合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	DNA methylases for site-selective inhibition of type IIS restriction enzyme activity 2024-Jan-25, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13015-7 PMID:38270650	研究论文	本文研究了通过重组DNA甲基化酶来抑制IIS型限制酶活性的方法	开发了可用于合成生物学和DNA组装技术的重组DNA甲基化酶	NA	生产能够体外抑制IIS型限制酶的重组DNA甲基化酶	DNA甲基化酶及其在抑制IIS型限制酶活性中的应用	合成生物学	NA	DNA甲基化	NA	DNA	十种甲基化酶
122	2024-08-07	'Seeing' the electromagnetic spectrum: spotlight on the cryptochrome photocycle 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1340304 PMID:38495372	review	本文综述了植物隐花色素如何获得光感应功能的机制	讨论了隐花色素光循环中产生的反应性氧物种（ROS）及其在生物应激反应中的作用，以及隐花色素对电磁场的响应和在光遗传学中的应用	NA	探讨植物隐花色素如何获得光感应功能及其在生物学和医学中的潜在应用	植物隐花色素及其光循环机制	NA	NA	NA	NA	NA	NA
123	2024-08-07	High-throughput prediction of enzyme promiscuity based on substrate-product pairs 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae089 PMID:38487850	研究论文	本文开发了一种基于底物-产物对的酶混杂性预测模型SPEPP，利用迁移学习和变换器架构进行预测	SPEPP模型通过迁移学习和变换器架构，无需先验反应知识，允许用户自定义候选酶库，具有较强的外推能力	NA	解决现有基于底物和反应相似性的工具在代谢工程和合成生物学中应用的局限性	酶混杂性预测及其在代谢工程、从头途径设计和有害物质降解中的应用	代谢工程	NA	迁移学习	变换器架构	底物-产物对数据	NA
124	2024-08-07	The whack-a-mole governance challenge for AI-enabled synthetic biology: literature review and emerging frameworks 2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2024.1359768 PMID:38481570	综述	本文综述了AI驱动的合成生物学带来的治理挑战，并描述了新兴的治理框架	提出了‘打地鼠’治理模式，以应对AI驱动合成生物学带来的不断变化的挑战	文章主要基于文献综述，缺乏实证研究	探讨如何有效治理AI驱动的合成生物学，以平衡创新与生物安全	AI驱动的合成生物学及其治理框架	NA	NA	NA	NA	NA	NA
125	2024-08-07	Self-driving laboratories to autonomously navigate the protein fitness landscape 2024-Jan, Nature chemical engineering DOI:10.1038/s44286-023-00002-4 PMID:38468718	研究论文	本文介绍了用于全自动蛋白质工程的自主驾驶机器平台SAMPLE，该平台通过智能代理学习蛋白质序列-功能关系，设计新蛋白质并通过自动化机器人系统进行实验测试	提出了SAMPLE平台，实现了蛋白质工程的自动化和加速，提高了蛋白质设计的效率	NA	旨在通过自主驾驶实验室平台加速蛋白质工程，特别是提高糖苷水解酶的热稳定性	糖苷水解酶酶	蛋白质工程	NA	自动化机器人系统	智能代理	蛋白质序列	四个SAMPLE代理
126	2024-08-07	Plant Engineering to Enable Platforms for Sustainable Bioproduction of Terpenoids 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_1 PMID:38468079	综述	本文综述了利用植物工程技术开发可持续生产萜类化合物的平台，并强调了优化已知途径、细胞内途径的区室化以及为复杂生物合成途径工程开发的遗传工具等策略。	本文介绍了利用植物作为可持续生产平台，通过代谢工程和合成生物学技术，提高萜类化合物的产量和生产效率。	NA	开发可持续的解决方案，通过工程化宿主生物中的生物合成途径来生产萜类化合物。	萜类化合物及其在工业中的应用，如绿色溶剂、香料和香精、营养补充品、着色剂和治疗药物。	合成生物学	NA	代谢工程	NA	NA	NA
127	2024-08-07	Construction of Xylose-Utilizing Cyanobacterial Chassis for Bioproduction Under Photomixotrophic Conditions 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_4 PMID:38468082	研究论文	本文通过合成生物学方法，以快速生长的蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973为例，构建了一种新的能够利用木糖的蓝细菌底盘，以增加乙酰辅酶A用于生物生产	本文首次开发了一种合成生物学方法，用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘	NA	开发一种新的合成生物学方法，用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘	蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
128	2024-08-07	Multiplex Marker-Less Genome Integration in Pichia pastoris Using CRISPR/Cas9 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_10 PMID:38468088	研究论文	本文利用CRISPR/Cas9系统在Pichia pastoris中实现多基因无标记整合，构建细胞工厂	首次在Pichia pastoris中应用CRISPR/Cas9系统进行多基因整合，为C1生物转化提供平台	NA	开发Pichia pastoris中的合成生物学工具，特别是多基因路径的操作	Pichia pastoris细胞工厂的构建	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
129	2024-08-07	Genome Editing, Transcriptional Regulation, and Forward Genetic Screening Using CRISPR-Cas12a Systems in Yarrowia lipolytica 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_11 PMID:38468089	研究论文	本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR-Cas12a系统进行基因编辑、转录调控和功能基因组筛选的方法	开发了一套CRISPR-Cas12a载体，用于简单多重基因敲除、抑制和激活，并构建了一个全基因组范围的引导库，用于功能基因组筛选	NA	扩展CRISPR-Cas12a系统在工业重要宿主中的合成生物学工具	Yarrowia lipolytica中的基因编辑、转录调控和功能基因组筛选	合成生物学	NA	CRISPR-Cas12a	机器学习算法	基因组数据	全基因组范围的引导库，每个基因有八倍覆盖
130	2024-08-07	A Machine Learning Approach for Predicting Essentiality of Metabolic Genes 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_20 PMID:38468098	研究论文	本文描述了一种使用二元分类算法预测代谢基因必需性的策略	该方法结合了基因组规模代谢模型、有向图和机器学习，形成了一个可以在小规模敲除数据上训练的预测模型	NA	识别必需基因，特别是在将原料转化为有价值产品的代谢途径工程中	代谢基因的必需性	机器学习	NA	二元分类算法	NA	基因组规模代谢模型数据	小规模敲除数据
