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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2025-10-05 |
Scaling Up Postbiotics Production: A Prospective Review of Processes and Health Benefits
2025-Jul-07, Probiotics and antimicrobial proteins
IF:4.4Q2
DOI:10.1007/s12602-025-10643-x
PMID:40622649
|
综述 | 本文综述了后生元的生产工艺优化工具及其健康益处,重点关注工业化放大面临的挑战 | 系统总结了后生元工业化生产的关键优化工具和合成生物学技术,指出高细胞密度与产量关联性的研究空白 | 后生元作用机制尚未完全阐明,工业化生产在稳定性、质量、产量和一致性方面仍存在挑战 | 探索后生元生产工艺优化和工业化放大策略 | 后生元(包括消化酶、短链脂肪酸、细胞壁成分等生物活性化合物) | 工业生物技术 | 心血管疾病 | Plackett-Burman设计、响应面方法、田口方法、中心复合设计、基因工程、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | NA | 医药,食品 |
| 682 | 2025-10-05 |
Opto-p53: A light-controllable activation of p53 signaling pathway
2025-Jul-04, Cell structure and function
IF:2.0Q4
DOI:10.1247/csf.25017
PMID:40500178
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研究论文 | 开发了一种光控p53信号通路激活工具Opto-p53 | 首次将光诱导二聚化系统与p53蛋白片段结合,创建了光控p53信号通路工具 | NA | 开发选择性激活p53信号通路的实验系统 | p53蛋白及其信号通路 | 合成生物学 | 肿瘤 | 光遗传学 | NA | NA | NA | 光诱导二聚化系统 | 细胞 | 通过光控重组p53蛋白N端和C端片段激活信号通路 | 医学 |
| 683 | 2025-10-05 |
Regulation of the tagatose catabolic gene cluster and development of a tagatose-inducible expression system in the probiotic Escherichia coli Nissle 1917
2025-Jul-04, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02771-4
PMID:40615889
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研究论文 | 在益生菌大肠杆菌Nissle 1917中开发了一种基于D-塔格糖的可诱导基因表达系统 | 首次在EcN中发现并利用塔格糖代谢基因簇的调控机制,开发了具有剂量依赖性响应和分解代谢物阻遏自诱导功能的新型表达系统 | NA | 开发可靠的可诱导基因表达系统以扩展益生菌大肠杆菌Nissle 1917的应用潜力 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917的塔格糖代谢基因簇及其调控机制 | 合成生物学 | NA | 差异RNA测序、序列分析 | NA | 基因序列数据、表达数据 | NA | iGEM | 大肠杆菌Nissle 1917 | 塔格糖诱导型表达系统、分解代谢物阻遏自诱导策略 | 医药, 工业生物技术 |
| 684 | 2025-10-05 |
Harnessing oleaginous protist Schizochytrium for docosahexaenoic acid: Current technologies in sustainable production and food applications
2025-Mar, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.115996
PMID:40032480
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综述 | 本文综述了利用产油原生生物裂殖壶菌生产二十二碳六烯酸(DHA)的当前生物技术,涵盖菌株改良、发酵优化、产品提取和安全应用等方面 | 系统总结了裂殖壶菌DHA生产的多方面技术挑战,并提出整合多种育种技术、人工智能优化发酵、纳米颗粒包装改善稳定性等创新解决方案 | NA | 探索提高裂殖壶菌DHA生产效率和产品质量的技术方法,推动其在食品和健康领域的应用发展 | 产油海洋原生生物裂殖壶菌及其生产的二十二碳六烯酸(DHA) | 工业生物技术 | NA | 发酵技术、合成生物学、纳米颗粒包装技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 裂殖壶菌 | DHA合成途径、结构化脂质构建 | 食品,医药 |
| 685 | 2025-10-05 |
Integrating incompatible tandem photobiocatalysis in artificial cells enables metabolic modulation of natural cells
2025-Jul-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu4828
PMID:40614183
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研究论文 | 本研究开发了具有光生物催化功能的人工细胞,通过空间分离不相容的催化模块实现对肝细胞代谢的调控 | 设计了包含纳米细胞器的光生物催化人工细胞,通过空间隔离光催化辅因子再生和生物催化酒精代谢这两个不相容模块 | NA | 开发能够持续供应辅因子并调控天然细胞代谢的人工细胞系统 | 光生物催化人工细胞和肝细胞 | 合成生物学 | 酒精性氧化应激 | 光催化、生物催化 | NA | NA | NA | NA | 人工细胞、肝细胞 | 包含两个空间隔离模块的纳米细胞器:光催化辅因子再生模块和生物催化酒精代谢模块,其中酒精脱氢酶和醛脱氢酶共定位在同一纳米细胞器中 | 医学, 合成生物学, 生物医学 |
