合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-13	Synthetic Biology-Based Heterologous Expression and Purification of Enterocin A: Advancing Antimicrobial Peptide Applications 2025-Sep-12, Molecular nutrition & food research IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mnfr.70260 PMID:40936353	研究论文	本研究通过合成生物学方法异源表达和纯化肠球菌素A，并验证其抗菌活性	开发了包含功能调控元件和His标签的合成基因盒，实现了从包涵体中高效回收具有生物活性的细菌素	NA	开发替代抗生素的抗微生物策略，利用细菌素抑制病原体	肠球菌素A（源自Enterococcus faecium的细菌素）	合成生物学	细菌感染	基因合成、PCR、测序、Ni-NTA亲和色谱	NA	分子生物学数据、抗菌活性数据	针对5种多重耐药病原体（包括金黄色葡萄球菌ATCC 25923等）进行测试
42	2025-09-13	Engineering Conditional Transgene Expression in Nicotiana benthamiana 2025-Sep-12, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70350 PMID:40937882	研究论文	本文综述了在烟草中构建条件性转基因表达系统的合成生物学策略及其应用潜力	整合了化学/电磁信号响应传感器、可编程转录因子合成启动子、病毒复制子转录放大及重组酶处理器等创新技术	未提及具体实验数据验证，主要基于技术展望和理论分析	开发可控转基因表达系统以提升烟草生物工厂的蛋白和代谢物生产能力	本氏烟草（Nicotiana benthamiana）	合成生物学	NA	合成基因电路、CRISPR系统、重组酶处理技术	NA	NA	NA
43	2025-09-13	Development of a modified RNA circularization system to improve circRNA-based protein expression in mammalian cells 2025-Sep-11, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.080733.125 PMID:40935594	研究论文	开发了一种改进的Tornado系统，通过优化IRES与启动子间距及整合调控元件，显著提升哺乳动物细胞中基于circRNA的蛋白表达效率	揭示了HRV-B3 IRES在RNA丰度和环化中的双重作用，并首次将HIV-1 LTR截短体与WPRE组合用于增强Tornado系统的转录效率	未明确说明该系统在体内应用或临床转化中的具体挑战	提高哺乳动物细胞中大片段RNA（含IRES序列）的环化效率及circRNA丰度	哺乳动物细胞中的circRNA蛋白表达系统	合成生物学	NA	RNA环化技术、分子克隆	NA	分子生物学实验数据	NA
44	2025-09-13	The growth benefits and toxicity of quinone biosynthesis are balanced by a dual regulatory mechanism and substrate limitations 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00887-25 PMID:40788026	研究论文	本研究揭示了乳酸菌中醌类前体DHNA生物合成的双重调控机制及其与底物限制的平衡关系	发现MenF和MenD酶共同调控DHNA合成，并首次通过数学模型阐明可逆通量和变构反馈抑制形成的两阶段调控模式	研究主要基于乳酸菌模型，机制在其他微生物中的普适性仍需验证	解析微生物调控醌类水平的分子机制，为代谢工程改造提供理论基础	乳酸菌及其醌类前体DHNA的生物合成途径	合成生物学	NA	合成生物学方法、数学建模	数学模型（两阶段调控模式）	酶活性数据、代谢通量数据	NA
45	2025-09-13	Synthetic C1 metabolism in Pseudomonas putida enables strict formatotrophy and methylotrophy via the reductive glycine pathway 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01976-25 PMID:40824035	研究论文	本研究通过代谢工程和适应性实验室进化，成功构建了能够以甲酸和甲醇作为唯一碳源和能源的恶臭假单胞菌菌株	首次在任何假单胞菌物种中实现严格的合成甲酸营养和甲醇营养，通过线性还原甘氨酸途径实现C1底物的高效同化	研究局限于实验室环境下的工程菌株，尚未在工业规模或复杂环境中验证其稳定性和效率	开发能够高效利用甲酸和甲醇作为碳源的微生物宿主，拓展生物技术应用的底物范围	恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）工程菌株	合成生物学	NA	代谢工程、适应性实验室进化（ALE）、基因工程	NA	微生物生长数据、基因序列数据	工程菌株（包括rG·F和rG·M等衍生菌株）
46	2025-09-13	Intersecting precision fermentation for global cell-based food production innovation: Challenges and opportunities 2025-Sep-08, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108712 PMID:40930311	综述	本文综述了精准发酵技术在全球细胞基食品生产中的创新应用，探讨了其面临的挑战与机遇	提出了结合合成生物学、代谢工程及计算机辅助工程的跨学科框架，并针对营养性饥饿风险提出缓解策略	存在技术扩展瓶颈、监管碎片化、区域可及性及消费者接受度问题，工具应用仍有局限	推动精准发酵技术在食品生产中的高效可持续应用，解决全球食品创新中的科技与社会挑战	微生物细胞工厂、发酵生产的食品成分、全球食品生产体系	合成生物学与生物工程	NA	合成生物学、代谢工程、计算机辅助工程(CAE)、人工智能(AI)、自动化	NA	案例研究、建模分析数据	NA
