合成生物学相关文章

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当前共找到 148 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-10-13
Developing artificial cytoskeletons using RNA origami-based nanotubes
2026-06, Progress in biophysics and molecular biology
综述 本文综述了利用RNA折纸纳米管构建人工细胞骨架的新兴概念,探讨了其设计策略、动态调控及应用前景 系统性地提出了以RNA折纸纳米管为基础构建人工细胞骨架的新范式,强调了RNA相较于DNA在共转录折叠、复杂三级相互作用及与细胞机器互作方面的独特优势 RNA在体内的稳定性及高效递送仍面临重大挑战,人工细胞骨架的功能验证尚不充分 为RNA纳米技术与合成细胞工程的交叉领域提供基础性理解,并激发未来相关研究的发展 RNA折纸纳米管及人工细胞骨架 合成生物学 NA RNA折纸纳米技术 NA 文本 NA NA NA NA 医学, 材料, 工业生物技术
2 2026-09-25
Heterologous production of a plant biostimulant in Streptomyces albidoflavus
2026-Jun-20, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2
研究论文 该研究通过直接克隆68-kb的I型聚酮合酶生物合成基因簇,在Streptomyces albidoflavus宿主中建立了植物生物刺激素pteridic acids F和H的异源生产平台 首次建立了PTA生物合成的功能性异源生产平台,将合成生物学与基因组规模代谢模型相结合,通过CAPTURE技术直接克隆BGC、CRISPR-Cas9介导的基因组整合、启动子工程及GEM指导的培养基优化,实现了比天然生产菌株超过20倍的产量提升 异源表达初始阶段仅检测到elaiophylin而未检测到PTA,启动子工程后PTA产量仍低于定量限,最终补料分批发酵产量仅为1.7-2.8 mg/L,产量仍然较低 建立PTA的异源生产平台以提高其产量,解决天然生产菌株产量极低(约0.08和0.02 mg/L)限制进一步开发和应用的问题 Pteridic acids F和H(PTA-F和PTA-H)聚酮化合物及其生物合成基因簇 合成生物学 NA CAPTURE直接克隆技术、CRISPR-Cas9基因组编辑、启动子工程、基因组规模代谢模型、补料分批发酵 基因组规模代谢模型(GEM) 基因组序列、代谢模型、发酵产量数据 2株异源宿主菌株(J1074-PTA-kasOp*和NBC1270-PTA-kasOp*)的发酵实验 CRISPR-Cas9, CAPTURE, Cre-lox重组 Streptomyces albidoflavus, Streptomyces iranensis 68-kb I型聚酮合酶生物合成基因簇的异源表达,kasOp*强组成型启动子工程 农业, 医学
3 2026-09-24
Cell-free synthesis and characterization of Salmonella, Escherichia coli, and Shigella-specific bacteriophages
2026-Jun-30, Microbial cell factories IF:4.3Q1
研究论文 该研究利用大肠杆菌无细胞基因表达系统合成了七种不同家族的噬菌体,并对其感染性、稳定性和功能进行了表征 首次在无细胞系统中成功合成并表征了五种噬菌体(LPST153、S16、SP6、Jbel和Alf5),展示了利用PHEIGES工作流从PCR片段完全体外组装和表达噬菌体LPST153,并在无内毒素系统中合成了感染性噬菌体 无细胞合成的噬菌体在多种沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌宿主上的接种效率存在显著差异,与宿主来源的噬菌体相比功能并非完全等同 评估基于大肠杆菌的无细胞基因表达平台合成多种噬菌体的能力,并比较体外合成噬菌体与宿主来源噬菌体的功能特性 七种噬菌体,包括LPST153、S16、SP6、Jbel、Alf5等,针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌 合成生物学 NA 无细胞基因表达(CFE)、PHEIGES工作流、PCR片段组装 NA NA 七种噬菌体 NA 大肠杆菌 NA 医学、食品安全
4 2026-09-24
Rational assembly of synthetic marine biofilm community with chitinase production
2026-Jun-04, Research square
研究论文 该文章提出了一种自顶向下的组装方法,利用天然海洋细菌构建具有几丁质酶生产功能的多物种生物膜群落,并发现多物种群落比单物种生物膜具有更高的入侵抵抗力和功能稳定性 首次采用自顶向下的组装策略,利用天然海洋细菌构建具有目标功能(几丁质酶生产)的多物种生物膜群落;发现多物种群落具有集体入侵抵抗力,而单物种生物膜在入侵后完全消失;揭示了群落合作共存机制 研究仅使用了17株初始分离株,群落多样性有限;未对群落长期稳定性进行深入评估;未解析具体的分子机制 设计具有目标功能(几丁质酶生产)的多物种生物膜群落,并探索其组装动态、入侵抵抗力和功能稳定性 天然海洋细菌(17株初始分离株)及其组装的多物种生物膜群落 合成生物学, 微生物生态学 NA 生物膜培养, 群落组装, 酶活性检测 NA 实验数据, 微生物群落组成数据, 酶活性数据 17株初始海洋细菌分离株,最终构建14成员群落 NA 海洋细菌 NA 环境, 工业生物技术
5 2026-09-24
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种组合诱导型CRISPRa/i平台,用于人诱导多能干细胞的正向编程和通过单细胞基因组学进行迭代优化 开发了CIRI平台,在安全港工程化的hiPSCs中实现四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现多模式调控,包括正交的CRISPRa/i;优化sgRNA-适配体架构后,在hiPSCs和hiPSC衍生心脏类器官中实现稳健的CRISPRa和CRISPRi;通过激活MYOD1同时抑制MYF5、MYH9和PAX7,快速引导hiPSC正向编程为骨骼肌细胞;组合池式双导单细胞RNA测序筛选确定NR2F2为障碍,MEF2C和MYOCD为肌源性成熟的协同增强子 NA 在生理相关模型中实现合成基因调控逻辑,用于机制发现和转化工程 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其衍生物(如心脏类器官和骨骼肌细胞) 合成生物学 NA CRISPRa/i, 单细胞RNA测序 CRISPRa/i 单细胞RNA测序数据 NA CRISPR-Cas9 人诱导多能干细胞(hiPSCs) 四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现正交CRISPR激活和干扰 医学
