合成生物学相关文章
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当前共找到 3069 篇文献，本页显示第 1901 - 1920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1901 | 2024-08-07 |
Circular single-stranded DNA as a programmable vector for gene regulation in cell-free protein expression systems
2024-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49021-6
PMID:38821953
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研究论文 | 本文介绍了一种可编程的载体——环状单链DNA（CssDNA），用于在基于酵母的无细胞蛋白表达系统中进行基因表达调控 | CssDNA不仅可用于通过正义CssDNA和反义CssDNA的不同途径进行基因调控，还可构建为无细胞蛋白表达系统中的几种基因调控逻辑门 | NA | 探索CssDNA在基因表达和基因调控中的应用，丰富合成生物学工具箱 | 环状单链DNA（CssDNA）在无细胞蛋白表达系统中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1902 | 2024-08-07 |
A new mRNA structure prediction based approach to identifying improved signal peptides for bone morphogenetic protein 2
2024-May-23, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-024-00858-1
PMID:38783306
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研究论文 | 本文提出了一种基于mRNA结构预测的新方法，用于系统筛选候选信号肽序列，以改进骨形态发生蛋白2（BMP2）的生产 | 首次将mRNA结构预测应用于信号肽选择，结合多种计算工具进行信号肽活性、定位目标和mRNA结构的预测 | mRNA结构预测的准确性有待提高，且实验结果显示在不同细胞系中信号肽活性的表现不一 | 开发一种系统筛选候选信号肽序列的方法，以提高BMP2的生产效率和降低成本 | 骨形态发生蛋白2（BMP2）的信号肽 | 生物信息学 | NA | 计算工具（SignalP, DeepLoc, MXFold2） | NA | 氨基酸序列, mRNA结构 | 2,611个来自TGF-β超家族的信号肽序列 |
| 1903 | 2024-08-07 |
ORBIT for E. coli: kilobase-scale oligonucleotide recombineering at high throughput and high efficiency
2024-May-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae227
PMID:38587185
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ORBIT的高效高通量方法，用于在E. coli中进行千碱基规模的基因组修饰 | ORBIT方法使用DNA寡核苷酸指导非复制性质粒的整合，显著提高了效率并支持高吞吐量操作 | NA | 开发一种新的基因组修饰方法，以克服现有方法的低效率和难以规模化的问题 | E. coli的基因组 | 合成生物学 | NA | DNA寡核苷酸重组技术 | NA | 基因组数据 | 数千个独特的基因组条码（>30k） |
| 1904 | 2024-08-07 |
Instructional materials that control cellular activity through synthetic Notch receptors
2023-06, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MATRIX的平台，通过结合工程化材料和表达相应合成生物学控制模块的细胞，实现对生物材料细胞反应的定制化定义 | 该平台通过激活合成Notch受体，能够调控多种细胞活动，如转录组工程、炎症抑制和多能干细胞分化，并且这些反应仅限于编程的生物材料表面 | NA | 开发一种新的方法来可靠地调控治疗细胞的行为，以支持细胞疗法和组织替代 | 工程化生物材料和表达合成Notch受体的细胞 | 再生工程 | NA | 合成生物学 | 合成Notch受体 | 生物材料 | NA |
| 1905 | 2024-08-07 |
A systematic comparison of error correction enzymes by next-generation sequencing
2017-Sep-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkx691
PMID:28911123
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研究论文 | 本文通过下一代测序技术对合成DNA中的错误进行量化，并系统比较了六种不同的错误校正酶在11种条件下的效果 | 开发了一种新的实验和计算流程，用于快速、可扩展和可扩展地分析基因组装中的错误，并评估错误校正方法 | NA | 量化合成DNA中的错误并比较不同错误校正酶的效果 | 六种不同的错误校正酶在基因组装中的效果 | 分子生物学 | NA | 下一代测序 | NA | DNA序列 | 11种条件下的模型基因组装 |
| 1906 | 2024-08-07 |
Engineering Therapeutic T Cells: From Synthetic Biology to Clinical Trials
2017-Jan-24, Annual review of pathology
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综述 | 本文综述了工程化T细胞疗法在治疗癌症、器官移植和自身免疫疾病中的临床试验现状及面临的挑战 | NA | 工程化T细胞疗法的设计和制造尚未标准化，且主要在学术环境中进行；需要开发可靠的方法来定义剂量和药代动力学 | 探讨工程化T细胞疗法的进一步发展所需的免疫学、合成生物学、制造过程和政府监管方面的进展 | 工程化T细胞疗法在临床应用中的挑战和病理学家在此领域的贡献 | NA | 癌症, 器官移植, 自身免疫疾病 | NA | NA | NA | NA |
| 1907 | 2024-08-07 |
Quorum Sensing Communication Modules for Microbial Consortia
2016-09-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5b00286
PMID:27172092
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研究论文 | 本文开发了微生物共生体的通信系统，以促进社区内不同成员之间的复杂社交行为 | 通过修改启动子和蛋白质，设计了两种新的群体感应系统（rpa和tra），并测试了它们与其他系统的交叉对话，发现了几个表现出有用正交性的系统对 | NA | 旨在克服单一微生物遗传改造的限制，通过工程化微生物共生体来实现复杂任务 | 微生物共生体的通信系统及其在复杂任务中的应用 | 合成生物学 | NA | 群体感应 | NA | NA | NA |
