合成生物学相关文章
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当前共找到 5384 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-19 |
Genome position does not impact transgene expression efficiency in the ancient red alga Cyanidioschyzon merolae
2026-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.05.004
PMID:42107704
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研究论文 | 研究了古红藻Cyanidioschyzon merolae中基因组位置对转基因表达效率的影响 | 首次在C. merolae中建立并验证了一组中性整合位点，发现基因组位置对转基因表达无显著影响 | 仅针对单一宿主和特定转基因进行分析，可能不适用于其他基因或物种 | 探究基因组位置对转基因表达的影响并建立可重复的核基因组工程框架 | Cyanidioschyzon merolae的40个基因间位点 | 合成生物学 | NA | 同源重组, 自动化转化, 报告基因分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物产量数据 | 38个经验证的整合位点，涵盖16条染色体 | 同源重组, 机器人辅助转化 | Cyanidioschyzon merolae | 异源异戊二烯合酶表达回路 | 工业生物技术 |
| 2 | 2026-07-19 |
Evaluation of Ogataea polymorpha DUR31 TPP riboswitch as a tool to downregulate gene expression in the yeast Komagataella phaffii
2026-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.06.009
PMID:42372865
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研究论文 | 评估了Ogataea polymorpha DUR31 TPP核糖开关在Komagataella phaffii中作为基因表达下调工具的适用性 | 首次将来自多形汉逊酵母的TPP核糖开关应用于毕赤酵母Komagataella phaffii，补充了该宿主中有限的合成生物学调控工具 | 核糖开关存在显著的基础渗漏表达，不能作为严格的分子开关；剪接效率受局部序列上下文强烈影响 | 评估异源TPP核糖开关在K. phaffii中调控基因表达的可行性 | Komagataella phaffii酵母 | 工业生物技术 | NA | 流式细胞术、RT-PCR | NA | 荧光表达数据、转录本剪接数据 | NA | NA | Komagataella phaffii | TPP核糖开关，通过GAP启动子调控EGFP和UBIYΔkGFP*报告基因表达 | 工业生物技术 |
| 3 | 2026-07-19 |
Bioinspired organic materials for seamless neurohybrid interfaces: from material design to living electronics
2026-Jul-18, Materials horizons
IF:12.2Q1
DOI:10.1039/d6mh00280c
PMID:42468887
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综述 | 本文聚焦于生物启发的有机材料在神经混合接口中的应用，探讨从材料设计到活体电子学的进展，以实现与神经组织的无缝集成和双向通信 | 提出了使用有机混合离子-电子导体、先进聚合物化学和可调软材料来模拟神经元结构和功能的创新方法，并探索了原位聚合和合成生物学在实现活体神经电子学中的潜力 | 未具体说明局限性 | 实现神经混合接口与神经组织的无缝集成，以理解和治疗神经系统疾病 | 生物启发的有机材料、神经混合接口、活体神经电子学 | 机器学习 | 神经系统疾病 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学, 神经科学, 生物工程, 临床医学 |
| 4 | 2026-07-19 |
Nanofluidics for Pioneering Synthetic Biology of Bottom-Up Cell-Free Molecular Systems
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00178
PMID:42284545
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观点文章 | 提出纳米流体学作为自下而上无细胞分子系统合成生物学的变革性平台 | 利用纳米限域效应和精准质量传输实现分子构建块的主动组装，构建有序时空结构 | 纳米流体技术构建下一代单分子分辨率无细胞分子系统仍面临关键挑战 | 推动自下而上无细胞分子系统的合成生物学发展 | 无细胞分子系统的分子构建块 | 合成生物学 | NA | 纳米流体学 | NA | NA | NA | NA | NA | 分子主动组装系统 | 合成生物学 |
