合成生物学相关文章
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当前共找到 5053 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-05-18 |
Neural CRNs: A Natural Implementation of Learning in Chemical Reaction Networks
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00099
PMID:40981009
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研究论文 | 提出一种基于连续时间浓度演化的神经CRN框架，实现化学反应网络中的自然学习 | 通过连续时间动力学模拟神经网络计算，避免离散层架构；仅用单分子和双分子反应实现线性和非线性模型；原生集成一阶梯度近似使非线性模型复杂度随输入维度线性增长 | 未提及实际实验验证，仅通过模拟验证电路设计 | 实现化学反应网络中嵌入式学习行为 | 神经化学反应用网络（Neural CRNs） | 合成生物学 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA | NA | NA | 监督学习管道，线性与非线性建模电路，一阶梯度近似 | 生物工程，合成生物学 |
| 222 | 2026-05-18 |
Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00450
PMID:40982657
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研究论文 | 开发一种基于机器学习的计算管线，用于在噬菌体工程中实现靶向整合和可变有效载荷表达 | 结合机器学习启动子预测工具PhagePromoter，识别具有有利表达谱的基因间位点，实现噬菌体基因组的合理设计和高通量自动化修饰 | 仅在裂性噬菌体K中验证三种位点，未探讨有毒有效载荷或更复杂宿主反应的影响 | 拓展噬菌体工程中可行的基因插入位点，提升个性化噬菌体治疗的开发效率 | 裂性噬菌体K及其基因组中的基因间位点 | 计算生物学 | NA | 同源重组、机器学习启动子预测 | 机器学习（PhagePromoter） | 基因组序列数据 | 三种重组噬菌体（每种携带不同报告基因位点） | 同源重组 | 噬菌体K | 靶向整合电路：将生物发光报告基因插入预测的基因间位点 | 医学 |
| 223 | 2026-05-18 |
Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling
2025-10-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00263
PMID:40983931
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研究论文 | 介绍了一种称为信任密码指纹（TCF）的平台，利用同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因开放阅读框中嵌入标识信息，实现深度可逆的细菌细胞标记 | 通过抗生素选择和纠错码的双重机制消除验证步骤，实现100%写入效率；利用温度敏感质粒实现循环写入和擦除细胞标签 | 未明确讨论标记系统对细胞生长或代谢的潜在影响 | 开发一种精简、可擦除且高效的细菌细胞标记工具，便于合成生物学中工程菌株的身份管理 | 大肠杆菌工程菌株 | 合成生物学 | NA | 同义密码子替换、长读长测序 | NA | 基因组序列数据 | 数千个克隆 | 温度敏感质粒 | 大肠杆菌 | 信任密码指纹（TCF）标记系统 | 工业生物技术 |
| 224 | 2026-05-18 |
Advancing Genetically Encoded Lysine (GEK) Chemistry: From Precision Modulation to Therapeutic Innovation
2025-10-07, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.5c00401
PMID:41004624
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研究论文 | 通过工程化吡咯赖氨酰-tRNA合成酶变体，系统推进了基因编码赖氨酸化学，实现了精确且位点特异性的蛋白质修饰 | 开发了高效掺入多种具有定制化学反应的赖氨酸衍生物的工程化PylRS变体，整合了生物正交手柄、酰基和亲电弹头、光交联基团及PTM模拟物，建立了一套强大的蛋白质标记、功能研究和赖氨酸导向药物设计工具包 | NA | 推进基因编码赖氨酸化学，实现蛋白质的精确调控并推动治疗创新 | 基因编码的赖氨酸衍生物及其工程化工具 | 化学生物学 | NA | 基因编码赖氨酸化学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 化学生物学 |
| 225 | 2026-05-18 |
CELLM: Bridging Natural Language Processing and Synthetic Genetic Circuit Design with AI
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00391
PMID:40905372
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研究论文 | 整合自然语言处理与合成基因电路设计的人工智能系统 | 首个将语言模型与Cello等合成生物学设计工具整合的系统，实现自然语言指令到功能性生物设计的自动翻译 | 未说明 | 降低基因电路设计门槛，使非生物工程专家也能通过简单指令进行基因电路原型设计 | 基因电路 | 自然语言处理, 合成生物学 | NA | NA | DeepSeek-R1, Phi-4 | 文本 | NA | Cello v2.1 | NA | 基因电路 | 合成生物学, 生物工程 |
| 226 | 2026-05-18 |
Intelligent Design of Escherichia coli Terminators by Coupling Prediction and Generation Models