| 1908 | 2024-08-07 |
FlowCal: A User-Friendly, Open Source Software Tool for Automatically Converting Flow Cytometry Data from Arbitrary to Calibrated Units
2016-07-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5b00284
PMID:27110723
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研究论文 | 介绍了一种名为FlowCal的用户友好型开源软件工具，用于自动将流式细胞仪数据从任意单位转换为校准单位 | FlowCal提供了一个非专有的工具，可以通过直观的Microsoft Excel界面或可定制的Python脚本运行，自动进行数据校准和生成高质量图表 | 目前大多数研究者报告的数据仍使用任意单位，限制了解释的准确性 | 开发一种工具，以简化流式细胞仪数据的定量分析，并促进标准化荧光单位在合成生物学等领域的应用 | 流式细胞仪数据、校准颗粒、荧光探针和细胞类型 | 生物技术 | NA | 流式细胞术 | NA | 数据文件 | 10种不同的检测器灵敏度设置下的E. coli表达superfolder GFP (sfGFP)测量数据，以及S. cerevisiae Venus表达数据 |
| 1909 | 2024-08-07 |
A Delicate Nanoscale Motor Made by Nature-The Bacterial Flagellar Motor
2015-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201500129
PMID:27980978
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研究论文 | 本文研究了细菌鞭毛马达（BFM），一种直径约45纳米的分子复合体，它使几乎所有细菌能够游泳 | BFM是进化的顶峰，为合成生物学新时代的纳米技术设计提供了信息和灵感 | NA | 研究细菌鞭毛马达的结构和功能 | 细菌鞭毛马达 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1910 | 2024-08-07 |
Computation-guided transcription factor biosensor specificity engineering for adipic acid detection
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.002
PMID:38817964
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研究论文 | 本研究通过计算方法改进了转录因子（TF）的特异性，使其能够检测己二酸 | 首次应用生物分子建模方法改变BenM的特异性，并分析突变如何影响其结构动力学 | NA | 开发一种计算引导的方法来工程化转录因子的特异性，以检测特定的分子 | 转录因子BenM及其对己二酸的特异性 | 合成生物学 | NA | 分子对接，分子动力学 | NA | 蛋白质结构 | 单个氨基酸替换 |
| 1911 | 2024-08-07 |
Recent advancements in mogrosides: A review on biological activities, synthetic biology, and applications in the food industry
2024-Aug-15, Food chemistry
IF:8.5Q1
DOI:10.1016/j.foodchem.2024.139277
PMID:38608607
|
综述 | 本文综述了魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用 | 探讨了合成生物学在降低魔芋甘生产成本方面的潜力，并介绍了最新的魔芋甘生物合成途径 | 主要挑战在于魔芋醇转化为多种魔芋甘的过程中，由于当前UDP-葡萄糖基转移酶（UGTs）的底物选择性差、产物特异性和催化效率低 | 综述魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用 | 魔芋甘及其在食品工业中的应用 | NA | 糖尿病 | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 1912 | 2024-08-07 |
Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks
2024-Apr-30, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20230045
PMID:38662439
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综述 | 本文综述了通过遗传电路设计实现代谢网络优化控制的方法 | 提出了一种新的方法来推断和设计遗传电路，以在动态条件下实现代谢网络的最大通量 | NA | 探讨如何通过遗传电路设计实现代谢网络的优化控制，并为合成生物学提供设计标准 | 遗传电路在代谢网络中的作用及其设计方法 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1913 | 2024-08-07 |
On the pursuit to reconstitute the Escherichia coli ribosome from purified components
2024-Apr-29, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvad121
PMID:38236695
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评论 | 本文讨论了从纯化组件中体外重建大肠杆菌核糖体的历史和最新进展 | Aoyama等人最近报道了使用33种重组核糖体蛋白重建50S核糖体，这是向使用重组蛋白和体外转录rRNA完全重建全核糖体复合体迈出的新一步 | 本文未提及具体限制 | 探讨体外重建核糖体的意义及其在生物技术和合成生物学中的潜在应用 | 大肠杆菌的核糖体 | NA | NA | 重组核糖体蛋白和体外转录rRNA | NA | NA | 33种重组核糖体蛋白 |
| 1914 | 2024-08-07 |
Cell envelope and stress-responsive pathways underlie an evolved oleaginous Rhodotorula toruloides strain multi-stress tolerance
2024-May-28, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02518-0
PMID:38807231
