合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-10	Reinforcement Learning-Based Target-Specific De Novo Design of Cyclic Peptide Binders 2025-Aug-28, Journal of medicinal chemistry IF:6.8Q1 DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c00789 PMID:40824037	研究论文	提出基于强化学习的框架CYC_BUILDER，用于靶向特异性从头设计环肽结合剂	采用蒙特卡洛树搜索指导片段选择、肽链生长和结构优化，实现高效环化组装	实验验证样本量较小（仅测试9个设计肽），需进一步扩大验证范围	开发计算设计环肽结合剂的新方法以靶向蛋白质-蛋白质相互作用	环肽与靶蛋白（如TNFα）的相互作用	机器学习	NA	reinforcement learning, Monte Carlo Tree Search	强化学习框架	分子结构数据	9个设计肽的实验验证（其中4个显示活性）
102	2025-09-10	Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14 PMID:38780738	研究论文	本文介绍了一种用户友好的BarMap-QA流程，用于改进共转录折叠模拟的质量评估	开发了专门针对共转录折叠场景的简化工作流程，通过迭代方法和质量监控提高模拟可靠性	原始BarMap方法在特定场景如共转录折叠中难以使用，需要进一步简化近似	改进RNA共转录折叠模拟方法，为合成生物学中的核糖开关设计提供计算验证工具	RNA分子，特别是位于初级转录本5'区域的核糖开关和RNA温度计	计算生物学	NA	BarMap方法，粗粒度表示，马尔可夫过程建模	NA	RNA二级结构数据	NA
103	2025-09-09	In vivo self-assembled siRNAs ameliorate neurological pathology in TDP-43-associated neurodegenerative disease 2025-Sep-08, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf330 PMID:40916343	研究论文	本研究开发了一种基于合成生物学的方法，通过体内自组装siRNA靶向TDP-43蛋白，改善神经退行性疾病的病理状况	利用内源性小RNA加工机制自组装siRNA封装的小细胞外囊泡，并借助宿主天然循环系统实现siRNA向中枢神经系统的递送	研究基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对TDP-43相关神经退行性疾病的基因治疗策略	TDP-43蛋白异常积累的肌萎缩侧索硬化(ALS)和额颞叶变性(FTLD)疾病模型	基因治疗	神经退行性疾病	siRNA技术、小细胞外囊泡(sEVs)递送、腺相关病毒(AAV)载体	动物模型	体内实验数据	TDP-43病理小鼠模型
104	2025-09-09	Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for de novo biosynthesis of hydroxytyrosol and salidroside 2025-Aug-20, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00712-25 PMID:40668011	研究论文	通过代谢工程改造酿酒酵母实现羟基酪醇和红景天苷的从头生物合成	开发了高效生产羟基酪醇和红景天苷的酵母工程菌株，并通过优化前体供应和糖基化策略显著提高了产量	NA	实现两种具有工业应用价值的苯乙醇化合物（羟基酪醇和红景天苷）的高效生物合成	酿酒酵母工程菌株	合成生物学	NA	代谢工程、发酵优化、基因工程	NA	NA	实验室规模（摇瓶发酵）和15 L生物反应器规模
105	2025-09-09	Multiactivity of Nanozyme Liposome Regulates the Homeostasis of Biochemical Microenvironment 2025-Aug-18, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202501918 PMID:40545445	研究论文	开发具有多酶活性的仿生脂质体，用于调控外源植入物引发的炎症反应并促进组织再生	通过CeO纳米酶与仿内皮细胞膜的自组装，首次构建能同时水解ATP/ADP和调节生化微环境稳态的多功能脂质体	未提及临床前或临床试验数据，体外和体内验证细节未充分说明	设计能模拟天然细胞功能、调控移植微环境稳态的治疗性脂质体	仿生脂质体、炎症因子、血小板聚集、组织再生	合成生物学	移植相关疾病	纳米酶技术、脂质体自组装	NA	生化实验数据	NA
106	2025-09-09	Hydrogel-Immobilized Multienzyme Systems for Cell-Free Chemical Bioproduction 2025-Aug-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00234 PMID:40689784	研究论文	本文开发了一种基于水凝胶固定多酶系统的无细胞化学生物生产方法	首次将无细胞表达酶与PEGDA-甘油水凝胶固定技术结合，实现酶的高效固定和重复使用，并证明固定化酶活性提高1.6倍、寿命延长2倍	研究仅针对特定酶系统（丙酮酸到苹果酸的生物转化），未验证其他酶系的普适性	开发可重复使用、稳定且耐用的多酶系统用于无细胞生物生产	多酶系统、PEGDA-甘油水凝胶、无细胞表达酶	合成生物学	NA	小角X射线散射(SAXS)、荧光测量、光交联固定	NA	生物化学数据、散射数据、荧光数据	涉及三种异源无细胞酶的系统验证
