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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2025-10-05 |
Logic-Gated Modulation of Cell Migration via Mesoscale Mechanical Uncaging Effects
2025-03-04, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c16194
PMID:39980204
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研究论文 | 本研究通过DNA折纸纳米弹簧系统实现机械笼蔽/解蔽效应,精确调控癌细胞迁移 | 利用DNA作为编程语言创建响应miRNA输入的逻辑门(布尔AND和OR门),通过机械结构变化控制RGD配体的释放 | 概念验证阶段,尚未进行大规模体内实验验证 | 开发基于DNA纳米技术的细胞机械功能调控方法 | 癌细胞迁移行为 | 合成生物学 | 癌症 | DNA折纸自组装技术 | 逻辑门电路模型 | 实验数据 | NA | DNA折纸 | 哺乳动物细胞 | 布尔逻辑门(AND和OR门),机械解蔽生物传感器 | 医学, 合成生物学 |
| 1102 | 2025-10-05 |
[Biosynthesis of ganoderic acid and its derivatives]
2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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综述 | 本文综述灵芝三萜(包括灵芝酸及其衍生物)的生物合成途径、代谢调控机制及合成生物学优化策略 | 系统整合灵芝酸生物合成途径中关键酶基因、转录因子和信号转导机制的最新研究进展 | 灵芝三萜生物合成途径尚未完全解析,分子调控机制仍需深入研究 | 提高三萜类药理成分高效生产及灵芝资源开发利用 | 灵芝酸及其衍生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 灵芝 | 灵芝酸生物合成代谢途径 | 医药 |
| 1103 | 2025-10-05 |
[Functional characterization of flavonoid glycosyltransferase AmGT90 in Astragalus membranaceus]
2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究从黄芪中克隆并功能表征了糖基转移酶基因AmGT90,发现其能催化多种黄酮类化合物形成单糖苷和双糖苷 | 首次报道了黄芪中能够催化黄酮类化合物形成双糖苷的糖基转移酶AmGT90,并初步探索了其催化木犀草素形成双糖苷的机制 | 仅初步探索了AmGT90催化木犀草素形成双糖苷的机制,需要进一步深入研究 | 研究黄芪中黄酮类化合物糖基化修饰的分子机制 | 黄芪糖基转移酶基因AmGT90及其催化特性 | 合成生物学 | NA | 基因克隆、系统发育分析、体外酶反应 | NA | 基因序列、酶活性数据 | NA | NA | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 1104 | 2025-10-05 |
Decoding and reengineering the promoter specificity of T7-like RNA polymerases based on phage genome sequences
2025-Feb-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf140
PMID:40042813
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研究论文 | 通过噬菌体基因组挖掘和序列共变分析,解码并重新设计T7样RNA聚合酶的启动子特异性 | 首次通过全面基因组挖掘揭示T7样RNA聚合酶与启动子相互作用的稀疏关键位点网络,并设计出正交性更强的RNAP-启动子变体 | 研究主要聚焦于T7样RNA聚合酶,其他类型ssRNAPs的规则可能有所不同 | 揭示单亚基RNA聚合酶与启动子特异性相互作用的规则,并工程化新型RNAP-启动子对 | 噬菌体单亚基RNA聚合酶及其启动子 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、直接耦合分析、序列共变分析 | NA | 基因组序列、蛋白质序列 | 多种噬菌体基因组中的ssRNAPs启动子 | NA | 噬菌体 | 正交RNAP-启动子变体、新型相互作用对 | 合成生物学 |
| 1105 | 2025-10-05 |
[Research progress on biosynthesis of triterpenoids in Centella asiatica]
2025-Feb, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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综述 | 本文综述了积雪草三萜皂苷的生物合成研究进展,包括其生物活性、合成途径解析及生物技术生产策略 | 系统总结了多组学、分子生物学和合成生物学在积雪草三萜皂苷生物合成研究中的最新应用进展 | NA | 提高积雪草三萜皂苷产量并促进其野生资源的可持续利用 | 积雪草三萜皂苷(包括积雪草苷、羟基积雪草苷、积雪草酸和羟基积雪草酸) | 合成生物学 | NA | 多组学、分子生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物底盘 | 三萜皂苷生物合成途径 | 医药, 化妆品 |
