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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-05-12 |
Genome Position Does Not Impact Transgene Expression Efficiency in the Ancient Red Alga Cyanidioschyzon merolae
2026-May-08, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.05.004
PMID:42107704
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研究论文 | 本研究在古老红藻 Cyanidioschyzon merolae 中验证了基因组位置不影响转基因表达效率 | 首次在 C. merolae 中建立并验证了一组中性整合位点,证明基因组位置对转基因表达影响极小,并开发了高通量转化协议 | 未提及明显的局限性 | 系统研究基因组位置对转基因表达的影响,并为 C. merolae 开发可扩展的核基因组工程框架 | Cyanidioschyzon merolae(古老红藻) | 合成生物学 | NA | 同源重组、机器人辅助转化、生物信息学分析、气相色谱分析 | NA | 基因表达数据、代谢产物数据 | 40个候选中性位点(分布于16条染色体),其中38个通过转化验证 | 同源重组 | Cyanidioschyzon merolae | 异源异戊二烯合酶表达通路 | 工业生物技术 |
| 302 | 2026-05-12 |
Advances in anthocyanins: Chemical foundations, synthetic biology, molecular mechanisms, physicochemical properties, and applications in the food industry
2026-May, Food chemistry: X
DOI:10.1016/j.fochx.2026.103938
PMID:42111325
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综述 | 综述花青素从化学合成到食品工业应用的最新进展,重点关注结构修饰、生物合成机制和食品化学挑战 | 整合了化学、合成生物学、机制研究和应用领域知识,强调AI辅助设计和高通量工程在解决生产效率和稳定性瓶颈中的作用 | 研究在化学、合成、机制和应用领域仍然分散,阻碍了功能性食品、智能材料和个性化健康的整合发展 | 总结花青素化学、生物合成、健康机制和工业应用,特别关注食品相关限制如pH驱动降解、抗坏血酸诱导氧化还原反应和蛋白质-多酚相互作用 | 花青素的结构工程、合成生物学生产和食品配方挑战 | 数字病理学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 303 | 2026-05-12 |
Filamentous fungal synthetic biology: Current applications and ongoing developments
2026-Apr-30, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108912
PMID:42069191
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综述 | 本文综述了丝状真菌合成生物学在食品、医药、材料科学和生物修复等领域的应用现状及发展 | 系统整合了丝状真菌的多种新兴应用并强调合成生物学在利用其独特性状方面的潜力,同时探讨了3D打印和无细胞系统等新兴技术的影响 | 指出了研究领域内的挑战和研究空白 | 促进对丝状真菌工程和合成生物学应用的标准化理解及创新 | 丝状真菌 | 合成生物学 | NA | 基因测序、计算技术、3D打印、无细胞系统 | NA | NA | NA | NA | 丝状真菌 | NA | 食品、医药、材料科学、生物修复 |
| 304 | 2026-05-12 |
Leveraging pre-trained AI models for robust promoter sequence design in synthetic biology
2026-Apr-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240033
PMID:42109830
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研究论文 | 利用预训练AI模型实现合成生物学中稳健启动子序列的设计 | 首次将预训练模型概念应用于启动子序列分析,通过创新的预训练与微调范式,结合基础突变模型,实现高效筛选高表达且抗突变的启动子 | 依赖预训练模型(如DNABERT)的性能,可能受限于训练数据质量和模型泛化能力 | 探索预训练AI模型在合成生物学启动子设计中的应用,减少对传统实验方法的依赖 | 酵母启动子序列及其表达水平 | 机器学习 | NA | DNABERT预训练模型,基础突变模拟 | DNABERT, Pymaker | 序列数据 | 多种数据集规模下的启动子样本 | NA | 酿酒酵母 | NA | 生物制药 |
| 305 | 2026-05-12 |
Rhodo-Box: A Synthetic Biology Toolbox to Facilitate Metabolic Engineering of Rhodobacter sphaeroides
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00808
PMID:41832780
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研究论文 | 介绍了一种针对荚膜红细菌的合成生物学工具箱Rhodo-Box,旨在促进其代谢工程改造 | 通过适应和扩展Zymo-Parts模块化克隆框架,开发了首个针对荚膜红细菌的标准化基因元件工具集,包括多种复制起点、启动子、诱导系统、核糖体结合位点和转录终止子,并引入了半自动化的克隆方法 | 未对工具在复杂代谢途径中的应用效果进行验证,也未评估长期稳定性 | 开发标准化遗传工具以推进荚膜红细菌在可持续生物制造中的应用 | 荚膜红细菌及其遗传元件 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆框架、半自动化克隆方法 | NA | NA | NA | Zymo-Parts模块化克隆框架 | 荚膜红细菌 | 基因表达调控线路(启动子、RBS、终止子等) | 工业生物技术 |
