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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-01-05 |
Inert splint-driven oligonucleotide assembly
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae019
PMID:39734808
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的寡核苷酸片段组装方法,称为splint-driven assembly reaction | 该方法使用了一种一管式的splint-driven组装反应,不同于依赖短且高度纯化的寡核苷酸的聚合酶链式组装和连接酶链式组装 | NA | 开发一种新的寡核苷酸片段组装方法,用于合成生物学、定向进化、功能蛋白测定等领域 | 寡核苷酸片段 | 合成生物学 | NA | Oxford Nanopore测序、Sanger测序 | NA | DNA序列 | 741-bp基因片段 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2025-01-05 |
Harnessing lactic acid bacteria for nicotinamide mononucleotide biosynthesis: a review of strategies and future directions
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1492179
PMID:39735184
|
综述 | 本文综述了利用乳酸菌(LAB)进行烟酰胺单核苷酸(NMN)生物合成的策略和未来方向 | 本文深入分析了多种代谢工程策略,包括酶优化、途径重连和发酵过程增强,以提高LAB中NMN的产量,并探讨了CRISPR/Cas9和传统方法在关键生物合成途径中的应用 | NA | 研究目的是开发可扩展且工业相关的NMN生产工艺,以满足不断增长的市场需求 | 研究对象是乳酸菌(LAB)及其在NMN生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, 代谢工程, 发酵过程优化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2025-01-05 |
Engineering Nicotiana benthamiana for chrysoeriol production using synthetic biology approaches
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1458916
PMID:39741678
|
研究论文 | 本研究利用合成生物学技术在本氏烟草中生产甲基化黄酮chrysoeriol,并优化了其生物合成途径 | 通过合成生物学技术将chrysoeriol的生物合成途径从八步缩短至四步,并成功在本氏烟草中实现高效生产 | 研究仅在本氏烟草中进行,未在其他植物或系统中验证其普适性 | 提高黄酮类化合物的生产效率,解决其天然含量低和化学合成困难的问题 | 本氏烟草及chrysoeriol的生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术、农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2025-01-05 |
Research and application of intelligent diagnosis and treatment engineering bacteria
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1524376
PMID:39744595
|
研究论文 | 本文探讨了智能诊断和治疗工程细菌的研究与应用,包括菌株选择、生物传感系统设计和释放策略规划 | 利用合成生物学技术开发具有增强智能的基因工程细菌,能够自主检测环境信号并表达功能蛋白,结合人工智能、纳米材料和光学技术,拓展了临床应用 | NA | 研究智能诊断和治疗工程细菌的开发及其在疾病治疗中的应用 | 智能诊断和治疗工程细菌 | 合成生物学 | 代谢疾病、炎症疾病、肿瘤、感染疾病 | 合成生物学、人工智能、纳米材料、光学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-12-28 |
CryptKeeper: a negative design tool for reducing unintentional gene expression in bacteria
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae018
PMID:39722801
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CryptKeeper的软件工具,用于减少细菌中非预期基因表达 | CryptKeeper是一个新的软件管道,能够可视化基因表达信号的预测并估计DNA序列可能的翻译负担 | NA | 减少细菌中非预期基因表达,以解决克隆挑战和避免实验失败 | 细菌中的非预期基因表达 | 合成生物学 | NA | 计算工具 | NA | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-12-20 |
Advancing microbiota therapeutics: the role of synthetic biology in engineering microbial communities for precision medicine
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1511149
PMID:39698189
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综述 | 本文综述了合成生物学在推进微生物组研究和治疗中的变革潜力,探讨了其在精准医学中的应用 | 本文整合了计算机科学、工程学和生物学,利用CRISPR/Cas9基因编辑、代谢工程和合成寡核苷酸合成等前沿技术,为个性化益生菌和工程微生物等靶向治疗铺平道路 | 本文讨论了遗传稳定性、环境安全性和健全的监管框架等挑战,强调了持续研究以确保安全有效的微生物组干预的重要性 | 探讨合成生物学在推进微生物组研究和治疗中的作用,特别是其在精准医学中的应用 | 微生物组、合成生物学技术、肠道微生物在疾病中的作用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、代谢工程、合成寡核苷酸合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-12-15 |
