合成生物学相关文章
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当前共找到 193 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-01 |
Efficient assembly of a synthetic attenuated SARS-CoV-2 genome in Saccharomyces cerevisiae using multi-copy yeast vectors
2024, Journal of genetics
IF:1.4Q4
PMID:38379228
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研究论文 | 本文研究了在酿酒酵母中利用多拷贝载体高效组装合成减毒SARS-CoV-2基因组 | 首次尝试在多拷贝酵母载体中进行大型多片段组装，并开发了可在单拷贝和多拷贝载体间无缝切换的组装工具包 | 仅测试了一个28 kb的基因组组装，未涉及更大或更复杂的基因组，且未评估多拷贝载体对下游应用的具体优势 | 开发一种工具包，使研究人员能够在单拷贝和多拷贝酵母载体之间无缝切换，以组装大型DNA构建体 | 减毒SARS-CoV-2基因组（缺失N基因） | 合成生物学 | 新冠肺炎 | 同源重组 | NA | DNA序列 | 1个28 kb的减毒SARS-CoV-2基因组，由10个片段组装 | NA | 酿酒酵母 | NA | 医学 |
| 2 | 2026-11-01 |
Use of Cas9 Targeting and Red Recombination for Designer Phage Engineering
2024-Jan, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.1007/s12275-024-00107-2
PMID:38300409
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研究论文 | 该文开发了一种基于SpCas9靶向和λRed重组的高效噬菌体基因组工程方法，用于在铜绿假单胞菌中构建设计型噬菌体。 | 结合SpCas9靶向消除野生型噬菌体和λRed重组促进重组子生成，在铜绿假单胞菌PAO1中建立了一步式噬菌体工程流程，并发现双sgRNA策略可提高靶向效率。 | 仅在铜绿假单胞菌模型病原体中验证，靶向效率受sgRNA位置和数量影响，未在多种噬菌体或宿主中广泛测试。 | 开发一种简便高效的噬菌体基因组工程方法，以快速获得工程化噬菌体。 | 铜绿假单胞菌PAO1菌株、温带噬菌体MP29及其gp35基因。 | 合成生物学 | NA | SpCas9靶向切割、λRed同源重组、miniTn7染色体整合、电穿孔 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, λRed重组系统, miniTn7 | 铜绿假单胞菌 | 诱导型启动子驱动SpCas9和λRed基因的染色体整合表达盒；含sgRNA和编辑模板的质粒系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-16 |
Enzyme cascades for in vitro and in vivo FMN prenylation and UbiD (de)carboxylase activation under aerobic conditions
2024, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2024.10.015
PMID:39572138
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研究方法论文 | 本文介绍了在有氧条件下通过酶级联反应与再生系统实现体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD（脱）羧化酶激活的两种实验方案 | 提出了在有氧条件下利用酶级联与再生系统实现高效体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD激活的稳健方法，克服了重组UbiD酶无活性的问题 | 摘要未提及具体局限性 | 开发稳健的体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD激活方法，以促进新型UbiD（脱）羧化酶的发现与研究 | UbiD样（脱）羧化酶、UbiX FMN异戊二烯转移酶、prFMN辅因子 | 合成生物学 | NA | 酶级联反应、再生系统、重组蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 酶级联与再生系统 | 生物催化、合成生物学 |
| 4 | 2026-09-05 |
Simulation and experimental study of a cold atmospheric pressure plasma and comparison of efficiency in boosting recombinant Endoglucanase II production in Pichia pastoris
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0303795
PMID:38771745
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研究论文 | 本研究通过模拟和实验，探讨冷大气压等离子体处理对毕赤酵母中重组内切葡聚糖酶II生产的增强效果，并比较不同激发模式的效率 | 首次研究CAP处理对内切葡聚糖酶II在毕赤酵母中分泌的影响，结合COMSOL模拟和光谱测量分析电子特性差异对表达效率的影响 | 细胞工程改善分泌仍属试错方法，且改进效果至少部分依赖于目标蛋白的特性 | 评估冷大气压等离子体处理对毕赤酵母中重组蛋白内切葡聚糖酶II分泌的增强效果及机理 | 毕赤酵母宿主及整合的内切葡聚糖酶II重组蛋白 | 合成生物学 | NA | 冷大气压等离子体处理，COMSOL模拟，光谱分析 | NA | 实验数据，模拟数据，光谱数据 | 不同等离子体处理时间（120、180、240秒）及两种激发模式（交流、直流）条件下的毕赤酵母培养样品 | NA | 毕赤酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 5 | 2026-08-26 |