| 306 | 2026-05-12 |
Vacuum and Sonication Treatment Enable Efficient Transient Gene Expression in Various Monocot and Eudicot Plant Seedlings
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00855
PMID:41865287
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研究论文 | 介绍VAST(真空与超声辅助瞬时转化)方法,显著增强单子叶和双子叶植物幼苗的基因表达效率与通用性 | 通过系统优化植物生长条件并结合真空渗透和超声预处理,在减少组织损伤的同时大幅提升瞬时基因表达效率,成功转化番茄、谷子、柳枝稷、玉米和小麦等多种重要作物 | 未明确说明,但可能需进一步验证在大规模或更复杂植物体系中的适用性及长期效果 | 开发高效、通用且简单的植物瞬时转化方法,以支持功能基因组学、合成生物学和生物技术研究 | 多种单子叶与双子叶植物幼苗(如拟南芥、番茄、谷子、柳枝稷、玉米、小麦等) | 分子生物学 | NA | 真空渗透与超声处理辅助的瞬时转化 | NA | 基因表达数据 | 多种植物幼苗样本,具体数量未明确说明 | NA | 植物(番茄、谷子、柳枝稷、玉米、小麦等) | 硝酸盐响应基因表达分析(跨物种比较) | 农业、生物技术 |
| 307 | 2026-05-12 |
Vibrio natriegens, a Promising Chassis from Strain Property to Protein Expression: A Review
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00761
PMID:41886740
|
综述 | 系统介绍Vibrio natriegens的基本生物学特性及其在蛋白质表达中的应用进展 | 重点关注Vibrio natriegens在蛋白质表达中的最新研究与应用成就,弥补了以往综述中对该方面的关注不足 | 未明确提及具体限制 | 为研究人员提供使用Vibrio natriegens进行蛋白质表达的综合概述,突出其优势和应用前景,并提出挑战和未来展望 | Vibrio natriegens菌株及其工程化底盘 | 合成生物学 | NA | 蛋白质表达技术 | NA | NA | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 合成生物学 |
| 308 | 2026-05-12 |
Multifunctional Roles and Microbial Production Bottlenecks of Ergothioneine
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00735
PMID:41919719
|
综述 | 综述麦角硫因的多功能角色及其微生物生产瓶颈 | 总结了麦角硫因生物合成和分解代谢途径中关键酶的发现与鉴定进展,以及代谢工程策略的最新成果,并介绍了化学酶促级联合成路径实现最高产量 | 未明确提及研究限制,但可能包括异源生产中的代谢负担和产量优化挑战 | 探讨麦角硫因的多功能角色及其微生物生产瓶颈 | 麦角硫因及其关键酶 | 机器学 | NA | 代谢工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品, 化妆品, 医药 |
| 309 | 2026-05-12 |
NUPACK: Computational Nucleic Acid Analysis and Design
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00817
PMID:41926704
|
研究论文 | 介绍NUPACK 4软件套件,用于核酸结构、装置和系统的分析与设计 | NUPACK 4在物理模型、计算速度、可扩展性、材料混合和序列约束方面实现了全面升级 | NA | 为核酸纳米技术、分子编程、合成生物学和生命科学领域提供计算工具 | 核酸结构和装置 | 分子编程 | NA | NUPACK算法,核酸设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 动态杂交级联反应通路,结构工程(含假结) | 合成生物学,纳米技术 |
| 310 | 2026-05-12 |
Coevolution of plant-microbe interactions, friend-foe continuum, and microbiome engineering for a sustainable future
2026-04-06, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.01.010
PMID:41618562
|
综述 | 本文综述了植物-微生物共进化在约4.5亿年间的历程,并提出了一个基于共进化原理的工程框架,用于可持续农业发展 | 该文创新性地构建了一个基于深层时间、三支柱框架(细胞器发生、根系进化和免疫门控)的植物-微生物共进化整合框架,并提出了从共进化原则转化为功能蓝图的预测性、进化知情的策略 | NA | 将植物-微生物共进化原理转化为可持续农业的工程策略,以改善作物性能 | 植物-微生物互作关系及其共进化机制 | 机器学习,合成生物学,基因组编辑 | NA | 基因组编辑,合成生物学,AI,微生物组工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9,基因组编辑工具 | 植物,微生物 | 合成微生物群落,免疫受体工程,代谢开关 | 农业,可持续农业 |
| 311 | 2026-05-12 |
Metabolic Engineering and Synthetic Biology-Driven Strategies to Harness Microbial Production of Adipic Acid: Current Status and Future Direction
