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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-12-24 |
Derepression of transposable elements in mouse prefrontal cortex disrupts social behavior
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646358
PMID:40236017
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研究论文 | 本研究采用合成生物学方法,通过改造TRIM28蛋白在小鼠前额叶皮层中的功能,探究其对社交行为的影响 | 首次通过合成生物学手段在活体小鼠中逆转TRIM28的转录调控功能,揭示其通过稳定转座元件调控免疫基因表达以维持社交行为的新机制 | 研究主要关注前额叶皮层,未全面评估其他脑区的影响;实验对象仅限于小鼠,人类相关性有待验证 | 探究TRIM28-KZFP相互作用在调控转座元件和免疫基因表达中对小鼠社交行为的影响 | 雄性和雌性小鼠的前额叶皮层及TRIM28蛋白功能 | 合成生物学 | NA | RNA测序、病毒介导的基因递送 | NA | 基因表达数据、行为数据 | 雄性和雌性小鼠(具体数量未明确) | 病毒载体系统 | 小鼠 | 通过替换TRIM28的转录抑制域为激活域VP64-p65-Rta,或删除调控域,构建功能逆转的TRIM28变体 | 医学 |
| 222 | 2025-12-24 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
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综述 | 本文回顾了转录因子生物传感器从1960年代至今的发展历程,包括基础研究和工程策略的关键里程碑,并探讨了未来前景、挑战和未开发机遇 | 系统分析了转录因子生物传感器在基础知识和工程策略上的历史演变,并整合了多学科方法如高通量工具和计算学习来扩展其应用 | NA | 回顾转录因子生物传感器的发展历史,分析其工程策略,并讨论未来研究方向 | 转录因子生物传感器,包括其DNA和蛋白质层面的设计与应用 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、高级蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录因子生物传感器,基于原核生物转录调控机制 | 生物技术 |
| 223 | 2025-12-23 |
Construction of an mKate-based fluorescent protein reporting system in Limosilactobacillus reuteri
2026-Jan, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107347
PMID:41314353
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研究论文 | 本文在罗伊氏乳杆菌中建立了一个高效的遗传转化系统,并构建了基于mKate的红色荧光蛋白报告系统 | 通过优化转化协议,首次在罗伊氏乳杆菌中实现了高效的遗传转化,并成功构建了mKate荧光报告系统,为实时监测细菌定位和基因表达提供了新工具 | NA | 开发适用于罗伊氏乳杆菌的合成生物学工具,以支持实时监测细菌行为和基因表达 | 罗伊氏乳杆菌 | 合成生物学 | NA | 遗传转化优化、荧光蛋白报告系统构建 | NA | NA | NA | NA | 罗伊氏乳杆菌 | mKate红色荧光蛋白报告系统 | 工业生物技术 |
| 224 | 2025-12-23 |
The Road to Sustainable Soy Sauce Production and Consumption
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70352
PMID:41355608
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综述 | 本文通过系统综述分析了酱油生产与消费的趋势,重点关注工艺优化、微生物发酵、安全性、废物管理和新兴分析技术五个关键领域,并提出了一个连接可持续性核心支柱的整合框架 | 提出了一个将五个关键主题领域(工艺优化、微生物发酵、安全、废物管理、分析技术)与可持续性核心支柱(环境、经济、社会、技术、营养)相连接的整合框架,为未来研究、政策制定和工业实践提供指导 | 整合传统方法与新兴技术(如精准发酵)仍面临微生物菌株不兼容、可扩展性问题以及保持文化真实性和感官属性的挑战 | 审查酱油生产与消费的趋势,并探讨如何通过技术进步实现可持续的酱油生产与消费 | 酱油的生产工艺、微生物发酵过程、相关分析技术及可持续性实践 | NA | NA | 宏基因组学、合成生物学、酶工程、多组学方法(代谢组学、基因组学、转录组学)、光谱学、基于传感器的系统 | NA | NA | 基于181篇同行评审文章 | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 225 | 2025-12-23 |