Computational analysis into the potential of azo dyes as a feedstock for actinorhodin biosynthesis in Pseudomonas putida
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299128
PMID:38437212
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研究论文 | 本研究通过计算分析探索利用偶氮染料作为假单胞菌生产放线紫红素的潜在可行性 | 首次采用约束最小割集方法评估偶氮染料作为非常规碳源用于聚酮化合物生物合成的潜力，并发现其比葡萄糖更优的生长耦合策略 | 未提供实验验证，仅基于计算预测结果 | 探究将偶氮染料用作底物，通过工程改造恶臭假单胞菌来生产放线紫红素 | 恶臭假单胞菌KT2440，偶氮染料，葡萄糖，放线紫红素 | 合成生物学，代谢工程 | 不适用 | 约束最小割集分析，通量平衡分析 | 代谢模型 | 基因组规模代谢模型数据 | 不适用 | 不适用 | 恶臭假单胞菌 | 不适用 | 工业生物技术，环境 |
| 6 | 2026-08-13 |
Promoters and Synthetic Promoters in Trichoderma reesei
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_3
PMID:39068331
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综述 | 本文综述了里氏木霉中天然启动子和合成启动子的研究进展，重点介绍了可调控和组成型启动子对蛋白表达的影响、新启动子的发现以及未来优化蛋白表达的策略 | 系统总结了将强诱导型启动子如Pcbh1通过替换转录抑制因子与激活因子进行改造，以及将组成型启动子Pcdna1转化为合成杂合启动子的方法，并整合了多种合成表达系统 | 本文仅为综述，未包含新的实验数据，且指出仍需进一步研究以发现新启动子和制定新表达策略来提升工业规模蛋白产量 | 阐述里氏木霉中可调控和组成型启动子的研究、不同启动子对天然和异源蛋白表达的影响、新启动子的发现，以及未来优化蛋白表达的策略 | 里氏木霉（Trichoderma reesei）的启动子及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、转录组分析、合成生物学方法 | NA | 基因组和转录组数据 | NA | 合成启动子、基因表达系统 | 里氏木霉 | 可诱导表达系统（如光响应、铜诱导、L-甲硫氨酸诱导、Tet-On系统）及合成杂合启动子 | 工业生物技术 |
| 7 | 2026-08-13 |
Chemical Reaction Models in Synthetic Promoter Design in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_1
PMID:39068329
|
研究论文 | 本文讨论化学反应网络（CRN）作为计算机辅助设计界面，用于在细菌合成启动子设计中应用形式化方法，并以大肠杆菌双组分系统为例展示模型如何调谐启动子强度 | 将化学反应网络模型作为合成启动子设计的计算机辅助接口，通过形式化方法扫描和探索不同检测阈值的表型区域，为微调启动子强度提供新途径 | 基于已发表结果，未涉及实际实验验证 | 利用化学反应网络模型辅助合成启动子设计，以匹配特定规格 | 大肠杆菌双组分系统及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 化学反应网络建模 | 化学反应网络（CRN）模型 | 模型数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 合成启动子 | 工业生物技术 |
| 8 | 2026-08-13 |
Genetic Engineering of Microorganisms with Electroactive Genes for the Fabrication of Electrochemical Microbial Biosensors
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_17
PMID:39068345
|
研究论文 | 本文描述了一种利用电活性基因对微生物进行基因工程改造，并制造电化学微生物生物传感器的方法 | 通过整合电活性基因至工程化传感微生物中，将目标信息直接转换为电信号输出，省略传统传感策略中电信号转换步骤，简化生物传感器开发流程，并利用合成生物学方法创建新型基因电路，扩大生物传感器应用范围 | 未提及具体局限性 | 开发一种通过基因工程改造微生物以制造电化学微生物生物传感器的方法 | 微生物 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 微生物 | 逻辑门、基因电路 | 生物传感 |
| 9 | 2026-08-13 |
Fine-Tuning Gene Expression in Bacteria by Synthetic Promoters
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_12
PMID:39068340
|
综述 | 本文综述了细菌中通过合成启动子微调基因表达的研究进展，包括启动子文库构建、表征方法以及机器学习模型的应用 | 概述了机器学习算法在启动子特征分析中的应用，并强调了合成启动子相比天然启动子在精细调控基因表达方面的优势 | 未提及具体局限性 | 探讨合成启动子在细菌基因表达精细调控中的应用和前景 | 细菌中的合成启动子，重点包括大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和蓝藻中的启动子 | 合成生物学 | NA | 诱变、报告基因表达分析、机器学习建模 | 机器学习模型（未具体指明） | 序列数据、基因表达数据 | NA | NA | 大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、集胞藻PCC 6803 | 合成启动子用于调控基因表达，未涉及具体电路 | 合成生物学 |
| 10 | 2026-08-06 |
