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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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581 | 2025-01-25 |
Towards microbial consortia in fermented foods for metabolic engineering and synthetic biology
2025-Feb, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.115677
PMID:39849795
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综述 | 本文综述了发酵食品中微生物群落的相互作用机制及其功能,并探讨了结合新型发酵剂与本地微生物群落开发功能性发酵食品的前景 | 本文不仅回顾了发酵食品中微生物相互作用的现有机制,还提出了结合新型发酵剂与本地微生物群落开发功能性发酵食品的新视角 | 文章主要基于现有文献进行综述,缺乏具体的实验数据支持 | 探讨发酵食品中微生物群落的相互作用及其在代谢工程和合成生物学中的应用 | 发酵食品中的微生物群落 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
582 | 2025-01-25 |
Endosymbionts as hidden players in tripartite pathosystem of interactions and potential candidates for sustainable viral disease management
2025-Jan-23, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2449403
PMID:39848650
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综述 | 本文探讨了植物、病毒和携带细菌内共生体的节肢动物媒介之间复杂的关系,以及内共生体在植物病毒疾病传播中的关键作用 | 提出了通过基因改造、生物技术进步和RNA干扰等技术靶向特定内共生体,以控制病毒传播和疾病进展的创新方法 | 文章未明确提及具体的研究限制 | 研究目的是开发可持续的植物疾病管理策略,特别是通过调控植物-病毒-媒介相互作用 | 研究对象包括植物、病毒、节肢动物媒介及其内共生体 | 植物病理学 | 植物病毒病 | 基因改造、CRISPR/Cas9、RNA干扰、合成生物学 | NA | NA | NA |
583 | 2025-01-25 |
Long oligos: direct chemical synthesis of genes with up to 1728 nucleotides
2025-Jan-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc06958g
PMID:39759933
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研究论文 | 本文报道了在自动化合成仪上直接合成长达800个核苷酸的绿色荧光蛋白基因和1728个核苷酸的29 DNA聚合酶基因的方法 | 通过在平滑表面而非传统多孔支持物上进行合成,以及使用捕获聚合(CBP)方法从复杂混合物中分离全长寡核苷酸,实现了长寡核苷酸直接化学合成的突破 | NA | 开发一种能够直接化学合成超长寡核苷酸的方法,以应用于合成生物学、基因编辑和蛋白质工程等领域 | 绿色荧光蛋白基因和29 DNA聚合酶基因 | 合成生物学 | NA | 直接化学合成 | NA | NA | NA |
584 | 2025-01-25 |
Development of a Komagataella phaffii cell factory for sustainable production of ( +)-valencene
2025-Jan-21, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02649-5
PMID:39838465
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研究论文 | 本研究开发了一种利用Komagataella phaffii细胞工厂可持续生产(+)-valencene的方法 | 首次在Komagataella phaffii中引入(+)-valencene合成酶,并通过CRISPR/Cas9系统成功构建了(+)-valencene生产菌株,产量提高了82倍 | 研究主要局限于实验室水平的摇瓶培养,未涉及大规模工业化生产 | 开发一种可持续生产(+)-valencene的微生物细胞工厂 | Komagataella phaffii细胞工厂 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9系统 | NA | NA | NA |
585 | 2025-01-25 |
Synthetic Cell Lines for Inducible Packaging of Influenza A Virus
2024-02-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00526
PMID:38259154
