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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-07-13 |
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.21.733446
PMID:42367879
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研究论文 | 通过活细胞超分辨率成像技术揭示增强子-启动子瞬间接触驱动基因激活的机制 | 首次通过合成生物学平台结合超分辨率活细胞成像技术,实现对增强子-启动子三维距离和新生转录的同时可视化,发现转录激活由~25-42纳米的瞬间接触调控 | 研究主要基于细胞系实验,尚未在体内或复杂组织中验证该瞬间接触模型的普适性 | 阐明增强子与启动子在空间和时间上的相互作用机制及其与转录激活的关系 | 增强子-启动子相互作用及转录动力学 | 合成生物学 | NA | 超分辨率活细胞成像 | NA | 图像 | 多种细胞系 | 合成生物学平台 | 哺乳动物细胞 | 增强子-启动子相互作用可视化系统 | 医学 |
| 22 | 2026-07-12 |
Diverse molecular mechanisms of in vivo haploid induction in plants: from fertilization interference to genome programming
2026-Jun-29, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-026-03882-x
PMID:42373814
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综述 | 综述植物体内单倍体诱导的三种核心分子机制及其应用平台 | 将雄配子缺陷、配子体重编程和着丝粒工程三种机制整合为统一框架,并强调无转基因基因组编辑平台及AI辅助设计 | 双子叶植物、大基因组作物及父本单倍体诱导效率低 | 阐明植物体内单倍体诱导的分子机制并推动跨物种通用系统开发 | 植物雄性配子(MTL/DMP/KPL)、配子体(BBM-BAR1)、着丝粒(CENH3/KNL2) | 农业生物技术 | NA | 基因组编辑(HIEdit, GEDH)、多组学、合成生物学、机器学习 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物(作物) | 合成无融合生殖通路 | 农业 |
| 23 | 2026-07-12 |
Endogenous constitutive promoters with a broad range of transcriptional activities for plant synthetic biology
2026-Jun-22, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-026-03885-8
PMID:42329465
|
研究论文 | 本研究从本塞姆氏烟草中鉴定内生组成型启动子,并定量表征其转录活性,为植物合成生物学提供CaMV 35S启动子的可靠替代 | 首次系统鉴定了本塞姆氏烟草的内源组成型启动子库,通过GFP和双荧光素酶报告系统定量测定其转录强度,并在多个异源物种中验证了启动子活性的跨物种保守性 | 启动子在单子叶植物(如玉米)中的活性显著降低,跨物种应用的通用性有限 | 为植物合成生物学提供具有定量定义转录强度的内源组成型启动子,作为CaMV 35S启动子的替代方案 | 本塞姆氏烟草的内源组成型启动子 | 植物合成生物学 | NA | GFP报告基因分析、双荧光素酶报告系统、原生质体瞬时表达 | NA | 基因表达数据 | 多个候选启动子,在拟南芥、白菜、辣椒、玉米等物种的原生质体中测试 | NA | 本塞姆氏烟草、白菜、辣椒、玉米 | 组成型启动子表达系统 | 农业、工业生物技术 |
| 24 | 2026-07-12 |
The big kinship of proline: Counting saturated and unsaturated secondary amino acids of different ring size
2026-Jun-19, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2026.06.010
PMID:42320729
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研究论文 | 对脯氨酸及其同系物(不同环大小的饱和与不饱和环状次级氨基酸)进行数学枚举和特性概述 | 提出了所有可能环状次级α-氨基酸和亚氨基酸的数学枚举程序,导出了修正卢卡斯序列的递归公式以及明确计数公式,为虚拟化合物数据库构建和化学合成计算机辅助设计提供了新方法 | 研究主要基于理论枚举和已知结构概述,未涉及实验验证或实际应用的具体效果评估 | 枚举不同环大小下所有可能的饱和与不饱和环状次级氨基酸,并提供这些化合物的结构和功能特性概述 | 脯氨酸及其同系物(不同环大小的环状次级α-氨基酸和亚氨基酸) | 合成生物学 | NA | 数学枚举 | NA | 文本与化学结构数据 | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 合成生物学, 药理学 |
| 25 | 2026-07-12 |