| 686 | 2025-10-05 |
Design and construction of light-regulated gene transcription and protein translation systems in yeast P. Pastoris
2025-Jul, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.08.008
PMID:39117107
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研究论文 | 本研究在毕赤酵母中设计和构建了光调控基因转录和蛋白质翻译系统 | 开发了新型光调控转录系统(光诱导/抑制启动子)和首创的光抑制翻译系统(稀有密码子刹车设计) | NA | 解决传统诱导系统在发酵安全性和表达能力方面的缺陷,构建光控基因表达系统 | 毕赤酵母(Pichia pastoris)中的基因转录和蛋白质翻译调控系统 | 合成生物学 | NA | 光遗传学、合成生物学设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 毕赤酵母(Pichia pastoris) | 光调控转录系统(光诱导启动子4pLRE-cPAOX1、光抑制启动子PGAP-pLRE)、光抑制翻译系统(稀有密码子刹车设计、pLRE-tRNA调控) | 工业生物技术 |
| 687 | 2025-10-05 |
Engineering biology approaches to modulate bacterial biofilms
2025-Jul, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.11.002
PMID:39643528
|
综述 | 探讨利用工程生物学方法控制和改造细菌生物膜的最新进展 | 将合成生物学的最新成果应用于细菌生物膜的功能化调控 | NA | 开发具有新功能的细菌生物膜调控技术 | 细菌生物膜 | 合成生物学 | NA | 工程生物学方法 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 688 | 2025-10-05 |
Minimal shuttle vectors for Saccharomyces cerevisiae
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf010
PMID:40612073
|
研究论文 | 开发并验证了六种用于酿酒酵母的最小整合型或着丝粒型穿梭载体 | 构建了目前已知最小的酵母穿梭载体(2.6-3.5 kb),释放了约30个限制性酶切位点 | NA | 解决复杂基因工程任务中载体骨架限制性酶切位点不足和连接效率低的问题 | 酿酒酵母穿梭载体 | 合成生物学 | NA | 基因合成 | NA | NA | 六种载体构建 | Gibson Assembly | Saccharomyces cerevisiae, E. coli | 穿梭载体设计包含酵母选择标记、细菌选择标记、复制起点和多克隆位点 | 工业生物技术 |
| 689 | 2025-10-05 |
Optimizing Plant Alkaloid Biosynthesis under Drought Stress: Regulatory Mechanisms and Biotechnological Strategies
2025-Aug, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2025.154545
PMID:40523330
|
综述 | 探讨干旱胁迫下植物生物碱生物合成的调控机制及优化策略 | 整合干旱胁迫信号通路与生物碱合成调控机制,提出结合人工智能的跨学科生物技术策略 | 需平衡植物生长与代谢物生产的关系,实验室策略的田间适用性有待验证 | 优化干旱胁迫条件下植物生物碱的生物合成 | 植物生物碱及其合成调控机制 | 合成生物学 | NA | 遗传工程、合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | 遗传工程, 合成生物学 | 植物 | 生物碱生物合成通路 | 农业, 制药业 |
| 690 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025-Jul-02, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
|
综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的最新进展 | 系统整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种噬菌体工程技术,展示了定制化功能噬菌体的开发潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法局限性等挑战 | 探讨噬菌体工程技术在治疗和环境领域的应用潜力 | 工程化噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | 耐药性感染、癌症 | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 噬菌体 | 宿主范围扩展、生物膜降解、靶向抗菌活性、金属结合肽展示 | 医药,环境 |
| 691 | 2025-10-05 |
Development of Dipeptide-Based Liquid Droplets and Fibrils as Enzyme-Mimics
2025-Jul, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202503916
PMID:40411841
|
研究论文 | 开发基于二肽的液滴和纤维作为酶模拟物 | 设计出能够自凝聚形成液滴的极简二肽结构,并发现其在不同pH下可形成具有催化功能的纤维形态 | NA | 开发具有酶催化功能的极简肽类超分子材料 | 由疏水残基和极性组氨酸残基组成的二肽分子 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离(LLPS) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酶学, 合成生物学 |