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00429
PMID:40905909
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研究论文 | 本研究通过结合预测模型和生成模型，实现大肠杆菌终止子的智能设计 | 首次将生成对抗网络应用于终止子序列生成，并构建了整合序列和热力学特征的终止子强度预测模型 | 现有预测方法未能充分考虑终止子相关序列或热力学信息，缺乏高精度预测模型 | 开发大肠杆菌终止子的智能设计工具，提升基因回路中终止子设计的精确性和模块化 | 大肠杆菌内在终止子 | 机器学习 | NA | NA | 生成对抗网络 | 序列数据 | 实验中选取了18个终止子序列 | NA | 大肠杆菌 | 基因回路终止子 | 合成生物学 |
| 227 | 2026-05-18 |
Genome-Wide Simplification of the AcMNPV Genome Using Synthetic Biology
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00156
PMID:40910264
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研究论文 | 利用合成生物学方法系统性简化AcMNPV基因组，获得能产生出芽病毒的最小功能基因组 | 基于合成生物学的“设计-构建-测试-学习”框架，采用共转染线性化基因组片段的策略，快速迭代评估基因组缺失，最终获得删除约28 kb、涵盖39个非必需基因的最小功能基因组AcMNPV-Syn-mini | 未提及具体局限性 | 实现AcMNPV基因组的大规模简化，开发高容量杆状病毒载体，并加深对杆状病毒功能基因组学的理解 | 苜蓿银纹夜蛾多核型多角体病毒（AcMNPV） | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因组简化、共转染 | NA | 基因组序列、病毒滴度数据 | 35个不同大小的简化基因组 | 合成生物学设计-构建-测试-学习框架 | 昆虫细胞 | NA | 生物技术、医学 |
| 228 | 2026-05-18 |
Engineering Noncanonical Cofactors To Expand Cellular Functions
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00473
PMID:40923492
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综述 | 探讨利用非经典辅因子扩展细胞功能的方法与应用 | 通过使用非经典辅因子隔离特定代谢反应，无需物理屏障即可实现与宿主细胞天然机制的独立运行 | 对非经典辅因子依赖型酶的工程化进展及实际应用潜力仍需进一步实验验证 | 综述非经典辅因子的类型、合成方法、酶工程进展及其在合成生物学中的应用前景 | 非经典辅因子及其依赖性酶和利用细胞 | 合成生物学 | NA | 酶工程, 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 非经典辅因子依赖代谢通路 | 合成生物学 |
| 229 | 2026-05-18 |
Engineering of a Complex of the DNase Domain of Colicin E9 with the Immunity Protein Im9 Activated by the Protease pS273R of African Swine Fever Virus
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00398
PMID:40925015
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研究论文 | 设计了一种由ASFV pS273R蛋白酶激活的DNase E9与Im9蛋白复合物，作为病毒触发型杀灭开关 | 通过将病毒蛋白酶切割位点插入免疫蛋白Im9的暴露环中，构建了仅当ASFV蛋白酶存在时才释放DNase活性的蛋白质开关，提供了一种可推广的利用病毒编码蛋白酶触发休眠效应物的合成生物学策略 | 尚未在活体细胞或动物模型中验证该开关的有效性和安全性，且对非靶标蛋白酶的特异性需进一步评估 | 开发一种针对非洲猪瘟病毒的合成限制系统，通过病毒DNA降解使猪细胞对ASFV不具允许性 | 大肠杆菌素E9的DNase结构域及其免疫蛋白Im9的复合物 | 合成生物学 | 非洲猪瘟 | 蛋白质工程，蛋白酶切割位点插入，体外酶活测定 | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白开关（蛋白酶切割激活的DNase） | 农业，医学 |
| 230 | 2026-05-18 |
RNA Polymerase III Promoters Compatible with CRISPR Gene Regulation in Saccharomyces cerevisiae
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00122
PMID:40824237
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研究论文 | 表征了不同酵母物种和哺乳动物来源的20种RNA聚合酶III启动子在酿酒酵母中实现CRISPR基因调控的功能 | 首次系统比较跨物种RNA Pol III启动子在CRISPR激活和抑制中的功能，发现启动子架构和核心序列基序影响功能，并证明支架介导的多效应子招募可补偿弱启动子功能 | 部分启动子功能可能受限于特定环境或基因靶点，未测试所有可能的启动子组合 | 扩展酿酒酵母中用于CRISPR sgRNA表达的RNA聚合酶III启动子库，实现多重基因调控 | 跨物种RNA聚合酶III启动子（来自不同酵母、酿酒酵母自身及哺乳动物） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 基因表达数据 | 20种启动子 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | CRISPR激活与抑制回路 | 合成生物学, 代谢工程, 表型工程 |
| 231 | 2026-05-18 |