A programmable Aeromonas chassis, AMAX2, for advanced biomanufacturing
2026-06-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00231-26
PMID:42148730
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研究论文 | 该论文报道了下一代工程化气单胞菌底盘AMAX2,通过删除毒力和非必需基因增强生物安全性,同时保持快速生长和蛋白质表达,并整合多种合成生物学功能用于先进生物制造 | AMAX2在保持高生长速率和蛋白质产量的基础上,通过基因删除显著提升生物安全性,并集成可诱导系统、tRNA补充、基因组规模CRISPRi-seq必需基因鉴定、无DNA微细胞生产、表面展示和蛋白靶向分泌等多功能模块 | 论文未明确讨论AMAX2在长期培养中的遗传稳定性,以及与其他常用底盘(如大肠杆菌)在工业规模生产中的成本效益比较 | 开发一种兼具高性能、生物安全性和多功能性的可编程微生物底盘,用于先进生物制造和生物治疗开发 | 气单胞菌底盘AMAX2及其工程化改造 | 合成生物学 | NA | CRISPRi-seq, 基因删除, 质粒系统, 细胞表面展示, 蛋白质分泌系统 | NA | 基因组数据, 功能实验数据, 生物安全性数据 | 细胞和动物模型(具体数量未在摘要中提供) | CRISPRi-seq, 质粒工程 | 气单胞菌 | 可诱导表达系统, tRNASupplementation系统, SpyCatcher-SpyTag表面展示系统, VI型分泌系统介导的蛋白质转运 | 工业生物技术, 医学 |
| 26 | 2026-07-12 |
Hydrazinoacetic acid is a biosynthetic precursor of the bacterially produced nitramine, N-nitroglycine
2026-06-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00631-26
PMID:42159495
|
研究论文 | 本研究揭示了肼基乙酸是细菌产生的硝胺——N-硝基甘氨酸的生物合成前体 | 首次阐明天然产物N-硝基甘氨酸的生物合成途径,发现肼基乙酸是其关键前体,并验证了赖氨酸为硝基氮的来源,通过基因簇重建和同位素标记实验确认了合成路线 | 研究未完全阐明硝胺生物合成的全部步骤,且生物合成途径在工业生产中的可持续性尚需进一步开发 | 阐明细菌产生的硝胺天然产物N-硝基甘氨酸的生物合成机制 | 链霉菌属细菌(Streptomyces)及N-硝基甘氨酸 | 合成生物学 | NA | 稳定同位素标记、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、生物信息学分析、基因簇重建 | NA | 同位素标记数据、蛋白质组学数据、晶体结构数据 | 使用多种同位素标记前体(L-赖氨酸、甘氨酸、肼基乙酸)进行培养实验,样本数量未明确说明 | NA | 链霉菌属细菌(Streptomyces) | N-硝基甘氨酸的生物合成途径,涉及肼基乙酸的生成及硝胺中间体 | 工业生物技术、能源(含能材料) |
| 27 | 2026-07-09 |
Enhancing CRISPR/Cas-Mediated Gene Knockout With Short Non-Homologous Oligonucleotides
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70548
PMID:41725298
|
research paper | 本研究报道了通过共递送CRISPR-Cas基因编辑试剂与短双链非同源寡脱氧核苷酸(dsNHO)可显著提高莱茵衣藻的基因敲除效率 | 发现非同源寡核苷酸增强(NOE)现象,可将基因敲除效率提高高达100倍,并阐明其通过破坏细胞DSB感知通路将DNA修复从经典的NHEJ转向易错的MMEJ机制 | NOE效应受dsNHO长度、结构和化学修饰的显著影响,且具体机制仍需进一步验证 | 提高莱茵衣藻中CRISPR/Cas介导的基因敲除效率 | 莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因编辑, 非同源寡核苷酸增强(NOE) | NA | NA | 未明确样本数量 | CRISPR-Cas | 莱茵衣藻 | NA | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 28 | 2026-07-09 |
In Vivo Tracking Modalities for Oncolytic Reovirus: Principles, Clinical Applications, and Translational Integration
2026-Jun, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-026-02092-x
PMID:41963749
|
