合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	Genetic Network Design Automation with LOICA 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22 PMID:38468100	研究论文	介绍了一种名为LOICA的Python包，用于设计、建模和表征遗传网络，使用简单的面向对象设计抽象	LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类，并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化，实现了遗传网络的高效设计和模拟	NA	开发和应用遗传设计自动化工具，以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计	遗传网络的设计和模拟	生物工程	NA	遗传设计自动化	面向对象设计抽象	实验数据	NA
122	2024-08-07	Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26 PMID:38468104	研究论文	本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法	利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制，具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度	NA	探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用	细菌基因表达的控制	合成生物学	NA	光遗传技术	NA	NA	NA
123	2024-08-07	In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27 PMID:38468105	研究论文	本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能	使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA	仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景	开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法	小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能	合成生物学	NA	Golden Gate克隆	NA	RNA	以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例
124	2024-08-07	In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24 PMID:38468102	研究论文	本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术	PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当	NA	提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展	多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母	合成生物学	NA	PEDA方法	NA	DNA片段	多种微生物
125	2024-08-07	Anti-CRISPR with non-protein substances 2024-01, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002 PMID:37482468	research paper	本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题	研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路	NA	开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应	基于非蛋白质物质的反CRISPR策略	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	NA
126	2024-08-07	Coiled-Coil Interaction Toolbox for Engineering Mammalian Cells 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_3 PMID:38441756	研究论文	本文介绍了用于哺乳动物细胞工程的卷曲螺旋（CC）肽设计工具箱及其在构建哺乳动物细胞中CC介导的逻辑电路的协议	卷曲螺旋肽作为调节蛋白质-蛋白质相互作用的独特有效工具，其结合特异性和亲和力可以被设计和控制	NA	开发用于合成生物学工具的卷曲螺旋肽，以调节蛋白质相互作用	哺乳动物细胞	合成生物学	NA	卷曲螺旋肽设计	NA	NA	NA
127	2024-08-07	Mechanistic Model-Driven Biodesign in Mammalian Synthetic Biology 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_6 PMID:38441759	综述	本文综述了数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用，包括设计优化电路和工程生物过程，预测行为，以及指导实验设计	讨论了基因组规模模型、机器学习和网络遗传学在扩展模型驱动哺乳动物细胞生物设计能力中的机会	NA	探讨数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用及其未来发展	哺乳动物合成生物学中的数学模型	合成生物学	NA	NA	数学模型	NA	NA
128	2024-08-07	A Directed Evolution Protocol for Engineering Minimal Transcription Factors, Based on CIS Display 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_1 PMID:38441754	研究论文	本文介绍了一种基于CIS展示的定向进化方法，用于从非结合蛋白池中高效筛选功能性DNA结合蛋白	首次使用CIS展示技术筛选DNA结合蛋白，该技术避免了传统的克隆步骤，允许更大的文库规模	目前仅在筛选最小转录因子Cro中进行了验证，尚未广泛应用于其他DNA结合蛋白或转录因子的工程化	开发一种新的定向进化方法，用于高效筛选和工程化DNA结合蛋白	DNA结合蛋白和转录因子	生物技术	NA	CIS展示技术	NA	DNA	从低起始频率（1 in 10）中筛选最小转录因子Cro
129	2024-08-07	A Computational Modeling Approach for the Design of Genetic Control Systems that Respond to Transcriptional Activity 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_8 PMID:38441761	研究论文	本文介绍了一种基于预测数学模型的系统方法，用于指导基于基因活性的传感器的设计和构建	该方法通过敏感性分析和参数扫描的迭代，实现用户驱动的电路优化，提供了一种通用的工程化方法来制造感应和响应细胞	NA	设计并优化能够响应转录活性的遗传控制系统	遗传电路在哺乳动物细胞中的实现	合成生物学	NA	预测数学建模	NA	NA	NA
130	2024-08-07	A Mammalian-Based Synthetic Biology Toolbox to Engineer Membrane-Membrane Interfaces 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_4 PMID:38441757	研究论文	本文介绍了一种基于哺乳动物的合成生物学平台，用于在细胞间区域工程化功能性膜-膜界面	开发了一种新的合成生物学平台，利用一对二聚化蛋白在无细胞和细胞环境中工程化功能性膜-膜界面	NA	旨在为合成生物学家提供一个工具，用于工程化新的细胞间信号传导和通信系统	细胞间膜-膜界面及其在细胞过程中的功能	合成生物学	NA	合成生物学	二聚化蛋白	NA	NA
