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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2025-11-19 |
In silico evolutionary origin, structural properties, molecular docking, following expression analysis of the nitrate transporters in maize to explore their roles in abiotic stress tolerance
2025-Nov, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01669-0
PMID:41245216
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证研究玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性及其在非生物胁迫耐受中的作用 | 首次系统分析玉米硝酸盐转运蛋白的进化起源、结构特性,并通过分子对接和表达分析揭示其在热胁迫、盐胁迫和干旱胁迫中的功能 | 研究主要基于生物信息学预测,实验验证相对有限,需要更多功能验证实验 | 探索玉米硝酸盐转运蛋白在养分平衡、氮积累和非生物胁迫耐受中的关键作用 | 玉米硝酸盐转运蛋白家族成员 | 生物信息学 | NA | 系统发育分析、分子对接、qRT-PCR、RNA-Seq、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据、蛋白质结构数据 | 83个转运蛋白 | GFP标记、合成生物学方法 | 玉米 | 基于NRT的遗传回路,用于改善氮吸收、转运、动员和积累 | 农业 |
| 1102 | 2025-11-19 |
Reprogramming encapsulins into modular carbon-fixing nanocompartments
2025-Oct-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65307-9
PMID:41168233
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研究论文 | 本研究开发了一种基于封装蛋白纳米隔室的模块化固碳系统,为在C3作物中引入二氧化碳浓缩机制提供了新方法 | 利用来自嗜热拟杆菌的封装蛋白纳米隔室,通过融合短肽实现多种Rubisco同工型的靶向封装,建立了植物兼容的合成羧酶体模拟系统 | 碳酸酐酶尚未整合到系统中 | 开发模块化固碳纳米隔室系统以增强作物光合效率 | 封装蛋白纳米隔室和Rubisco酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、纳米隔室技术 | NA | 实验数据 | NA | 蛋白质融合技术 | 嗜热拟杆菌 | 固碳纳米隔室系统、合成羧酶体模拟 | 农业 |
| 1103 | 2025-11-18 |
Development of a thermophilic l-arabinose-inducible system in Acetivibrio thermocellus (Clostridium thermocellum)
2026-Jan, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.09.008
PMID:40976505
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研究论文 | 本研究在热纤维梭菌中开发了一种热稳定的L-阿拉伯糖诱导表达系统 | 首次在热纤维梭菌中构建了具有175倍诱导动态范围和可忽略背景表达的热稳定L-阿拉伯糖诱导系统 | 未在其他梭菌属微生物中进行广泛验证 | 开发适用于热纤维梭菌的热稳定诱导表达系统 | 热纤维梭菌(Acetivibrio thermocellus) | 合成生物学 | NA | 启动子工程、条件优化 | NA | NA | NA | 启动子工程 | 热纤维梭菌(Acetivibrio thermocellus) | L-阿拉伯糖诱导系统,包含来自嗜热脂肪地芽孢杆菌T-6的诱导型启动子P和阻遏蛋白AraR | 工业生物技术, 能源 |
| 1104 | 2025-11-18 |
Edible fungus Fusarium venenatum: advances, challenges, and engineering strategies for future food production
2026-Jan, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.09.009
PMID:41015229
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综述 | 系统总结食用真菌Fusarium venenatum在合成生物学工具开发、底盘工程及应用方面的最新进展,探讨未来食品生物制造的挑战与发展策略 | 首次针对Fusarium venenatum菌株的系统性综述,填补了该领域在合成生物学工具开发和底盘工程应用方面的综述空白 | NA | 为基于Fusarium venenatum的未来食品生产系统开发提供思路和指导 | 食用丝状真菌Fusarium venenatum | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | Fusarium venenatum | NA | 食品, 农业 |
| 1105 | 2025-11-18 |
Harnessing CRISPR-Cas9 for Lactobacillus improvement in silage production: current knowledge and future perspectives
2025-Nov-15, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01282-x
PMID:41239469
