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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-13 |
Engineering the Link: From Genome Interaction Maps to Functional Insight
2025-Nov-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500525
PMID:41221676
|
综述 | 探讨利用基因组工程技术操控3D染色质结构以揭示基因组结构与功能间因果联系的研究进展 | 提出通过可编程DNA结合平台(锌指蛋白、TALEs、CRISPR-Cas9)定向操纵染色质三维结构来建立基因组结构与功能的因果关系 | 当前方法在效率、可扩展性和特异性方面存在局限 | 阐明3D染色质结构与细胞功能之间的因果关系 | 染色质三维结构(特别是DNA环)与基因表达调控 | 合成生物学 | NA | 染色体构象捕获测序、基因组工程 | NA | 基因组相互作用数据 | NA | CRISPR-Cas9, 锌指蛋白, TALEN | 哺乳动物细胞 | 通过工程化染色质环重编程增强子-启动子通讯 | 医学, 工业生物技术 |
| 62 | 2025-11-13 |
Recent advances in nucleic acid nanotechnology-driven artificial transcriptional components
2025-Nov-12, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr03210e
PMID:41221719
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综述 | 本文综述了核酸纳米技术在人工转录组件开发中的应用及其在转录调控中的独特优势 | 重点探讨了核酸纳米技术在模块化设计、动态响应性和逻辑信息处理方面的独特优势 | NA | 分析核酸纳米技术如何实现人工转录组件的构建和转录过程调控 | 人工转录组件和转录调控过程 | 合成生物学 | NA | 核酸纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 模块化设计、动态响应系统、逻辑信息处理组件 | 生物计算、智能生物制造、生物传感 |
| 63 | 2025-11-13 |
TEDD: a comprehensive database for translation efficiency dynamics
2025-Nov-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1125
PMID:41217970
|
研究论文 | 开发了一个名为TEDD的综合数据库,用于探索人类翻译效率动态及其与UTR特征的调控关系 | 首次系统整合了翻译效率(TE)、起始效率(TR)和延伸速度(EVI)在基因和转录本水平的量化数据,并关联UTR特征分析 | 目前仅涵盖人类数据,尚未包含其他物种的信息 | 构建一个全面的翻译效率动态数据库,支持翻译调控机制研究 | 人类基因和转录本的翻译效率动态 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, Ribo-seq, RNC-seq | NA | 基因组学数据,序列数据 | 1518个样本,来自143个人类项目(279个数据集),涵盖24种组织/细胞类型、74种细胞系和52种条件 | NA | 人类 | NA | 医学,合成生物学 |
| 64 | 2025-11-13 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本研究开发了用于哺乳动物基因组工程和分子记录的标准化启动子和gRNA支架元件库 | 创建了首个针对哺乳动物系统的标准化遗传元件库,包含数千个经过验证的高效编辑元件 | 研究主要在人源和小鼠细胞系中进行验证,尚未在更多生物模型或体内环境中测试 | 开发用于哺乳动物系统基因组工程和分子记录的标准化遗传元件工具 | 聚合酶III启动子和引导RNA(gRNA)支架的变体库 | 合成生物学 | NA | 多重prime editing、饱和突变筛选 | NA | 基因组编辑效率数据 | 人类和小鼠细胞系 | CRISPR-Cas9, prime editing | 人类细胞, 小鼠细胞 | 分子记录阵列、十键阵列、复杂遗传电路 | 医学, 工业生物技术 |
| 65 | 2025-11-13 |
Microbial Production of Crocins: Enzymes, Pathways, and Engineering Strategies
2025-Nov-11, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c06555
PMID:41220064
|
综述 | 本文全面综述了通过合成生物学和代谢工程在异源宿主中生物合成藏花素的研究进展 | 系统总结了藏花素生物合成途径中的酶表征和途径工程策略,并提出了开发高效微生物细胞工厂的潜在方案 | 藏花素生物合成途径复杂且途径酶效率低,阻碍了微生物高效生产 | 通过合成生物学和代谢工程实现藏花素的微生物高效生产 | 藏花素生物合成途径及相关酶 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,途径工程 | NA | NA | NA | 合成生物学,代谢工程 | 异源微生物宿主 | 藏花素生物合成途径 | 食品工业 |