47	2025-09-13	Advancing biomaterial innovation for tissue engineering through microbial synthetic biology: A review 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146771 PMID:40803465	综述	本文回顾了微生物合成生物学在组织工程生物材料创新中的应用与前景	通过微生物合成生物学方法设计先进生物材料，为组织工程提供新方向	面临未来挑战，具体限制未详细说明	促进组织工程领域的生物材料创新	微生物宿主、合成生物学方法及工程微生物生产的生物材料	合成生物学	NA	微生物基因组修饰、代谢过程调控	NA	NA	NA
48	2025-09-13	The Dawn of High-Throughput and Genome-Scale Kinetic Modeling: Recent Advances and Future Directions 2025-Aug-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00868 PMID:40262025	综述	本文回顾了高通量和基因组规模动力学建模的最新进展与未来方向	整合机器学习与机制性代谢模型、开发新型动力学参数数据库以及定制化参数策略	NA	推动系统与合成生物学、代谢工程及医学研究的规模化发展	细胞代谢过程与动态行为	计算生物学	NA	动力学建模、机器学习	机制性代谢模型	代谢参数与模拟数据	NA
49	2025-09-13	Identification of novel broad host-range promoter sequences functional in diverse Pseudomonadota by a promoter-trap approach 2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s42770-024-01512-w PMID:39259478	研究论文	通过启动子捕获方法从南极微生物群落中鉴定出在多种假单胞菌门中具有广泛宿主范围功能的新型启动子序列	首次从南极微生物群落中发现13个具有广泛宿主范围功能的启动子序列，可在多种假单胞菌门细菌中驱动基因表达	NA	扩展合成生物学中的生物元件库，寻找新型广泛宿主范围启动子	南极微生物群落中的启动子序列	合成生物学	NA	启动子捕获方法	NA	基因序列数据	约2000个克隆组成的文库，从中鉴定出13个功能启动子序列
50	2025-09-13	Precision engineering of biological function with large-scale measurements and machine learning 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0283548 PMID:36989327	研究论文	本文介绍了两种用于精确设计遗传传感器的互补方法：计算机筛选和机器学习辅助的正向工程	开发了结合大规模基因型-表型数据集与机器学习的方法，能够定量精确设计具有特定剂量响应曲线的遗传传感器	NA	开发定量精确设计生物传感功能的方法	遗传传感器	合成生物学	NA	机器学习，计算机筛选	可解释机器学习模型	基因型-表型数据	大规模数据集
51	2025-09-12	The path to biotechnological singularity: Current breakthroughs and outlook 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108667 PMID:40744238	综述	本文探讨了生物技术领域当前突破性进展及其向生物技术奇点发展的前景	综合分析了基因编辑、合成生物学、人工智能、再生医学和脑机接口等多领域技术的融合趋势及其潜在影响	未涉及具体实验数据或案例研究，主要基于宏观趋势分析	展望生物技术奇点的实现路径及其对社会的影响	生物技术领域的多学科技术进展	生物技术	NA	CRISPR基因编辑、合成生物学、深度学习、干细胞研究、脑机接口	深度学习模型	NA	NA
52	2025-09-12	Microalgal bioengineering for futuristic applications in synthetic and space biology 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108665 PMID:40738416	综述	本文综述了微藻生物工程在合成生物学和空间生物学中的前沿应用，重点探讨其在地球和太空极端环境下支持生命系统的潜力	整合CRISPR基因组编辑、合成基因电路、人工智能等创新技术，开发适应太空环境的微藻系统，用于可持续生产氧气、水和营养	NA	探索微藻通过合成生物学技术改造后，在地球和太空极端环境中提供生命支持资源的应用	微藻及其基因工程衍生物	合成生物学	NA	CRISPR基因组编辑、组学技术、合成基因电路、纳米技术、人工智能	NA	NA	NA
53	2025-09-12	Harnessing biological nitrogen fixation: Multi-scale engineering for self-sustaining agroecosystems 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108687 PMID:40803658	综述	本文综述了利用生物固氮技术替代化学氮肥的多尺度工程策略，旨在构建自维持农业生态系统	提出从微生物底盘到生态系统层面的多尺度集成工程方法，包括固氮回路设计、根际微生物组重编程和工程化固氮作物	NA	提高固氮效率并实现作物的生物固氮能力，以减少农业对化学肥料的依赖	固氮原核微生物、非固氮宿主微生物、工程化作物及农业生态系统	合成生物学	NA	合成生物学方法、微生物工程、根际微生物组重编程	NA	NA	NA