131	2024-08-07	Programming Juxtacrine-Based Synthetic Signaling Networks in a Cellular Potts Framework 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_17 PMID:38468095	research paper	本文开发了一种计算框架，使用模拟细胞系（ISCL）来设计和测试合成信号网络，以促进组织形成和形态发生	提出了一个包含基本可修改特征（如粘附、运动、生长和分裂）的模拟细胞系（ISCL），并能在其中快速工程化定制遗传电路以测试和改进不同的信号网络设计	NA	旨在重新编程高等真核细胞以促进组织形成和形态发生	合成生物学领域的合成发展	synthetic biology	NA	cellular Potts modeling	NA	NA	NA
132	2024-08-07	Genetic Network Design Automation with LOICA 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22 PMID:38468100	研究论文	介绍了一种名为LOICA的Python包，用于设计、建模和表征遗传网络，使用简单的面向对象设计抽象	LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类，并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化，实现了遗传网络的高效设计和模拟	NA	开发和应用遗传设计自动化工具，以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计	遗传网络的设计和模拟	生物工程	NA	遗传设计自动化	面向对象设计抽象	实验数据	NA
133	2024-08-07	Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26 PMID:38468104	研究论文	本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法	利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制，具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度	NA	探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用	细菌基因表达的控制	合成生物学	NA	光遗传技术	NA	NA	NA
134	2024-08-07	In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27 PMID:38468105	研究论文	本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能	使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA	仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景	开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法	小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能	合成生物学	NA	Golden Gate克隆	NA	RNA	以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例
135	2024-08-07	In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24 PMID:38468102	研究论文	本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术	PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当	NA	提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展	多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母	合成生物学	NA	PEDA方法	NA	DNA片段	多种微生物
136	2024-08-07	Anti-CRISPR with non-protein substances 2024-01, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002 PMID:37482468	research paper	本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题	研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路	NA	开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应	基于非蛋白质物质的反CRISPR策略	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	NA
137	2024-08-07	Coiled-Coil Interaction Toolbox for Engineering Mammalian Cells 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_3 PMID:38441756	研究论文	本文介绍了用于哺乳动物细胞工程的卷曲螺旋（CC）肽设计工具箱及其在构建哺乳动物细胞中CC介导的逻辑电路的协议	卷曲螺旋肽作为调节蛋白质-蛋白质相互作用的独特有效工具，其结合特异性和亲和力可以被设计和控制	NA	开发用于合成生物学工具的卷曲螺旋肽，以调节蛋白质相互作用	哺乳动物细胞	合成生物学	NA	卷曲螺旋肽设计	NA	NA	NA
138	2024-08-07	Mechanistic Model-Driven Biodesign in Mammalian Synthetic Biology 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_6 PMID:38441759	综述	本文综述了数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用，包括设计优化电路和工程生物过程，预测行为，以及指导实验设计	讨论了基因组规模模型、机器学习和网络遗传学在扩展模型驱动哺乳动物细胞生物设计能力中的机会	NA	探讨数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用及其未来发展	哺乳动物合成生物学中的数学模型	合成生物学	NA	NA	数学模型	NA	NA
139	2024-08-07	A Directed Evolution Protocol for Engineering Minimal Transcription Factors, Based on CIS Display 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_1 PMID:38441754	研究论文	本文介绍了一种基于CIS展示的定向进化方法，用于从非结合蛋白池中高效筛选功能性DNA结合蛋白	首次使用CIS展示技术筛选DNA结合蛋白，该技术避免了传统的克隆步骤，允许更大的文库规模	目前仅在筛选最小转录因子Cro中进行了验证，尚未广泛应用于其他DNA结合蛋白或转录因子的工程化	开发一种新的定向进化方法，用于高效筛选和工程化DNA结合蛋白	DNA结合蛋白和转录因子	生物技术	NA	CIS展示技术	NA	DNA	从低起始频率（1 in 10）中筛选最小转录因子Cro
140	2024-08-07	A Computational Modeling Approach for the Design of Genetic Control Systems that Respond to Transcriptional Activity 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_8 PMID:38441761	研究论文	本文介绍了一种基于预测数学模型的系统方法，用于指导基于基因活性的传感器的设计和构建	该方法通过敏感性分析和参数扫描的迭代，实现用户驱动的电路优化，提供了一种通用的工程化方法来制造感应和响应细胞	NA	设计并优化能够响应转录活性的遗传控制系统	遗传电路在哺乳动物细胞中的实现	合成生物学	NA	预测数学建模	NA	NA	NA