| 5 | 2026-07-19 |
A Comprehensive Review on Metabolomics-Guided Metabolite Production in Plant Tissue Culture: Integrating Omics and Synthetic Biology for Enhanced Yields
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00352
PMID:42301185
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综述 | 回顾了将代谢组学与合成生物学及多组学框架相结合，推动植物组织培养中次生代谢产物生产的进展 | 将植物组织培养从试错实践转变为预测性系统工程领域，整合代谢组学作为决策层，连接代谢表型与理性途径设计 | 仍面临分析覆盖度、培养稳定性和代谢可预测性等挑战 | 探索代谢组学引导下植物组织培养中代谢产物生产的综合策略 | 植物组织培养体系中的次生代谢产物 | 合成生物学 | NA | 代谢组学, 合成生物学, 多组学整合 | NA | NA | NA | CRISPR, 合成启动子, 模块化基因电路 | 植物细胞 | 代谢途径编辑, 异源表达系统, 生物传感器 | 医药, 农业, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-07-19 |
SARGE: Serine Integrase-Assisted Rapid Genome Integration through Cassette Exchange in Escherichia coli
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00334
PMID:42319839
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研究论文 | 本研究报道了SARGE，一种丝氨酸整合酶辅助的快速基因组整合平台，通过盒交换实现大肠杆菌中大型DNA片段的迭代插入 | 结合正交丝氨酸整合酶PhiC31和Bxb1与理性供体质粒设计，无需抗性标记切除即可实现快速可编程整合循环，并采用双荧光报告系统实现裸眼菌落筛选 | 未明确说明局限性 | 开发一种高效、可扩展的迭代基因组整合平台，简化大肠杆菌的基因组工程流程 | 大肠杆菌基因组整合过程 | 合成生物学 | NA | 丝氨酸整合酶介导的盒交换 | NA | NA | NA | PhiC31整合酶, Bxb1整合酶, 双荧光报告系统 | 大肠杆菌 | 双荧光报告系统（sfGFP和mKate） | 合成生物学, 基因组工程 |
| 7 | 2026-07-19 |
Metabolic Engineering of Microbial Cell Factories for Sustainable Production of Glycolic Acid: Pathways, Chassis, and Strategies toward Poly(glycolic acid) Bioplastics
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00078
PMID:42340804
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综述 | 系统总结了通过微生物细胞工厂可持续生产乙醇酸的最新进展，并探讨了生产聚乙醇酸生物塑料的策略 | 全面综述了乙醇酸生物合成的多种途径、底盘生物及代谢工程策略，并整合了系统代谢工程与AI辅助设计及过程优化的未来方向 | 未详细讨论具体实验验证数据，仅基于文献综述，可能缺乏实际工业应用中的技术细节和成本分析 | 探索通过微生物发酵可持续生产乙醇酸的途径和策略，以支持聚乙醇酸生物塑料的工业化和循环生物经济 | 微生物细胞工厂、乙醇酸生物合成途径、微生物底盘生物、基于乙醇酸的生物塑料 | 合成生物学, 代谢工程, 工业生物技术 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本和综述数据 | NA | NA | 微生物, 例如大肠杆菌、酵母等 | 乙醛酸旁路、C5-糖裂解途径、新型生物合成途径 | 材料, 工业生物技术, 环境 |
| 8 | 2026-07-19 |
Microfluidics-Based Engineering of Molecular Self-Assembly and Manufacturing for Artificial Cell Systems
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00249
PMID:42358072
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观点文章 | 探讨微流控技术与分子自组装协同构建人工细胞系统的工程策略 | 提出微流控不应仅替代生物调控，而应作为提供外在物理边界条件的平台，引导和放大分子自组装的潜力 | 仅停留在概念框架层面，未提供具体实验验证或量化分析 | 构建功能化、可规模化的人工细胞系统 | 人工细胞系统 | 合成生物学 | NA | 微流控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术， 医学 |
| 9 | 2026-07-19 |