2026-03-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00869
PMID:41790735
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综述 | 本文综述了利用代谢工程和合成生物学策略生产己二酸的现状、挑战及未来方向 | 综合讨论了先进的代谢工程工具和策略用于构建高效细胞工厂,并系统分析了发酵工艺和下游分离技术的改进原则 | 工业可行的生物合成技术仍受原料利用、菌株效率、发酵复杂性和分离成本等瓶颈限制 | 实现可持续且商业可行的生物基己二酸生产 | 微生物细胞工厂及其在己二酸生物合成中的应用 | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 代谢工程, 合成生物学 | 微生物 | 己二酸生物合成途径 | 工业生物技术, 材料 |
| 312 | 2026-05-12 |
Research Progress and Prospects of Open-Chain Flavonoid Biosynthesis
2026-03-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00926
PMID:41810537
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综述 | 本文综述了开链黄酮类化合物的结构特征、分类、生物合成途径及催化机制,并探讨了代谢工程和微生物生产策略的研究进展与未来展望 | 系统总结了开链黄酮类化合物的生物合成逻辑、催化机制及调控特征,并强调了新兴的代谢工程和合成生物学方法在该领域的应用 | 未提及具体实验验证或定量分析结果,对开链黄酮类化合物的药理活性及应用潜力仅作简要提及 | 总结开链黄酮类化合物的生物合成研究进展,并展望其未来在代谢工程和生物技术中的应用 | 开链黄酮类化合物及其生物合成途径中的酶与调控元件 | NA | NA | 代谢组学、结构酶学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物技术 |
| 313 | 2026-05-12 |
CRISPR-Based Approaches to Engineer Nonmodel Bacteria for Bioproduction and Biotherapeutics
2026-01-20, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.5c00613
PMID:41488985
|
综述 | 总结了CRISPR-Cas工具箱及其在非模式微生物工程中的应用,重点讨论生物制造和生物治疗领域的创新 | 强调了CRISPR系统对传统难以改造的非模式微生物(如C1-气体固定醋杆菌、抗生素链霉菌和肠道共生菌)的适应性,并提出了基因组编辑、合成生物学和系统方法整合的新方向 | 讨论了当前限制,如非模式微生物中CRISPR工具效率不足、宿主依赖性问题及未来改进机会 | 综述CRISPR在非模式微生物工程中的应用,推动可持续生物制造、天然产物发现和下一代活体生物治疗的发展 | 非模式微生物,包括C1-气体固定醋杆菌、抗生素链霉菌和肠道共生菌 | 微生物工程 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9,CRISPR-Cas12,CRISPR-Cas13,CRISPRi,CRISPRa | C1-气体固定醋杆菌,抗生素链霉菌,肠道共生菌 | 代谢途径工程,天然产物合成回路,活体生物治疗回路 | 生物制造,天然产物发现,生物治疗 |
| 314 | 2026-05-12 |
Living materials for gas therapy
2026-01, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115738
PMID:41248756
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综述 | 综述了基于活体材料的气体疗法在肿瘤、炎症和组织再生中的最新进展 | 提出了利用活体材料的生物活性(如疾病趋向性、免疫调节和动态响应性)实现智能气体生成和控释的创新范式 | 活体材料的生物安全性和规模化生产是主要挑战 | 系统总结基于活体材料的气体疗法进展,强调工程化设计原理与治疗效果 | 基于生物实体(如细菌、细胞、藻类)及其仿生衍生物构建的活体材料 | 生物医学工程 | 癌症、炎症性疾病、组织再生 | 基因编程、混合架构设计 | NA | NA | NA | NA | 细菌、细胞、藻类 | 基因回路用于自主气体生产,刺激响应释放架构 | 医学 |
| 315 | 2026-05-12 |
Omics Technologies-Driven Research and Applications of Synthetic Biology
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5264-0_16
PMID:42108303
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综述 | 系统阐述多组学、空间组学和培养组学等组学技术如何驱动合成生物学的研究与应用,涵盖从功能预测到社区构建的全链条解决方案 | 提出多组学整合为合成生物学提供从功能预测、动态调控、功能验证到群落构建的全链条解决方案,强调空间组学解析空间互作机制和培养组学突破培养瓶颈的新思路 | NA | 探讨组学技术如何深入整合合成生物学,解决合成系统功能稳定性差、代谢途径适应性不足和自然微生态互作模拟困难等挑战 | 合成生物系统、合成菌群、底盘菌株 | 合成生物学 | NA | 微生物组学、多组学、空间组学、培养组学 | NA | 多组学数据、空间分布数据、培养数据 | NA | NA | NA | NA | 生物制造、环境修复、医疗健康 |
| 316 | 2026-05-12 |
Repurposing the bacterial surface display technology for drug delivery
2025-12, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115701
PMID:41046872