| 1106 | 2025-10-05 |
Molecular aspects of regeneration in insects
2024-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2023.12.011
PMID:38160963
|
综述 | 本文综述了昆虫再生现象的分子机制,重点关注伤口愈合和组织再生过程 | 强调了表观遗传调控在再生过程中的关键作用,并探讨了从昆虫再生研究中获得的见解对再生医学和合成生物学的潜在贡献 | NA | 探索和回顾再生的分子基础,以促进再生医学的发展 | 昆虫纲不同目的再生能力 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 再生医学, 合成生物学, 人类健康 |
| 1107 | 2025-10-05 |
A novel interpretability framework for enzyme turnover number prediction boosted by pre-trained enzyme embeddings and adaptive gate network
2025-May, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.02.010
PMID:40021034
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研究论文 | 开发了一种名为GELKcat的新型可解释性框架,用于预测酶转换数(kcat) | 结合图变换器进行底物分子编码和CNN进行酶word2vec嵌入,采用自适应门网络整合特征,并具备识别关键分子子结构的能力 | NA | 提高酶转换数(kcat)预测的准确性和可解释性 | 多物种酶-底物对的转换数数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图变换器, CNN, word2vec, 自适应门网络 | 酶-底物对转换数数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 药物发现 |
| 1108 | 2025-10-05 |
Advances in engineering substrate scope of Pseudomonas cell factories
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103270
PMID:39978295
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综述 | 本文综述了通过代谢工程、合成生物学和实验室进化技术扩展假单胞菌细胞工厂底物利用范围的最新进展 | 提出将假单胞菌作为新一代工业生物技术平台,通过工程化改造增强其对木质纤维素残渣、合成塑料、C1化合物等废弃底物的降解和利用能力 | NA | 探索具有理想特性的新型微生物宿主,开发利用废弃底物的生物工艺 | 假单胞菌物种 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程, 合成生物学, 实验室进化 | NA | NA | NA | NA | 假单胞菌 | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 1109 | 2025-10-05 |
Bacteria-Mediated Intracellular Radical Polymerizations
2025-Mar-19, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c17257
PMID:40036043
|
研究论文 | 本研究展示了细菌细胞通过天然生物分子触发原子转移自由基反应,实现多种丙烯酰胺、丙烯酸和甲基丙烯酸单体的细胞内聚合 | 首次利用细菌细胞内天然生物分子作为引发剂实现原子转移自由基聚合,开发了基于细胞内聚合的生物正交细胞工程工具 | NA | 探索细菌细胞作为活体催化剂进行细胞内自由基聚合的潜力 | 细菌细胞和多种丙烯酰胺、丙烯酸、甲基丙烯酸单体 | 合成生物学 | NA | 核磁共振光谱、凝胶渗透色谱、荧光标记、荧光显微镜、流式细胞术、代谢和膜完整性检测 | NA | 光谱数据、色谱数据、荧光图像、细胞活力数据 | NA | 原子转移自由基聚合 | 细菌细胞 | 基于细胞内天然生物分子触发的原子转移自由基聚合反应 | 工业生物技术,材料 |
| 1110 | 2025-10-05 |
A long road ahead to reliable and complete medicinal plant genomes
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57448-8
PMID:40032878
|
评论 | 本文探讨药用植物基因组研究的现状、挑战与未来发展方向 | 提出基于完善现有基因组、借鉴作物基因组学经验并应用前沿基因组技术来推进药用植物基因组研究的策略 | NA | 提高药用植物基因组组装质量和完整性,促进功能基因组学和合成生物学应用 | 药用植物基因组 | 基因组学 | NA | 长读长DNA测序 | NA | 基因组数据 | 截至2025年2月已测序203种植物的400多个基因组 | NA | NA | NA | 医药 |
| 1111 | 2025-10-05 |
Advancements in Escherichia coli secretion systems for enhanced recombinant protein production
2025-Mar-03, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04302-0
PMID:40025370
