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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-02-08 |
Ultra-high throughput mapping of genetic design space
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532704
PMID:36993481
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研究论文 | 介绍了一种名为CLASSIC的遗传筛选平台,用于高通量评估任意长度基因构建体的表达谱,并训练机器学习模型预测基因回路行为 | 结合长读长和短读长NGS技术,首次实现对多kb长度基因回路设计(>10^5种)的并行定量评估,建立了“组成-功能”映射关系 | NA | 加速合成生物学中基因回路的设计与优化,建立数据驱动的复杂遗传系统设计方法 | 包含多种遗传元件组合的基因回路设计(5-20 kb长度) | 合成生物学 | NA | 长读长与短读长下一代测序(NGS) | 机器学习模型 | 测序数据 | 单次实验可测量超过10^5种基因回路设计 | NA | 人类细胞 | 基因回路(包含多种遗传元件组合) | 工业生物技术 |
| 522 | 2026-02-08 |
Advances in promoter engineering strategies for enhanced recombinant protein expression in plants
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1747353
PMID:41635682
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综述 | 本文综述了针对植物系统、旨在增强重组蛋白表达的启动子工程策略的最新进展 | 重点介绍了利用CRISPR转录控制、高通量筛选和机器学习辅助启动子设计等新兴合成生物学工具,创建适用于复杂多基因表达的可调、正交启动子 | NA | 推进植物分子农业,扩展植物作为高价值重组蛋白多功能生物工厂的作用 | 用于植物系统的启动子(天然、合成、杂交、诱导型和组织特异性启动子) | 合成生物学 | NA | CRISPR转录控制,高通量筛选,机器学习辅助启动子设计 | NA | NA | NA | CRISPR | 植物,植物细胞培养物 | NA | 医药,工业生物技术,农业 |
| 523 | 2026-02-08 |
Engineered probiotics for inflammatory bowel disease therapy: mechanisms, delivery strategies, and precision medicine
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1696524
PMID:41640410
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综述 | 本文综述了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的应用,包括其作用机制、递送策略和精准医学前景 | 聚焦于工程化益生菌的设计,以克服传统益生菌在胃肠道环境中的存活、定植和靶向性不足等限制,并探讨了基于个体肠道微生物组谱的个性化干预 | 工程化益生菌在长期安全性、稳定性以及治疗反应准确预测方面仍面临关键挑战 | 探索工程化益生菌作为炎症性肠病治疗的新型替代方案 | 炎症性肠病,包括溃疡性结肠炎和克罗恩病 | NA | 炎症性肠病 | 基因工程、合成生物学、先进封装技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | NA | 医学 |
| 524 | 2026-02-07 |
Engineering strategies for microbial synthesis, customized modification, and application of hemoglobin
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108752
PMID:41242508
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综述 | 本文综述了血红蛋白的微生物合成、定制化功能修饰及其在多个领域的应用策略与前景 | 重点探讨了利用人工智能算法定制血红蛋白功能修饰,并整合帕累托最优与迭代生物工程框架、深度学习及合成生物学等先进技术以克服应用挑战 | NA | 探讨血红蛋白的微生物合成、功能优化及多领域应用所面临的关键挑战与解决方案 | 血红蛋白 | 合成生物学 | NA | 微生物合成、人工智能算法、深度学习、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 医学, 生物技术, 农业, 食品, 工业生物技术 |
| 525 | 2026-02-07 |
Biosynthesis of high-value chorismate derivatives in Escherichia coli: Recent advances and perspectives
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108762
PMID:41274425
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综述 | 本文综述了利用代谢工程和合成生物学策略在大肠杆菌中生物合成高价值分支酸衍生物的最新进展与前景 | 系统总结了大肠杆菌作为微生物平台生产分支酸衍生物的代谢工程与合成生物学最新策略,并讨论了工业化规模生产的挑战与机遇 | NA | 实现分支酸衍生物的绿色高效生物合成,替代传统植物提取和化学合成方法 | 分支酸衍生物(芳香族化合物) | 合成生物学 | NA | 系统代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 分支酸生物合成途径 | 医药、化妆品、特种化学品 |
| 526 | 2026-02-07 |
Optogenetic tools for optimizing key signalling nodes in synthetic biology