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研究论文 | 本研究通过适应性实验室进化方法，从三倍体变为二倍体，产生了对多种抑制化合物和甲醇具有耐受性的红油酵母Rhodotorula toruloides菌株，并进行了基因组和转录组分析 | 本研究通过适应性实验室进化方法，成功提高了Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性，并揭示了相关的基因和通路 | NA | 研究Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性机制 | 红油酵母Rhodotorula toruloides菌株 | NA | NA | 适应性实验室进化、基因组分析、转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 21,489个突变和242个基因显示拷贝数变异 |
| 1915 | 2024-08-07 |
The effect of pseudoknot base pairing on cotranscriptional structural switching of the fluoride riboswitch
2024-May-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae231
PMID:38567721
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研究论文 | 研究了伪结碱基配对对转录过程中氟化物核开关结构转换的影响 | 发现了单个摆动碱基对在伪结功能中的关键作用，并通过分子动力学模拟支持了实验结果 | NA | 探讨RNA序列变化如何影响转录过程中动态构象变化 | 氟化物核开关，一种通过伪结适配子域和下游内在终止子表达平台协调折叠和重排的非编码RNA | 生物学 | NA | 体外转录和细胞基因表达分析 | NA | RNA序列 | 涉及中温和高温氟化物核开关变体 |
| 1916 | 2024-08-07 |
Compartmentalized Terpenoid Production in Plants Using Agrobacterium-Mediated Transient Expression
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_2
PMID:38468080
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研究论文 | 本文介绍了利用农杆菌介导的瞬时表达技术在烟草中快速开发萜类化合物合成途径并将其生物合成过程分隔在叶绿体、细胞质或脂滴表面的方法 | 本文采用农杆菌介导的瞬时表达技术，实现了重组和修饰酶的多重表达，并通过合成生物学方法在亚细胞水平上分隔萜类化合物的生物合成 | NA | 探索和工程化更复杂的途径以生产具有商业价值的化学品，如萜类化合物 | 植物中的萜类化合物生产 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA |
| 1917 | 2024-08-07 |
Synthetic developmental biology: New tools to deconstruct and rebuild developmental systems
2023-05-30, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.04.013
PMID:35484026
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综述 | 本文综述了合成生物学与发育生物学交叉领域的最新进展，探讨了合成电路和多细胞尺度模式形成的合成重建等方法 | 介绍了合成生物学方法在从底层定义发育过程方面的应用，旨在重建最小的发育模式、信号传导过程和基因网络 | NA | 探讨合成生物学在发育生物学中的应用，以重建基本的发育操作 | 发育过程中的空间极化、形态发生素解释、组织运动和细胞记忆 | 发育生物学 | NA | 光片成像、单细胞基因组方法 | 合成电路 | 三维组织图像、基因表达状态 | NA |
| 1918 | 2024-08-07 |
Bioinformatics for the synthetic biology of natural products: integrating across the Design-Build-Test cycle
2016-Aug-27, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/c6np00018e
PMID:27185383
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综述 | 本文综述了生物信息学工具如何促进合成生物学中设计-构建-测试循环的整合，特别是针对天然产物发现和生产 | 强调了生物信息学工具在设计、构建和测试阶段的整合优势及其互操作性 | 文章未明确提及具体限制 | 探讨生物信息学工具在合成生物学中的应用，特别是在天然产物发现和生产中的整合 | 生物信息学工具在合成生物学设计-构建-测试循环中的应用 | 生物信息学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1919 | 2024-08-07 |
Computational genomic identification and functional reconstitution of plant natural product biosynthetic pathways
2016-Aug-27, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/c6np00035e
PMID:27321668
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research paper | 本文讨论了四种计算驱动策略在识别植物天然产物生物合成途径中的应用，并展望了合成生物技术在功能重建候选途径中的潜力。 | 开发了四种计算驱动策略来识别植物天然产物生物合成途径，包括物理聚类、共表达、进化共现和表观基因组共调控。 | NA | 探讨如何利用计算方法发现植物生物合成途径，并展望合成生物技术在功能重建候选途径中的应用。 | 植物天然产物生物合成途径 | 生物信息学 | NA | 计算生物学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 1920 | 2024-08-07 |
BuD, a helix-loop-helix DNA-binding domain for genome modification
2014-Jul, Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
DOI:10.1107/S1399004714011183
PMID:25004980
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研究论文 | 本文报道了一种新的螺旋-环-螺旋DNA结合域BuD，用于基因组修饰，并展示了其在人类血红蛋白β基因中的高效和特异性应用 | BuD域通过单一残基到核苷酸的编码识别DNA目标，便于基因靶向的重新设计，为精确的基因组修饰或基因表达调控提供了工具包 | NA | 开发一种新的策略，通过定制蛋白质和内源性DNA修复机制的添加、移除或交换DNA序列，实现特定基因修饰，以解决DNA编辑过程中的不准确性问题 | BuD域及其在人类血红蛋白β基因中的应用 | 生物医学 | 镰状细胞贫血 | NA | NA | 蛋白质结构 | 19 bp DNA目标 |