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综述 | 探讨细菌表面展示技术在药物递送中的进化与应用,并从合成生物学、免疫工程和转化医学角度提出未来路线图 | 系统阐述了细菌表面展示技术在药物递送中的独特优势(增强定位、延长治疗活性、降低全身毒性),并首次提出利用AlphaFold和计算机筛选等计算工具理性设计最佳外膜锚的路线图 | 监管障碍和微生物稳定性等挑战仍需克服 | 将细菌表面展示技术定位为靶向药物递送的一种强大且尚未充分开发的模式,桥接合成生物学、免疫工程和转化医学 | 细菌(革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌)及其表面展示系统,包括外膜蛋白、分选酶介导的锚定和孢子基系统 | 合成生物学 | 癌症 | 细菌表面展示技术、AlphaFold、计算机筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 革兰氏阴性菌, 革兰氏阳性菌 | 表面展示系统(外膜蛋白锚定、分选酶介导锚定、孢子基系统) | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 317 | 2026-05-12 |
Precision therapeutics for inflammatory bowel disease using engineered probiotics: Strategies and optimization
2025-11, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.012
PMID:41083038
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综述 | 本综述总结了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的研究进展,涵盖底盘菌株基因编辑、微生物多维作用、生物工程改造、递送系统优化及人工智能驱动菌株筛选与设计 | 通过基因修饰和合成生物学实现微环境响应和精准靶向治疗,突破传统益生菌功能单一和非靶向作用的局限,在肠道黏膜修复和免疫调节中展现显著疗效 | NA | 综述工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的精度疗法策略与优化方法 | 工程化益生菌,包括底盘菌株、微生物群落、递送系统及人工智能筛选设计 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 基因编辑、合成生物学、生物工程改造、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 肠道益生菌(如乳酸菌、双歧杆菌等) | 微环境响应电路、精准靶向治疗回路(如生物传感器、代谢通路) | 医学 |
| 318 | 2026-05-12 |
Multivalent engineering of bio interfaces with DNA-based nanomaterials
2025-10, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115681
PMID:40865643
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综述 | 综述了利用DNA纳米材料进行生物界面多价工程的基本原理、设计策略及其在诊断、治疗和合成生物学中的应用 | 提出从传统多价结合向多价工程的范式转变,即通过精确的DNA纳米结构空间组织配体,实现对受体分布、密度及局部微环境的可控靶向 | 多价工程系统在复杂体内环境中仍面临稳定性、递送效率及脱靶效应等重大挑战 | 探讨DNA纳米材料用于生物界面多价工程的基本原理、设计策略及应用进展 | 生物界面上的多价相互作用(如细胞信号、免疫识别、粘附等)及DNA纳米材料 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | DNA纳米结构自组装 | NA | 多价配体空间排列(如纳米尺度几何调控) | 诊断, 治疗, 合成生物学 |
| 319 | 2026-05-12 |
Understanding carboxysomes to enhance carbon fixation in crops
2025-06-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253072
PMID:40570186
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综述 | 本文综述了羧酶体在提高农作物光合固碳效率方面的潜在应用及当前理解 | 系统总结羧酶体生物发生、Rubisco组织和外壳功能的最新进展,并提出将其与碳酸氢盐转运蛋白共同移植到叶绿体中以增强光合作用的新思路 | 仍存在关键问题未解决,如外壳精确作用机制尚不明确,以及需要识别合适的碳酸氢盐转运体和调控表达水平 | 探讨利用羧酶体和蓝藻CO2浓缩机制提高农作物光合效率的可行性与挑战 | 羧酶体、Rubisco、碳酸氢盐转运蛋白、农作物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 320 | 2026-05-12 |
Elucidation and de novo reconstitution of glyceollin biosynthesis
2025-05-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.003
PMID:40211535
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研究论文 | 揭示了甘草素完全生物合成途径,并通过合成生物学方法在酵母中实现从简单碳源的从头重建 | 首次完整阐明甘草素生物合成途径,特别是氧化环化步骤,并鉴定出之前未表征的还原酶和五个P450酶基因 | 未提及具体局限性 | 阐明甘草素生物合成途径并实现其可持续生产 | 甘草素生物合成途径及相关酶基因 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达、体外酶表征、酵母喂养实验、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 本氏烟草、酿酒酵母 | 甘草素从头生物合成途径 | 农业、生物学 |