Recent Advances in the Biological Synthesis of l-Tyrosine Derivatives by Genetically Engineered Microbes
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00475
PMID:40833382
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综述 | 总结了利用基因工程微生物生物合成l-酪氨酸衍生物的最新进展 | 系统综述了多种l-酪氨酸衍生物（如酪醇、左旋多巴、对香豆酸等）在微生物中的生物合成，并介绍了代谢工程、酶修饰和菌株育种等提高产量的策略 | 未具体说明，但综述性文章可能缺乏原始实验数据和定量比较 | 概述l-酪氨酸衍生物的微生物合成研究现状及未来发展趋势 | l-酪氨酸衍生物及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、酶修饰、菌株育种 | NA | NA | NA | NA | 多种微生物 | 生物合成途径 | 食品, 化妆品, 制药 |
| 232 | 2026-05-18 |
Strong Translation Elongation Factor 1-Alpha (tef1α) Promoter Reporter Systems for Aspergillus niger
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00368
PMID:40844977
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研究论文 | 本文鉴定了黑曲霉中最强的翻译延伸因子1-α基因启动子及其首个内含子，并构建了高效的报告系统 | 首次报道了tef1α启动子及其内含子作为黑曲霉中最强的启动子，活性超过常用gpdA启动子20倍以上，并验证了其在多基因共表达和核定位中的高效性能 | 未提及在工业发酵条件下或长时间培养中的启动子稳定性及可能存在的调控复杂性 | 开发并验证黑曲霉中强启动子驱动的报告系统，用于真菌合成生物学和代谢工程 | 黑曲霉 | 机器学习 | NA | 荧光报告基因检测、共表达系统、融合构建 | NA | 荧光信号图像、染色信号 | 使用多个报告基因（EGFP、mCherry、mRFP1、GUS）和多个融合构建进行实验 | NA | 黑曲霉 | 强启动子驱动的报告系统和双顺反子表达系统 | 工业生物技术 |
| 233 | 2026-05-18 |
Progress in the Synthesis of Sterols and Related Natural Products by Manipulating the Ergosterol Biosynthetic Pathway in Saccharomyces cerevisiae
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00438
PMID:40859817
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综述 | 综述了通过操纵酿酒酵母麦角固醇生物合成途径合成甾醇及相关天然产物的研究进展 | 系统总结了利用合成生物学策略在酿酒酵母中实现多种高价值甾醇从头合成的最新代谢工程进展 | 未明确指出当前研究方法的具体局限，如产率瓶颈或代谢负担 | 回顾和总结酿酒酵母中甾醇生物合成的代谢工程研究进展 | 甾醇及酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 代谢工程 | 酿酒酵母 | 麦角固醇生物合成途径 | 农业, 医药 |
| 234 | 2026-05-18 |
Catalytic Residue Reprogramming Enhances Enzyme Activity at Alkaline pH via Phenolate-Mediated Proton Transfer
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00379
PMID:40891340
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研究论文 | 通过重新编程酶的催化残基，将通用碱基替换为具有更高固有pKa值的可电离残基，实现酶在碱性pH下的高效催化 | 提出了一种整合理性设计催化残基与定向进化的酶工程策略，通过将羧酸盐介导的质子转移机制转变为酚盐介导的机制，实现了酶在碱性pH下的高效催化，并将最优pH值移动了超过3个单位 | 该策略目前主要在TEM β-内酰胺酶中验证，对其他类型水解酶的普适性有待进一步研究 | 开发一种通用的酶工程方法，使酶能够在碱性pH条件下发挥功能，扩展酶在工业和环境生物催化中的应用范围 | TEM β-内酰胺酶及其工程变体YR5-2 | 生物催化 | NA | 定向进化、分子动力学模拟 | NA | 酶动力学数据、模拟数据 | 涉及多种变体（E166Y、YR5-2及Y166E回复突变体）的动力学表征 | NA | 大肠杆菌 | NA | 工业生物催化、环境生物催化 |
| 235 | 2026-05-18 |
Critical Analysis of Preprints and Inquiry-Based Lessons Improve the Synthetic Biology Learning Experience
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00014
PMID:40814254
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研究论文 | 提出利用预印本批判性分析和探究式实验课程提升合成生物学学习体验的教学方法 | 将预印本引入教学，通过对比手稿与最终发表版本培养学生的批判性分析能力，并结合基于CRISPRi基因电路的实践实验，完整覆盖设计-构建-测试-学习循环 | 未具体指出研究局限性 | 改进合成生物学教学模式，结合主动学习工作流提升学生批判性分析能力与概念掌握程度 | 大学合成生物学课程的学生 | 合成生物学 | NA | CRISPRi | NA | NA | 学生群体，具体数量未说明 | CRISPRi | NA | 基于CRISPRi的基因电路 | 教育 |
| 236 | 2026-05-18 |
