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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-07-17 |
OptoChaperone─A Biohybrid Tool for Regulating Protein Condensates in Cells and In Vitro
2026-Apr-29, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c04074
PMID:42002974
|
研究论文 | 报告了一种名为OptoChaperone的光激活生物混合系统,用于调控细胞内和体外的蛋白质凝聚体 | 利用光响应性切换来控制分子伴侣活性,实现蛋白质凝聚体的可逆、精确时空调控,无需化学添加剂或客户蛋白的基因修饰 | 未提及具体限制 | 开发可精确控制液-液相分离的工具,以研究蛋白质凝聚在细胞生理和病理中的作用 | 疾病相关蛋白质凝聚体,包括融合肉瘤蛋白、TAR DNA结合蛋白43和热休克因子1 | 合成生物学 | NA | 光激活分子系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 光激活分子伴侣系统,蓝光触发抑制功能溶解凝聚体,紫外光失活允许凝聚体形成 | 医学, 合成生物学, 生物分子工程 |
| 62 | 2026-07-17 |
Synthetic mechanobiology
2026-Apr-20, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2026.03.005
PMID:42013804
|
综述 | 本文综述了合成力学生物学领域,将机械信号感知与合成生物学工具相结合,重新设计细胞对机械力的响应以实现有用结果 | 将机械生物学原理与合成生物学工具整合,把力感知视为可编程的输入-输出设计问题,并通过重新布线机械信号通路作为研究策略 | 开放挑战部分未详细说明具体局限性,可能包括体内应用复杂性、机械遗传部件的精度和可预测性不足 | 探索机械信号感知的分子机制,将其用作模块化机械遗传部件,并讨论构建能读取并响应组织力学特性的工程细胞的长期愿景 | 机械信号感知分子机制及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学, 机械生物学 | NA | 机械遗传学(mechanogenetics) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 真核细胞(泛指) | 机械信号感知通路重新设计,机械遗传部件(如张力敏感元件、受体拉动模块、底物刚度响应模块) | 医学 |
| 63 | 2026-07-17 |
A standardized workflow for kinetic metabolic model curation and dissemination
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014227
PMID:42008579
|
研究论文 | 提出一种用于动力学代谢模型构建、注释、可视化和分享的标准化工作流 | 整合社区标准和开源工具,确保模型的复现性、互操作性和用户可访问性 | 未提及具体限制 | 促进动力学代谢模型的可重复使用和良好文档化,推动其在代谢研究中的应用 | 动力学代谢模型 | 机器学习 | NA | NA | 动力学代谢模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、系统生物学 |
| 64 | 2026-07-17 |
Chemical organizations as a conceptual tool: from synthetic biology to interdisciplinary systems and back
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1801128
PMID:42453133
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研究论文 | 提出化学组织理论(COT)作为合成生物学概念框架,并展示其跨学科应用 | 通过反应网络形式化合成生物学概念,实现跨尺度统一建模,并验证了从非生物系统到合成生物学的渐进式教学法有效性 | NA | 建立领域通用的组织理论框架以促进合成生物学教育与复杂系统素养传播 | 跨学科学生群体(设计、社会科学、数学、生态学背景) | 合成生物学 | NA | 化学组织理论(COT)、pyCOT计算平台 | 反应网络模型 | 教学实践数据 | 4年跨学科教学实践,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | 合成生物学教育、复杂适应系统素养培养 |
| 65 | 2026-07-17 |
Advances in microbial extracellular vesicles: synthetic biology platforms and medical applications
2026, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2025.103
PMID:42454186
|
综述 | 综述微生物细胞外囊泡的合成生物学平台和医学应用 | 概述如何利用合成生物学工具和平台工程化微生物细胞外囊泡,包括提高产量、修饰货物和定制表面特性 | 临床转化面临缺乏标准化、普遍适用的分离纯化方案的挑战 | 填补知识空白并促进基于微生物细胞外囊泡的治疗策略发展 | 微生物细胞外囊泡 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 66 | 2026-07-15 |
Devising a divisome for synthetic cells
2026-Jul-13, Nature reviews. Chemistry
DOI:10.1038/s41570-026-00848-1
PMID:42443379
|
