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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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41 | 2025-03-30 |
Engineering Useful Microbial Species for Pharmaceutical Applications
2025-Mar-05, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13030599
PMID:40142492
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综述 | 本文综述了微生物工程在制药生物技术中的最新进展,包括基因工程、合成生物学和自适应进化在优化微生物菌株中的应用 | 整合了CRISPR-Cas系统、合成生物学方法以及AI和ML技术来优化微生物工程,加速新药开发 | 代谢途径的高效优化、可持续的工业规模生产以及满足国际监管要求仍是关键挑战 | 探讨微生物工程在制药领域的应用及其技术进展 | 微生物菌株及其在制药中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、合成生物学、AI和ML | NA | NA | NA |
42 | 2025-03-30 |
Where Biology Meets Engineering: Scaling Up Microbial Nutraceuticals to Bridge Nutrition, Therapeutics, and Global Impact
2025-Mar-02, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13030566
PMID:40142459
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综述 | 本文探讨了微生物平台在营养保健品生产中的变革性作用,强调了先进的发酵技术、合成生物学和代谢工程 | 微生物生物技术作为一种可持续替代方案,利用微生物细胞作为生物工厂,高效合成生物活性化合物 | 优化微生物菌株、确保产品质量和规模化生产仍面临挑战 | 探讨微生物平台在营养保健品生产中的应用及其全球健康影响 | 微生物细胞及其合成的生物活性化合物 | 生物技术 | 肥胖、糖尿病、心血管疾病、癌症 | CRISPR/Cas9基因组编辑、适应性进化、生物反应器创新 | NA | NA | NA |
43 | 2025-03-30 |
Alien Chromosome Serves as a Novel Platform for Multiple Gene Expression in Kluyveromyces marxianus
2025-Feb-25, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13030509
PMID:40142402
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研究论文 | 本研究探索了利用外来染色体R1作为克鲁维酵母中多基因稳定整合和表达的新平台 | 首次利用外来染色体R1作为多基因表达的稳定平台,并展示了其在代谢工程和合成生物学中的应用潜力 | 目前对克鲁维酵母中调控元件和插入位点的了解有限 | 开发克鲁维酵母中多基因稳定表达的新方法 | 克鲁维酵母KS-R1菌株及其外来染色体R1 | 合成生物学 | NA | 基因删除、基因替换、异源基因表达 | NA | 基因表达数据 | 多个克鲁维酵母菌株及其基因改造变体 |
44 | 2025-03-30 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01677-3
PMID:38977789
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research paper | 该研究利用邻近触发的蛋白质反式剪接技术,实现了从预制部件中时间分辨合成目标蛋白质,并应用于多种蛋白质的研究 | 开发了一种模块化的蛋白质反式剪接技术,能够时间分辨地合成目标蛋白质,并区分起始材料和产物的细胞定位和/或活性状态 | NA | 开发合成生物学工具以操纵细胞状态,并研究蛋白质的翻译后调控 | 多种蛋白质,包括激酶癌融合蛋白BCR-ABL和DNAJ-PKAc | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发的蛋白质反式剪接技术 | NA | 蛋白质合成数据 | NA |
45 | 2025-03-30 |
Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01628-y
PMID:38783133
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研究论文 | 该研究展示了细胞外电子传递(EET)如何作为活细胞代谢与合成材料特性之间的可调桥梁,用于调控活体材料的转录 | 利用EET作为桥梁,通过遗传电路设计调控活体材料的机械性能,实现了对材料特性的程序化控制 | NA | 探索活体材料中遗传和代谢编程对材料特性的控制 | Shewanella oneidensis菌株和合成聚合物网络 | 合成生物学 | NA | 细胞外电子传递(EET) | 布尔逻辑门 | NA | NA |
46 | 2025-03-30 |
Towards the computational design of protein post-translational regulation