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综述 | 系统回顾CRISPR-Cas9基因编辑技术在乳酸杆菌改良及其在青贮饲料生产中应用的现状与前景 | 首次系统探讨如何利用CRISPR-Cas9技术定向优化乳酸杆菌特性以开发新一代青贮微生物接种剂 | 主要基于现有研究进展进行综述,缺乏实际工程化应用的详细验证数据 | 探讨合成生物学技术在青贮饲料乳酸杆菌改良中的应用潜力 | 乳酸杆菌及其在青贮发酵中的功能特性 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 乳酸杆菌 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 1106 | 2025-11-18 |
Recent advances and perspectives in biosynthesis of paclitaxel: key enzymes and intermediates
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148049
PMID:41043740
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综述 | 本文综述了紫杉醇生物合成的最新进展,重点关注关键酶和中间体的研究 | 强调合成生物学策略在紫杉醇关键中间体生物合成中的新兴趋势 | NA | 探索紫杉醇的可持续生产策略以满足市场需求 | 紫杉醇生物合成途径中的关键酶和中间体 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、微生物发酵技术、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | 异源表达系统 | 紫杉醇生物合成途径 | 医药 |
| 1107 | 2025-11-18 |
Innovative approaches in bioremediation: the role of halophilic microorganisms in mitigating hydrocarbons, toxic metals, and microplastics in hypersaline environments
2025-Aug-14, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02817-7
PMID:40804729
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综述 | 本文综述了嗜盐微生物在高盐环境中修复碳氢化合物、有毒金属和微塑料污染的作用及生物技术应用 | 系统探讨了工程化嗜盐微生物在极端环境生物修复中的创新应用,结合基因编辑和合成生物学技术提升污染物降解效率 | 存在基因工程菌株优化难度大、生物安全性保障不足、微生物生态理解不深以及规模化应用成本较高等挑战 | 研究嗜盐微生物在高盐环境污染物生物修复中的应用潜力 | 嗜盐和耐盐微生物及其在高盐环境中的生物修复功能 | 环境生物技术 | NA | 基因编辑、重组DNA技术、组学方法 | NA | NA | NA | 基因编辑, 重组DNA | 嗜盐微生物 | 污染物降解代谢通路 | 环境 |
| 1108 | 2025-11-18 |
Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
2023-05-31, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79815
PMID:37255080
|
研究论文 | 本研究通过粗粒度模型验证了资源分配策略可解释不同细菌菌株生长速率和生长产量的显著差异 | 建立了连接蛋白质组组成与生长表型的资源分配模型,揭示了高生长速率不一定伴随低生长产量的新机制 | 模型基于标准实验室条件,在复杂环境中的适用性有待验证 | 探究细菌菌株生长速率和产量差异的生物学机制 | 不同细菌菌株 | 系统生物学 | NA | 计算建模、表型数据库分析 | 粗粒度资源分配模型 | 生长表型数据、代谢通量数据 | 数百个已发表菌株表型数据 | NA | 细菌 | NA | 代谢工程、合成生物学 |
| 1109 | 2025-11-17 |
Synthetic peptide vaccines targeting SVA elicit robust protective immune responses in swine
2025-Dec, Veterinary microbiology
IF:2.4Q1
DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110763
PMID:41106188
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研究论文 | 本研究基于合成生物学原理设计合成针对塞内卡病毒A(SVA)的合成肽疫苗,并在猪体内验证其免疫保护效果 | 首次基于SVA衣壳蛋白VP2的B细胞中和表位和荨麻疹病毒F蛋白的辅助T细胞表位设计合成肽疫苗,并筛选出最佳佐剂组合 | 研究样本量有限,未进行大规模田间试验验证疫苗的长期保护效果 | 开发安全有效的塞内卡病毒A(SVA)合成肽疫苗 | 小鼠和猪的免疫反应及保护效果 | 合成生物学 | 猪水疱病 | 固相肽合成(SPPS) | NA | 免疫学数据 | 小鼠和猪的免疫实验样本 | NA | 小鼠,猪 | 基于B细胞中和表位和T细胞表位的合成肽设计 | 兽医学 |
| 1110 | 2025-11-17 |
In Vivo and In Vitro Mechanisms of Equol Synthesis and Key Influencing Factors: A Critical Review
2025-Oct-31, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu17213449
PMID:41228520
|