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108770
PMID:41317977
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综述 | 本文综述了光遗传学工具在合成生物学中优化关键信号节点的应用,包括微生物代谢、植物科学和疾病治疗等领域 | 将光遗传学工具分为五类,基于不同应用场景,提供时空调控酶活性或基因表达的新策略,超越传统化学诱导方法 | NA | 探讨光遗传学工具在合成生物学中调控关键信号节点的潜力,以促进基础研究和生物产业发展 | 光遗传学工具及其在微生物、植物和动物系统中的调控应用 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | 光遗传学工具 | 微生物, 植物, 动物 | 光诱导基因表达调度、光触发液-液相分离模块、光诱导亚细胞定位光感受器、光调控酶、光门控离子通道和泵 | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 527 | 2026-02-07 |
Engineering lignin pathway, plant cell wall modification, and genome editing for advanced renewable bioenergy and material applications
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108772
PMID:41325824
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综述 | 本文综述了木质素生物合成、调控与工程化研究的最新进展,重点关注其在可再生生物能源和可持续生物材料应用中的潜力 | 整合了CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢重布线等新兴工具,并提出了结合多组学、单细胞技术、机器学习和田间验证的未来研究方向 | 从实验室到田间的转化应用仍然有限,且存在单木质醇运输、代谢通量控制和物种特异性调控差异等未解决的挑战 | 通过工程化木质素途径和植物细胞壁修饰,开发先进的生物能源和生物材料,推动循环生物经济发展 | 木质素生物合成途径、植物细胞壁、相关遗传与代谢网络 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢工程、多组学分析、单细胞技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成启动子 | 植物 | 木质素生物合成途径工程、代谢重布线 | 能源, 材料, 医药, 环境 |
| 528 | 2026-02-07 |
Geminivirus vectors: From gene silencing to synthetic biology
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108771
PMID:41325825
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综述 | 本文综述了双生病毒作为载体在基因沉默和合成生物学中的应用,包括其基因组结构、复制蛋白功能、历史应用及未来展望 | 强调双生病毒载体在病毒诱导基因沉默(VIGS)和合成生物学中的突出作用,如通过自主复制促进高水平蛋白表达和增强CRISPR/Cas基因组编辑效率,并展望其跨王国应用潜力 | NA | 探讨双生病毒载体在植物基因工程、作物改良和生物制造中的实用创新 | 双生病毒(双生病毒科植物DNA病毒)及其衍生的功能复制子(GVRs) | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默(VIGS)、CRISPR/Cas基因组编辑、基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 植物 | 双生病毒复制子(GVRs)作为类质粒DNA,支持植物合成生物学中的多样化设计,包括组织特异性启动子和基因表达增强序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 529 | 2026-02-07 |
Building an expanded bio-based economy through synthetic biology
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108775
PMID:41360191
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综述 | 本文探讨了合成生物学在扩展生物基经济中的作用,包括资源利用、底盘生物开发以及相关技术挑战与机遇 | 系统性地提出了构建未来生物基经济的综合框架,整合了微生物与植物合成生物学的协同发展路径 | NA | 探讨如何通过合成生物学技术推动生物基经济的扩展与发展 | 生物基经济的资源、底盘生物及合成生物学技术 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 530 | 2026-02-07 |
Synthetic biology strategies for engineering probiotics and commensal bacteria for diagnostics and therapeutics
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108782
PMID:41421426
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具和策略改造益生菌和共生细菌,用于人类疾病诊断和治疗的最新进展 | 系统总结了合成遗传回路如何显著提高疾病诊断和治疗的精确性与可靠性,实现实时监测、治疗甚至预防性干预 | NA | 开发用于人类疾病诊断和治疗的工程化益生菌和共生细菌 | 益生菌和共生细菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 益生菌, 共生细菌 | 生物传感器, 逻辑门, 振荡器, 切换开关 | 医学 |
| 531 | 2026-02-07 |
Geometric deep learning assists protein engineering. Opportunities and Challenges
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108790
PMID:41456696
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综述 | 本文全面评述了几何深度学习在蛋白质工程中的应用、机遇与挑战 | 系统整合了GDL在蛋白质工程中的方法论原理、架构多样性和性能趋势,强调了其在增强可解释性和泛化能力方面的作用,并提出了将可解释AI与结构验证结合的统一框架 | NA | 探讨几何深度学习如何变革蛋白质工程的计算设计流程 | 蛋白质工程中的稳定性预测、功能注释、分子相互作用建模及从头设计 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | 几何深度学习模型 | 非欧几里得域数据(空间、拓扑、物理化学特征) | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 532 | 2026-02-07 |
A review on squalene production by engineered yeasts: Current advances and perspectives
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108792
PMID:41475586
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综述 | 本文综述了工程酵母生产角鲨烯的当前进展与前景,包括生物合成途径、代谢策略、基因工程工具及新兴酵母潜力 | 首次系统总结工程酵母生产角鲨烯的综合策略,涵盖代谢工程、先进遗传工具和新兴酵母宿主 | NA | 探索通过合成生物学策略利用工程酵母生产角鲨烯的替代方法 | 工程酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 角鲨烯生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 533 | 2026-02-07 |
Spatial engineering for biocatalytic cascade control through biomolecular compartmentalization
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108786
PMID:41475588
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综述 | 本文系统评估了通过生物分子区室化实现生物催化级联控制的空间工程平台,包括支架化区室和无支架组装体 | 提出了一个理解不同空间控制原则的框架,用于调控途径效率和通量再分配,并展望了多功能空间组织工具和仿生平台的未来发展 | 当前在机制阐明、动态调控和跨系统兼容性方面存在局限性 | 探讨空间工程在生物催化过程控制中的应用,以优化代谢通量和途径效率 | 支架化区室(如脂质体、DNA折纸、聚合物囊泡和细菌微区室)和无支架组装体(如无膜细胞器和凝聚层) | 合成生物学 | NA | 生物分子区室化、空间工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、细胞工程 |
| 534 | 2026-02-07 |
Vanadium-dependent haloperoxidases: Recent advances and perspectives
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108797
PMID:41506498
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综述 | 本文综述了钒依赖性卤过氧化物酶(VHPOs)的最新进展与前景,涵盖其发现、结构功能、机制阐明及合成应用 | 挑战了长期存在的可扩散HOX模型,并实现了理性酶工程,推动选择性卤化和可持续合成 | NA | 综述VHPOs在合成化学和生物技术领域的最新研究进展与未来应用潜力 | 钒依赖性卤过氧化物酶(VHPOs) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 材料科学, 环境生物技术 |
| 535 | 2026-02-07 |
Bioremediation of ether PFAS alternatives: A structure-reactivity-partitioning framework for hybrid treatment design
2026-Feb-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2026.181367
PMID:41570765
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综述 | 本文综述了醚类PFAS替代物的生物修复研究,提出了一个结合结构-反应性-分配性的混合处理设计框架 | 提出了一个结合分子结构、反应活性和分配特性的框架,用于指导混合处理设计,并明确了α-C-H/α-CHF或CCl“手柄”促进转化、全氟化和空间屏蔽导致持久性的结构-反应性规则 | NA | 评估醚类PFAS替代物的生物修复潜力,并提出混合处理策略以提高其矿化效率 | 醚类PFAS替代物,如HFPO-DA (GenX)、ADONA和氯化PFESAs (F-53B) | 环境科学 | NA | 生物修复、物理化学预活化(UV/亚硫酸盐、电芬顿、等离子体、维生素B12/硫化物还原) | NA | NA | NA | 合成生物学 | 工程微生物、转基因植物 | 表达加氧酶、脱卤酶或氟化物输出模块的工程微生物,以及携带氧化酶的转基因植物 | 环境 |
| 536 | 2026-02-07 |
Natural pigments: recent advances and challenges in production and application
2026-Feb-05, Preparative biochemistry & biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1080/10826068.2026.2625199
PMID:41641740
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综述 | 本文全面综述了源自植物、动物和微生物的天然色素,重点关注可持续提取技术和代谢工程、CRISPR/Cas9及合成生物学等生物技术创新 | 系统比较了不同生物来源色素的优缺点,并评估了其在食品、制药、营养保健品和生物医学领域不断扩展的应用,同时提出了规模化生产的关键挑战和未来研究方向 | NA | 提供天然色素的全面且批判性综述,重点关注可持续提取技术和生物技术创新,以促进从实验室发现向工业应用的转化 | 源自植物、动物和微生物的天然色素 | NA | NA | 代谢工程、组学技术、CRISPR/Cas9基因组编辑、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 食品, 化妆品, 制药, 纺织品, 营养保健品, 生物医学 |
| 537 | 2026-02-07 |
Lipid composition effects on the number and size of liposomes formed by the inverted emulsion method
2026-Feb-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.12.013
PMID:41383017
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研究论文 | 本研究系统探究了磷脂组成对倒置乳化法制备脂质体的产量和尺寸分布的影响 | 首次系统揭示了带电磷脂替换可显著提高脂质体产量约10倍,并阐明了亲水头基大小在不同沉降方法中对脂质体形成的影响差异 | 研究主要基于鸡蛋卵磷脂体系,未涵盖所有可能的脂质组合;离心法的强外力可能掩盖某些脂质的本征效应 | 探究脂质组成对倒置乳化法制备脂质体产量与尺寸的影响规律 | 以鸡蛋卵磷脂为基质的脂质体 | 合成生物学 | NA | 倒置乳化法 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学/最小细胞模型构建 |
| 538 | 2026-02-07 |
A modular synthetic biology toolkit unlocks metabolic engineering of the industrially relevant alga Nannochloropsis
2026-Feb-03, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-026-00096-w
PMID:41632226
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研究论文 | 本文开发了一个针对工业相关微藻Nannochloropsis的模块化合成生物学工具包,用于解锁其代谢工程潜力 | 首次为Nannochloropsis开发了一个基于Golden Gate组装和标准语法的全面模块化克隆工具包,包含91个遗传部件,并成功应用于酮类胡萝卜素生物合成途径的工程化 | NA | 开发一个标准化和模块化的遗传工具包,以促进Nannochloropsis在合成生物学中的广泛应用 | 工业相关海洋微藻Nannochloropsis | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, Modular Cloning (MoClo) | Nannochloropsis | 酮类胡萝卜素生物合成途径 | 工业生物技术, 能源, 环境 |
| 539 | 2026-02-07 |
Engineered probiotics platform for oral delivery of antibody as a high-compliance alternative for immune-mediated inflammatory diseases
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102523
PMID:41421354
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研究论文 | 本研究开发了一种名为AIDEN的工程化益生菌平台,用于口服递送治疗性抗体,以改善免疫介导炎症性疾病的治疗依从性 | 首次构建了能够口服递送单链可变片段抗体的工程化益生菌平台,实现了肠道稳定定植和原位抗体持续生产 | 研究仅在鼠类模型中进行,尚未进行人体临床试验;系统IL-17A水平仅中度降低 | 开发一种高依从性的口服抗体递送平台,用于治疗免疫介导炎症性疾病 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917(EcN)益生菌平台及其分泌抗IL-17A单链可变片段的变体AIDEN-IL17 | 合成生物学 | 银屑病,炎症性肠病 | 合成生物学技术 | NA | NA | 鼠类模型 | 合成生物学 | 大肠杆菌Nissle 1917(EcN) | 抗体分泌系统,可模块化适配多种抗体治疗 | 医学 |
| 540 | 2026-02-07 |
Electron transfer engineering of artificially designed cell factory for complete biosynthesis of steroids
2025-Apr-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58926-9
PMID:40258825
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研究论文 | 本研究通过阐明NADPH依赖酶的电子转移机制,系统性地工程化酿酒酵母的电子转移过程,以高效生产胆固醇和孕烯醇酮 | 首次系统性地工程化电子转移链,包括DHCR7和P450酶的电子转移残基、电子转移组件以及NADPH再生途径,显著缩短并稳定电子转移链 | NA | 提高类固醇的生物合成效率 | 酿酒酵母细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 电子转移工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 酿酒酵母 | 代谢途径工程,包括电子转移链和NADPH再生途径 | 医药,工业生物技术 |