Rapid and Continuous Directed Evolution in Vibrio natriegens Utilizing an In Vivo Hypermutation System
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00936
PMID:42362483
|
研究论文 | 在最快生长的非致病菌Vibrio natriegens中建立基于胞苷脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合蛋白（MutaT7）的体内超突变系统，实现蛋白质的快速连续定向进化 | 首次在Vibrio natriegens中建立MutaT7系统（VnMutaT7），利用其极快生长速度（倍增时间仅为大肠杆菌一半），在36小时内实现TEM-1蛋白质对头孢他啶的高水平抗性进化 | 未明确说明系统的脱靶效应、突变谱局限性或对宿主基因组的潜在影响 | 在Vibrio natriegens中建立快速连续定向进化平台，加速蛋白质工程 | MutaT7系统、Vibrio natriegens宿主菌、TEM-1模型蛋白 | 合成生物学 | NA | 体内超突变系统、定向进化 | NA | NA | NA | MutaT7 | Vibrio natriegens | MutaT7系统（胞苷脱氨酶与T7 RNA聚合酶融合蛋白） | 工业生物技术 |
| 10 | 2026-07-19 |
Beyond Compartmentalization: Deciphering Reaction Kinetics in Liquid-Liquid Phase Separation for Rational Biotechnological Design
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00259
PMID:42350320
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综述 | 综合阐述液-液相分离如何通过反应物浓度、反应-扩散耦合、微环境工程和酶活性调控等机制影响反应动力学，并总结其在生物催化、代谢工程、诊断、治疗及人工细胞构建等领域的应用 | 首次系统整合蛋白质介导和非蛋白质介导的液-液相分离，深入解析其对反应动力学的精确调控机制，并提供理性设计下一代合成生物学应用的设计指南 | 当前对液-液相分离如何精确调控反应动力学尚缺乏完整的机制理解，阻碍了基于相分离的应用的理性设计和优化 | 填补液-液相分离在反应动力学调控机制方面的知识空白，为合成生物学应用提供设计原理 | 液-液相分离系统及其对生物反应过程的调控 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物催化, 代谢工程, 诊断, 治疗, 人工细胞构建, 生命起源研究 |
| 11 | 2026-07-19 |
Probiotics unveiled: bridging general health benefits to the era of precision medicine
2026-Jul-17, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05143-1
PMID:42463603
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综述 | 该文章综述了益生菌从一般健康增强剂向精准医疗中靶向疗法的转变过程 | 该文整合了精神生物学、下一代益生菌、改良菌株、人工智能和合成生物学技术，重新定义了益生菌在个性化医疗中的作用 | NA | 探讨益生菌从一般健康促进到精准医疗时代靶向疗法的转变及其机制 | 益生菌及其在精准医疗中的应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | 医疗 |
| 12 | 2026-07-19 |
Protein engineering: Status report
2026-Jul-17, Protein engineering, design & selection : PEDS
DOI:10.1093/protein/gzag020
PMID:42466865
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综述 | 提供蛋白质工程领域的及时概览，涵盖核心方法和主要应用领域 | 强调机器学习与人工智能方法的日益增长的影响，并指出蛋白质工程正迅速发展的黄金时代 | 尽管进展迅速，但设计、筛选和实际应用方面仍面临重大挑战 | 概述蛋白质工程领域的最新进展与未来方向 | 通过对蛋白质进行工程改造以创建新型或改进的蛋白质 | NA | NA | 计算生物学、分子生物学、结构引导、进化与合成方法 | 机器学习与人工智能模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 制药、分子成像、诊断、塑料回收、工业化学 |
| 13 | 2026-07-19 |
γ-Class carbonic anhydrases: Ancient enzymes at the interface of early earth metabolism, microbial physiology, and modern biochemical innovation
2026-Jul-17, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.153551