Microbial engineering for sustainable microplastic biodegradation: from enzyme redesign to synthetic consortia
2025-Dec-22, International microbiology : the official journal of the Spanish Society for Microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s10123-025-00760-6
PMID:41423577
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综述 | 本文综述了利用微生物和酶工程进行可持续微塑料生物降解的最新进展,包括酶重新设计、合成菌群及CRISPR技术的应用 | 结合CRISPR系统、计算与机器学习驱动的酶设计以及合成菌群,以增强生物降解效率,并连接实验室研究与实际应用 | 聚乙烯和聚苯乙烯降解的可扩展性、转基因生物的生物安全标准以及降解副产物的环境风险仍存在挑战 | 通过微生物和酶工程促进微塑料的可持续生物降解,支持循环生物经济模型 | 微塑料、微生物(如细菌和真菌)、酶(如PET水解酶) | 合成生物学 | NA | CRISPR系统(包括碱基编辑和启动子修饰)、计算与机器学习驱动的酶设计、多组学分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌、真菌 | 合成菌群、生物膜反应器、酶-纳米颗粒偶联物 | 环境、工业生物技术 |
| 226 | 2025-12-23 |
Green biomineralization of magnetic metal ions: comparative mechanisms and emerging applications
2025-Dec-22, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb02352a
PMID:41427805
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综述 | 本文系统比较了微生物介导的磁性金属离子生物矿化的三种主要机制,并探讨了其在生物医学、环境修复和工业生产中的应用 | 整合并对比了生物控制矿化、生物诱导矿化和微生物影响矿化三种机制,弥补了文献中对后两者覆盖不足的失衡问题 | 微生物影响矿化仍处于早期发展阶段,且生物控制矿化在可扩展性方面存在限制 | 探讨微生物介导的磁性金属离子生物矿化机制及其可持续应用 | 磁性金属离子的生物矿化过程 | NA | NA | 生物矿化 | NA | NA | NA | 合成生物学、基因工程 | 微生物 | NA | 生物医学, 环境, 工业生物技术 |
| 227 | 2025-12-23 |
Intracellularly coupled oscillators for synthetic biology
2025-Dec-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67893-0
PMID:41423683
|
研究论文 | 本文提出并建模细胞内耦合振荡器作为合成生物学的高级构建模块,预测多种动态行为并探讨其潜在应用 | 基于耦合强度对振荡器进行分类,并预测包括混沌、同步在内的复杂动态行为,为细菌合成生物学提供理论指导 | NA | 工程化或重新设计生命系统以实现复杂功能 | 细胞内耦合振荡器 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 振荡器电路设计,包括独立、弱耦合、强耦合和深度耦合类型 | 工业生物技术 |
| 228 | 2025-12-23 |
Arabinose-Inducible Univariant Control System (AUCS) for Microbial Production of Proteins, Enzymes, and Metabolites
2025-Dec-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00602
PMID:41423945
|
研究论文 | 本文介绍了一种阿拉伯糖诱导的单变量控制系统(AUCS),用于微生物生产蛋白质、酶和代谢物,旨在结合现有系统的优势并克服其缺点 | AUCS通过组成型表达阿拉伯糖转运蛋白AraE消除了碳分解代谢物阻遏,并最小化了诱导异质性,同时通过破坏阿拉伯糖分解代谢,仅需3 μM l-阿拉伯糖即可实现最大蛋白质输出,显著降低了诱导剂成本和环境足迹 | NA | 开发一种稳健、严格调控且低成本的表达平台,用于微生物生产高价值生物分子 | 蛋白质(如卵清蛋白)、酶(如萜烯合酶、类胡萝卜素裂解双加氧酶)和次级代谢物(如芳樟醇、橙花叔醇和香紫苏醇) | 合成生物学 | NA | 基因表达调控、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物(如大肠杆菌) | 阿拉伯糖诱导的单变量控制系统(AUCS),包括定制启动子库(P),用于精确调控单蛋白、多酶操纵子和复杂生物合成途径的表达 | 工业生物技术、医药、能源、环境 |
| 229 | 2025-12-23 |
High-throughput mechanical characterization of giant unilamellar vesicles by real-time deformability cytometry
