论文 | 本文描述了使用高通量培养平台对Komagataella phaffii菌株进行基于13C的代谢通量分析的详细实验方案 | 开发了适用于高通量培养平台的13C代谢通量分析方案,能够快速表征大量工程菌株 | NA | 建立高通量代谢通量分析方案以加速菌株工程循环 | Komagataella phaffii(毕赤酵母)工程菌株 | 代谢系统工程 | NA | 13C代谢通量分析(C-MFA)、高通量培养技术 | NA | 代谢通量数据 | 多株工程菌株 | 合成生物学工具 | Komagataella phaffii(毕赤酵母) | NA | 工业生物技术 |
| 229 | 2025-10-05 |
Advances in Metabolic Engineering for the Accumulation of Astaxanthin Biosynthesis
2025-Oct, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01289-1
PMID:39373956
|
综述 | 本文全面综述了虾青素生物合成的研究进展,重点关注微生物发酵生产策略 | 系统比较了天然宿主Xanthophyllomyces dendrorhous与异源宿主Yarrowia lipolytica和Saccharomyces cerevisiae在虾青素生物合成中的应用 | NA | 探讨通过代谢工程和合成生物学方法实现虾青素的大规模微生物生产 | 虾青素生物合成途径及相关微生物宿主 | 代谢工程 | NA | 代谢工程、合成生物学、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | Xanthophyllomyces dendrorhous, Yarrowia lipolytica, Saccharomyces cerevisiae | 虾青素生物合成途径 | 饲料,食品,化妆品,医药 |
| 230 | 2025-10-05 |
Bio-Photo Dual Action of Intracellular Radical Polymerization
2025-Oct-01, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c10871
PMID:40977043
|
研究论文 | 开发了一种生物标志物和光门控的细胞内自由基聚合策略,用于精确细胞器干预 | 首次提出刺激响应型光催化剂策略,通过AND门控机制实现生物标志物和光照双重控制的细胞内聚合 | NA | 实现细胞内聚合的时空控制,推进治疗发现和合成生物学应用 | 细胞内自由基聚合过程 | 合成生物学 | NA | 光诱导电子/能量转移-可逆加成-断裂链转移(PET-RAFT)聚合 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | AND门控生物传感器,响应内源性活性氧/硫物种(ROS/RSS)或酶 | 医学, 合成生物学 |
| 231 | 2025-10-05 |
Rubisco-Centric Strategies for Carbon Conservation in Synthetic Biology
2025-Oct-01, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c04813
PMID:41031513
|
综述 | 本文系统总结了Rubisco酶的基础研究及其在合成生物学中提升碳固定效率的策略与应用 | 首次系统整合了从经典定向进化到人工智能理性设计的五种酶效率提升策略,并提出了跨尺度的设计框架 | NA | 开发碳效率更高的生物制造技术以应对全球气候危机 | Rubisco酶及其在自养和异养微生物中的应用 | 合成生物学 | NA | 定向进化、人工智能理性设计 | NA | NA | NA | NA | 自养微生物,异养微生物 | 卡尔文循环碳固定途径 | 工业生物技术,环境 |
| 232 | 2025-10-05 |
Engineering Artificial Mitochondria with Self-Amplifying Proton Generation for Autonomous Energy Supply and Metabolic Coupling in Artificial Cells
2025-Sep-30, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202514980
PMID:41030094
|
研究论文 | 本研究开发了一种模拟线粒体功能的人工ATP纳米发电机,通过酶共区室化实现自主能量供应 | 设计了具有自增强质子生成功能的人工线粒体,实现了跨膜质子梯度的稳健建立和高效ATP生产 | NA | 为人工细胞构建连续自主的能量供应系统 | 人工线粒体、人工细胞模型 | 合成生物学 | NA | 酶共区室化、脂质体包覆 | NA | NA | NA | Gibson Assembly | NA | 自增强酶级联反应系统、质子梯度驱动的ATP合成系统 | 合成生物学, 生物能源 |
| 233 | 2025-10-05 |
Synthetic biology-driven biosensors for healthcare applications: A roadmap toward programmable and intelligent diagnostics
2025-Sep-26, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.118036
PMID:41027168
|
综述 | 探讨合成生物学驱动的生物传感器在医疗健康等领域的创新应用与发展路线 | 整合合成基因电路、CRISPR控制系统和逻辑门架构实现可编程诊断 | 存在电路稳定性、生物安全性和大规模部署的挑战 | 开发智能响应型生物传感器以满足精准诊断需求 | 合成生物传感器及其在医疗环境监测中的应用 | 合成生物学 | 癌症、代谢失衡、传染病 | CRISPR技术、RNA调控、逻辑门设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas系统 | 微生物平台 | 合成基因电路、逻辑门架构、生物传感器、治疗诊断系统 | 医疗健康,环境监测 |
| 234 | 2025-10-05 |
Molecular Paleontology Meets Drug Discovery: The Case for De-extinct Antimicrobials
2025-Sep-23, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c05530
PMID:41018632
|
综述 | 探讨从灭绝生物中重建抗菌分子的新兴领域及其在药物开发中的应用 | 将古基因组学、古蛋白质组学与合成生物学相结合,从灭绝生物中重建抗菌分子 | 面临技术挑战和伦理考量 | 开发新型抗菌剂以应对抗生素耐药性问题 | 从灭绝生物中重建的生物活性肽、抗生素和其他生物活性剂 | 合成生物学 | 抗生素耐药性感染 | 高通量DNA测序, 质谱分析, 计算生物学, 古基因组学, 古蛋白质组学 | NA | 遗传序列, 蛋白质序列 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 235 | 2025-10-05 |