2015-Jun-15, Bioorganic & medicinal chemistry
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.bmc.2015.04.056
PMID:25956846
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综述 | 本文综述了蛋白质翻译后修饰(PTMs)在调控蛋白质功能方面的作用及其计算方法设计的最新进展 | 探讨了利用PTMs进行蛋白质功能调控的理性设计,为合成生物学提供了一个尚未充分探索的调控层面 | NA | 推动合成生物学的发展,通过探索PTMs在蛋白质功能调控中的应用 | 蛋白质翻译后修饰(PTMs)及其在蛋白质功能调控中的作用 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学 | NA | NA | NA |
47 | 2025-03-29 |
Expression of Fluorescence Reporters and Natural Products in Native Gut Escherichia coli
2025-Mar-26, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00835
PMID:40138712
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research paper | 该研究利用CRAGE技术对肠道原生大肠杆菌EcAZ-1和益生菌EcN进行基因工程改造,成功表达了多种异源基因并优化了荧光蛋白的表达条件,同时实现了生物活性化合物的生物合成 | 首次在原生肠道大肠杆菌中应用CRAGE技术进行基因工程改造,并成功表达多种荧光报告基因和生物活性化合物 | 仅测试了两种大肠杆菌菌株,可能无法代表所有肠道菌株的特性 | 探索原生肠道大肠杆菌作为合成生物学平台的潜力 | 肠道原生大肠杆菌EcAZ-1和益生菌EcN | 合成生物学 | NA | CRAGE技术 | NA | 基因表达数据 | 两种大肠杆菌菌株(EcAZ-1和EcN) |
48 | 2025-03-29 |
Integrated metabolome and transcriptome analyses revealed key cytochrome P450 genes involved in the biosynthesis of oleanane-type saponins in Hedera helix L
2025-Mar-21, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109818
PMID:40147328
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研究论文 | 本研究通过整合代谢组和转录组分析,揭示了常春藤中参与齐墩果烷型皂苷生物合成的关键细胞色素P450基因 | 鉴定了6个CYP450候选基因,并验证了它们在齐墩果烷型三萜皂苷生物合成中的关键作用,特别是HhCYP716A409和HhCYP716S11在β-香树脂醇C-28位氧化中的作用,以及HhCYP72D57、HhCYP72A1140和HhCYP72A1141在齐墩果酸C-23位羟基化中的作用 | 研究仍处于初步阶段,对CYP450基因在五环三萜骨架修饰阶段的功能表征尚不深入 | 探究常春藤中齐墩果烷型皂苷生物合成的分子机制 | 常春藤(Hedera helix L)及其代谢产物 | 植物代谢工程 | NA | 转录组分析、代谢组分析、RT-qPCR、体外和体内验证 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | NA |
49 | 2025-03-29 |
Last Decade Insights in Exploiting Marine Microorganisms as Sources of New Bioactive Natural Products
2025-Mar-07, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23030116
PMID:40137302
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综述 | 回顾了过去十年在利用海洋微生物作为新型生物活性天然产物来源方面的主要进展 | 强调了基因组学、代谢组学和生物信息学技术创新在发现和表征海洋微生物生物活性化合物中的作用 | 未具体提及研究中存在的具体限制或挑战 | 探索海洋微生物作为新型生物活性天然产物的来源及其潜在应用 | 海洋细菌、真菌和微藻 | 生物技术 | NA | 基因组学、代谢组学、生物信息学、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA |
50 | 2025-03-29 |
Advancements in Escherichia coli secretion systems for enhanced recombinant protein production
2025-Mar-03, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04302-0
PMID:40025370
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综述 | 本文综述了大肠杆菌分泌系统在增强重组蛋白生产方面的进展 | 探讨了天然和工程化的大肠杆菌分泌系统,以及通过基因工程、诱变和合成生物学方法提高蛋白产量、折叠和分泌效率的最新进展 | 大肠杆菌的细胞能力有限,蛋白聚集问题仍未完全解决 | 提高重组蛋白的产量和分泌效率 | 大肠杆菌及其分泌系统 | 微生物学 | NA | 基因工程、诱变、合成生物学 | NA | NA | NA |