131	2024-08-07	RNA Switches Using Cas Proteins 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_12 PMID:38441765	研究论文	本文探讨了利用CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白作为RNA结合蛋白（RBPs），通过在mRNA的5'UTR插入crRNA/sgRNA序列，实现基因翻译的可调控性	利用Cas蛋白的多样性作为触发蛋白，极大地扩展了合成生物学中的可用工具	NA	扩展哺乳动物细胞中可用的RNA结合蛋白数量，建立转录后调控电路	CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白及其在mRNA调控中的应用	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	NA	RNA	使用HEK293FT细胞作为示例
132	2024-08-07	Detection of MicroRNAs Using Synthetic Toehold Switch in Mammalian Cells 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_16 PMID:38441769	研究论文	本文设计了一种新型合成脚趾开关，用于检测CHO、HeLa、HEK 293和MDA-MB-231乳腺癌细胞中表达的外源和内源miRNAs	首次设计和利用miRNA基的脚趾开关，特别是在真核翻译控制方面	NA	开发基于RNA的开关平台，用于报告细胞发展和疾病中的动态细胞机制	miR-155和miR-21的检测	合成生物学	乳腺癌	合成脚趾开关	NA	RNA	CHO、HeLa、HEK 293和MDA-MB-231乳腺癌细胞
133	2024-08-07	Advances in the Application of Single-Cell Transcriptomics in Plant Systems and Synthetic Biology 2024, Biodesign research DOI:10.34133/bdr.0029 PMID:38435807	综述	本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在植物系统和合成生物学中的应用进展	scRNA-seq技术能够揭示植物细胞层面上的高分辨率基因表达模式和细胞类型异质性，为植物系统设计和合成生物学提供新知识	目前scRNA-seq技术在植物中的应用仅限于少数物种，未来技术进步将降低成本并加速其在植物中的应用	探讨scRNA-seq在植物系统生物学和植物合成生物学研究中的应用，并讨论其挑战和机遇	植物系统和合成生物学	合成生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	已应用于有限数量的植物物种，包括模型植物、农作物和生物能源作物
134	2024-08-07	Engineering status of protein for improving microbial cell factories 2024 Jan-Feb, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108282 PMID:37939975	综述	本文综述了通过工程化蛋白质状态来提高微生物细胞工厂效率的策略	总结了代谢蛋白质状态的工程化策略，包括蛋白质工程提高微生物催化效率、蛋白质修饰调节微生物代谢能力及蛋白质组装增强微生物合成能力	未提及具体限制	探讨通过工程化蛋白质状态来提高微生物细胞工厂的效率	微生物细胞工厂中的蛋白质状态	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
135	2024-08-07	Artificial carbon assimilation: From unnatural reactions and pathways to synthetic autotrophic systems 2024 Jan-Feb, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108294 PMID:38013126	综述	本文综述了人工碳同化途径设计和人工自养菌株构建的代表性工作，并提出了基于现有研究结果和模式的可行设计方案	介绍了人工碳同化途径从理论到实践的进展，并提出了新的设计方案	仍需探索途径多样性、操作效率和宿主适应性	推动人工自养的发展和应用	人工碳同化途径和人工自养菌株	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
136	2024-08-07	Utilization of gene manipulation system for advancing the biotechnological potential of halophiles: A review 2024 Jan-Feb, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108302 PMID:38101552	综述	本文综述了利用基因操作技术提升嗜盐菌在工业生物技术中的应用潜力	介绍了当前基因操作技术在嗜盐菌工业应用中的积极影响，并探讨了其在合成生物学等创新研究领域的前景	文中指出，有效的基因操作系统和基因编辑工具对于加速嗜盐菌工程化过程至关重要	探讨嗜盐菌基因操作工具包的扩展如何促进生物技术的发展及其在生产改进中的应用	嗜盐菌及其在工业生物技术中的应用	工业生物技术	NA	基因操作技术	NA	NA	NA
137	2024-08-07	Strategies for the biological production of ectoine by using different chassis strains 2024 Jan-Feb, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108306 PMID:38157997	综述	本文综述了利用不同底盘菌株进行ectoine生物生产的策略	介绍了ectoine合成的代谢途径，并全面评估了野生型和基因改造菌株在ectoine生产中的应用	NA	提高ectoine生产的效率和简化生产过程	ectoine的生物生产	合成生物学	NA	发酵工程	NA	NA	NA
138	2024-08-07	Synthetic biology enables mushrooms to meet emerging sustainable challenges 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1337398 PMID:38414763	研究论文	本文综述了合成生物学在蘑菇培育和发酵中的应用，旨在解决日益增长的可持续性挑战	利用合成生物学策略，蘑菇在循环经济、人类健康、制药以及新兴领域如素食肉类、蘑菇基材料和污染治理中的应用潜力	NA	探讨合成生物学在蘑菇技术中的应用，强调其在未来的重要性和必要性	蘑菇及其在合成生物学中的应用	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
139	2024-08-07	[Research progress on development and utilization of minor ginsenosides] 2024-Jan, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20230824.201 PMID:38403306	综述	本文综述了次级人参皂苷的结构类型、药理活性、获取来源及转化途径，并提出了现有制备方法中存在的问题，探讨了未来的研究与利用前景	结合合成生物学方法，利用微生物作为宿主生产皂苷，为次级人参皂苷的工业化提供了新的可能性	目前研究主要集中在转化制备、工艺优化和药理活性，工业分析方面存在不足	总结次级人参皂苷的相关研究，提出存在的问题，并探讨未来的研究与利用前景，为提升其基础研究和推动工业化提供理论依据	次级人参皂苷的结构类型、药理活性、获取来源及转化途径	NA	NA	合成代谢工程方法	NA	文献综述	NA
140	2024-08-07	Mesoplasma florum: a near-minimal model organism for systems and synthetic biology 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1346707 PMID:38404664	研究论文	本文探讨了Mesoplasma florum作为一种近似最小模型生物在系统和合成生物学中的应用	首次发表Mesoplasma florum的基因组，并开发了多种分子工具和代谢模型，为未来的基因组工程和合成细胞设计提供了基础	由于技术限制和缺乏专用分子工具，该细菌的许多生物学特性长期未被研究	探索Mesoplasma florum在系统和合成生物学中的应用潜力	Mesoplasma florum的基因组、调控元件、质粒开发、比较基因组学、转座子诱变等	系统和合成生物学	NA	基因组克隆、基因组移植、代谢模型开发	NA	基因组数据	单个细菌物种Mesoplasma florum