| 692 | 2025-10-05 |
Merging the computational design of chimeric type I polyketide synthases with enzymatic pathways for chemical biosynthesis
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61160-y
PMID:40593699
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研究论文 | 开发了BioPKS自动化逆向生物合成流程,结合I型聚酮合酶和单功能酶进行化学物质生物合成设计 | 首次将计算设计的嵌合I型聚酮合酶与酶催化途径相结合,创建了自动化逆向生物合成工具BioPKS | NA | 开发自动化生物合成途径设计工具以扩展生物制造化学品的可及空间 | I型聚酮合酶(PKSs)和单功能酶的组合系统 | 合成生物学 | NA | 逆向生物合成,计算设计 | NA | 化学结构数据,酶催化反应数据 | 155种生物制造候选化合物 | BioPKS, RetroTide, DORAnet | NA | 嵌合I型聚酮合酶与单功能酶的组合生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 693 | 2025-10-05 |
Abstraction hierarchy to define biofoundry workflows and operations for interoperable synthetic biology research and applications
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61263-6
PMID:40593727
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研究论文 | 提出一种抽象层次结构来定义生物铸造厂工作流程和操作,以促进可互操作的合成生物学研究与应用 | 首次提出将生物铸造厂活动组织为项目、服务/能力、工作流程和单元操作四个互操作层次的抽象框架 | NA | 解决生物铸造厂标准化不足问题,提高合成生物学研究的可扩展性和效率 | 生物铸造厂工作流程和操作 | 合成生物学 | NA | 抽象层次框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 694 | 2025-10-05 |
Transient infrared nanoscopy resolves the millisecond photoswitching dynamics of single lipid vesicles in water
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61341-9
PMID:40593745
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研究论文 | 本研究开发了一种无标记瞬态红外纳米显微镜技术,用于解析单个光开关脂质体在水中的毫秒级动态变化 | 首次结合散射型扫描近场光学显微镜的化学识别和高时空分辨率,实现了对单个光开关脂质体的无标记中红外成像和光谱分析 | 方法尚未在更复杂的生物环境中验证,采样时间虽快但仍可能错过某些超快动力学过程 | 开发非破坏性无标记技术研究纳米载体的生物物理化学性质 | 偶氮苯基光开关脂质体形成的单个脂质体 | 纳米光学成像 | NA | 散射型扫描近场光学显微镜,中红外成像和光谱 | NA | 红外光谱图像,动态时间序列数据 | 单个脂质体样品 | NA | NA | NA | 医学,药物递送,纳米诊疗,合成生物学 |
| 695 | 2025-10-05 |
Comprehensive datasets for RNA design, machine learning, and beyond
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07041-2
PMID:40594473
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研究论文 | 本研究创建了一个包含超过32万实验验证实例的综合性RNA数据集,为RNA设计和建模算法建立了新的社区基准 | 提供了首个来自实验验证来源的大规模标准化RNA设计基准数据集,包含许多对现有RNA逆向折叠工具具有挑战性的结构 | NA | 解决RNA二级结构预测和序列设计中的挑战,推动计算生物学在医学、合成生物学和生物技术领域的应用 | RNA分子及其二级结构 | 计算生物学 | NA | 机器学习 | NA | RNA序列和结构数据 | 超过320,000个实验验证实例 | NA | NA | NA | 医学,合成生物学,生物技术 |
| 696 | 2025-10-05 |
Divergent multifunctional P450s-empowered biosynthesis of bioactive tripterifordin and cryptic atiserenoids in Aconitum implies convergent evolution
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61188-0
PMID:40595667
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研究论文 | 本研究通过挖掘乌头属植物转录组发现多个萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶,揭示了它们在三萜类化合物生物合成中的多功能催化作用 | 发现了14种功能分化的P450酶,其中8种具有多功能催化特性,能够在支架的七个不同位点进行氧化反应,并揭示了雷公藤甲素在乌头属植物中的趋同生物合成 | NA | 探究乌头属植物中P450酶如何驱动二萜类化合物的结构和功能多样化 | 乌头属植物(Aconitum carmichaelii和Aconitum coreanum)中的萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、功能验证、蛋白质分析、定点突变 | NA | 转录组数据、酶活性数据 | NA | NA | 乌头属植物 | 组合生物合成途径,用于生产雷公藤甲素、冠芙二萜A和14种新型阿替瑟类化合物 | 医药 |
| 697 | 2025-10-05 |
Genetic characteristics of novel extreme alkaline-inducible promoter located in five prime upstream region of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase from Vibrio anguillarum
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98559-y
PMID:40596401
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了鳗弧菌NB10中一个新型极端碱性诱导启动子,该启动子能显著增强FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶的表达 | 发现了一个位于鳗弧菌肽酰脯氨酰顺反异构酶五端上游区域的新型极端碱性诱导启动子,在pH 10条件下能实现2.88倍的基因表达上调 | 研究目前仅在大肠杆菌中验证了启动子功能,尚未在原宿主鳗弧菌或其他微生物系统中进行广泛测试 | 鉴定和表征鳗弧菌NB10中响应极端碱性条件的启动子区域 | 鳗弧菌NB10的FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶及其上游启动子区域 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学分析、β-半乳糖苷酶报告基因系统 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | NA | 报告基因构建 | 大肠杆菌 | 碱性诱导启动子系统 | 工业生物技术 |
| 698 | 2025-10-05 |
Identification of Thermoregulatory Factors Involved in Validamycin Biosynthesis and Reconstitution of a Thermoregulated Expression System
2025-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70068
PMID:40611707
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研究论文 | 本研究在链霉菌中鉴定到参与有效霉素生物合成的温度调控因子,并重建了一个温度调控表达系统 | 首次在链霉菌中发现P启动子的温度调控机制,并成功构建了更高效的短启动子温度调控系统 | 研究仅限于两种链霉菌宿主,未在其他微生物中验证系统的普适性 | 研究链霉菌中温度调控系统在有效霉素生物合成中的作用 | 吸水链霉菌TL01和白色链霉菌J1074 | 合成生物学 | NA | DNA亲和层析,启动子工程,基因过表达 | NA | 基因表达数据,代谢产物产量数据 | 多种工程化链霉菌菌株 | 启动子工程,基因过表达 | Streptomyces albus J1074, Streptomyces hygroscopicus TL01 | 温度调控表达系统,包含改造的短启动子和调控蛋白SHJG_5852、SHJG_6392 | 工业生物技术 |
| 699 | 2025-10-05 |
Bridging BioSciences and technology: The impact of AI & GenAI in life sciences and agribusiness
2025-Jun-16, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149623
PMID:40516836
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综述 | 探讨生成式人工智能在生命科学和农业综合企业中的多层面影响 | 系统阐述生成式AI在药物发现、蛋白质结构预测、作物育种及合成生物学等前沿领域的创新应用 | 未具体说明数据隐私、算法偏见和利益公平分配等伦理问题的解决方案 | 分析生成式AI与生物科学交叉融合的技术影响与发展前景 | 生成式人工智能技术在生命科学和农业领域的应用场景 | 机器学习 | NA | 生成式人工智能 | 大型语言模型(LLM) | 基因组数据、生态数据、分子数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 农业, 环境, 能源, 工业生物技术 |
| 700 | 2025-10-05 |
The horizontally transferred gene, CsMTAN, rewired purine traffic to build caffeine factories in tea leaves
2025-Jul-03, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13957
PMID:40607640
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和全基因组关联分析鉴定出茶树中调控嘌呤代谢的关键基因CsMTAN,并揭示其通过水平基因转移演化而来 | 首次发现CsMTAN基因通过水平基因转移进入植物基因组,并证实其F179Y突变会显著改变酶活性,从而影响茶树嘌呤代谢流向 | 研究主要基于体外酶活实验和瞬时过表达验证,缺乏稳定的转基因植物系统验证 | 解析茶树嘌呤代谢和嘌呤生物碱生物合成的遗传与分子机制 | 183个遗传多样性茶树品种的嫩叶和成熟叶 | 植物代谢组学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联分析(GWAS)、系统发育分析、蛋白结构建模、瞬时过表达 | NA | 代谢物数据、基因组数据 | 183个茶树品种的两种组织(嫩叶和成熟叶) | NA | 本氏烟(Nicotiana benthamiana) | NA | 农业、合成生物学 |