| 66 | 2025-11-12 |
Hierarchy of Hydrophobic and Electrostatic Interactions in DNA-Membrane Phase Selectivity
2025-Nov-11, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c13271
PMID:41217012
|
研究论文 | 本研究探讨疏水锚定和静电作用如何调控DNA在液相有序和液相无序脂质域中的分配行为 | 揭示了疏水锚定与静电作用在DNA-膜相选择性中的层级调控机制,建立了以疏水锚定控制相特异性、多价性调节结合强度、离子条件作为次级调控因子的设计层级 | 未明确说明研究的膜系统复杂度是否完全模拟真实生物膜环境 | 理解DNA-脂质界面在相分离膜中的分配机制,为工程设计提供指导 | 功能化疏水锚定的可编程DNA纳米结构与液序/液乱脂质域 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、相分离膜分析 | NA | 生物物理测量数据 | NA | DNA纳米结构功能化 | NA | NA | 药物递送,合成生物学,仿生DNA材料 |
| 67 | 2025-11-12 |
A Comprehensive Review on Engineering Lactic Acid Bacteria: Emerging Genetic Tools and Synthetic Biology Strategies
2025-Nov-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70079
PMID:41215480
|
综述 | 本文系统综述了乳酸菌基因工程和合成生物学策略的最新进展及其在食品、医药和环境领域的应用 | 整合了CRISPR-Cas系统等新兴基因编辑工具和合成生物学方法在乳酸菌工程化中的应用前景 | 存在质粒不稳定性、代谢负担和监管障碍等技术挑战 | 探讨通过基因工程和合成生物学策略增强乳酸菌功能性的方法 | 乳酸菌(如乳酸杆菌和乳酸球菌)的基因组结构和代谢特性 | 合成生物学 | NA | 电穿孔、接合转移、CRISPR-Cas系统、基因电路、核糖开关、生物传感器 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 乳酸菌, Lactobacillus, Lactococcus | 基因电路、生物传感器、代谢途径优化 | 食品, 医药, 环境, 工业生物技术, 农业 |
| 68 | 2025-11-11 |
A π-stacking gate for redox control in flavin ferredoxin-thioredoxin reductases
2025-Nov-06, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148860
PMID:41205938
|
研究论文 | 本研究揭示了蓝藻黄素铁氧还蛋白-硫氧还蛋白还原酶中C末端尾巴通过π-堆积相互作用调控电子转移机制 | 首次发现C末端芳香族残基与FAD的π-堆积相互作用可调节FAD电子环境、电子转移效率和铁氧还蛋白供体特异性 | 研究主要基于蓝细菌Gloeobacter violaceus的FFTR模型,尚未在其他生物体系中验证 | 阐明蓝藻FFTRs中C末端尾巴对电子转移和氧化还原调控的分子机制 | 蓝藻Gloeobacter violaceus的黄素铁氧还蛋白-硫氧还蛋白还原酶及其突变体 | 结构生物学与酶学 | NA | 定点突变、氧化还原电位测定、动力学分析 | NA | 生物化学与生物物理数据 | NA | NA | 蓝藻 | NA | 合成生物学、代谢工程 |
| 69 | 2025-11-11 |
Revolutionizing recombinant protein production in prokaryotic platforms - Methodologies and advances
2025-Nov-05, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2025.110778
PMID:41207077
|
综述 | 本文系统探讨了原核系统中重组蛋白生产的传统与新兴优化策略及最新进展 | 聚焦合成生物学和基因工程工具在扩展蛋白生产工具箱方面的最新突破,包括改良表达载体、工程化宿主和高通量筛选平台 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述和策略讨论 | 优化原核系统中重组蛋白的生产策略以满足各领域日益增长的需求 | 原核生物表达系统及其重组蛋白生产方法 | 生物技术 | NA | 基因工程、合成生物学、高通量筛选、融合标签技术、密码子优化、启动子工程、RBS工程、分子伴侣辅助折叠 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌, 其他原核生物 | 表达载体设计、代谢通路工程、生物传感器 | 医药, 工业生物技术, 农业, 环境 |
| 70 | 2025-11-11 |
Characterization of recombinase activity across cellular growth phases
2025-Aug-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17024-y
PMID:40855116