综述 | 批判性评估溶瘤呼肠孤病毒(特别是Pelareorep)的体内追踪策略,强调其临床转化和实施 | 整合了光学、核素、磁共振、超声/光声等多种模态成像及纳米技术、分子报告基因等先进工具,并引入合成生物学、AI、液体活检等新兴策略,提供了患者特异性追踪的规模化方案 | 病毒基因组容量限制、免疫介导清除以及信号穿透深度不足等挑战仍然存在 | 评估溶瘤呼肠孤病毒(尤其Pelareorep)的体内追踪技术,促进临床优化设计和个性化治疗 | 溶瘤呼肠孤病毒(Pelareorep)及其在肿瘤治疗中的体内分布和疗效监测 | 数字病理学 | 肿瘤 | 光学成像、核素成像、磁共振成像、超声/光声成像、纳米技术、分子报告基因、CRISPR、AI图像分析、液体活检 | NA | 图像 | NA | CRISPR回路、病毒条形码 | 人类细胞 | 合成生物学报告基因回路 | 医学 |
| 29 | 2026-07-09 |
Cotranslational Assembly of Oligomeric Proteins
2026-06, Annual review of biochemistry
IF:12.1Q1
|
综述 | 本文综述了寡聚蛋白的共翻译组装机制,探讨其与合成、折叠和亚基组装的紧密耦合,以及其在人类疾病、进化意义和合成生物学中的潜力 | 颠覆了寡聚蛋白组装是翻译后随机碰撞的传统观点,系统阐述了共翻译组装作为一种根本不同机制在空间时间协调、层次化组装、结构多样性及进化功能中的创新性影响 | 未提供具体实验数据支持,且共翻译组装在不同蛋白系统中的普遍性和具体调控机制仍需进一步验证 | 阐述共翻译组装的分子机制、细胞需求及功能意义,并讨论其在人类疾病、进化以及合成生物学中的应用潜力 | 寡聚蛋白的共翻译组装过程及其涉及的亚基 | 合成生物学 | 人类疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 重组蛋白生产 |
| 30 | 2026-07-06 |
Riboregulation in bacteria: From simple switches to complex regulatory networks
2026-06-07, Postepy biochemii
DOI:10.18388/tkbrr231
PMID:42400427
|
综述 | 本文综述了细菌中核糖调控从简单开关到复杂调控网络的作用机制和应用 | 系统总结了核糖调控的多层网络特性,包括sRNA结合蛋白和RNA海绵的调控作用,并强调了Hfq-CLASH等现代方法在体内识别这些相互作用的应用 | 未提供具体实验数据或定量分析来支持所述机制 | 阐述细菌核糖调控在适应性中的关键作用及其在合成生物学和抗抗生素耐药性中的应用 | 细菌的核糖调控元件,包括核糖开关、温度传感器、反义RNA和sRNA网络 | 合成生物学 | NA | Hfq-CLASH | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 核糖调控网络,包括开关、传感器和调控回路 | 合成生物学, 医学 |
| 31 | 2026-07-04 |
Toward development of soil-derived Bacillus isolates as lung cancer cytotoxic agents
2026-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2026.100074
PMID:42396176
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研究论文 | 探索土壤来源的芽孢杆菌分离物作为肺癌细胞毒性药物的潜力 | 通过结合环境微生物筛选、代谢物抗癌活性测试和数学模型构建,建立了一种从土壤细菌中发掘肺癌治疗用工程化微生物底盘和分子载体的平台 | 未明确说明,但隐含可能包括所需进一步体内验证及工程化改造的复杂性 | 开发土壤来源的芽孢杆菌分离物作为肺癌细胞毒性药物 | 从纽约曼哈顿公园土壤中收集和表征的芽孢杆菌分离物及其分泌代谢物 | 微生物组学、合成生物学、癌症治疗 | 肺癌 | 代谢物分析、共培养实验、数学模型 | 常微分方程模型 | 细胞生长数据、代谢物毒性数据 | 来自25个城市公园的土壤样本 | NA | 芽孢杆菌分离物 | NA | 医学 |
| 32 | 2026-07-04 |
Sulfolobales: Acidothermophilic archaea as models for biology and biotechnological applications
2026-Jun, Engineering microbiology
DOI:10.1016/j.engmic.2026.100262
PMID:42396182
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review | 综述了酸热古菌目Sulfolobales的生物学研究进展及其在生物技术中的应用 | 强调Sulfolobales作为古菌生物学、真核特征起源研究模型以及合成生物学平台的独特优势,并聚焦其专性异养菌在生物质降解中的应用 | 未涵盖所有Sulfolobales物种的详细代谢机制或大规模工业应用案例 | 总结Sulfolobales生物学研究进展并探讨其在生物技术中的应用潜力 | 酸热古菌目Sulfolobales | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | Sulfolobales | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 33 | 2026-07-03 |
Chemical Synthesis of Mirror-Image Proteins Reveals Chirality-Dependent Cellular Uptake Mediated by a Cell-Penetrating Peptide