PMID:42468588
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综述 | 综述γ-类碳酸酐酶的进化、结构、机制及其在微生物生理和生物技术中的应用 | 强调了γ-类碳酸酐酶作为最古老碳酸酐酶谱系的地位，揭示了其催化可塑性和在工业CO₂捕获及合成生物学中的新应用 | 关于CamH亚类催化机制和催化混杂性的未解决问题仍然存在 | 系统总结γ-类碳酸酐酶的结构、机制和功能知识，勾勒未来研究方向 | γ-类碳酸酐酶及其在古菌和细菌中的生理功能 | 分子生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 原核生物（如古菌、霍乱弧菌等） | CO₂水合酶系统 | 医学、环境、工业生物技术 |
| 14 | 2026-07-19 |
Beyond direct pathway engineering: reprogramming Fusarium fujikuroi from a GA3 producer into a GA4+7 factory
2026-Jul-17, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135439
PMID:42468703
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研究论文 | 本研究提出双重干预范式，将藤仓赤霉菌从赤霉素GA3生产菌重编程为高产GA4+7的工厂 | 通过引入拟南芥转运蛋白创造热力学汇，并发现Sfp型磷酸泛酰巯基乙胺转移酶Ppt1介导的非经典转录后沉默机制，实现间接代谢重编程 | 未明确说明局限性 | 开发间接代谢重编程策略，高效生产高价值赤霉素GA4+7 | 藤仓赤霉菌Fusarium fujikuroi | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因工程、发酵优化 | NA | 代谢产物浓度数据 | 使用单一菌株及多种工程改造版本 | NA | 藤仓赤霉菌Fusarium fujikuroi | 双重干预系统：转运蛋白Sweet1驱动的空间拉动与Ppt1介导的转录后基因沉默 | 工业生物技术 |
| 15 | 2026-07-19 |
Biosensor-Based Detection and Quantification of Arsenic in Drinking Water
2026-Jul-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00308
PMID:42469591
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综述 | 综述基于合成生物学驱动的生物传感器在饮用水中砷检测方面的进展 | 重点分析了信号放大策略与保质期、生物安全性和监管简便性的结合，并突出了生物设计自动化、高通量DBTL工作流以及人工智能工具（如监督学习和贝叶斯优化）在加速砷响应基因电路构建和优化中的应用 | 由于是综述，未提供具体实验验证；实际现场部署中的长期稳定性和环境干扰问题可能未充分讨论 | 综述砷检测生物传感器的发展，探讨其与低成本便携设备集成以用于分布式水质监测网络的潜力 | 基于ArsR的早期生物传感器到现代全细胞和无细胞平台，包括大肠杆菌等宿主以及相关的遗传电路模块 | 合成生物学 | NA | 生物传感器、微流控、比色、荧光、生物发光、电化学输出 | 监督学习、贝叶斯优化 | NA | NA | CRISPR-Cas9,TALEN,ZFN,Gibson Assembly,Golden Gate Assembly,BioBrick,iGEM | 大肠杆菌,酿酒酵母,枯草芽孢杆菌,哺乳动物细胞,植物 | 砷响应基因电路，如基于ars操纵子的模块，双稳态开关，振荡器，逻辑门，生物传感器，代谢途径 | 环境,医学,农业 |
| 16 | 2026-07-19 |
A signal peptide-guided approach towards in situ functionalization of bacterial nanocellulose in Komagataeibacter rhaeticus
2026-Jul-17, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00734-w
PMID:42469887
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研究论文 | 本研究通过信号肽引导的蛋白质转运策略，在Komagataeibacter rhaeticus中实现细菌纳米纤维素的原位功能化，建立了一个单底盘合成生物学框架 | 首次在K. rhaeticus中系统评估信号肽介导的蛋白质转运，建立了单个底盘细胞同时进行生物聚合物合成和原位功能化的合成生物学框架 | 重组蛋白被滞留于周质空间，限制了胞外可用性；通过渗透压休克后处理可使酶活性提高30%，但仍需优化以实现高效胞外释放 | 建立K. rhaeticus作为单底盘平台用于功能性生物工程活材料的合成生物学框架 | Komagataeibacter rhaeticus iGEM菌株 | 合成生物学 | NA | 液相色谱-串联质谱法, SignalP 5.0预测 | NA | 蛋白质组学数据 | NA | 信号肽介导的蛋白质转运 | Komagataeibacter rhaeticus | 信号肽−蛋白转运回路 | 材料科学, 生物技术 |