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研究论文 | 研究细菌生长阶段如何影响重组酶Bxb1介导的DNA修饰效率 | 首次系统揭示静止期重组酶活性特征及诱导时机对重组效率的优化作用 | 仅使用大肠杆菌和Bxb1重组酶作为模型系统 | 探索细菌生长阶段对重组酶活性的影响机制 | 大肠杆菌和丝氨酸重组酶Bxb1 | 合成生物学 | NA | 遗传工程系统、重组效率定量分析 | NA | 分子生物学实验数据 | NA | 遗传工程系统 | 大肠杆菌 | 重组酶介导的DNA修饰系统 | 生物医学研究, 基因治疗, 合成生物学 |
| 71 | 2025-11-10 |
Recent innovations in cannabinoid chemistry, biology, and biosynthesis
2025-Nov-07, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103378
PMID:41205317
|
综述 | 总结大麻素化学、生物学和生物合成领域的最新进展 | 重点关注次要大麻素的新生物特性,整合不对称合成方法与合成生物学策略生产稀有分子 | NA | 探索大麻素药理特性并开发新型生产方法 | 大麻植物产生的植物大麻素,特别是次要大麻素 | 合成生物学 | NA | 不对称合成、异源途径重建、功能类似酶发现 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 72 | 2025-11-10 |
Recent advances in AI-enabled automation of DNA assembly in biofoundries
2025-Nov-07, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103386
PMID:41205316
|
综述 | 探讨生物铸造厂中AI驱动的DNA组装自动化技术的最新进展 | 整合了从高通量平台到经济型解决方案的自动化DNA组装策略,结合机器学习实现协议动态优化和实时学习的DBTL闭环 | NA | 分析生物铸造厂中DNA组装工作流程的自动化技术发展 | DNA组装策略和生物铸造厂工作流程 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 73 | 2025-11-10 |
Molecular methods for high-throughput, multiplexed, and automated genome editing in prokaryotes and eukaryotes
2025-Nov-07, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103381
PMID:41205315
|
综述 | 本文综述了原核和真核生物中高通量、多重化和自动化基因组编辑技术的最新进展 | 重点关注高通量、多重基因组编辑与自动化平台的整合,充分利用现代分子生物学工具潜力 | NA | 推动菌株工程和合成生物学能力的发展 | 原核生物和真核生物 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 原核生物, 真核生物 | NA | 工业生物技术 |
| 74 | 2025-11-10 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multi-strain collaboration
2025-Nov-06, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
|
研究论文 | 本文探讨了通过多菌株协作开发工程活性材料的潜力 | 提出使用多种专门化菌株替代单一菌株来扩展工程活性材料的功能和应用范围 | 多菌株ELMs是一项全新技术,其实际应用仍处于早期开发阶段 | 探索如何通过多菌株协作释放工程活性材料的全部潜力 | 工程活性材料(ELMs)及其中的微生物系统 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌,真菌,植物,藻类 | 多菌株协作系统 | 医疗保健,建筑,农业 |
| 75 | 2025-11-10 |
Genetically engineered pig-to-human liver xenotransplantation
2025-Oct-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.044
PMID:41076089
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研究论文 | 报道世界首例基因编辑猪辅助肝异种移植到活人体的成功案例,患者存活达171天 | 首次实现基因编辑猪到活人体肝脏异种移植,使用10基因编辑平台,突破合成生物学在临床移植中的界限 | 术后出现异种移植相关血栓性微血管病,反复上消化道出血导致患者死亡 | 探索猪到人肝脏异种移植作为人类肝移植桥梁方法的可行性 | 患有大型肝细胞癌且不适合根治性切除的患者 | 合成生物学 | 肝细胞癌 | 基因编辑 | NA | 临床监测数据 | 1例患者 | CRISPR-Cas9 | 猪 | 敲除异种抗原基因,敲入7个人类转基因以实现免疫和凝血兼容性 | 医学 |
| 76 | 2025-11-09 |
CTRL Enables Gene-Specific RNA Regulation Using CRISPR-Cas7-11
2025-Nov-07, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00658
PMID:41202215
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CTRL的新型基因调控工具,利用CRISPR-Cas7-11效应器实现合成mRNA的位点特异性调控 | 利用新发现的CRISPR-Cas7-11效应器的直接重复序列处理活性,开发了可调谐的基因特异性RNA调控技术 | NA | 开发精确基因表达调控技术用于生物和生化网络研究 | 合成mRNA分子 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas7-11 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas7-11 | NA | 基因调控系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 77 | 2025-11-09 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-Nov-07, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
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综述 | 本文评述多组学整合与人工智能在系统生物学中的原理、方法及应用 | 提出多组学整合与人工智能相结合的新范式,强调跨分子层级建模和革命性生物技术应用 | 存在数据异质性、模型可解释性等挑战 | 评估多组学整合在系统生物学中的方法与应用 | 基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多组学数据 | 机器学习 | 癌症 | 高通量组学技术、单细胞组学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 78 | 2025-11-09 |
Enhancing the β-Oxidation-Like Pathway for the Optimal Production of the Immunosuppressant Mycophenolic Acid
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508826
PMID:40788096
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研究论文 | 本研究通过重构真菌β-氧化样酶级联反应,优化了免疫抑制剂霉酚酸的生产途径 | 首次在真菌天然产物生物合成中实现了完整β-氧化样酶级联反应的功能重构 | 研究仅针对特定真菌菌株,未验证在其他宿主中的普适性 | 优化免疫抑制剂霉酚酸的生物合成途径 | 短密青霉菌NRRL864及其β-氧化酶系统 | 合成生物学 | 免疫抑制治疗 | 体外酶活性测定、途径工程 | NA | 酶活性数据、代谢产物产量数据 | NA | 途径优化、基因过表达 | 短密青霉菌 | β-氧化样代谢途径,包含氧化、脱氢、水合、还原、异构化和逆克莱森缩合反应 | 医药 |
| 79 | 2025-11-09 |
Insights into microalgal biotechnology: Current applications, key challenges, and future prospects
2025-Nov, Journal of environmental management
IF:8.0Q1
DOI:10.1016/j.jenvman.2025.127263
PMID:40961787
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综述 | 本文综述微藻生物技术的当前应用、关键挑战与未来前景 | 系统整合了微藻在碳捕集、能源生产与环境修复中的多功能应用,并指出合成生物学与光生物反应器设计的突破性进展 | 大规模部署仍受制于技术经济壁垒,特别是生物质收获与脱水的高成本 | 探讨微藻生物技术的综合潜力与实现路径 | 微藻及其在生物制造中的应用系统 | 生物技术 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、生物絮凝、磁分离、太阳能辅助干燥 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微藻 | 增强脂质、碳水化合物和氢气产量的代谢工程 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 80 | 2025-11-09 |
Microwave-Activated Bacterial Biorobot for Multimodal Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504603
PMID:40789052
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研究论文 | 开发了一种微波激活的细菌生物机器人,用于多模式癌症治疗 | 利用微波精确控制工程细菌在肿瘤部位的激活,结合葡萄糖氧化酶表达和CuO纳米颗粒催化,实现多模式肿瘤细胞死亡 | NA | 开发精确可控的癌症治疗新方法 | 工程大肠杆菌生物机器人和肿瘤细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工程、微波激活技术 | NA | 体外实验数据、体内实验数据、转录组分析数据 | NA | 合成生物学工具 | 大肠杆菌MG1655 | 微波激活的基因表达系统,用于表达葡萄糖氧化酶 | 医学 |