54	2025-09-12	Phage therapy against Klebsiella pneumoniae: An evolving perspective 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108689 PMID:40840758	综述	本文探讨针对肺炎克雷伯菌的噬菌体疗法，分析其进化挑战并提出结合计算科学的未来策略	整合临床案例与预临床研究，提出利用机器学习进行噬菌体表征和宿主互作预测的计算路线图	NA	评估噬菌体疗法对抗多重耐药肺炎克雷伯菌的可行性及进化障碍应对策略	肺炎克雷伯菌及其与噬菌体的共进化动态	合成生物学与计算微生物学交叉领域	细菌感染性疾病	机器学习、噬菌体基因组工程	NA	临床案例数据、预实验数据、基因组数据	NA
55	2025-09-12	Multidimensional strategies for efficient heterologous protein expression in Aspergillus niger 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108690 PMID:40845950	综述	本文总结了黑曲霉高效异源蛋白表达的多维策略最新进展	从表达系统、分泌途径、代谢通量、智能发酵和多组学整合五个维度系统探讨提升异源蛋白生产效率的策略	NA	提升黑曲霉中异源蛋白的表达效率	黑曲霉	合成生物学	NA	分子生物学工具、代谢工程策略、多组学整合	NA	NA	NA
56	2025-09-12	Engineering plant hosts for high-efficiency accumulation of flavonoids: Advances, challenges and perspectives 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108692 PMID:40850536	综述	本文总结了利用系统和合成生物学方法提高植物中黄酮类化合物积累效率的研究进展、挑战与前景	提出了通过系统和合成生物学方法精确调控黄酮生物合成路径的创新策略，包括人工可修饰遗传元件设计、酶进化加速和代谢流再平衡	当前方法在精确调控单个黄酮合成方面仍存在局限性，需要下一代植物宿主系统的进一步开发	提高植物黄酮类化合物的积累效率以增强植物抗逆性和营养价值	植物宿主及其黄酮类生物合成系统	合成生物学	NA	转录调控、转运蛋白工程、蛋白质工程、级联生物催化	NA	NA	NA
57	2025-09-12	Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108698 PMID:40885347	综述	本文对机器学习在预测性生物催化领域的现有方法与应用进行了比较性回顾	系统比较了多种机器学习方法在酶功能预测和生物催化剂发现中的创新应用，并强调了计算工具与生化数据的交叉融合	NA	推动预测性生物催化领域的发展，促进生态友好和可持续的生物催化过程	酶分类、反应注释、酶-底物特异性、反应结果及动力学参数预测	机器学习	NA	机器学习	神经网络、CNN、图神经网络、Transformer	生化数据	NA
58	2025-09-12	Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics 2025-Sep-11, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372 PMID:40932245	研究论文	本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种计算方法	首次构建包含100个实验解析结构的标准化基准数据集，并引入多维评估框架比较深度学习和物理驱动方法的性能	基准数据集规模有限（100个结构），且仅评估了当前主流的六种计算方法	提升蛋白质-核酸复合物结构的计算预测精度，为基因组编辑和合成生物学提供工具支持	蛋白质-核酸复合物三维结构	计算生物学	NA	结构生物学实验数据、深度学习算法、分子对接方法	AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix, HDOCK, HDOCK_NT	三维结构数据	100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构
59	2025-09-12	Engineering and Functional Expression of the Type III Secretion System in Xenorhabdus: Enhancing Insecticidal Efficacy and Expanding T3SE Libraries 2025-Sep-10, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c08269 PMID:40928961	研究论文	本研究通过合成生物学方法在Xenorhabdus细菌中异源表达III型分泌系统（T3SS），显著增强了其杀虫效果并拓展了效应蛋白库	首次在T3SS缺陷菌株中功能表达完整32-kb T3SS基因簇，并发现新型效应蛋白XopA具有YopJ家族同源性和典型T3SS效应特征	研究主要基于细胞和昆虫模型，尚未在更复杂的生态环境或田间试验中验证	增强昆虫病原线虫共生细菌的杀虫能力并扩展T3SS效应蛋白库	Xenorhabdus细菌、CF-203细胞、昆虫模型	合成生物学	昆虫病害防治	Red/ET重组工程、基因克隆、功能表达	NA	基因序列、细胞实验数据、生物测定数据	使用T3SS缺陷菌株HN_xs01进行工程改造，并在CF-203细胞和昆虫模型中验证
60	2025-09-12	On-Demand Nanoliter Delivering Platform via Electrical-Activated Microdroplet Assembling 2025-Sep-10, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.5c02928 PMID:40929287	研究论文	提出一种基于电激活微滴组装技术的按需纳升级试剂输送平台，实现高通量生化检测中的精确控制与选择性内容融合	集成电传感、触发式液滴融合与被动分选功能于单一连续流系统，首次实现基于阻抗检测的按需电聚结融合与无能量分选	NA	开发高精度纳升级试剂输送平台以提升生化检测的通量和特异性	微滴（含生化试剂）	微流控技术	NA	阻抗检测、电聚结融合、流体动力分选	NA	电信号、流体数据	每分钟超6000次处理事件（细菌筛选应用）