OpenCell: A low-cost, open-source, 3-in-1 device for DNA extraction
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298857
PMID:38696375
|
研究论文 | 介绍了一种低成本、开源的3合1实验室设备OpenCell，用于DNA提取 | 将珠磨匀浆器、微型离心机和涡旋混合器集成到一个紧凑单元中，利用模块化附件和行星齿轮机构，成本低于50美元 | 未提及具体局限性 | 为预算有限的实验室提供经济实惠的DNA提取设备 | 菠菜（Spinacia oleracea） | 合成生物学 | NA | DNA提取 | NA | NA | 菠菜样本，具体数量未提及 | 3D打印 | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 11 | 2026-07-10 |
The fusion of physics and biology in early mammalian embryogenesis
2024, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.05.001
PMID:38937030
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综述 | 本文综述了生物力学在哺乳动物早期胚胎发生中的作用，探讨了物理力与生物学过程的融合 | 系统整合了生物物理机制在囊胚形成、胚胎着床和早期原肠胚形成中的关键功能，并强调了合成生物学与先进生物材料相结合的潜力 | 未详细讨论具体实验数据或量化结果，可能缺乏对特定机制的深入验证 | 探索哺乳动物早期胚胎发生中生物物理机制的作用，并展望利用这些见解推动再生医学发展 | 哺乳动物胚胎（如小鼠和人类胚胎），以及体外模型（如blastoids、gastruloids等类胚胎结构） | NA | NA | CRISPR介导的基因组扰动、活体成像 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 小鼠、人类 | NA | 医学、再生医学 |
| 12 | 2026-07-03 |
A Directed Evolution Protocol for Engineering Minimal Transcription Factors, Based on CIS Display
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_1
PMID:38441754
|
研究论文 | 提出一种基于CIS展示的定向进化方法，用于工程化最小转录因子 | 首次将CIS展示技术应用于DNA结合蛋白的选择，突破了传统质粒克隆方法在库容量上的限制，实现大于10^10变体的库规模 | 仅以Cro转录因子为例验证方法，其他DNA结合蛋白的适用性尚未充分证明 | 开发一种高效定向进化DNA结合蛋白的体外展示方法 | 最小转录因子Cro | 合成生物学 | NA | CIS展示 | NA | NA | 从10^6的起始频率中富集1个Cro蛋白 | CIS展示系统 | NA | NA | 合成生物学、医学 |
| 13 | 2026-06-20 |
IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad898
PMID:37870445
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研究论文 | 开发了一个整合药用植物基因组和转录组数据的综合平台IMP | 提供了一个公开可访问的一站式平台，包含84个高质量基因组组装和2156个转录组样本，集成了10个分析模块 | 未提及注释数据的准确性验证或与其他数据库的整合情况 | 促进药用植物分子代谢途径的理解，推动合成生物学和药物发现 | 药用植物的基因组和转录组数据 | 数字病理学 | NA | 基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组序列, 转录组表达数据 | 84个高质量基因组组装和2156个转录组测序样本 | NA | 药用植物 | NA | 医学, 药物发现, 合成生物学 |
| 14 | 2026-06-02 |
Genetic Engineering and Rebooting of Bacteriophages in L-Form Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_16
PMID:38066374
|
研究论文 | 本文详细介绍了在L型细菌中通过基因工程改造和重启噬菌体的方法 | 提出利用细胞壁缺陷的L型细菌作为宿主，以激活感染革兰氏阳性菌的合成噬菌体基因组，克服了传统转化革兰氏阳性菌的困难 | NA | 开发新型无标记基因组编辑方法，促进治疗性噬菌体的工程化改造 | 噬菌体的基因工程改造和重启技术 | 合成生物学 | 感染性疾病 | 基因工程、噬菌体基因组合成与重启 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | L型细菌（细胞壁缺陷）、革兰氏阳性菌 | NA | 医学（噬菌体疗法） |
| 15 | 2026-06-02 |
Synthetic Biology to Engineer Bacteriophage Genomes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_17
PMID:38066375
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研究论文 | 本文综述了合成生物学领域中用于工程化噬菌体基因组的两种主要策略：噬菌体电穿孔重组工程和酵母为基础的噬菌体工程平台 | 系统比较了两种成功用于遗传改造噬菌体基因组的新技术，突出了合成生物学在开发具有新功能的专用噬菌体方面的进展 | 未说明 | 介绍并比较用于基因工程噬菌体基因组的技术策略 | 噬菌体基因组 | 合成生物学 | NA | BRED、酵母为基础的噬菌体工程 | NA | NA | NA | BRED、酵母工程平台 | 噬菌体、酵母 | NA | 病原体控制与检测、靶向药物递送、新材料组装 |
| 16 | 2026-05-30 |
Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14