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研究论文 | 本文通过系统设计和合成生物学方法,设计了可诱导生产除血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)外所有病毒成分的细胞系,用于生产甲型流感病毒(IAV) | 首次展示了创建用于生产细胞病变性负链RNA病毒的包装细胞系的可能性,并提供了制造病毒疫苗的新方法 | 病毒RNA合成效率低以及宿主对病毒感染反应的基因表达上调可能是限制因素 | 开发一种新的方法来生产甲型流感病毒疫苗 | 甲型流感病毒(IAV) | 合成生物学 | 流感 | RNA-Seq转录组分析 | NA | RNA序列数据 | NA |
586 | 2025-01-25 |
A Comprehensive Review of the Diversity of Fungal Secondary Metabolites and Their Emerging Applications in Healthcare and Environment
2024, Mycobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.1080/12298093.2024.2416736
PMID:39845176
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综述 | 本文全面分析了真菌次级代谢产物的多样性及其在医疗保健、农业、环境可持续性和营养品中的新兴应用 | 综述了基因工程、代谢途径操作和合成生物学的最新进展,以提高次级代谢产物的产量,并强调了组学技术在理解次级代谢产物调控和生物合成中的重要性 | NA | 探讨真菌次级代谢产物的多样性及其在医疗保健、农业和环境可持续性中的应用 | 真菌及其次级代谢产物 | 生物技术 | NA | 基因工程、代谢途径操作、合成生物学、组学技术 | NA | NA | NA |
587 | 2025-01-25 |
Bacterial carrier-mediated drug delivery systems: a promising strategy in cancer therapy
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1526612
PMID:39845371
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综述 | 本文总结了细菌载体在抗癌药物递送中的应用及其优缺点,并强调了细菌载体递送系统在临床转化中的潜力 | 细菌载体递送系统利用细菌的趋化性和抗肿瘤免疫反应激活能力,结合纳米医学和合成生物学技术,为克服传统癌症治疗方案的局限性提供了新的策略 | 细菌载体递送系统在临床应用中仍面临安全性、稳定性和规模化生产等挑战 | 探索细菌载体递送系统在癌症治疗中的应用潜力 | 细菌载体递送的抗癌药物 | 生物医学工程 | 癌症 | 纳米医学、合成生物学 | NA | NA | NA |
588 | 2025-01-25 |
RecJ 5' Exonuclease Digestion of Oligonucleotide Failure Strands: A "Green" Method of Trityl-On Purification
2017-05-09, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.7b00010
PMID:28459543
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研究论文 | 本文介绍了一种使用RecJ 5'核酸酶纯化寡核苷酸失败链的绿色方法,旨在解决合成生物学中基因组装后错误过滤和校正的瓶颈问题 | 利用RecJ酶特异性消化未封闭的失败链,结合单链DNA结合蛋白(SSBP)增强RecJ的加工性,提供了一种简单、低成本且环保的寡核苷酸纯化方法 | 该方法在实验室环境下的应用效果尚未在大规模生产中验证,且对特定实验条件(如温度、酶量)有较高要求 | 开发一种高效、低成本且环保的寡核苷酸纯化方法,以替代现有的昂贵且劳动密集型技术 | 寡核苷酸失败链 | 合成生物学 | NA | RecJ 5'核酸酶消化 | NA | NA | 53 pmol的5'羟基化单链DNA |
589 | 2025-01-24 |
Machine Learning Recognition of Artificial DNA Sequence with Quantum Tunneling Nanogap Junction
2025-Jan-23, The journal of physical chemistry. B
DOI:10.1021/acs.jpcb.4c06270
PMID:39788925
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研究论文 | 本文研究了利用量子隧穿传输和机器学习技术对八种人工合成的DNA碱基进行电学识别 | 通过将人工合成的DNA碱基嵌入固态纳米间隙结中,结合机器学习模型,实现了高达100%的DNA碱基预测准确率和99.80%的传输读数准确率 | 研究仅限于人工合成的DNA碱基,未涉及天然DNA或其他生物分子 | 探索人工合成DNA碱基的电学识别方法,以推动遗传研究、合成生物学和诊断技术的进步 | 八种人工合成的DNA碱基 | 机器学习 | NA | 量子隧穿传输 | 机器学习模型 | 电传输数据 | 八种人工合成的DNA碱基 |
590 | 2025-01-24 |
Exchange, promiscuity, and orthogonality in de novo designed coiled-coil peptide assemblies
2025-Jan-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc06329e
PMID:39720134