Digital switching in a biosensor circuit via programmable timing of gene availability
2014-Dec, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/nchembio.1680
PMID:25306443
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研究论文 | 通过编程调控基因可用性的时序，在生物传感器电路中实现数字开关功能 | 利用位点特异性重组酶通过可编程调控多基因电路中基因的可用时间，来校正瞬态递送引起的非稳态效应，显著降低传感器的基线泄漏并提高动态范围 | NA | 研究通过时序控制基因可用性来改善生物传感器电路性能的方法 | 内源性微小RNA的比例传感器及其在细胞类型分类中的应用 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组酶技术 | NA | NA | NA | 位点特异性重组酶 | 哺乳动物细胞 | 比例传感器电路，包含阻遏元件及其靶标的去同步化设计 | 医学, 诊断 |
| 237 | 2026-05-17 |
PromoterAtlas: decoding regulatory sequences across Gammaproteobacteria using a transformer model
2026-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72837-3
PMID:42140912
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研究论文 | 提出基于Transformer的模型PromoterAtlas，从3371种γ-变形菌的900万调控序列中学习，实现全基因组启动子注释 | 首次使用大规模跨物种调控序列训练Transformer模型，实现启动子序列的跨物种进化关系聚类与转录/翻译水平预测 | 模型训练数据仅限于γ-变形菌，可能无法直接推广到其他细菌类群 | 开发能识别多种调控元件并预测转录/翻译水平的通用启动子注释工具 | γ-变形菌的调控序列 | 机器学习 | NA | Transformer深度学习模型 | Transformer | 基因组序列 | 3371种细菌的900万条调控序列 | NA | NA | NA | 合成生物学, 比较基因组学 |
| 238 | 2026-05-17 |
A synthetic cell microreactor with two types of interacting dynamic DNA-based pores
2026-May-15, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-026-02124-7
PMID:42141071
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研究论文 | 构建了一个含有两种动态DNA基孔的双颈合成细胞微反应器，用于模拟和扩展天然细胞系统的功能复杂性 | 创新地利用巨型单层囊泡膜动力学介导的信号通路，协调光响应小孔与自组装可密封大孔之间的相互作用，实现具有高时空精度的按需顺序递送分子反应物 | NA | 在合成生物学中重建细胞复杂性，通过动态DNA基孔实现膜渗透性的可控调节 | 巨型单层囊泡膜上的动态DNA基孔系统 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术 | NA | 图像 | NA | DNA折纸 | NA | 光响应小孔和自组装可密封大孔的信号通路，以及酶联反应、细胞骨架模拟和细胞外无细胞系统 | 生物技术, 纳米技术 |
| 239 | 2026-05-17 |
Abiotic Stress Sensing in Plants: Biochemical and Biophysical Basis
2026-May-14, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.05.007
PMID:42141723
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综述 | 综述植物感知非生物胁迫的生化和生物物理机制，并讨论主要未解决问题和新兴研究方法 | 系统整合温度、干旱、盐碱、洪涝及土壤压实等多种胁迫的感知机制，强调生物物理过程与化学信号编码的逻辑，并引入AI建模、单细胞技术等前沿方法 | 未明确定量描述各感知机制的相对贡献，缺乏在单细胞或全株水平上空间组织的实验证据 | 阐明植物将环境胁迫从物理化学信号转化为生物信号的分子逻辑 | 植物（模式植物及农作物）中感知多种非生物胁迫的分子机制 | 植物生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学 | 植物 | NA | 农业 |
| 240 | 2026-05-17 |
TargetGAN: A generative AI framework for the design of plant core promoters with targeted activity
2026-May-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101851
PMID:41981910
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研究论文 | 提出TargetGAN，一个基于生成对抗网络和预训练活性预测器的深度学习框架，用于设计具有目标活性的植物核心启动子 | 首次将GAN与活性预测器结合，实现用户自定义活性的植物核心启动子从头设计，并发现合成启动子可超越天然启动子的活性上限 | 预测活性与实验活性仅为中等相关性，且STARR-seq验证后只有约55%的合成启动子成功表征 | 开发一个能够设计具有目标活性的植物核心启动子的通用框架 | 植物核心启动子的设计和功能验证 | 机器学习 | NA | STARR-seq，荧光素酶报告基因检测，深度测序 | 生成对抗网络 (GAN) 和预训练活性预测器 | DNA序列 | 训练集包含76,851个天然启动子；生成了55,296个合成启动子，其中5,250个用于高通量功能验证，2,909个成功表征 | NA | 植物（拟南芥原生质体用于STARR-seq验证） | 植物核心启动子设计（包含激活基序的精确排列） | 农业，合成生物学 |