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综述 | 探讨大肠杆菌天然和工程化分泌系统在增强重组蛋白生产中的应用 | 系统比较天然一步/两步分泌系统与新型工程平台(ESETEC、BacSec),提出通过基因工程和合成生物学策略提升蛋白分泌效率 | 主要适用于非糖基化蛋白,天然分泌能力有限且易形成包涵体 | 提高大肠杆菌重组蛋白的分泌产量和效率 | 大肠杆菌分泌系统与重组蛋白 | 合成生物学 | NA | 基因工程、诱变、合成生物学、细胞壁修饰、分子伴侣共表达 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 分泌系统工程化改造(Type I/III、Sec/Tat途径) | 工业生物技术 |
| 1112 | 2025-10-05 |
SHIP identifies genomic safe harbors in eukaryotic organisms using genomic general feature annotation
2025-Feb-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-91249-9
PMID:40021804
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研究论文 | 开发了一种名为SHIP的算法,用于系统识别真核生物中的基因组安全港位点 | 首次提出基于基因组通用特征注释的系统性GSH识别算法,突破了传统经验方法的局限 | 目前仅在酿酒酵母中进行了实验验证,在其他真核生物中的适用性需要进一步验证 | 开发系统性识别基因组安全港位点的工具,满足合成生物学对多基因模块研究的需求 | 真核生物的基因组安全港位点 | 合成生物学 | NA | DNA测序、流式细胞术、qPCR、电子显微镜、RT-qPCR、RNA-Seq | SHIP算法 | 基因组注释数据、测序数据 | 在酿酒酵母中实验验证了5个GSH位点 | 基因组工程 | 酿酒酵母 | 基因组安全港位点整合系统 | 工业生物技术 |
| 1113 | 2025-10-05 |
Remodeling of lipid-foam prototissues by network-wide tension fluctuations induced by active particles
2025-Feb-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57178-x
PMID:40016255
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研究论文 | 本研究开发了一种基于脂质的毫米级泡沫状组织模拟物,通过整合活性细菌实现了组织张力的网络级波动和结构重塑 | 首次在脂质泡沫原型组织中实现了由游泳细菌驱动的网络级张力波动,促进了原型组织的流体化和重组 | 未明确说明原型组织的长期稳定性及在复杂生物环境中的应用限制 | 开发具有重塑能力的合成原型组织,用于理解和模拟生物组织 | 脂质泡沫组织模拟物及其与细菌的相互作用 | 合成生物学 | NA | 脂质双层自组装技术 | NA | 结构特性数据、力学性能数据 | NA | 自下而上合成生物学方法 | 细菌 | 基于脂质双层的微米级隔室网络结构 | 医学, 基础生物学研究 |
| 1114 | 2025-10-05 |
Dsembler - DNA Assembly Designer: A Tool for Facilitating Assembly of Oligomers
2025-Feb-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2412.12046
PMID:40016135
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研究论文 | 介绍一款名为Dsembler的网页软件工具,用于优化DNA组装设计并促进寡核苷酸组装 | 开发了能提供最佳解链温度和GC重叠的寡核苷酸组设计工具,解决了合成生物学中寡聚体组装的关键难题 | NA | 开发促进DNA组装设计的软件工具,解决合成生物学中的基因组装挑战 | DNA序列组装和寡核苷酸设计 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 医药 |
| 1115 | 2025-10-05 |
Synthetic biology routes to new and extinct natural products
2025-May-08, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d5cb00047e
PMID:40171247
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研究论文 | 通过合成生物学方法探索天然产物生物合成途径并开发新型代谢产物 | 通过基因敲除和结构域交换技术获得多种新型代谢产物,并成功构建高产单一组分 pseudomonic acid 的工程菌株 | NA | 阐明细菌和真菌中天然产物的生物合成途径,并通过遗传工程优化代谢产物生产 | 假单胞菌产生的假单胞菌酸、沙雷氏菌产生的硫马林醇、真菌产生的tenellin和bassianin、链霉菌产生的二聚黄酮 | 合成生物学 | NA | 基因组测序、基因敲除、结构域交换、异源表达 | NA | NA | NA | 基因敲除, 结构域交换, 异源表达 | 假单胞菌, 沙雷氏菌, 链霉菌 | 模块化PKS途径、PKS-NRPS杂合系统、二聚黄酮生物合成途径 | 医药, 工业生物技术 |
| 1116 | 2025-10-05 |
Functional investigation of Zur in metal ion homeostasis, motility and multiple stresses resistance in cyanobacteria Synechocystis sp. PCC 6803