PMID:38780738
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研究论文 | 评估共转录折叠模拟质量，开发用户友好的BarMap-QA流程以简化RNA共转录折叠动力学分析 | 提出BarMap-QA流程，克服原始BarMap软件在特定共转录折叠场景下的使用困难，通过迭代工作流和多种质量指标监测实现可靠模拟 | 模拟仍基于二级结构粗粒度表示，无法捕捉RNA三级结构细节；案例仅验证合成核糖开关，普适性需进一步测试 | 提升共转录RNA折叠模拟的实用性和可靠性，验证合成生物电路设计 | 共转录折叠过程中的RNA二级结构动态变化 | 计算生物学, 合成生物学 | NA | 马尔可夫过程模拟, BarMap方法, Docker部署 | 马尔可夫模型 | RNA二级结构数据 | 一个合成转录调控型核糖开关作为案例 | BarMap-QA流程 | NA | 合成转录调控核糖开关 | 合成生物学, 计算模拟 |
| 17 | 2026-05-28 |
A quantitative autonomous bioluminescence reporter system with a wide dynamic range for Plant Synthetic Biology
2024-01, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14146
PMID:37882352
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研究论文 | 提出了一种基于自发光真菌生物发光循环的定量报告系统，用于植物合成生物学中的基因表达测量 | 首次利用Neonothopanus nambi真菌全生物发光循环构建自维持报告系统，无需外源供应荧光素酶底物，并通过设置HispS基因作为转录入口点显著提高动态范围 | 未明确说明，但可能包括植物中自发光系统的长期稳定性和组织特异性表达等潜在问题 | 开发低成本、高通量的植物基因表达定量报告系统，以优化合成基因回路 | 本氏烟草（N. benthamiana）和拟南芥（推测） | 植物合成生物学 | NA | 自主生物发光报告系统 | NA | 发光和荧光数据 | 涉及多种合成基因回路，包括植物激素传感器和光遗传传感器等，具体样本数量未明确 | NA | 本氏烟草（N. benthamiana） | 自发光报告回路（NeoLuc/eGFP系统），包括激素传感器、光遗传传感器和化学/光双开关 | 农业、工业生物技术 |
| 18 | 2026-05-27 |
Novel strategies for drug repurposing
2024, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2024.03.021
PMID:38789188
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评论 | 本文从合成生物学、精准医学和纳米生物技术角度，探讨了药物重定位在癌症精准医学中的新策略，并报告了一种优化的伤口愈合实验方法用于验证药物敏感性和重定位 | 提出了一个优化的伤口愈合实验方法，可用于验证药物敏感性和药物重定位，并以HeLa细胞为基准展示了该方法在限制细胞增殖药物筛选中的应用 | 该方法目前仅在HeLa细胞上验证，未来扩展至实体瘤二维培养和白血病三维培养仍需进一步研究 | 探讨药物重定位在癌症精准医学中的新策略，并提供一种实验方法用于药物筛选和验证 | 药物重定位策略、伤口愈合实验方法、HeLa细胞 | 精准医学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | HeLa细胞 | NA | 医学 |
| 19 | 2026-03-14 |
Expanding the synthetic biology toolbox of Cupriavidus necator for establishing fatty acid production
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae008
PMID:38366943
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研究论文 | 本研究扩展了Cupriavidus necator的合成生物学工具箱，通过验证启动子、设计RBS库和优化密码子，以促进脂肪酸生产 | 首次在C. necator中系统验证和表征诱导型和组成型启动子，设计并测试了RBS库实现50倍表达范围，并研究了密码子优化对基因表达的影响 | 文中提到仍需克服进一步障碍才能广泛用于生物合成过程，具体限制未详细说明 | 建立和优化Cupriavidus necator的合成生物学工具箱，以支持脂肪酸等化学品的高效生产 | Cupriavidus necator细菌及其基因表达元件（如启动子、RBS、密码子优化） | 合成生物学 | NA | 基因表达验证、RBS库设计、密码子优化、GFP和mCherry报告基因表达 | NA | 基因表达数据、荧光蛋白测量数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Cupriavidus necator | 生物传感器、代谢途径 | 工业生物技术 |
| 20 | 2026-03-06 |
Enabling neighbour labelling: using synthetic biology to explore how cells influence their neighbours
2024-01-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201955
PMID:38165174
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综述 | 本文综述了合成生物学和图像分析技术的最新进展，以探索细胞如何影响其邻近细胞 | 整合合成生物学工具与图像分析方法，以解决细胞间相互作用研究中的技术挑战 | 在发育模型系统中应用这些技术时存在机会和限制 | 探索细胞间相互作用在发育过程中的机制 | 细胞及其邻近细胞 | 合成生物学 | NA | 图像分析 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | 医学 |