综述 | 本文系统综述了雌马酚的体内外合成机制、关键影响因素及其潜在分子机制 | 重点探讨了基于合成生物学和基因编辑技术的雌马酚高效体外合成突破路径 | 传统合成技术存在效率低、副产物生成和环境问题等限制因素 | 阐明雌马酚的合成机制及影响因素,推动其高效合成技术发展 | 雌马酚(S-雌马酚和R-雌马酚)及其合成微生物 | 合成生物学 | 更年期症状、衰老、心血管疾病 | 合成生物学、基因编辑技术 | NA | NA | NA | 基因编辑 | 肠道细菌 | NA | 医药 |
| 1111 | 2025-11-17 |
Engineering Cyborg Pathogens through Intracellular Hydrogelation
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00420
PMID:39413025
|
研究论文 | 本研究通过细胞内水凝胶化技术将非复制但代谢活跃的赛博格细胞方法扩展到病原细菌 | 将细胞内水凝胶化技术从实验室菌株推广到病原细菌,创建了具有病原特性的赛博格病原体 | 仅研究了特定病原菌株,未涉及其他类型病原体 | 开发具有病原特性的非复制但代谢活跃的赛博格病原体用于生物医学应用 | 不同菌株的病原细菌 | 合成生物学 | NA | 细胞内水凝胶化、共聚焦显微镜、实时PCR | NA | 显微镜图像、基因表达数据 | 多种病原细菌菌株 | 细胞内水凝胶化 | 病原细菌 | 细胞内聚合物凝胶网络 | 医学 |
| 1112 | 2025-11-16 |
Integrated base editing and microfluidics boost microbial lipid production from lignin
2026-Jan, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133441
PMID:41045995
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研究论文 | 本研究通过整合碱基编辑和微流控技术,开发了一种提升真菌利用木质素生产微生物油脂的方法 | 建立了铜诱导的MCM5-AID碱基编辑器实现全基因组C-to-T/G-to-A诱变,并结合微流控技术进行超高通量筛选 | NA | 提升微生物利用木质素生产油脂的能力 | 弯曲孢子菌Curvularia clavata J1 | 合成生物学 | NA | 碱基编辑, 微流控技术, 转录组学, 基因组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | 碱基编辑 | 弯曲孢子菌 | 铜诱导的MCM5-AID碱基编辑系统 | 能源, 工业生物技术 |
| 1113 | 2025-11-16 |
Efficient biosynthesis of retinal from Escherichia coli by metabolic engineering
2026-Jan, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133501
PMID:41093029
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研究论文 | 本研究通过代谢工程改造大肠杆菌,实现了从生物资源高效合成视网膜的目标 | 采用系统与合成生物学方法构建高效视网膜生物合成细胞工厂,整合酶工程、翻译工程、膜工程和中心碳代谢重构等多层次工程策略 | 膜工程和NADPH再生的尝试未能提高视网膜产量 | 开发高效的视网膜生物合成方法 | 大肠杆菌BL21(DE3)工程菌株 | 代谢工程 | NA | 代谢工程、酶工程、定向进化、RBS优化、膜工程 | NA | NA | 4-L生物反应器规模 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 甲羟戊酸途径代谢工程、中心碳代谢重构、β-胡萝卜素合成途径、视网膜生物合成途径 | 医药, 工业生物技术 |
| 1114 | 2025-11-16 |
M3Site: multiclass multimodal learning for protein active site identification and classification
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf590
PMID:41222559
|
研究论文 | 提出一种多模态多类别学习框架M3Site,用于蛋白质活性位点的识别与分类 | 整合蛋白质序列嵌入、结构图表示和功能文本注释进行残基级多类别活性位点预测,采用功能感知交叉注意力模块和自适应加权融合机制 | NA | 开发更准确的蛋白质活性位点识别与分类方法 | 蛋白质活性位点 | 生物信息学 | NA | 蛋白质语言模型、等变图神经网络、生物医学语言模型 | 多模态深度学习框架 | 蛋白质序列、结构图、功能文本注释 | 25,883个蛋白质(来自UniProt和AlphaFold2) | NA | NA | NA | 药物设计、合成生物学 |
| 1115 | 2025-11-16 |
Precision therapeutics for inflammatory bowel disease using engineered probiotics: Strategies and optimization
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.012
PMID:41083038
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综述 | 本文总结了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的研究进展,包括底盘菌株基因编辑策略、微生物多维作用、生物工程改造、递送系统优化及人工智能驱动的菌株筛选设计 | 通过基因改造和合成生物学使益生菌具备微环境响应能力和精准治疗靶向性,显著提升IBD治疗效果 | NA | 探索工程化益生菌作为IBD精准治疗策略的开发与应用 | 工程化益生菌及其在炎症性肠病治疗中的应用 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 基因编辑、合成生物学、人工智能驱动筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 益生菌底盘菌株 | 微环境响应系统、精准靶向治疗电路 | 医学 |