2025-May-07, Stress biology
DOI:10.1007/s44154-025-00224-x
PMID:40332629
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研究论文 | 本研究通过转录组分析探讨了Zur调控因子在蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803中金属离子稳态、运动性和多重胁迫抗性的功能 | 首次系统揭示Zur在蓝藻中作为全局转录调控因子的多重功能,包括同时调控锌/铁离子平衡、菌毛基因簇表达和生物膜形成 | NA | 探究Zur调控因子在蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803中的生物学功能及其调控网络 | 蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803的Δzur突变株和野生型菌株 | 合成生物学 | NA | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | Δzur突变株和野生型菌株 | NA | Synechocystis sp. PCC 6803 | NA | 环境, 工业生物技术 |
| 1117 | 2025-10-05 |
Sustainable production of porphyrins through synthetic biology
2025-May, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.09.009
PMID:39341742
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综述 | 本文聚焦合成生物学促进卟啉化合物可持续生产的最新突破 | 系统总结不同物种中卟啉生物合成途径的最新研究进展 | NA | 推动通过合成生物学实现卟啉的可持续生产 | 卟啉化合物及其在不同物种中的生物合成途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 多种物种 | 卟啉生物合成途径 | 工业生物技术, 材料 |
| 1118 | 2025-10-05 |
A synthetic biology approach for identifying de-SUMOylation enzymes of substrates
2025-May, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13838
PMID:39835880
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研究论文 | 本研究开发了一种在大肠杆菌中使用的合成生物学方法,用于识别负责从特定蛋白质底物中去除SUMO修饰的植物泛素样蛋白酶 | 利用大肠杆菌中的稳健重构系统来识别植物去SUMO化酶 | NA | 识别能够去除特定蛋白质底物SUMO修饰的植物泛素样蛋白酶 | 植物泛素样蛋白酶和SUMO修饰的蛋白质底物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 稳健的重构系统 | 基础研究 |
| 1119 | 2025-10-05 |
Toward an integrated omics approach for plant biosynthetic pathway discovery in the age of AI
2025-Apr, Trends in biochemical sciences
IF:11.6Q1
DOI:10.1016/j.tibs.2025.01.010
PMID:40000312
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综述 | 本文探讨了整合多组学数据与人工智能技术加速植物生物合成途径发现的策略 | 提出结合分子网络、反应对分析和基因表达模式的整合工作流程,并引入AI驱动方法革新途径发现 | NA | 促进可持续生物经济发展,通过合成生物学实现对复杂天然产物的高效获取 | 植物生物合成途径 | 计算生物学 | NA | 基因组学、转录组学、代谢组学、分子网络、反应对分析 | AI | 多组学数据 | NA | NA | 植物 | 生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 1120 | 2025-10-05 |
CnRed: Efficient, Marker-free Genome Engineering of Cupriavidus necator H16 by Adapted Lambda Red Recombineering
2025-Mar-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00757
PMID:39989320
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研究论文 | 本研究开发了一种适用于Cupriavidus necator H16的高效无标记基因组编辑系统CnRed | 首次在Cupriavidus necator H16中建立lambda Red重组工程系统,并首次实现使用线性PCR产物进行基因删除 | NA | 开发高效的基因组编辑方法以改进Cupriavidus necator H16的工程化应用 | Cupriavidus necator H16细菌 | 合成生物学 | NA | lambda Red重组工程、电穿孔、PCR | NA | NA | 三个不同基因组位点 | lambda Red重组工程系统,Cre/loxP系统 | Cupriavidus necator H16 | 植酸酶基因的基因组整合 | 工业生物技术 |