| 17 | 2026-07-19 |
Programmable CRISPRtune dissects the transcriptional repressive activity of MeCP2
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.08.737375
PMID:42465491
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研究论文 | 介绍CRISPRtune——一种将MeCP2融合到催化失活的dCas9上的合成工具，可调低人类细胞内源基因的转录水平 | 通过利用MeCP2的温和抑制活性，实现了对基因转录的精细调节，克服了现有工具只能实现完全基因失活或完全转录抑制的局限性 | 未明确说明局限性 | 开发一种可编程的转录调节方法，用于剖析MeCP2的转录抑制活性，并提供一个正交平台来研究染色质调节因子的机制功能 | 人类细胞中的内源基因 | 合成生物学 | Rett综合征 | CRISPR | NA | 基因表达数据 | 通过全基因组CRISPR筛选调节了数千个内源基因的表达 | CRISPR-Cas9 | 人类细胞 | CRISPRtune融合蛋白 | 医学 |
| 18 | 2026-07-19 |
Clocked stepping of an artificial protein walker along a DNA track
2026-Jul, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-026-02211-3
PMID:42410215
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研究论文 | 报道了一种名为Tumbleweed (TW)的人工蛋白质马达，通过模块化设计在DNA轨道上进行定向时钟步进 | 首次实现了人工蛋白质马达的构建，采用模块化设计策略将特性明确的蛋白质组合以产生马达功能和方向性，并通过可控的配体输入实现精确的时间和方向控制 | NA | 开发一种人工蛋白质马达，实现沿DNA轨道的定向步进运动，为工程化动态且复杂的蛋白质基纳米机器提供平台 | 设计的人工蛋白质马达Tumbleweed (TW)，包含三个腿部，每个腿部带有配体门控的DNA结合域 | 合成生物学 | NA | 单分子荧光分析，可编程微流控装置 | NA | 荧光图像 | NA | 模块化蛋白设计 | NA | 人工蛋白质马达，含配体门控DNA结合域的三腿部结构与DNA轨道相互作用 | 纳米技术，合成生物学 |
| 19 | 2026-07-19 |
PromoterAtlas: decoding regulatory sequences across Gammaproteobacteria using a transformer model
2026-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72837-3
PMID:42140912
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research paper | 介绍PromoterAtlas，一种基于Transformer模型用于解码Gammaproteobacteria调控序列的工具 | 使用1.8M参数的Transformer模型，在3371种γ变形菌的900万调控序列上训练，实现了跨物种的启动子识别、全基因组注释及调控功能预测 | 未明确提及模型对非γ变形菌的适用性或实验验证中的假阳性率 | 开发跨物种的细菌启动子预测工具，提升对调控序列的理解和工程化能力 | Gammaproteobacteria的调控序列，包括核糖体结合位点、启动子、转录因子结合位点和终止子 | machine learning | NA | Transformer模型、全基因组注释 | Transformer | 序列数据 | 3371个物种的900万调控序列 | NA | Gammaproteobacteria（γ变形菌） | NA | 合成生物学、细菌生物学、比较基因组学 |
| 20 | 2026-07-19 |
Base modifications shift tertiary structure and activity in synthetic RNA origami and a natural ribozyme
2026-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72891-x
PMID:42128887
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研究论文 | 本研究探讨了碱基修饰对合成RNA折纸纳米结构和天然核酶三级结构及功能的影响 | 首次揭示碱基修饰通过改变碱基堆积能量而非碱基配对来重塑RNA折叠景观和结构-功能关系 | 未明确说明，可能包括对多种修饰类型和更广泛RNA结构的探索有限 | 研究5-甲基胞嘧啶和N1-甲基假尿苷等碱基修饰如何影响RNA的折叠和功能 | 合成RNA折纸纳米结构和天然四膜虫核酶 | 合成生物学与RNA结构生物学 | NA | 冷冻电镜 (cryo-EM), 荧光共振能量转移 (FRET), 生化测定 | NA | 冷冻电镜图像, FRET数据, 生化活性数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 治疗应用 |