Advances and challenges in synthetic biology for mosquito control
2024-01, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2023.11.001
PMID:38000957
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综述 | 本文综述了利用合成生物学控制蚊媒疾病的现状、未来目标以及基因编辑在全球健康防御中的重要性 | 探讨了利用合成生物学增强蚊子对病原体的抵抗力或消除蚊媒的创新方法 | 未具体讨论合成生物学方法的实际应用效果或局限性 | 探讨利用合成生物学控制蚊媒疾病的创新方法及其在全球健康防御中的重要性 | 蚊媒疾病及其传播媒介蚊子 | NA | NA | 基因编辑 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-12-13 |
Harnessing regulatory networks in Actinobacteria for natural product discovery
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae011
PMID:38569653
|
综述 | 本文综述了放线菌中调控网络在天然产物发现中的应用 | 提出了基于调控指导的基因组挖掘方法,以激活生物合成基因簇(BGCs)的表达,并优先选择特定BGCs进行表达 | 当前随机筛选生物活性化合物的投资回报率低,且难以预测哪些BGCs应优先考虑 | 探讨如何优先选择和激活放线菌中的生物合成基因簇,以促进天然产物的发现 | 放线菌中的生物合成基因簇及其调控网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-12-13 |
Expanding the synthetic biology toolbox of Cupriavidus necator for establishing fatty acid production
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae008
PMID:38366943
|
研究论文 | 本文开发并优化了Cupriavidus necator的基因表达和基因组工程工具箱,以促进脂肪酸生产 | 验证并表征了一组诱导性和组成性启动子,设计并测试了RBS库,研究了密码子优化对基因表达的影响 | 仍需克服一些障碍,使C. necator广泛用于生物合成过程 | 开发和优化Cupriavidus necator的基因表达和基因组工程工具箱 | Cupriavidus necator中的启动子、RBS和密码子优化 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | 基因表达数据 | 一组诱导性和组成性启动子,一个RBS库,gfp和mCherry基因的密码子优化变体 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-12-13 |
Using Euf1 transcription factor as a titrator of erythritol-inducible promoters in Yarrowia lipolytica; insight into the structure, splicing, and regulation mechanism
2024-Jan-09, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foae027
PMID:39169472
|
研究论文 | 本研究使用Euf1转录因子作为调节因子,探索其在Yarrowia lipolytica中对赤藓糖醇诱导型启动子的调控机制 | 通过使用Euf1转录因子作为启动子调节因子,扩展了合成启动子的可调性,并提出了Euf1调控启动子作用的新机制 | 研究中Euf1的过表达导致启动子的赤藓糖醇诱导特性丧失 | 探索合成生物学中可控调节元件的调控机制 | Euf1转录因子及其在Yarrowia lipolytica中的调控作用 | 合成生物学 | NA | 转录因子调控 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-12-12 |
T7 phage-assisted evolution of riboswitches using error-prone replication and dual selection
2024-01-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52049-9
PMID:38287027
|
研究论文 | 本文展示了利用T7噬菌体辅助进化技术,通过错误倾向复制和双重选择系统,成功进化了茶碱核开关 | 本文创新性地设计了T7AE技术,通过双重选择系统实现了对功能性核开关的有效筛选和富集 | NA | 开发一种新的技术来进化和改进基因开关,特别是基于非编码RNA的开关 | 茶碱核开关及其在T7噬菌体中的进化 | 合成生物学 | NA | 错误倾向复制 | NA | DNA | 65,536个工程化的T7噬菌体 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-12-10 |
Toolbox of Characterized Genetic Parts for Staphylococcus aureus
2024-01-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00325
PMID:38064657
|
研究论文 | 本文报道了首个用于金黄色葡萄球菌的标准化遗传部件工具箱,包括来自多种细菌的启动子、核糖体结合位点、终止子和质粒复制子,用于精确控制基因表达 | 首次为金黄色葡萄球菌建立了标准化的遗传部件工具箱,并展示了其在理性设计和工程化中的应用 | NA | 开发适用于金黄色葡萄球菌的合成生物学工具 | 金黄色葡萄球菌的遗传部件 | 合成生物学 | NA | DNA组装策略 | NA | 基因表达数据 | 24个组成型启动子,金黄色葡萄球菌ATCC 12600 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-12-01 |
Development of modular expression across phylogenetically distinct diazotrophs