综述 | 本文综述了构建合成细胞分裂机制的研究进展 | 系统总结了模拟细胞分裂关键阶段(对称性破缺、膜变形缩窄、最终分裂)的现有策略,并批判性评估了各方法的成功与局限 | 当前各模块尚未实现有效整合,且缺乏完整的功能性分裂系统 | 实现合成细胞最小化功能分裂系统 | 合成细胞的分裂机制 | 合成生物学 | NA | 蛋白质体外重建 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成分裂装置(包括对称性破缺、膜变形缩窄、最终分裂模块) | 合成生物学 |
| 67 | 2026-07-15 |
Recent advances in the biosynthesis of bacterial hybrid polyketide-non ribosomal peptide natural products
2026-Jul-06, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2026.110227
PMID:42442297
|
综述 | 综述了细菌杂合聚酮合酶-非核糖体肽合成酶天然产物的生物合成研究进展 | 首次系统总结了近十年(2015-2025)细菌来源的杂合PKS-NRPS天然产物,涵盖其结构、生物活性、基因簇及域组织多样性 | 仅聚焦于细菌来源的杂合系统,未涵盖真菌等其他来源 | 全面概述细菌杂合PKS-NRPS天然产物生物合成的复杂性及其潜在的治疗/生物技术应用 | 细菌来源的杂合聚酮合酶-非核糖体肽合成酶天然产物及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、生物信息学、酶学表征 | NA | 序列数据 | NA | NA | 细菌 | 杂合PKS-NRPS生物合成通路 | 医学, 工业生物技术 |
| 68 | 2026-07-15 |
Frontiers in polysaccharide biosynthesis: Decoding the catalytic logic of enzymes for future applications
2026-Jul, Carbohydrate research
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.carres.2026.109907
PMID:41931921
|
综述 | 系统分析多糖生物合成的分子机制,涵盖从前体活化到修饰的全过程,并探讨动物、植物和微生物系统的共性与特性 | 整合酶学工具与合成生物学策略,揭示并重构多糖生物合成网络,强调人工智能与系统生物学驱动的创新潜力 | 未具体讨论机制解析中的技术挑战或现有合成系统在实际应用中的瓶颈 | 为理解多糖生物合成提供全面的生物学视角和理论框架,推动可控生产结构明确的多糖 | 多糖生物合成酶与生物合成系统(来自动物、植物和微生物) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 多种宿主生物(动物、植物、微生物) | 多糖生物合成通路重构与优化 | 农业、工业生物技术、医学、材料学 |
| 69 | 2026-07-15 |
seq2ribo: structure-aware integration of machine learning and simulation to predict ribosome location profiles from RNA sequences
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag296
PMID:42412804
|
研究论文 | 提出了seq2ribo框架,通过整合机器学习与结构感知模拟,仅从RNA序列预测核糖体位置分布 | 首次仅从序列实现与实验核糖体图谱的有意义位置相关性,将转录本级别皮尔逊相关系数提升至0.920,并减少37.7%的元素误差 | NA | 开发仅基于mRNA序列预测核糖体A位点位置的新方法,避免对表达数据或基因组背景的依赖 | 核糖体位置分布、翻译效率、蛋白质表达水平 | 机器学习 | NA | RNA-seq, Ribo-seq, TASEP模拟 | 结构感知TASEP (sTASEP) + 抛光模型 | 序列文本 | 多种细胞类型 (iPSC, HEK293, LCL, RPE-1) | NA | 人类细胞系 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 70 | 2026-07-15 |
An Experimentally Verified Mechanistic Model for Predicting Quorum Sensing-Based Switches
2026-Jul, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70408
PMID:42444116
|
研究论文 | 开发并验证了一种基于数学模型的群体感应开关预测方法,用于加速EsaI/EsaR系统的设计-构建-测试-学习周期 | 首次构建能够区分转录因子和合酶表达水平对双向启动子响应差异的数学模型,并强调转录因子在电路调谐中的关键作用 | 模型验证仅针对特定EsaI/EsaR系统,对LuxR家族其他群体感应系统的适用性尚未直接验证 | 通过数学模型预测群体感应开关的响应行为,简化合成生物学中的电路调谐过程 | EsaI/EsaR群体感应系统(包括EsaI合酶、EsaR转录因子和3-氧代-己酰基高丝氨酸内酯信号分子) | 合成生物学 | NA | 数学模型建模、群体感应系统构建、菌株文库 | NA | 实验数据(菌株表达水平与启动子响应数据) | 构建了一个菌株文库(具体数量未提及) | NA | 大肠杆菌 | 群体感应开关(基于EsaI/EsaR系统的双向启动子) | 合成生物学 |
| 71 | 2026-07-15 |
To Biotic or Abiotic: Biohybrid Systems for Artificial Photosynthesis
2026-Jun-29, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.5c00963
PMID:42371621
|
综述 | 综述了用于人工光合作用的生物-非生物杂合系统的进展 | 通过合成生物学、计算和可视化技术的进步,以及高分辨率表征的增强,实现了对界面的深入理解,从而改进了电子转移过程和设计架构 | 未明确提及限制 | 探讨人工光合作用及耦合生物-非生物杂合系统的进展,旨在实现光诱导能量或燃料的产生 | 自然光合蛋白质、无机光催化剂和先进生物杂合材料 | 机器学习 | NA | 合成生物学、计算和可视化技术、高分辨率表征 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 可再生能源 |
| 72 | 2026-07-15 |
Microbial and synthetic biology solutions for waste management and biomanufacturing off Earth
2026-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103491
PMID:41930789
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综述 | 探讨利用微生物和合成生物学策略将太空废物转化为有价值的资源,以支持可持续发展和减少对地球依赖 | 创新点在于利用工程极端微生物在微重力环境下实现废物分解、生物采矿和生物制造,为建立自给自足的地外栖息地奠定基础 | 未提及具体实验验证或实际应用中的挑战与局限性 | 研究在太空中通过微生物和合成生物学解决废物管理并实现生物制造的可持续方案 | 国际空间站中的废物(包括有机废物、电子废物)以及利用的工程极端微生物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 极端微生物 | 废物分解电路、生物采矿通路、生物制造平台 | 环境, 工业生物技术 |
| 73 | 2026-07-15 |
Current Progress of Natural Product Export by Yeast
2026-Apr-15, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08982
PMID:41926336
|
综述 | 本文综述了通过缓解代谢负担提高酵母天然产物合成的最新进展,重点关注萜类化合物的外排策略 | 系统总结了三种缓解酵母细胞内天然产物积累引起的代谢负担的策略:过表达和工程化转运蛋白、改变膜结构以及萃取方法 | 仅关注酵母物种,且主要聚焦于萜类化合物,未涉及其他微生物或天然产物类型 | 提升酵母细胞工厂中天然产物的合成效率,实现经济可行的可持续生产 | 酵母酿酒酵母中的天然产物合成,特别是萜类化合物 | 合成生物学, 微生物工程 | NA | 转运蛋白工程, 细胞膜工程 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 天然产物外排通路 | 工业生物技术, 医药 |
| 74 | 2026-07-15 |
A highly limited amino acid library from asteroid Bennu yields wide-ranging protein folds
2026-Apr-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71509-6
PMID:41932940
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研究论文 | 利用AI蛋白质设计软件探索古老蛋白质结构,发现小规模原始氨基酸库能产生广泛关键折叠 | 首次证明只需6种氨基酸(基于Bennu小行星数据)即可重现所有测试蛋白折叠,挑战了蛋白质复杂折叠需多样氨基酸的传统观点 | 蛋白质设计基于模拟预测,缺乏实验验证;仅关注折叠结构,未涉及功能活性 | 探究原始氨基酸库规模对蛋白质折叠多样性的影响,揭示生命起源可能性 | 小行星Bennu氨基酸数据、Miller-Urey实验及默奇森陨石数据约束的原始氨基酸库 | 蛋白质设计、人工智能 | NA | AI蛋白质设计软件、AlphaFold2 | AlphaFold2 | 氨基酸序列数据 | 6种(Bennu高丰度组)、7种(Miller-Urey与默奇森混合组)、8种氨基酸(另一实验组) | NA | NA | NA | 合成生物学、医学 |
| 75 | 2026-07-15 |
Bioactive Peptides: Production Strategies, Biological Activities, and Emerging Therapeutic Applications
2026, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
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综述 | 综述了生物活性肽的生产策略、生物活性及其新兴治疗应用 | 整合了2024-2025年间分子、生物技术和信息学驱动的生物活性肽研究最新进展,涵盖生产策略、生物测定优化及治疗转化 | 纯化困难、稳定性问题和生物利用度限制影响广泛应用 | 探讨生物活性肽在营养、功能食品和治疗应用中的潜力 | 生物活性肽 | 机器学习 | NA | 酶解、微生物发酵、化学合成、重组方法、超滤、色谱、质谱、电泳 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 食品 |
| 76 | 2026-07-15 |
Oncobiotics in urinary bladder cancer. A narrative review of living cancer therapeutics
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1845015
PMID:42440727
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综述 | 本文综述了活体癌症疗法在尿路上皮膀胱癌中的应用,涵盖细菌、病毒和微生物组为基础的肿瘤生物制剂的作用机制、历史发展和转化进展 | 系统总结了五种相互关联的机制(直接肿瘤破坏、免疫系统调节、工程化药物递送、溶瘤病毒疗法和微生物组驱动的免疫调节),并强调这些机制在实践中经常重叠,反映了活体治疗的多功能性 | 当前证据受限于小规模研究、异质性终点和长期随访不足;生物递送障碍、宿主免疫中和、患者间异质性、生物安全问题、监管复杂性以及缺乏晚期随机临床数据 | 绘制活体癌症疗法在膀胱癌中的机制、历史和转化进展图谱,评估其克服传统疗法局限性的潜力 | 尿路上皮膀胱癌及相关活体癌症疗法(细菌型、病毒型和微生物组型肿瘤生物制剂) | 数字化病理学 | 膀胱癌 | NA | NA | NA | NA | 遗传工程、合成生物学 | 细菌、病毒、人体微生物组 | 肿瘤精细胞编程的递送系统 | 医学 |
| 77 | 2026-07-14 |
Global research trends and hotspots of plant physiologically active substances: quantitative visualization analysis based on CiteSpace
2026-Aug, Plant biology (Stuttgart, Germany)
DOI:10.1111/plb.70219
PMID:42287740
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综述 | 基于CiteSpace对植物生理活性物质全球研究趋势与热点的定量可视化分析 | 首次利用CiteSpace文献计量学方法系统梳理了2000-2024年间植物生理活性物质领域的研究动态,揭示了从基础化合物分离向先进机制研究、功能食品和纳米递送系统的转变趋势 | 仅基于Web of Science核心合集数据,可能存在数据库覆盖偏差;定性分析依赖关键词突发性指标,未能全面评估文献质量 | 综述植物生理活性物质领域的研究趋势、热点演变及未来方向,为跨学科合作和工业开发提供路线图 | 8096篇来自Web of Science核心合集的文献 | 文献计量学 | 代谢疾病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 8096篇文献 | NA | NA | NA | 医学、农业、工业生物技术 |
| 78 | 2026-07-14 |
Transposons as Tools for Future Genome Engineering in Yeasts and Filamentous Fungi
2026-Jul-13, Yeast (Chichester, England)
DOI:10.1002/yea.70036
PMID:42439777
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综述 | 总结了转座子在酵母和丝状真菌基因组工程中作为工具的研究现状和未来机遇 | 系统概述了不同类型转座子(如ITR DNA转座子、LTR及非LTR反转录转座子和CRISPR相关转座子)在真菌基因组工程中的应用潜力,特别是CASTs在低同源重组效率宿主中实现大片段定点整合的优势 | 转座子工具在非酵母属宿主中的开发仍处于早期阶段,实际应用可能受制于转座效率、靶向特异性和宿主适应性 | 探讨转座子技术在真菌基因组工程中的发展前景,加速菌株开发 | 酵母和丝状真菌 | NA | NA | 转座子技术、CRISPR相关转座子(CASTs) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9(用于转座子整合) | 酵母属、丝状真菌 | NA | 合成生物学、代谢工程 |
| 79 | 2026-07-14 |
Discovery of novel bio-resources from the hidden biodiversity of marine mangrove ecosystems
2026-Jul-13, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-026-03325-2
PMID:42440035
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综述 | 综述了海洋红树林生态系统中隐藏生物多样性的新型生物资源,重点介绍了其微生物和生物活性化合物的发现与应用 | 强调了基因组引导发现方法(多组学和宏基因组学)在识别不可培养微生物新型生物合成途径中的应用,以及合成生物学推动的可规模化生产 | 未明确提到具体研究限制,可能包括对红树林生态系统持续保护的需求以及验证策略的整合挑战 | 总结红树林相关微生物和生物群的生物活性及其衍生代谢物,突出其在生物技术中的可持续创新潜力 | 红树林相关微生物和生物群,包括细菌、真菌、藻类和无脊椎动物 | NA | NA | 色谱技术、LC-MS/NMR分析、计算机模拟工具、多组学、宏基因组学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学, 环境管理, 工业过程 |
| 80 | 2026-07-14 |
Enhancing the Secretion Systems: Genetic Engineering of Super Bioagents for Effective Plant Disease Control
2026-Jul-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70303
PMID:42437521
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综述 | 本文综述了通过遗传工程改造微生物分泌系统以开发超级生物制剂用于植物病害控制的前景 | 提出了超级生物制剂的概念,强调利用CRISPR/Cas基因组编辑、蛋白酶工程和合成生物学精准改造分泌系统以增强病原靶向和分泌效率 | 大规模部署生物防治剂仍面临挑战,且超级生物制剂的实际应用和田间性能验证尚不充分 | 探讨通过理性定量工程化微生物分泌系统将传统生物防治剂转化为集成超级生物制剂的可能性 | 微生物分泌系统和超级生物制剂 | 机器学 | 植物病害 | CRISPR/Cas基因组编辑、蛋白酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 分泌系统工程 | 农业 |