2026-Jun-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c03792
PMID:42307060
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研究论文 | 通过化学合成镜像蛋白质,揭示了由细胞穿膜肽介导的细胞内化过程对手性依赖性的差异 | 首次系统研究了货物手性在细胞内化中的作用,通过保持恒定递送载体(cR10细胞穿膜肽)直接评估手性对摄取效率的影响 | 未明确讨论体内环境对手性依赖摄取的潜在影响,且研究仅限于体外细胞系实验 | 探究镜像肽和蛋白质在生物医学应用中,手性对细胞内化效率的影响 | 在L-和D-构型下合成的三种不同大小和结构复杂性的货物蛋白,并与细胞穿膜肽cR10偶联 | 合成生物学 | NA | 化学合成 | NA | 流式细胞术、凝胶分析、共聚焦显微镜图像 | 多种哺乳动物细胞系,具体样本量未说明 | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 34 | 2026-07-02 |
Cell-free synthesis and characterization of Salmonella, Escherichia coli, and Shigella-specific bacteriophages
2026-Jun-30, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03049-z
PMID:42380887
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研究论文 | 利用基于大肠杆菌的无细胞基因表达系统成功合成并表征了七种针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌的噬菌体 | 首次报道了五种噬菌体在无细胞系统中的成功合成,并展示了使用无内毒素菌株生产感染性噬菌体的能力,以及完全体外组装噬菌体基因组的可行性 | 无细胞合成噬菌体与宿主来源噬菌体在宿主依赖性感染效率上存在显著差异,可能限制了其在某些应用中的直接替代使用 | 评估基于大肠杆菌的无细胞平台合成多种与食品安全和合成生物学应用相关的噬菌体的能力 | 七种来自四个不同科、针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌的噬菌体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达系统 | NA | 噬菌体滴度、感染效率、热稳定性数据 | 七种噬菌体,涉及多个沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌宿主菌株 | NA | 大肠杆菌、ClearColi | NA | 食品, 医学 |
| 35 | 2026-07-02 |
A genetic manipulation tool based on the GP35 recombinase for targeted gene editing in mycoplasmas of ruminants
2026-Jun, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113096
PMID:42055338
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研究论文 | 介绍了一种基于GP35重组酶的质粒方法,用于实现对反刍动物支原体(如牛支原体)的靶向基因编辑 | 首次将噬菌体SPP1的GP35重组酶用于支原体的长单链DNA重组工程,实现精确的基因插入和缺失,规避了随机脱氨风险,且编辑率高达77.78%-100% | 未明确提及限制条件,可能需进一步验证在其它反刍动物病原中的通用性 | 开发有效的遗传操作工具以促进反刍动物支原体的致病机制研究和疫苗开发 | 反刍动物支原体(如牛支原体Mycoplasma bovis) | 基因编辑 | 牛支原体病、羊支原体病 | 重组工程、质粒构建 | NA | 基因序列、突变体数据 | 牛支原体突变体系列(含代谢与毒力基因),编辑率样本覆盖77.78%-100% | GP35重组酶(来自噬菌体SPP1) | 牛支原体(Mycoplasma bovis) | 质粒介导的长单链DNA重组路线 | 农业、医学 |
| 36 | 2026-07-02 |
Tumor-Mimic Artificial Cell Integrated With In Situ Synthetic Biology for Testing of Antitumor Drug Sensitivity
2026-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20240134
PMID:42382689
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研究论文 | 通过结合细胞膜仿生技术和原位合成生物学,构建了一种用于评估多种抗肿瘤药物疗效的类肿瘤人工细胞 | 首次将人工细胞技术与原位合成生物学相结合,设计了一种核糖酶可在细胞内催化分子信标裂解产生荧光信号,直接指示药物疗效,并利用3D编码人工细胞分类细胞特异性特征 | 未明确提及,但可能涉及人工细胞与真实生物系统之间的差异以及临床转化的挑战 | 开发一种有效且低成本的人工细胞平台,用于抗肿瘤药物的敏感性测试和药效分析 | 类肿瘤人工细胞,携带药物抗性蛋白的细胞膜,以及3D编码人工细胞 | 合成生物学,生物医学工程 | 肿瘤 | 细胞膜仿生技术,原位合成生物学,荧光成像 | NA | 荧光信号,细胞特征数据 | NA | 人工细胞技术 | NA | 核糖酶催化分子信标裂解的合成生物回路 | 医学 |