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae033
PMID:39257030
|
研究论文 | 本文报道了优化协议和质粒,用于操纵系统发育多样的固氮菌,以实现合成生物学和基因工程 | 开发了三种广宿主范围的质粒,其中一种特定质粒在测试的细菌中表现出最高的兼容性,并展示了模块化表达和基因组编辑 | 仅在少数固氮菌中进行了测试,尚未广泛应用于农业应用 | 开发用于固氮菌的基因操作工具,以减少对合成肥料的需求 | 系统发育多样的固氮菌 | NA | NA | 基因组编辑 | NA | NA | 测试了三种固氮菌和一种Klebsiella michiganensis M5al | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-11-30 |
Editorial: Recent advances in application of synthetic biology for production of bioactive compounds, volume II
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1517610
PMID:39610939
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-11-23 |
Enzyme cascades for in vitro and in vivo FMN prenylation and UbiD (de)carboxylase activation under aerobic conditions
2024, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2024.10.015
PMID:39572138
|
研究论文 | 本文介绍了在有氧条件下使用酶级联系统进行体外和体内FMN法尼基化和UbiD(脱)羧酶激活的两种方法 | 开发了在有氧条件下进行FMN法尼基化和UbiD激活的稳健方法,以促进异源活性UbiD酶的生产 | 目前对FMN法尼基化和UbiD激活的实验复杂性了解有限,导致重组UbiD酶的活性不足 | 开发高效的方法进行体外和体内FMN法尼基化和UbiD激活,以促进活性UbiD酶的异源生产 | UbiD(脱)羧酶及其辅因子FMN的法尼基化 | 生物催化 | NA | 酶级联系统 | NA | NA | 使用重组大肠杆菌细胞进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-11-20 |
A new era of synthetic biology-microbial community design
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae011
PMID:39086602
|
研究论文 | 本文探讨了合成生物学在微生物群落设计中的最新进展,并提出了基于模块化建模的无机体方法 | 提出了将合成生物学与计算模型完全整合的新方法,强调模块化建模在设计多物种群落中的应用 | 尚未完全实现模型与合成设计过程的整合 | 探讨合成生物学在微生物群落设计中的应用,并提出新的设计方法 | 微生物群落及其功能模块 | 合成生物学 | NA | NA | 模块化计算模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-11-20 |
Data hazards in synthetic biology
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae010
PMID:38973982
|
研究论文 | 本文介绍了在合成生物学中数据科学应用的潜在风险,并提出了一个社区开发的框架来评估这些数据风险 | 提出了一个社区开发的框架来评估合成生物学中的数据风险,并应用于两个案例研究 | 未详细说明具体的案例研究细节和框架的具体实施步骤 | 探讨数据科学在合成生物学中的应用风险,并提出相应的评估框架 | 合成生物学中的数据风险 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 数据 | 两个合成生物学案例研究 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-11-20 |
Navigating the 'moral hazard' argument in synthetic biology's application
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae008
PMID:38828013
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研究论文 | 本文探讨了合成生物学应用中的'道德风险'问题,并提出了应对策略 | 本文提出了应对合成生物学应用中道德风险的具体方法 | 未提及具体的技术或模型,缺乏实证研究 | 探讨合成生物学应用中的道德风险问题,并提出解决方案 | 合成生物学技术及其应用中的道德风险 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
A new Editor-in-chief for Synthetic Biology
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae006
PMID:38638609
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-11-20 |
Preparing for the future of precision medicine: synthetic cell drug regulation
2024, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysae004
PMID:38327596
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研究论文 | 讨论了合成细胞药物在精准医学未来发展中的监管挑战 | 提出了合成细胞作为新型生物反应器的潜力,并探讨了其在合成生物学和生物医学中的应用前景 | 文章主要讨论了监管方面的挑战,未深入探讨技术实现的具体细节 | 探讨合成细胞药物在精准医学中的应用及监管挑战 | 合成细胞及其在生物医学中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成细胞技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |