合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-03-05	Leaky ribosomal scanning enables tunable translation of bicistronic ORFs in green algae 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.24.605010 PMID:39091764	研究论文	本文通过生物信息学和体内突变分析，探讨了绿藻中多顺反子基因的翻译机制	揭示了绿藻中多顺反子转录本的翻译机制，特别是通过漏读扫描实现ORF 2的翻译	研究主要基于两种绿藻，可能不适用于其他生物	研究绿藻中多顺反子基因的翻译机制	绿藻中的多顺反子基因	生物信息学	NA	生物信息学分析、体内突变分析	NA	基因序列数据	两种绿藻的高置信度手动注释数据集
402	2025-03-05	Rethinking cancer targeting strategies in the era of smart cell therapeutics 2022-12, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-022-00505-x PMID:36175644	研究论文	本文探讨了在智能细胞治疗时代重新思考癌症靶向策略的必要性和潜力	提出了将机器学习分析与基因组数据结合，以指导设计更具区分性和可操作性的治疗识别程序，从而增强智能细胞工程的能力	这些新兴的智能细胞工程技术尚未在临床中完全实施	探索更有效的癌症治疗策略，特别是通过结合细胞治疗和机器学习分析	癌症治疗策略，特别是细胞治疗和机器学习分析	合成生物学	癌症	机器学习分析，合成生物学	NA	基因组数据	NA
403	2025-03-04	Synthetic Biology-Based Strategy for Nanomedicine Design 2025-Mar-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401969 PMID:40025899	综述	本文介绍了合成生物学纳米医学的基本概念，并探讨了其与传统和仿生纳米医学的关系与区别	提出了合成生物学纳米医学这一新概念，区别于传统或仿生纳米医学，采用基因工程策略进行设计	讨论了利用合成生物学开发纳米医学的潜在优势和挑战，但未具体说明具体挑战内容	探索合成生物学与纳米医学的融合，推动纳米医学在疾病诊断和治疗中的应用	合成生物学纳米医学	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
404	2025-03-04	SHIP identifies genomic safe harbors in eukaryotic organisms using genomic general feature annotation 2025-Feb-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91249-9 PMID:40021804	研究论文	本文介绍了一种名为SHIP的算法，用于在真核生物中系统地识别基因组安全港（GSHs）	SHIP算法通过基因组一般特征注释，系统地识别基因组安全港，填补了现有方法主要依赖经验识别的空白	研究主要基于酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）进行实验验证，尚未在其他真核生物中广泛验证	开发一种系统识别基因组安全港的工具，以支持合成生物学中多基因模块的研究	真核生物的基因组安全港	基因组工程	NA	DNA测序、流式细胞术、qPCR、电子显微镜、RT-qPCR、RNA-Seq	算法（SHIP）	基因组数据	基于酿酒酵母的实验验证
405	2025-03-04	Self-Driven CuAAC Reaction Catalyzed by Photosensitive Biohybrids Energized by Lactate for Boosting Cancer Immunotherapy 2025-Feb-20, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202425018 PMID:39973575	研究论文	本文构建了一种光辅助靶向电活性细菌装备的生物正交催化剂系统，用于增强癌症免疫治疗	创新点在于利用细菌在肿瘤部位厌氧代谢乳酸并转移电子至生物正交催化剂，从而触发CuAAC反应原位生成活性药物，并通过光照加速反应	NA	开发一种不依赖化学还原剂的高效CuAAC反应，用于癌症免疫治疗	肿瘤代谢与CuAAC反应	合成生物学	癌症	CuAAC反应、光辅助催化	NA	NA	NA
406	2025-03-04	Combating Infectious Diseases with Synthetic Biology 2022-02-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00576 PMID:35077138	研究论文	本文探讨了合成生物学在传染病诊断和治疗中的应用	提出了利用合成生物学设计合成系统和设备作为治疗人类疾病的有力工具	未具体提及研究的具体限制	开发新型、特异、灵敏且有效的传染病诊断和治疗方法	传染病，包括寄生虫、真菌、细菌和病毒感染	合成生物学	传染病	合成生物学技术	NA	NA	NA
407	2025-03-03	Next-generation metabolic models informed by biomolecular simulations 2025-Apr, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103259 PMID:39827498	研究论文	本文探讨了计算代谢建模方法的演变，并提出了将生物分子模拟和机器学习预测结合以指导结构导向的合成生物学应用的新阶段	首次将生物分子模拟与代谢模型相结合，开创了结构导向的合成生物学应用的新范式	尚未具体说明生物分子模拟与代谢模型结合的具体技术细节和实现方法	优化和理解代谢途径，以改善蛋白质和小分子产品的生物生产，应用于健康、环境、能源和可持续性领域	从微生物到人类的细胞代谢	合成生物学	NA	生物分子模拟，机器学习	NA	NA	NA
408	2025-03-03	Advances in designed bionanomolecular assemblies for biotechnological and biomedical applications 2025-Apr, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103256 PMID:39827499	review	本文综述了蛋白质工程在设计功能性治疗和生物技术应用的生物纳米分子组装体方面的最新进展	利用AI工具（如AlphaFold、RFDiffusion和ProteinMPNN）显著提高了从头设计的可扩展性和成功率	NA	探讨蛋白质工程在生物纳米分子组装体设计中的应用及其在生物技术和生物医学领域的潜力	有限组装体（如纳米笼和基于卷曲螺旋的结构）和扩展组装体（如丝状体和2D/3D晶格）	生物技术	NA	AI工具（AlphaFold、RFDiffusion、ProteinMPNN）	NA	NA	NA
409	2025-03-03	Machine learning for synthetic gene circuit engineering 2025-Apr, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103263 PMID:39874719	研究论文	本文讨论了机器学习在合成基因电路工程中的新兴作用，以及如何通过机器学习增强从单个组件到电路层面的工程设计	提出了机器学习与机制建模相结合的混合方法，以利用数据驱动模型的优势与基于机制的模型的规范性能力	需要克服的挑战包括如何有效地整合机器学习与机制建模，以及如何在实际应用中实现这些方法的潜力	探讨机器学习在合成基因电路工程中的应用，以解决设计空间大、组件与宿主细胞机器之间复杂交互的挑战	合成基因电路	合成生物学	NA	机器学习	混合模型（机器学习与机制建模）	NA	NA
410	2025-03-03	Progress on production of malic acid and succinic acid by industrially-important engineered microorganisms 2025-Apr, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.02.001 PMID:39923900	综述	本文综述了通过代谢工程改进有机酸生物合成的最新研究进展，特别是L-苹果酸（L-MA）和琥珀酸（SA）的生产	总结了利用合成生物学和高通量筛选等新技术改进有机酸生物合成的最新进展	微生物发酵的低产量和长发酵周期限制了其工业应用	改进有机酸生物合成，特别是L-苹果酸和琥珀酸的生产	工业上重要的工程微生物	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学、高通量筛选	NA	NA	NA
411	2025-03-03	Advances in engineering substrate scope of Pseudomonas cell factories 2025-Apr, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103270 PMID:39978295	研究论文	本文探讨了通过代谢工程、合成生物学和实验室进化增强假单胞菌细胞工厂的底物范围，以利用多样化的废弃物底物	提出了通过代谢工程和合成生物学手段增强假单胞菌的底物利用能力，以应对工业生物技术中的新挑战	自然分离的假单胞菌并不总是适合高要求的生物技术应用，需要进一步的工程改造	探索和扩展假单胞菌细胞工厂的底物范围，以利用多样化的废弃物底物	假单胞菌物种	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学、实验室进化	NA	NA	NA
412	2025-03-03	Recombinant human collagen XVII protects skin basement membrane integrity by inhibiting the MAPK and Wnt signaling pathways 2025-Apr, Molecular medicine reports IF:3.4Q2 DOI:10.3892/mmr.2025.13465 PMID:39981899	研究论文	本研究探讨了重组人胶原XVII（RHCXVII）在保护皮肤基底膜完整性方面的功效及其作用机制	首次揭示了RHCXVII通过抑制MAPK和Wnt信号通路的磷酸化来保护皮肤基底膜完整性的机制	研究仅基于体外实验，未涉及体内实验或临床试验	阐明RHCXVII在保护皮肤基底膜完整性中的作用机制	人类HaCaT角质形成细胞	生物医学	皮肤损伤	逆转录定量PCR、蛋白质印迹分析、磷酸化抗体阵列	NA	细胞实验数据	UVB照射的HaCaT细胞
413	2025-03-03	Remodeling of lipid-foam prototissues by network-wide tension fluctuations induced by active particles 2025-Feb-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57178-x PMID:40016255	研究论文	本文介绍了一种基于脂质的组织模拟物，能够通过活性粒子诱导的网络张力波动进行重塑	开发了一种毫米大小的脂质泡沫组织模拟物，具有自愈能力，并展示了由游泳细菌驱动的网络张力波动促进组织重塑	现有原型组织的横向尺寸较小或缺乏重塑能力	理解和模拟生物组织的结构和力学特性	脂质泡沫组织模拟物	合成生物学	NA	脂质双层技术	NA	NA	NA
414	2025-03-03	Leveraging yeast sequestration to study and engineer posttranslational modification enzymes 2024-Mar, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28621 PMID:38079116	综述	本文讨论了利用酵母细胞器隔离技术研究和工程化翻译后修饰酶（PTM-enzymes）的原理和方法	首次详细讨论了酵母内质网隔离技术，并介绍了基于酵母表面展示和酶介导的转录激活的细胞质隔离方法	不同系统的测量和控制酶催化效率的能力存在局限性	旨在通过高通量功能筛选和选择方法，解析PTM-enzymes的酶学和生物学机制，开发能够探测和调控它们的分子，并赋予它们改进和新功能	翻译后修饰酶（PTM-enzymes），包括蛋白酶、蛋白质连接酶、氧化还原酶、激酶和其他转移酶	合成生物学	NA	酵母细胞器隔离技术	NA	NA	NA
415	2025-03-03	Next-generation biocontainment systems for engineered organisms 2018-06, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-018-0056-x PMID:29769737	研究论文	本文讨论了工程生物在工业、临床和环境应用中日益增加的使用，以及由此带来的生物安全风险，并介绍了合成生物学中的新技术如何用于开发新型生物防护系统	本文强调了合成生物学中的新技术（如基因电路工程、基因组编辑和基因表达调控）在开发新型生物防护系统中的应用	本文未具体提及现有生物防护系统的具体局限性	研究目的是开发更有效的生物防护系统，以应对工程生物在环境中的潜在风险	研究对象是工程生物及其在工业、临床和环境中的应用	合成生物学	NA	基因电路工程、基因组编辑、基因表达调控	NA	NA	NA
416	2025-03-02	Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0319337 PMID:40014593	研究论文	本文通过调查13个欧洲国家的公众态度，探讨了合成细胞技术在抗癌治疗、CO2排放转化为生物燃料和工业废物回收等领域的潜在应用	首次在多个欧洲国家进行大规模调查，探讨公众对合成细胞技术的态度，并使用数据驱动技术构建决策树模型分析影响因素	调查仅涵盖欧洲国家，可能无法代表全球公众态度	探讨公众对合成细胞技术的态度及其潜在应用	13个欧洲国家的8,382名公众	合成生物学	癌症	数据驱动技术	决策树模型	调查数据	8,382名来自13个欧洲国家的公众
417	2025-03-01	Discovery of Cortinarius O-methyltransferases for the heterologous production of dermolutein and physcion 2025-Feb-25, Biotechnology for biofuels and bioproducts IF:3.3Q3 DOI:10.1186/s13068-025-02625-6 PMID:40001086	研究论文	本文通过基因组学、转录组学和合成生物学方法，揭示了Cortinarius蘑菇中蒽醌类化合物emodin和endocrocin的生物合成途径，以及它们甲基化为黄色色素physcion和dermolutein的过程	发现了Cortinarius蘑菇中非还原性聚酮合酶（nrPKSs）和特异性O-甲基转移酶（OMTs）的平行进化起源，并成功在酵母中异源合成了physcion和dermolutein	化学合成复杂且不经济，从森林中大量采集野生蘑菇不可行	研究Cortinarius蘑菇中蒽醌类化合物的生物合成途径及其应用	Cortinarius semisanguineus和C. sp. KIS-3蘑菇	合成生物学	NA	基因组学、转录组学、合成生物学	NA	基因组数据、转录组数据	Cortinarius semisanguineus和C. sp. KIS-3蘑菇
418	2025-03-01	The key role of cytochrome P450s in the biosynthesis of plant derived natural products 2025-Feb-25, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109695 PMID:40015195	综述	本文综述了细胞色素P450在植物源天然产物生物合成中的关键作用，特别是在下游合成途径和骨架合成后的结构修饰中的重要性	强调了细胞色素P450酶在天然产物合成途径中的关键催化步骤，并概述了天然产物生物合成和合成生物学研究的最新进展	NA	探讨细胞色素P450酶在植物源天然产物生物合成中的作用，以促进天然产物的开发和合成生物学研究	植物源天然产物，包括萜类、生物碱、黄酮类、甾体皂苷等	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
419	2025-03-01	Direct Cloning and Heterologous Expression of the Dmxorosin Biosynthetic Gene Cluster from Streptomyces thermolilacinus SPC6, a Halotolerant Actinomycete Isolated from the Desert in China 2025-Feb-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041492 PMID:40003958	研究论文	本文报道了从中国临泽沙漠分离的耐盐放线菌SPC6中直接克隆并异源表达dmxorosin生物合成基因簇的研究	成功克隆并异源表达了一个完全沉默的次级代谢生物合成基因簇，发现了一种新的羊毛硫肽dmxorosin	NA	研究SPC6菌株的次级代谢产物及其生物合成基因簇	耐盐放线菌SPC6及其次级代谢产物	合成生物学	NA	基因组挖掘、直接克隆、异源表达	NA	基因组数据	1株耐盐放线菌SPC6
420	2025-03-01	Microbiome Engineering for Sustainable Rice Production: Strategies for Biofertilization, Stress Tolerance, and Climate Resilience 2025-Jan-22, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms13020233 PMID:40005600	综述	本文更新并批判性地讨论了水稻微生物组的多样性、功能角色以及增强生物施肥和抗逆性的微生物组工程策略	强调了微生物组工程从传统接种剂到合成生物学的进展，以及利用微生物组塑造基因（M基因）提高作物抗逆性的创新方法	需要进一步探索M基因以培育抗病性状，且商业化成功的关键因素包括土壤特性、实际环境条件和植物基因型	增强水稻的生物施肥、抗逆性和气候适应能力，以实现可持续水稻生产	水稻及其微生物组	农业生物技术	NA	微生物组工程、合成生物学	NA	NA	NA