2025-Dec-19, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d5sm01140j
PMID:41416886
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研究论文 | 本研究将实时形变流式细胞术应用于巨单层囊泡的高通量机械表征,并开发了基于模拟的模型和拟合策略来提取面积膨胀模量 | 首次将RT-DC技术应用于GUV的机械表征,开发了模拟模型和两种互补的拟合策略,实现了比传统微管吸吮技术高几个数量级的通量且无需机械接触 | NA | 开发一种高通量、无接触的方法来表征巨单层囊泡的机械特性 | 巨单层囊泡 | 软物质研究 | NA | 实时形变流式细胞术、相场模拟 | 基于模拟的模型 | 形变数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、软物质研究 |
| 230 | 2025-12-23 |
Synthetic biology strategies for engineering probiotics and commensal bacteria for diagnostics and therapeutics
2025-Dec-18, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108782
PMID:41421426
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具和策略改造益生菌和共生菌,以用于人类疾病诊断和治疗的最新进展 | 重点介绍了合成基因回路如何显著提高疾病诊断和治疗的精确性与可靠性,实现实时监测、治疗甚至预防性干预 | NA | 开发用于人类疾病诊断和治疗的工程化益生菌和共生菌 | 益生菌和人体共生菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 益生菌, 共生菌 | 合成基因回路 | 医学 |
| 231 | 2025-12-23 |
Deciphering the molecular roles of antimicrobial peptides in plant innate immunity and their potential applications in crop protection
2025-Dec-16, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110961
PMID:41422562
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综述 | 本文综述了抗菌肽在植物先天免疫中的分子作用及其在作物保护中的潜在应用 | 整合多组学技术与合成生物学,加速了抗菌肽的理性设计,并推动了转基因作物和肽基农用化学品等环保替代品的发展 | 存在病原体抗性快速进化、靶标特异性不足、田间条件下肽不稳定性、潜在植物毒性以及复杂监管审批路径等挑战 | 探讨抗菌肽在植物免疫中的角色及其在可持续作物保护中的应用潜力 | 植物抗菌肽及其在先天免疫系统中的作用 | NA | NA | 多组学技术(包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学)与合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 植物(转基因作物) | NA | 农业 |
| 232 | 2025-12-23 |
Chromoproteins: visible tools for advancing synthetic biology
2025-Nov-26, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.10.020
PMID:41309430
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综述 | 本文全面概述了基于色蛋白的研究进展,包括其理化特性、分类、工程策略和应用 | 强调色蛋白作为可见工具在合成生物学中的独特优势,如裸眼可见性、广泛表达和可调性 | NA | 推动合成生物学中可见色蛋白报告基因的发展,提供更易访问和模块化的平台 | 色蛋白及其变体 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | NA | 原核和真核系统 | NA | 合成生物学研究与应用 |
| 233 | 2025-12-23 |
codonGPT: reinforcement learning on a generative language model enables scalable mRNA design
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1345
PMID:41416521