51 | 2025-03-29 |
Triblock Proteins with Weakly Dimerizing Terminal Blocks and an Intrinsically Disordered Region for Rational Design of Condensate Properties
2024-03, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202306817
PMID:37964343
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research paper | 该研究通过蛋白质工程构建了一种具有可变末端块和三段式结构的蛋白质,用于理性设计冷凝物的性质 | 利用弱二聚化末端块和内在无序区域的可调性,实现了冷凝物形成的可预测和理性设计 | 物理性质(如扩散速率)与二聚化强度无直接相关性,需进一步研究 | 研究冷凝物形成的理性设计及其在生物合成材料、合成生物学等领域的应用 | 具有可变末端块和三段式结构的蛋白质 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | 一组适合作为末端块的蛋白质 |
52 | 2025-03-28 |
Extracellular Bacterial Production of DNA Hydrogels-Toward Engineered Living Materials
2025-Mar-27, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202502199
PMID:40143682
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研究论文 | 该研究首次利用外电细菌Shewanella oneidensis生产DNA水凝胶,为工程化活材料(ELMs)的开发奠定了基础 | 首次在活细菌环境中开发DNA水凝胶,并利用SpyCatcher/SpyTag技术实现外源聚合酶的细胞表面锚定 | 研究仅使用了Shewanella oneidensis一种细菌,未探索其他微生物系统的适用性 | 开发具有导电性和代谢活性的动态生物混合材料系统 | 外电细菌Shewanella oneidensis和DNA水凝胶 | 合成生物学 | NA | SpyCatcher/SpyTag技术 | NA | NA | NA |
53 | 2025-03-28 |
Orthogonal Host-Guest Interactions Enable Programming of Protocell Membranes for Cellular High-Order Assembly and Enhanced Immunogenicity
2025-Mar-26, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c20476
PMID:40067075
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研究论文 | 本文提出了一种通过正交主客体相互作用编程原生细胞膜的方法,用于细胞高阶组装和增强免疫原性 | 利用β-环糊精(β-CD)作为宿主实体,通过主客体相互作用在微囊膜上对接功能分子,实现了细胞样膜表面的可编程性 | 未提及该方法在大规模生产中的可行性和成本效益 | 开发一种可编程的治疗性原生细胞平台,模拟真实的细胞间相互作用 | 多糖基微囊(P-somes)和巨噬细胞 | 合成生物学与生物工程 | NA | 主客体相互作用 | NA | NA | NA |
54 | 2025-03-28 |
Metabolite-Responsive Control of Transcription by Phase Separation-Based Synthetic Organelles
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00633
PMID:39954260
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研究论文 | 该研究通过基于液-液相分离的合成细胞器,将代谢信号转化为基因转录调控 | 利用液-液相分离技术构建合成细胞器,实现代谢信号对基因转录的可逆调控 | 目前仅验证了丙酮酸代谢信号的特异性响应,未测试其他代谢物的广泛适用性 | 开发具有生命体感知和适应能力的合成生物材料 | 基于PdhR阻遏蛋白的合成细胞器系统 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离技术 | NA | 生物分子相互作用数据 | NA |
55 | 2025-03-28 |
CnRed: Efficient, Marker-free Genome Engineering of Cupriavidus necator H16 by Adapted Lambda Red Recombineering
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00757
PMID:39989320