| 37 | 2026-07-01 |
Microbial Metabolic Strategies for Environmental Detoxification: From Enzymatic Mechanisms to Synthetic Biology and Omics
2026-Jun-29, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05797-5
PMID:42371328
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综述 | 探讨微生物利用代谢途径降解污染物的酶学机制及合成生物学与组学技术的应用 | 整合合成生物学、代谢工程与多组学方法,系统分析微生物群落协同作用及生物修复策略的优化路径 | 环境限制因素、监管问题及可持续性挑战被重点讨论 | 阐明微生物代谢用于环境解毒的机制与工程化策略 | 微生物酶系统、生物修复策略、微生物群落及组学方法 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 代谢工程 | 微生物 | 生物修复代谢通路 | 环境, 工业生物技术 |
| 38 | 2026-07-01 |
Spontaneous Non-Catalyzed Molecular Reactions and Interactions in the Human Body: Biomedical Implications
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524277
PMID:42183827
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综述 | 综述了人体内自发非催化分子反应与相互作用及其生物医学应用 | 系统总结生理条件下无酶介导的自发非催化反应,并探讨其在疾病诊断、药物递送和再生工程中的新兴机会 | 未提及具体实验验证或定量分析,可能缺乏对反应动力学和选择性的深入讨论 | 探讨非催化分子反应在生物医学中的潜在应用 | 人体内的小分子、蛋白质、细胞等组分间的非催化反应与相互作用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 免疫工程 |
| 39 | 2026-07-01 |
Genome mining and phylogenomics reveal diverse biosynthetic gene clusters in desert Actinobacteria
2026-Jun, Microbial genomics
IF:4.0Q2
DOI:10.1099/mgen.0.001764
PMID:42376834
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研究论文 | 通过基因组挖掘和系统发育基因组学方法,研究从埃及西奈沙漠分离的放线菌中多样化的生物合成基因簇 | 首次系统分析西奈沙漠放线菌的基因组,发现多个与已知参考序列相似度低的未知生物合成基因簇,揭示其作为新型抗菌和抗肿瘤代谢物来源的潜力 | 仅为基因组分析,缺乏实验验证和化学表征 | 探索沙漠放线菌中新型生物活性化合物的生物合成潜力 | 从西奈沙漠分离的放线菌菌株 | 天然产物发现 | NA | 基因组测序, 系统发育基因组学, 基因组挖掘 | NA | 基因组序列 | 多个来自西奈沙漠的放线菌菌株 | NA | 放线菌 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 40 | 2026-06-30 |
Gnotobiology: from 19th-century global foundations to 21st-century omics - six decades of Czech contribution to microbiome research
2026-Jun-29, Folia microbiologica
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12223-026-01536-9
PMID:42371248
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综述 | 本文回顾了捷克六十年来的无菌生物学研究,从1962年启动项目到21世纪与组学技术结合,探讨了无菌动物模型在微生物组研究中的关键作用 | 首次系统梳理了捷克无菌生物学的发展历程及其对全球微生物组研究的贡献,特别是结合高-throughput测序和代谢组学等技术,将研究重点从微生物组编目转向宿主-微生物相互作用的机制解析 | 未提及 | 追溯捷克无菌生物学六十年发展,并探讨其与组学技术整合后对宿主-微生物相互作用研究的影响 | 无菌猪、大鼠、兔和小鼠等动物模型,以及人类代谢、免疫介导、肿瘤和神经精神疾病的模型 | 微生物组研究 | 免疫疾病、代谢疾病、肿瘤、神经精神疾病 | 高通量测序、代谢组学、组学技术 | NA | 微生物组数据、代谢组数据 | 未提及 | NA | 猪、大鼠、兔、小鼠 | NA | 医学、个性化医疗、合成生物学 |