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研究论文 | 本文探讨了在设计的卷曲螺旋肽组装体中肽交换的动态特性,并开发了一种荧光报告检测方法 | 开发了一种简便的荧光报告检测方法,用于研究肽交换,并提出了两种设计策略以提高不同寡聚体的正交性 | 研究主要关注肽交换的动态特性,对其他动态特性的探讨较少 | 研究设计的卷曲螺旋肽组装体中的肽交换动态特性 | 卷曲螺旋肽组装体,包括从二聚体到七聚体的不同寡聚体 | 合成生物学 | NA | 荧光报告检测 | NA | 实验数据 | NA |
591 | 2025-01-23 |
Environment signal dependent biocontainment systems for engineered organisms: Leveraging triggered responses and combinatorial systems
2025-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.12.005
PMID:39830078
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综述 | 本文评估了环境信号依赖的生物遏制系统在工程生物中的应用,重点是利用触发响应和组合系统来提高安全性 | 本文创新地探讨了如何利用化学、光、温度和pH等环境信号设计生物遏制系统,并强调组合生物遏制系统的重要性 | 本文主要基于理论分析和案例研究,缺乏实验验证和大规模应用的数据支持 | 评估环境信号依赖的生物遏制系统在工程生物中的应用,以提高生物安全性 | 基因工程生物(GEOs)及其生物遏制系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
592 | 2025-01-23 |
A Rapid and Reversible Molecular "Switch" Regulating Protein Expression in Chlamydomonas reinhardtii
2025-Jan-22, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15360
PMID:39838873
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研究论文 | 本研究利用DD/Shield-1系统在Chlamydomonas reinhardtii中实现了外源基因表达的快速、稳定和可逆调控 | 首次在微藻中应用DD/Shield-1系统,展示了其作为分子开关的潜力,并成功构建了基因编辑蛋白LbCas12a的诱导表达菌株 | 研究中未提及该系统在其他微藻或更广泛生物系统中的适用性 | 开发一种在Chlamydomonas reinhardtii中调控外源基因表达的新方法 | Chlamydomonas reinhardtii | 合成生物学 | NA | DD/Shield-1系统 | NA | NA | NA |
593 | 2025-01-23 |
Metabolic Engineering of Yeast
2025-Jan-21, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
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综述 | 本文综述了酵母代谢工程的最新进展和前景,包括用于生产燃料、化学品、蛋白质和肽的酵母菌株的开发,以及合成生物学工具和数学建模的进展 | 本文强调了合成生物学和代谢模型在加速代谢工程设计-构建-测试-学习周期中的重要作用,展示了酵母菌株在复杂表型开发中的潜力 | 本文主要关注酵母代谢工程,未涉及其他微生物细胞工厂的应用和比较 | 探讨酵母作为工业生物技术平台细胞工厂的代谢工程进展 | 酵母菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具和数学建模 | NA | NA | NA |
594 | 2025-01-23 |
Constructing mechanosensitive signalling pathways de novo in synthetic cells
2025-Jan-21, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20231285
PMID:39838922
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研究论文 | 本文讨论了在合成细胞中从头构建机械敏感信号通路的最新进展 | 将机械敏感通道整合到合成细胞中,创建新的机械敏感信号通路 | NA | 研究机械转导的机制,并开发新的生物技术应用 | 合成细胞和机械敏感信号通路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
595 | 2025-01-23 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
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review | 本文回顾了自1961年Jacob和Monod描述操纵子以来,基于转录因子的生物传感器的发展历程,并探讨了其未来的前景和挑战 | 分析了从1960年代到2000年代的基础研究里程碑以及2000年代以后的工程策略,提供了对未来视角的深入见解 | 尽管取得了许多进展,但仍有许多障碍需要克服,以充分发挥生物传感器技术的潜力 | 回顾和总结基于转录因子的生物传感器的发展历程,并探讨其未来的应用前景 | 基于转录因子的生物传感器 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、高级蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA |
596 | 2025-01-23 |
Fine-Tuning Genetic Circuits via Host Context and RBS Modulation
2025-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00551
PMID:39754601
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研究论文 | 本文通过改变核糖体结合位点组成和宿主环境,探索了遗传开关的设计空间,并展示了如何通过结合这两种调制方法来微调开关特性 | 首次系统地探索了宿主环境和核糖体结合位点调制在遗传开关设计中的联合应用,揭示了宿主环境对性能的显著影响 | 研究仅涉及九种核糖体结合位点组成和三种宿主环境,可能未涵盖所有可能的组合 | 探索遗传开关的设计空间,以优化其性能特性 | 遗传开关的27种变体 | 合成生物学 | NA | 核糖体结合位点调制和宿主环境变化 | NA | 遗传开关输出和宿主生长动态数据 | 27种电路变体 |
597 | 2025-01-23 |
ATP Regeneration from Pyruvate in the PURE System
2025-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00697
PMID:39754602
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研究论文 | 本研究扩展了PURE系统,通过整合基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生系统,实现了从丙酮酸再生ATP | 提出了一种新的ATP再生途径,能够独立或与现有的肌酸基系统结合使用,显著提高了蛋白质合成效率 | 需要高初始浓度的磷酸盐缓冲液(约10 mM),这可能会在某些应用中受到限制 | 工程化PURE系统,以增强其在无细胞合成生物学和合成细胞构建中的应用 | PURE系统及其ATP再生途径 | 合成生物学 | NA | ATP再生系统 | NA | NA | 多个批次的自制PURE系统和商业系统(如PURExpress) |
598 | 2025-01-23 |
Long-Term Protein Synthesis with PURE in a Mesoscale Dialysis System
2025-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00618
PMID:39757539
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研究论文 | 本研究开发了一种易于组装的中尺度透析系统,用于延长PURE无细胞系统中的蛋白质合成反应寿命和提高产量 | 使用易于组装的商业组件构建中尺度透析系统,实现了PURE系统中蛋白质合成的长期稳定性和高产率 | 需要定期更换喂养溶液,且系统依赖于商业组件,可能限制了其广泛应用 | 延长PURE无细胞系统中的蛋白质合成反应寿命和提高产量 | PURE无细胞系统 | 合成生物学 | NA | 透析技术 | NA | NA | NA |
599 | 2025-01-23 |
A parallel bioreactor strategy to rapidly determine growth-coupling relationships for bioproduction: a mevalonate case study
2025-Jan-17, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02599-x
PMID:39825460
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研究论文 | 本文介绍了一种利用平行生物反应器快速绘制特定产物形成速率、特定底物利用速率和特定生长速率之间生长耦合关系的方法,并以甲羟戊酸为例进行了研究 | 使用平行生物反应器快速评估生产力和生长速率与产物收率系数之间的生长耦合关系,并通过基因编辑消除有毒副产物乙酸盐的形成 | 研究中形成的乙酸盐可能会减缓生长并在下游处理中引起问题 | 研究生物制造的经济可行性,特别是通过工程微生物从可再生原料生产化合物 | 甲羟戊酸的生产 | 合成生物学 | NA | 基因编辑 | NA | 实验数据 | 使用大肠杆菌BW25113进行实验 |
600 | 2025-01-23 |
Salmonella-based therapeutic strategies: improving tumor microenvironment and bringing new hope for cancer immunotherapy
2024-Dec-12, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-024-02578-0
PMID:39666238
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综述 | 本文综述了沙门氏菌在癌症免疫治疗中的应用,特别是其在改善肿瘤微环境(TME)方面的潜力 | 沙门氏菌因其广谱抗肿瘤活性、肿瘤靶向能力、免疫调节作用、溶瘤特性、遗传可编程性和工程灵活性,成为癌症免疫治疗中的领先候选者 | 开发更安全、更有效的基于沙门氏菌的癌症免疫疗法仍面临挑战 | 探讨沙门氏菌在调节肿瘤微环境(TME)中的应用,以增强癌症免疫治疗的疗效 | 沙门氏菌及其在癌症免疫治疗中的应用 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | 合成生物学、基因工程 | NA | NA | NA |