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研究论文 | 本研究建立了一种适用于Cupriavidus necator H16的lambda Red重组系统,结合电穿孔技术,实现了高效快速的基因删除和稳定基因组整合 | 首次在线性PCR产物上应用lambda Red重组系统,并开发了高效的标记回收方法 | 研究仅验证了三个基因组位点的修改,未进行大规模应用测试 | 开发高效的基因组编辑方法以优化Cupriavidus necator H16的生产菌株 | Cupriavidus necator H16细菌 | 合成生物学 | NA | lambda Red重组系统、电穿孔技术、Cre/loxP系统 | NA | 基因组数据 | 三个不同的基因组位点 |
56 | 2025-03-28 |
Engineering a New Generation of Gene Editors: Integrating Synthetic Biology and AI Innovations
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00686
PMID:39999982
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研究论文 | 本文探讨了如何通过合成生物学和人工智能创新来开发新一代基因编辑器 | 整合AI和机器学习技术优化基因编辑酶的发现与设计,提高活性、特异性和降低免疫原性 | 未提及具体实验验证数据或临床转化时间表 | 开发更安全高效的基因组编辑工具以促进临床转化 | CRISPR-Cas基因编辑系统及其衍生工具 | 合成生物学 | NA | AI/ML模型预测、定向进化 | 机器学习模型(未指定具体架构) | 生物分子数据 | NA |
57 | 2025-03-28 |
Potential and Optimization of Mammalian Splice Riboswitches for the Regulation of Exon Skipping-Dependent Gene Expression and Isoform Switching within the ALOX5 Gene
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00731
PMID:40011207
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研究论文 | 本研究探讨了合成核糖开关在哺乳动物细胞中通过控制选择性剪接来调节基因表达的潜力,特别是在ALOX5基因中外显子跳跃和异构体转换的应用 | 提出了一种新型核糖开关控制剪接的概念,能够将5-LO野生型转换为缺乏外显子13的异构体(5-LOΔ13),并通过基因特异性内含子和外显子序列的上下文适应提高了调控的动态范围 | 合成核糖开关在真核系统中控制基因表达的功能通常限于特定基因或细胞类型,且非适应性构建体的引入可能导致基因开关功能的意外结果 | 探索合成核糖开关在哺乳动物细胞中通过选择性剪接调控基因表达的潜力及其优化策略 | ALOX5基因和HEK293细胞 | 合成生物学 | NA | 选择性剪接调控 | NA | 基因表达数据 | NA |
58 | 2025-03-28 |
Outlook on Synthetic Biology-Driven Hydrogen Production: Lessons from Algal Photosynthesis Applied to Cyanobacteria
2025-Mar-20, Energy & fuels : an American Chemical Society journal
IF:5.2Q1
DOI:10.1021/acs.energyfuels.4c04772
PMID:40134520
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综述 | 本文探讨了合成生物学驱动的氢生产前景,借鉴了藻类光合作用的经验应用于蓝藻 | 利用合成生物学技术精确调控PSII活性,避免传统营养剥夺方法的副作用,优化氢生产效率 | NA | 开发可持续的清洁能源生产方法,推动碳中和未来 | 蓝藻(特别是PCC 6803菌株) | 合成生物学 | NA | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA |
59 | 2025-03-28 |
Prevention of ribozyme catalysis through cDNA synthesis enables accurate RT-qPCR measurements of context-dependent ribozyme activity
2025-Mar-06, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080243.124
PMID:40050070
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研究论文 | 本文开发并验证了一种RT-qPCR方法,用于测量依赖于环境的核酶活性,通过引入寡核苷酸抑制核酶活性来提高测量的准确性 | 提出了一种新的RT-qPCR方法,通过抑制核酶活性来准确测量依赖于环境的核酶活性 | 该方法在RNA提取和反转录过程中可能诱导核酶切割,导致活性测量不准确 | 验证新的核酶序列和基于核酶的生物技术 | 自切割核酶 | 合成生物学 | NA | RT-qPCR | NA | RNA | 一组已知在体外具有环境依赖性切割的自切割RNA |
60 | 2025-03-27 |
Introduction: Synthetic Biology
2025-Mar-26, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.5c00158
PMID:40134283
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |