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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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721 | 2024-12-13 |
Network for knowledge Organization (NEKO): An AI knowledge mining workflow for synthetic biology research
2025-Jan, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2024.11.006
PMID:39580108
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研究论文 | 介绍了一种名为NEKO的工作流程,利用大型语言模型Qwen从科学文献中提取知识,生成知识图谱并提供全面的文献总结 | NEKO增强了大型语言模型的能力,提供更具体、可操作的知识,并支持灵活的本地部署,使科学基础模型更易于访问 | NA | 开发一种能够从科学文献中提取知识并生成知识图谱的工作流程,以增强大型语言模型的能力 | 科学文献中的知识提取和知识图谱生成 | 机器学习 | NA | 大型语言模型(LLM) | LLM Qwen | 文本 | NA |
722 | 2024-12-13 |
Dynamic processes of fate decision in inducible bistable systems
2024-Dec-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.10.015
PMID:39478343
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研究论文 | 本文研究了诱导型双稳态系统中命运决定的动态过程 | 本文提出了稳态参数决定命运决定景观的观点,并强调了动态过程在命运决定中的重要性 | 本文主要关注理论模型,未涉及实验验证 | 探讨基因调控网络中命运决定的动态过程 | 诱导型双稳态系统中的命运决定过程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
723 | 2024-12-13 |
Multiplex Expression Cassette Assembly: A flexible and versatile method for building complex genetic circuits in conventional vectors
2024-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14454
PMID:39175411
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Multiplex Expression Cassette Assembly (MECA)的方法,用于在常规载体中构建复杂的遗传电路 | MECA方法通过修改与Golden Gate Assembly兼容的载体,使用嵌入连接语法的引物放大功能元件,能够在不需要专用载体和标准化模块库的情况下,通过两轮Golden Gate组装反应构建复杂结构 | NA | 开发一种灵活且通用的方法来构建复杂的遗传电路,以在合成生物学中实现多种功能,并在作物育种中提高生产力和整体性能 | 复杂的遗传电路构建,以及在烟草和番茄中的基因编辑和代谢产物生产 | 合成生物学 | NA | Golden Gate Assembly | NA | NA | 涉及烟草、番茄和Escherichia coli等多种植物和微生物样本 |
724 | 2024-12-13 |
Securing Commercial Nucleic Acid Synthesis
2024-Dec, Rand health quarterly
PMID:39664983
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综述 | 本文综述了商业核酸合成的安全问题,评估了当前的筛查状态,并提出了加强筛查的建议 | 本文提出了加强商业核酸合成筛查的建议,扩展并强化了政府沟通、行业联盟规则和最佳实践 | 本文主要基于现有文献和政策建议,缺乏实证研究 | 评估当前商业基因合成筛查的现状,并提出加强筛查的建议 | 商业核酸合成的安全问题 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA |
725 | 2024-12-13 |
Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae011
PMID:38569653
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综述 | 本文综述了放线菌中调控网络在天然产物发现中的应用 | 提出了基于调控指导的基因组挖掘方法,以激活生物合成基因簇(BGCs)的表达,并优先选择特定BGCs进行表达 | 当前随机筛选生物活性化合物的投资回报率低,且难以预测哪些BGCs应优先考虑 | 探讨如何优先选择和激活放线菌中的生物合成基因簇,以促进天然产物的发现 | 放线菌中的生物合成基因簇及其调控网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
726 | 2024-12-13 |
Expanding the synthetic biology toolbox of Cupriavidus necator for establishing fatty acid production
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae008
PMID:38366943
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研究论文 | 本文开发并优化了Cupriavidus necator的基因表达和基因组工程工具箱,以促进脂肪酸生产 | 验证并表征了一组诱导性和组成性启动子,设计并测试了RBS库,研究了密码子优化对基因表达的影响 | 仍需克服一些障碍,使C. necator广泛用于生物合成过程 | 开发和优化Cupriavidus necator的基因表达和基因组工程工具箱 | Cupriavidus necator中的启动子、RBS和密码子优化 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | 基因表达数据 | 一组诱导性和组成性启动子,一个RBS库,gfp和mCherry基因的密码子优化变体 |
727 | 2024-12-13 |
Using Euf1 transcription factor as a titrator of erythritol-inducible promoters in Yarrowia lipolytica; insight into the structure, splicing, and regulation mechanism
2024-Jan-09, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foae027
PMID:39169472
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研究论文 | 本研究使用Euf1转录因子作为调节因子,探索其在Yarrowia lipolytica中对赤藓糖醇诱导型启动子的调控机制 | 通过使用Euf1转录因子作为启动子调节因子,扩展了合成启动子的可调性,并提出了Euf1调控启动子作用的新机制 | 研究中Euf1的过表达导致启动子的赤藓糖醇诱导特性丧失 | 探索合成生物学中可控调节元件的调控机制 | Euf1转录因子及其在Yarrowia lipolytica中的调控作用 | 合成生物学 | NA | 转录因子调控 | NA | 转录组数据 | NA |
728 | 2024-12-13 |
Metabolic engineering for the production of plant isoquinoline alkaloids
2016-06, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.12494
PMID:26503307
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研究论文 | 本文综述了通过代谢工程提高植物异喹啉生物碱(PIA)生产的研究进展 | 利用系统生物学和合成生物学方法,通过代谢工程和异源微生物培养提高PIA的生产 | 目前对PIA代谢途径的了解有限,限制了生产改进的努力 | 提高植物异喹啉生物碱的生产 | 植物异喹啉生物碱及其代谢途径 | 生物化学 | NA | 下一代测序技术,高通量蛋白质组学和代谢组学分析,生物信息学 | NA | 代谢数据 | NA |
729 | 2024-12-13 |
Transcript profiling of jasmonate-elicited Taxus cells reveals a β-phenylalanine-CoA ligase
2016-Jan, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.12359
PMID:25899320
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研究论文 | 研究通过cDNA-AFLP技术分析茉莉酸诱导的紫杉细胞转录组,揭示了与紫杉醇侧链合成相关的β-苯丙氨酸-CoA连接酶基因 | 首次鉴定了与紫杉醇侧链合成相关的TB768基因,并验证了其在紫杉醇生物合成途径中的功能 | 研究主要集中在细胞培养水平,尚未在植物体内验证该基因的功能 | 揭示紫杉醇生物合成途径中未知步骤的相关基因 | 茉莉酸诱导的紫杉细胞及紫杉醇生物合成途径 | 代谢工程 | 癌症 | cDNA-AFLP | NA | 基因表达数据 | 紫杉细胞培养物 |
730 | 2024-12-12 |
Blue-Purple evaluation: Chromoproteins facilitate the identification of BioBrick compatibility
2025-Jan, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28862
PMID:39402779
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研究论文 | 本文介绍了一种利用色蛋白(chromoproteins)在单锅反应中评估BioBrick兼容性的新方法BP(Blue/Purple, Ban/Pick) | 提出了BP评估方法,通过可视化和量化蓝紫色大肠杆菌菌落的比率来验证BioBrick构建的兼容性 | NA | 开发一种简单、快速且可靠的方法来评估BioBrick的兼容性 | BioBrick的兼容性评估 | 合成生物学 | NA | 色蛋白(chromoproteins) | NA | 菌落图像 | 使用了包含抗毒素-毒素对ccdA-ccdB、裂解蛋白E或异源蛋白sfGFP的BioBrick组装体进行验证 |
731 | 2024-12-12 |
Sphingomonas arvum sp. nov.: A promising microbial chassis for high-yield and sustainable zeaxanthin biomanufacturing
2025-Jan, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127938
PMID:39509922
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研究论文 | 本研究通过基因组挖掘和液相色谱/质谱分析,鉴定了新型类胡萝卜素玉米黄质产生菌Sphingomonas sp. strain BN140010的生物合成基因簇,并验证了其高产玉米黄质的能力 | 首次报道了Sphingomonas arvum strain BN140010这一新型菌株,其玉米黄质产量在Sphingomonas属中最高,为可持续的玉米黄质生物制造提供了新的微生物底盘 | NA | 寻找新的微生物和遗传底盘,以满足全球对高附加值玉米黄质的快速增长需求 | 新型玉米黄质产生菌Sphingomonas sp. strain BN140010及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、液相色谱/质谱分析 | NA | 基因组数据、质谱数据 | 1株新型玉米黄质产生菌Sphingomonas sp. strain BN140010 |
732 | 2024-12-12 |
Microbial chemotaxis in degradation of xenobiotics: Current trends and opportunities
2025-Jan, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127935
PMID:39476517
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综述 | 本文综述了微生物趋化性在降解异生物质中的作用,重点介绍了基于趋化性的细菌和微流控生物传感器在环境监测中的应用 | 本文探讨了基因组学、蛋白质组学和合成生物学在理解和控制微生物趋化性降解异生物质过程中的新趋势,并提出了开发具有定制趋化反应和降解能力的工程微生物的潜力 | 尽管在解码细菌趋化性调控机制方面取得了显著突破,但仍存在一些知识空白需要解决,以充分利用其在环境中的污染物感知和降解潜力 | 探讨微生物趋化性在降解异生物质中的作用及其在环境监测中的应用 | 微生物趋化性在降解农药、工业化学品和药品等异生物质中的作用 | NA | NA | 基因组学、蛋白质组学、合成生物学 | NA | NA | NA |
733 | 2024-12-12 |
Ultrahigh yields of giant vesicles obtained through mesophase evolution and breakup
2024-Dec-11, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d4sm01109k
PMID:39618312
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研究论文 | 本文报道了一种通过脂质自组装和膜断裂途径获得超高产率巨型单层囊泡的新方法 | 发现了一种新的脂质自组装途径,称为“剪切诱导的碎片化”,能够实现超过50%的超高产率巨型单层囊泡 | NA | 探索和优化巨型单层囊泡的制备方法,以提高其产率和应用潜力 | 巨型单层囊泡及其在生物物理模型、软材料、合成生物学和生物医学应用中的应用 | NA | NA | 脂质自组装 | NA | 图像 | 包含3 mol% PEG2000-DSPE的脂质膜和不同脂质混合物 |
734 | 2024-12-12 |
AuxSynBio: synthetic biology tools to understand and engineer auxin
2024-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103194
PMID:39255527
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综述 | 本文综述了植物激素生长素在合成生物学中的应用及其在植物生长发育中的关键作用 | 通过在酵母中重现信号通路和设计正交生长素受体对,深入理解生长素通路的调控机制 | NA | 探讨生长素在合成生物学中的双重角色,即作为研究对象和工具 | 植物激素生长素及其信号通路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
735 | 2024-12-12 |
T7 phage-assisted evolution of riboswitches using error-prone replication and dual selection
2024-01-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52049-9
PMID:38287027
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研究论文 | 本文展示了利用T7噬菌体辅助进化技术,通过错误倾向复制和双重选择系统,成功进化了茶碱核开关 | 本文创新性地设计了T7AE技术,通过双重选择系统实现了对功能性核开关的有效筛选和富集 | NA | 开发一种新的技术来进化和改进基因开关,特别是基于非编码RNA的开关 | 茶碱核开关及其在T7噬菌体中的进化 | 合成生物学 | NA | 错误倾向复制 | NA | DNA | 65,536个工程化的T7噬菌体 |
736 | 2024-12-12 |
Harnessing synthetic biology to engineer organoids and tissues
2023-01-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2022.12.013
PMID:36608674
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学工程化类器官和组织的方法 | 本文引入了合成生物学工具,通过基因操作细胞通讯、粘附和细胞命运,以改进类器官模型和组织设计 | NA | 深入理解发育原理,改进类器官模型,并增强再生组织设计的能力 | 类器官和组织 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
737 | 2024-12-12 |
Quantifying heterologous gene expression during ectopic MazF production in Escherichia coli
2022-May-13, BMC research notes
IF:1.6Q2
DOI:10.1186/s13104-022-06061-9
PMID:35562780
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研究论文 | 本研究量化了在Escherichia coli中异位过表达MazF对异源基因表达的影响 | 首次量化了MazF过表达对异源蛋白表达的影响,并探讨了不同mRNA结构对表达的影响 | 研究结果表明MazF过表达会增加细菌群体的异质性,需要在实验中优化过表达的强度和持续时间 | 探讨MazF过表达对异源蛋白表达的影响 | Escherichia coli中异源蛋白的表达 | 合成生物学 | NA | 流式细胞术 | NA | 荧光蛋白表达水平 | 使用了包含ACA序列和不含ACA序列的mRNA作为报告基因 |
738 | 2024-12-11 |
Development of a specific biosensor for sesquiterpene based on SELEX and directed evolution platforms
2025-Feb-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2024.127186
PMID:39522280
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研究论文 | 本研究开发了一种基于SELEX和定向进化平台的特定生物传感器,用于检测倍半萜烯化合物amorpha-4,11-二烯 | 首次开发了一种对倍半萜烯amorpha-4,11-二烯具有特异响应的riboswitch生物传感器 | NA | 开发一种用于检测和调控小分子的生物传感器,应用于合成生物学中的菌株工程、途径调控和代谢优化 | 倍半萜烯amorpha-4,11-二烯 | 合成生物学 | NA | SELEX, 定向进化, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 序列数据 | 81,520个序列的高亲和力aptamer库 |
739 | 2024-12-10 |
Synthetic biology of metabolic cycles for Enhanced CO2 capture and Sequestration
2024-Dec, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107774
PMID:39260160
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研究论文 | 本文描述了在Escherichia coli中使用改良的三羧酸循环(THETA循环)进行碳固定和氨基酸合成的研究 | 提出了THETA循环,这是一个改良的三羧酸循环,用于增强CO2捕获和封存 | NA | 研究改良的三羧酸循环在碳固定和氨基酸合成中的应用 | Escherichia coli中的THETA循环及其在碳固定和氨基酸合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 酶优化、路径重设计和异源表达 | NA | NA | NA |
740 | 2024-12-10 |
Toolbox of Characterized Genetic Parts for Staphylococcus aureus
2024-01-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00325
PMID:38064657
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研究论文 | 本文报道了首个用于金黄色葡萄球菌的标准化遗传部件工具箱,包括来自多种细菌的启动子、核糖体结合位点、终止子和质粒复制子,用于精确控制基因表达 | 首次为金黄色葡萄球菌建立了标准化的遗传部件工具箱,并展示了其在理性设计和工程化中的应用 | NA | 开发适用于金黄色葡萄球菌的合成生物学工具 | 金黄色葡萄球菌的遗传部件 | 合成生物学 | NA | DNA组装策略 | NA | 基因表达数据 | 24个组成型启动子,金黄色葡萄球菌ATCC 12600 |