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研究论文 | 本文开发了首个专门针对mRNA序列的生成式语言模型codonGPT,并结合强化学习实现了可扩展的mRNA设计优化 | 首次将强化学习与生物语言模型结合用于mRNA设计,提出了创新的推理时掩码方法以约束同义序列,并构建了首个基于模型生物mRNA序列的生成式语言模型 | 模型训练数据仅包含338,417条模型生物mRNA序列,可能未覆盖所有生物多样性;方法在HLA-A和ACTB等示例基因中验证,需进一步扩展应用范围 | 开发可扩展的mRNA设计方法,用于治疗、合成生物学和蛋白质工程 | mRNA序列设计优化 | 自然语言处理 | NA | 强化学习、生成式语言模型 | GPT类生成模型 | mRNA序列数据 | 338,417条模型生物mRNA序列 | NA | NA | NA | 医学、合成生物学、蛋白质工程 |
| 234 | 2025-12-23 |
Overexpression of REDUCED WALL ACETYLATION C increases xylan acetylation and biomass recalcitrance in Populus
2023-12-30, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad377
PMID:37399189
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研究论文 | 本研究通过过表达PtRWA-C基因,揭示了其在杨树木质生物质中增加木聚糖乙酰化、木质素含量和S/G比例,从而降低糖化效率的作用,并发现其受HRD转录因子调控 | 首次在杨树中证明PtRWA-C过表达对木聚糖乙酰化和生物质抗降解性的影响,并识别HRD作为其直接调控因子 | 未涉及PtRWA-C在其他植物物种中的功能验证或大规模田间试验 | 探究PtRWA-C基因在木聚糖乙酰化和生物质糖化效率中的功能及调控机制 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的PtRWA-C基因及其对次级细胞壁特性的影响 | 合成生物学 | NA | 基因共表达网络分析、表达数量性状位点(eQTL)分析、启动子结合实验 | NA | 基因表达数据、生物化学分析数据 | 未明确指定样本数量,但基于杨树转基因材料 | 基因过表达 | 毛果杨(Populus trichocarpa) | NA | 能源、工业生物技术 |
| 235 | 2025-12-23 |
Transcription factor module NLP-NIGT1 fine-tunes NITRATE TRANSPORTER2.1 expression
2023-11-22, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad458
PMID:37595050
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研究论文 | 本研究通过实验和数学模型揭示了转录因子模块NLP-NIGT1如何精细调控拟南芥高亲和硝酸盐转运蛋白NRT2.1的表达 | 结合微孔板实时检测和常微分方程建模两种方法,首次系统阐明了NIGT1在宽浓度硝酸盐条件下稳定NRT2.1表达振幅的作用机制 | 模型参数基于特定实验条件,在更复杂的体内环境或不同植物物种中的普适性有待验证 | 解析植物硝酸盐转运蛋白NRT2.1受多转录因子复杂调控的分子机制 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的NRT2.1基因及其调控转录因子NLP和NIGT1 | 植物分子生物学 | NA | 微孔板实时启动子活性检测、常微分方程(ODE)数学模型 | 常微分方程模型 | 基因表达时序数据、启动子活性动态数据 | NA | NA | 拟南芥(Arabidopsis thaliana) | NLP-NIGT1前馈调控环路 | 农业 |
| 236 | 2025-12-22 |
Challenges and opportunities for establishing biofoundries in Latin America
2025-Dec-19, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103419
PMID:41421018
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perspective | 本文探讨了在拉丁美洲建立生物铸造厂(Biofoundries)所面临的挑战与机遇,并提出了一个整合多组学、合成生物学与可持续性评估的集成框架 | 提出了一个从生物勘探到生物工艺放大的集成生物铸造厂模型,强调将区域生物多样性、科学能力与创新网络相结合,作为连接生物多样性与工业创新的关键策略 | NA | 分析在拉丁美洲建立生物铸造厂以促进生物经济与生物技术创新的可行性路径 | 拉丁美洲地区的生物铸造厂基础设施与发展模式 | 合成生物学 | NA | 多组学(multi-omics),合成生物学,生物工艺放大 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术,环境 |
| 237 | 2025-12-22 |
Engineered probiotics platform for oral delivery of antibody as a high-compliance alternative for immune-mediated inflammatory diseases
2025-Dec-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102523
PMID:41421354
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研究论文 | 本研究开发了一种名为AIDEN的工程化益生菌平台,用于口服递送治疗性抗体,以改善免疫介导性炎症疾病的治疗依从性 | 首次构建了能够口服递送单链抗体片段的工程化益生菌平台,实现了肠道内稳定定植和原位抗体持续生产 | 研究仅在鼠类模型中进行,尚未进行人体临床试验;系统IL-17A水平仅中度降低 | 开发一种患者友好型口服抗体递送平台,替代传统注射疗法,提高免疫介导性炎症疾病的治疗依从性 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917益生菌(AIDEN-IL17)及其在银屑病和炎症性肠病小鼠模型中的治疗效果 | 合成生物学 | 免疫介导性炎症疾病(包括银屑病和炎症性肠病) | 合成生物学技术 | NA | 动物实验数据 | 鼠类模型(具体数量未明确说明) | 合成生物学 | 大肠杆菌Nissle 1917(EcN) | 抗体分泌系统(设计用于分泌靶向IL-17A的单链可变片段) | 医学 |
| 238 | 2025-12-22 |
CRISPR as a next-generation environmental biosurveillance tool for air, land, and water
2025-Dec-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.014
PMID:41421891
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的环境生物监测技术(CRISPR-eBx)作为下一代前沿生物监测解决方案的潜力,涵盖其在空气、土地和水体中的应用 | 将CRISPR技术与计算科学、合成生物学和生物监测交叉融合,提出了一个战略路线图,以推动CRISPR-eBx成为便携、特异、灵敏且成本效益高的下一代环境监测平台 | 在部署CRISPR-eBx用于新型生物/基因靶标和环境来源时,仍存在关键挑战需要解决 | 探讨CRISPR-eBx作为下一代环境生物监测工具的应用前景和战略发展 | 环境核酸中的生物体,包括病原体、入侵物种和濒危物种 | 合成生物学 | NA | CRISPR技术 | NA | 环境核酸 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 生物传感器 | 环境 |
| 239 | 2025-12-22 |
Engineered Peptide Scrambling for Enhanced Drug Delivery to Resistant Breast Cancer Cells via Small Extracellular Vesicles
2025-Dec-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00582
PMID:41321158
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研究论文 | 本研究开发了一种通过工程化肽序列扰乱来增强小细胞外囊泡靶向药物递送至耐药乳腺癌细胞的方法 | 利用双报告平台定量评估肿瘤归巢肽功能化小细胞外囊泡的结合,并通过氨基酸序列扰乱设计增强结合能力的肽变体,结合机械刺激提高药物负载效率 | 方法主要基于体外细胞实验,尚未进行体内验证;技术对小细胞外囊泡表面靶向部分的表征仍有限制 | 优化肿瘤靶向药物递送,克服耐药性 | 乳腺癌细胞(MDA-MB-231)和HEK293FT细胞 | 合成生物学 | 乳腺癌 | 生物发光测定、荧光显微镜、小细胞外囊泡工程 | NA | 体外细胞实验数据 | 24种扰乱变体肽在MDA-MB-231细胞中评估 | 细胞外囊泡表面功能化 | HEK293FT细胞 | 肿瘤归巢肽功能化的小细胞外囊泡作为靶向药物递送系统 | 医学 |
| 240 | 2025-12-22 |
DrEFO: A Fermented Oil Rich in Dihydroquercetin With High Antioxidant Activity
2025-Dec, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70612
PMID:41413727
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法改造酿酒酵母生产二氢槲皮素,并利用其发酵制备富含二氢槲皮素的十一籽发酵油(DrEFO),评估其抗氧化及促进胶原合成的护肤功效 | 首次通过合成生物学改造酵母生产二氢槲皮素并用于植物油发酵,显著提升天然油的抗氧化活性与护肤价值,开创了利用发酵技术增强天然油护肤功效的新策略 | 研究主要基于体外化学实验和细胞模型,缺乏完整的动物实验或人体临床试验数据验证实际护肤效果 | 提升天然植物油的护肤功效,解决其因功效不足难以应对复杂皮肤问题 | 二氢槲皮素(DHQ)及其发酵制备的十一籽发酵油(DrEFO) | 合成生物学 | NA | 发酵工程、DPPH/ABTS/羟基/超氧阴离子/PTIO/ROS自由基清除实验、细胞模型 | NA | 化学实验数据、细胞实验数据 | NA | 合成生物学方法 | 酿酒酵母(S. cerevisiae) | 用于生产二氢槲皮素(DHQ)的代谢途径 | 化妆品、护肤品 |