| 1116 | 2025-11-16 |
Harnessing Lactobacillus-derived SCFAs for food and health: Pathways, genes, and functional implications
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100496
PMID:41230178
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综述 | 本文综述了乳酸杆菌产生短链脂肪酸的生物合成能力、代谢工程策略及其在食品与健康领域的应用前景 | 系统评估乳酸杆菌作为短链脂肪酸生产菌的潜力,并整合合成生物学和代谢工程策略提高产量 | 菌株变异性、递送策略和监管障碍限制了临床和食品系统的转化应用 | 探讨乳酸杆菌产生短链脂肪酸的机制及其在健康和食品领域的应用 | 乳酸杆菌及其产生的短链脂肪酸(特别是乙酸盐和乳酸盐) | 合成生物学 | 炎症性疾病、代谢疾病、神经免疫疾病 | CRISPR编辑、共培养优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸杆菌 | 基因回路设计 | 食品, 医药 |
| 1117 | 2025-11-16 |
Plant synthetic biology: from knowledge to biomolecules
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1562216
PMID:41230228
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综述 | 本文综述植物合成生物学在解决人类健康和农业复杂问题方面的创新方法及其技术基础 | 整合多学科工具系统阐述植物合成生物学从知识到生物分子的转化路径,强调植物系统在表达植物源酶和合成复杂分子方面的独特优势 | 存在转化效率、监管瓶颈和通路稳定性等障碍 | 探讨植物合成生物学作为可持续生物制造和功能生物分子生产的理论基础 | 植物系统及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | DNA合成、可编程基因电路、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | 合成电路设计、代谢途径重编程 | 医药, 农业 |
| 1118 | 2025-11-15 |
Bacteria-mediated cancer therapy (BMCT): Therapeutic applications, clinical insights, and the microbiome as an emerging hallmark of cancer
2025-Nov, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118559
PMID:40967079
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综述 | 探讨微生物群在癌症治疗中的关键作用及工程菌在癌症治疗中的多维度应用 | 提出微生物组作为癌症新兴标志物,系统阐述工程菌与免疫检查点抑制剂的协同机制 | 存在安全性、递送特异性和监管问题等挑战 | 阐明细菌介导癌症疗法(BMCT)的作用机制与临床转化前景 | 共生菌与工程菌(梭菌属、双歧杆菌属、李斯特菌属、沙门氏菌属、大肠杆菌属) | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、精准微生物组工程、粪便微生物群移植 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 1119 | 2025-11-15 |
Metabolic engineering of microorganisms for tailor-made biopolymer production: A review
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147922
PMID:41038478
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综述 | 本文综述了通过微生物代谢工程生产定制生物聚合物的最新进展 | 系统比较天然与工程化微生物平台的优缺点,强调代谢工程在开发下一代生物聚合物中的关键作用 | 作为综述文章,未包含原始实验数据 | 提高生物聚合物的产量、质量和功能特性 | 微生物生产的生物聚合物(细菌纤维素、透明质酸、聚羟基脂肪酸酯、聚-γ-谷氨酸等) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、系统生物学工具(蛋白质组学、基因组学、合成生物学) | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 代谢通路工程 | 食品,医疗,工业生物技术 |
| 1120 | 2025-11-15 |
Automated Strain Construction for Biosynthetic Pathway Screening in Yeast
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00554
PMID:41063332
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技术说明 | 开发用于酵母生物合成途径筛选的自动化菌株构建工作流程 | 通过集成化机器人平台实现高通量酵母转化,每周可完成2000次转化,并提供参数定制化用户界面 | NA | 加速合成生物学设计-构建-测试-学习循环中的构建步骤 | 工程化酵母菌株及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 自动化菌株构建、途径筛选 | NA | NA | NA | Hamilton Microlab VANTAGE, Hamilton VENUS | 酵母 | 甾体生物碱生物合成途径 | 工业生物技术 |