107	2025-09-09	Remodeling of ribosomally synthesized peptide backbones based on posttranslational modifications 2025-Aug-13, Natural product reports IF:10.2Q1 DOI:10.1039/d5np00018a PMID:40392103	综述	本文综述了过去十年中涉及核糖体合成肽骨架翻译后修饰的酶，重点关注导致结构重排的修饰机制	强调通过肽骨架重塑产生结构复杂性和多样性的新型PTM酶，超越传统二十种氨基酸的限制	NA	推动治疗剂发现和生物工具开发，应对合成方法挑战	核糖体合成和翻译后修饰肽（RiPP）天然产物	合成生物学	NA	基因组挖掘，翻译后修饰（PTM）	NA	NA	NA
108	2025-09-09	Dendritic Membranized Coacervate Microdroplets: A Robust Platform for Synthetic-Living Cell Consortia 2025-Aug-13, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c09772 PMID:40751679	研究论文	本研究开发了一种基于树枝状聚合物的膜化凝聚微滴平台，用于构建合成-天然细胞联合体	利用树枝状聚合物的刚性和球状结构，显著提高了凝聚微滴在生理盐浓度下的稳定性，临界盐浓度比传统多肽或支化聚电解质形成的凝聚体提高两倍以上	NA	构建在生物环境中结构稳定的合成细胞平台，用于治疗性酶的选择性递送和组织工程应用	树枝状聚合物与多肽形成的膜化凝聚微滴	合成生物学	NA	树枝状聚合物自组装技术	NA	NA	NA
109	2025-09-09	An old dog with new tricks-the value of photorespiration as a central metabolic hub with implications for environmental acclimation 2025-Aug-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf258 PMID:40515676	综述	本文探讨光呼吸作为核心代谢枢纽的新功能及其在植物环境适应中的价值	揭示了光呼吸与气孔代谢调控的关联，并展示了合成生物学改造光呼吸以提升光合效率的创新策略	NA	阐明光呼吸在代谢调控和环境适应中的新兴功能	光养生物（主要为植物）的光呼吸代谢途径	植物生理学	NA	同位素标记、反向遗传学、合成生物学	NA	代谢数据、遗传数据	NA
110	2025-09-09	Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control 2025-Aug, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120423-013542 PMID:40279643	综述	本文综述了人类合成生物学领域在可编程基因调控系统方面的最新进展，重点关注多层级基因表达控制工具的开发与应用	开发了模块化调控器，能够在DNA、RNA和蛋白质水平创建合成控制点，并实现了在多细胞环境中操纵内源性基因程序和合成基因电路	NA	回顾高通量人类合成生物学的最新进展，开发多层级基因表达控制工具	人类细胞和基因调控系统	合成生物学	NA	可编程遗传系统、合成基因电路	NA	遗传数据	NA
111	2025-09-09	5'-O-P-N Linkages of Phosphoramidate Nucleotides: Chemical Construction and Biological Impact 2025-Aug, Chemical record (New York, N.Y.) DOI:10.1002/tcr.202500056 PMID:40442970	综述	本文综述了5'-O-P-N磷酰胺核苷酸的化学合成方法及其在生物学中的影响	系统总结了磷酰胺化策略、催化方法和绿色化学技术等新兴合成方法，并探讨了这类核苷酸在药物设计和合成生物学中的创新应用	NA	探讨5'-O-P-N磷酰胺核苷酸的化学构建方法及其生物学功能	磷酰胺核苷酸及其在药物设计和生物技术中的应用	药物化学	NA	磷酰胺化策略、催化合成、绿色化学技术	NA	NA	NA
112	2025-09-09	Microbial strategies on polyhydroxyalkanoates production from food waste to support the circular bioeconomy 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146023 PMID:40669653	综述	本文重点讨论了利用食物废物生产聚羟基脂肪酸酯（PHA）的微生物策略及其在循环生物经济中的应用前景	强调了代谢工程和合成生物学在从食物废物生产PHA中的创新应用	NA	探索通过微生物策略将食物废物转化为PHA以支持循环生物经济	食物废物及相关的微生物底盘细胞	生物工程	NA	代谢工程，合成生物学	NA	NA	NA
113	2025-09-08	Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites 2025-Sep-07, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054 PMID:40914877	研究论文	提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点	引入双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)，整合DNA序列的多视图表示和多种生物数据源	NA	提高转录因子结合位点预测的准确性，以促进基因调控网络研究和生物医学应用	DNA序列中的转录因子结合位点	自然语言处理	NA	ChIP-seq	多视图深度学习框架，包含BiRC-Mamba和MCRAN模块	DNA序列数据	165个ChIP-seq数据集（验证集）和690个ChIP-seq数据集（扩展测试集）
114	2025-09-08	Heavy metals toxicity in plants: understanding mechanisms and developing coping strategies for remediation: a review 2025-Sep-04, Bioresources and bioprocessing IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40643-025-00930-4 PMID:40906247	综述	本文综述重金属对植物的毒性机制及基于自然原理的生物修复策略	强调分子生物学和合成生物学在提升生物修复效率方面的最新进展，包括超富集植物和抗金属微生物的基因工程改造	NA	探讨重金属对植物的毒害作用并开发可持续的环境修复方法	植物及微生物系统	环境生物技术	NA	分子生物学、合成生物学、基因工程	NA	文献数据	NA
115	2025-09-08	Current advances and emerging prospects of specifically targeted antimicrobial peptides: A comprehensive review 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147037 PMID:40848790	综述	本文全面总结了特异性靶向抗菌肽（STAMPs）的最新进展，包括其结构、活性、设计策略、应用及未来展望	系统归纳了STAMPs的多领域应用潜力，并指出计算机辅助设计与合成生物学将推动其理性开发	NA	综述特异性靶向抗菌肽的设计原理、应用场景与发展挑战	特异性靶向抗菌肽（STAMPs）及其结构域	合成生物学	NA	计算机辅助设计（CAD）、合成生物学技术	NA	NA	NA
116	2025-09-07	Progress on the synthesis of bioengineered heparin as an alternative to animal-derived heparin active pharmaceutical ingredient 2025-Nov-15, Carbohydrate polymers IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.carbpol.2025.124099 PMID:40912801	综述	本文综述了生物工程肝素作为动物源肝素活性药物成分替代品的最新合成进展	通过微生物发酵和酶修饰合成具有更高安全性、均质性和可扩展性的生物工程肝素	仍面临肝素聚糖分子量精确控制、硫酸化模式优化、结构功能等效性验证及工业规模工艺验证等关键挑战	开发生物工程肝素作为动物源肝素的可持续替代品	肝素活性药物成分（API）	合成生物学	心血管疾病	微生物发酵、酶修饰、分析表征	NA	NA	NA
117	2025-09-07	Synthetic approaches to enhance biological carbon capture 2025-Oct, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103350 PMID:40882447	综述	本文探讨通过合成生物学和生物工程方法增强生物碳捕获效率的策略	超越传统CBB循环，提出提供能量支持、构建体内自养合成路径及开发全新碳固定途径的创新方法	NA	提高碳捕获效率、生物质生产力和可持续能源整合	卡尔文-本森-巴沙姆（CBB）循环及相关酶系统	合成生物学	NA	合成生物学框架、生物工程方法	NA	NA	NA
118	2025-09-07	A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks 2025-Sep-05, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3598449 PMID:40911462	研究论文	开发了一个用于随机基因调控网络的最优和模型预测控制的计算框架	提供高计算效率、精确控制概率密度函数以微调细胞群体行为，以及鲁棒处理分子噪声	NA	为合成生物学设计能够有效管理分子噪声的细胞功能控制器	随机基因调控网络和细胞群体	计算生物学	NA	偏积分微分方程和伴随优化方法	模型预测控制	NA	NA
119	2025-09-07	Systematic discovery and engineering of synthetic immune receptors in plants 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx2508 PMID:40906849	研究论文	本研究通过生物信息学和合成生物学方法，系统发现并设计了植物中的合成免疫受体SCORE，用于感知病原体冷休克蛋白肽	首次在285种植物中鉴定出能识别冷休克蛋白肽的SCORE受体，并通过工程化改造获得能检测多种植物病原体CSP肽的变体	研究主要针对开花植物，对其它植物类群的适用性尚需验证	探索植物免疫受体的多样性并开发工程化免疫受体	植物中的富亮氨酸重复受体样激酶XII亚组(LRR-RLK-XII)	合成生物学	植物病害	生物信息学分析、合成生物学、功能系统基因组学、蛋白质结构预测	NA	基因组数据、蛋白质序列数据	来自285个植物物种的LRR-RLK-XII受体
120	2025-09-07	Bioprinting and synthetic biology approaches to engineer functional endocrine pancreatic constructs 2025-Sep, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.03.005 PMID:40185667	综述	本文探讨了生物打印和合成生物学在构建功能性内分泌胰腺组织中的最新进展与应用潜力	聚焦合成生物学、细胞工程与生物打印技术的融合，为开发先进体外模型和可移植移植物开辟新途径	NA	开发能够模拟器官功能、可能实现胰岛素给药独立性的组织构建体	内分泌胰腺组织构建体	组织工程与再生医学	糖尿病	生物打印、合成生物学、细胞工程	NA	NA	NA