Synthetic antimicrobial peptides: Combatting antimicrobial resistance for sustainable aquaculture
2025-Sep-16, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.108029
PMID:40967516
|
综述 | 本文综述了合成抗菌肽在水产养殖中作为抗生素替代品的设计策略、计算工具应用及环境意义 | 整合合成生物学与计算建模方法设计具有增强稳定性、靶向抗菌活性的合成抗菌肽 | NA | 开发可持续水产养殖疾病控制的抗生素替代方案 | 合成抗菌肽及其设计策略 | 计算生物学 | 水产养殖疾病 | 机器学习、计算建模 | 机器学习 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 水产养殖, 环境 |
| 236 | 2025-10-06 |
Streamline automated biomedical discoveries with agentic bioinformatics
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf505
PMID:41016012
|
综述 | 探讨基于大语言模型的智能代理在计算生物学中形成的代理生物信息学新领域的核心原理、方法和应用 | 提出将自主、自适应和智能代理系统应用于解决复杂生物问题的新型研究范式 | NA | 探索代理生物信息学在推动生物医学发现和临床应用的潜力 | 代理生物信息学系统及其在生物医学领域的应用 | 计算生物学 | NA | 大语言模型 | 智能代理系统 | 生物数据集 | NA | NA | NA | NA | 个性化医疗, 药物发现, 合成生物学 |
| 237 | 2025-10-05 |
Targeting the gut-liver axis in cholangiocarcinoma: mechanisms, therapeutic advances, and future directions
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1646897
PMID:41018102
|
综述 | 探讨肠道-肝脏轴在胆管癌发病机制中的作用及靶向该轴线的治疗进展 | 系统阐述肠道微生物失调、胆汁酸代谢紊乱与免疫微环境重塑在胆管癌中的协同作用机制 | 微生物群异质性和受体信号双重性等挑战尚未解决,临床转化需更深入机制研究和标准化方案 | 研究肠道-肝脏轴在胆管癌发生发展中的作用机制及靶向治疗策略 | 胆管癌患者肠道/胆道微生物组、胆汁酸代谢通路及肿瘤免疫微环境 | 医学肿瘤学 | 胆管癌 | 多组学分析、人工智能 | NA | 临床数据、微生物组数据、代谢组数据 | NA | 合成生物学 | 工程化微生物群 | NA | 医学 |
| 238 | 2025-10-05 |
Therapeutic potential of the gut commensal bacterium Parabacteroides goldsteinii in human health and disease treatment
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1618892
PMID:41019532
|
综述 | 系统探讨肠道共生菌Parabacteroides goldsteinii在人类健康和疾病治疗中的潜在应用价值 | 首次系统综述该菌株通过短链脂肪酸分泌、胆汁酸转化和免疫调节等多重机制对抗多种疾病的治疗潜力 | 面临培养条件优化、剂量效应表征和遗传工具开发等转化挑战 | 评估Parabacteroides goldsteinii作为益生菌在疾病治疗和健康促进中的应用前景 | 肠道共生菌Parabacteroides goldsteinii及其与宿主互作机制 | 微生物组研究 | 代谢紊乱、神经系统疾病、炎症性疾病、恶性肿瘤 | NA | NA | 文献资料 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 239 | 2025-10-05 |
A fragment in the 5' untranslated region of alcohol oxidase 1 promoter significantly influencing gene expression of Komagataella phaffii
2025-Oct-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149745
PMID:40902693
|
研究论文 | 本研究在Komagataella phaffii的醇氧化酶1启动子5'非翻译区鉴定出一个13bp的负调控元件D3,敲除该片段可使异源蛋白表达提高3.5倍 | 首次在K. phaffii醇氧化酶1启动子5'UTR区鉴定出具有负调控功能的13bp顺式作用元件D3 | NA | 解析K. phaffii醇氧化酶1启动子调控机制并提高异源蛋白表达效率 | Komagataella phaffii醇氧化酶1启动子的5'非翻译区 | 合成生物学 | NA | 基因片段敲除、转录组分析、电泳迁移率变动分析、DNA pull-down、液相色谱-质谱联用 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | 基因敲除 | Komagataella phaffii | 启动子工程改造 | 工业生物技术 |
| 240 | 2025-10-05 |
A Modular and Customizable CRISPR/Cas Toolkit for Epigenome Editing of Cis-regulatory Modules
2025-Sep-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503917
PMID:41024337
|
研究论文 | 开发模块化CRISPR/Cas表观基因组编辑工具包用于顺式调控模块的表观遗传编辑 | 创建了基于dCas9的模块化表观基因组编辑平台(dCd和dCm),可在植物和酵母中实现可编程的CRM活性解析与工程改造 | NA | 解析表观遗传标记对顺式调控模块功能的因果机制并开发表观基因组编辑工具 | 顺式调控元件(CREs)和顺式调控模块(CRMs) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas表观基因组编辑,DNA甲基化/去甲基化编辑 | NA | 表观遗传数据,基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物,酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 逻辑门控回路,光遗传学和温度敏感型抗CRISPR抑制器 | 合成生物学,农业 |