6 2026-09-23
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过合成生物学平台和超分辨率活细胞成像技术,同时观测增强子-启动子三维距离和新生转录,揭示了瞬时接触驱动的基因激活机制 构建了优化的合成生物学平台,利用超分辨率活细胞成像同时可视化增强子-启动子三维距离和新生转录,结合成像、三维基因组学和基因表达数据,首次估计转录激活由约25-42纳米的接触在秒级时间尺度上介导 研究主要基于细胞系,可能无法完全反映体内生理条件下的增强子-启动子相互作用;时空分辨率虽有所提升,但仍可能遗漏更快速的动态变化 探究增强子与启动子在空间上(接触 vs 远距离作用)和时间上(瞬时 vs 稳定)的相互作用机制及其与转录激活的联系 哺乳动物细胞系中的增强子-启动子相互作用及转录激活过程 三维基因组学 NA 超分辨率活细胞成像、三维基因组学、基因表达分析 NA 图像、文本 NA NA 哺乳动物细胞 NA 医学
7 2026-09-23
Coupled intracellular redox and extracellular respiration sensing for quantitative oxidative stress profiling
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一种双荧光传感平台,结合基因编码的氧化还原生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)和嵌入微孔板的光学氧传感器,用于并行、非侵入性地定量检测工业酵母系统中的细胞内活性氧(ROS)和氧消耗速率(OCR)。 首次将基因编码的氧化还原生物传感器与光学氧传感器集成于微孔板平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的并行、非侵入性定量耦合检测;在群体、单细胞和亚细胞水平上动态监测氧化应激,并实时测量呼吸。 摘要中未明确提及研究局限性。 开发一种集成传感平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的同步定量测量,用于细胞氧化应激的定量评估。 工业酵母系统,包括Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母(需呼吸型酵母)。 合成生物学 NA 基因编码荧光生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)、光学氧传感、荧光显微成像 NA 荧光图像、氧气浓度数据 NA NA 酵母(Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母) NA 生物制造、合成生物学
8 2026-09-23
Nitrogenase regulation in Vibrio natriegens differs from other γ-proteobacteria
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验,解析了Vibrio natriegens中固氮酶调控蛋白在铵与氮气条件下的作用机制 发现V. natriegens中NtrBC对固氮酶激活并非必需,NifA单独即可激活固氮酶基因表达,且GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制模式更类似于非固氮菌而非其他固氮γ-变形菌 研究主要基于遗传学和报告基因实验,未在蛋白质水平全面解析调控互作,且仅局限于特定培养条件下的表征 表征V. natriegens中注释的固氮酶调控蛋白在响应铵与氮气时的功能角色,建立其固氮酶调控框架 Vibrio natriegens(一种γ-变形菌)及其固氮酶调控蛋白NtrBC、NifA、GlnB和GlnK 合成生物学 NA 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 NA 实验数据 NA NA Vibrio natriegens NA 工业生物技术
9 2026-09-08
Streptomyces Autoregulator Biosensors from Natural Product Cluster-Situated Regulators
2026-Jun-19, ACS chemical biology IF:3.5Q2
研究论文 本研究开发了八种基于簇定位调控因子的链霉菌自诱导物生物传感器,并探讨了其配体合成、交叉反应、正交性及共培养应用 首次将生物信息预测的链霉菌群体感应系统转化为具有不同激活倍数、配体亲和力和选择性的八种生物传感器,并实现了十二个正交信号系统 尚未在全文细节中明确讨论局限,但可能包括配体合成路线复杂及体内动态范围有限等 开发并验证基于CSR的链霉菌自诱导物生物传感器,用于解析天然产物调控中的群体感应并构建正交遗传电路 链霉菌属中基于簇定位调控因子(如TetR样阻遏物)的自诱导物生物传感器及其配体 合成生物学, 生物传感器 NA 生物传感器构建, 配体化学合成 NA 实验数据(生物活性、亲和力等) 八种生物传感器及十二个正交信号系统 NA 链霉菌属 基于群体感应的生物传感器及多输入遗传电路 工业生物技术, 药物发现
10 2026-09-08
Engineering Protein Stability with Small Molecules: A Review of the ecDHFR Destabilizing Domain System
2026-Jun-19, ACS chemical biology IF:3.5Q2
综述 本文综述了ecDHFR去稳定域系统通过配体诱导稳定化实现对蛋白质丰度条件性控制的机制、性能及优化,并评估其相对于其他条件基因表达系统的优势与局限。 系统性地总结了ecDHFR-DD系统在多个生物体中的应用,并探讨了其在害虫和媒介管理中的应用潜力,拓宽了该系统的应用范围。 主要局限性在于对条件性蛋白控制系统的全面比较可能受限于已有文献的覆盖面,且对于新兴应用领域的探讨可能缺乏实证支持。 综合现有知识,评估ecDHFR-DD系统作为条件性蛋白质稳定工具的机制、性能和优化策略,并展望其在多学科中的应用前景。 ecDHFR去稳定域系统及其在不同生物体(如酵母、无脊椎动物模型、哺乳动物细胞)中的应用。 合成生物学 NA 蛋白质工程 NA 文献 不适用 NA 酿酒酵母, 无脊椎动物, 哺乳动物细胞 去稳定域系统 医学, 农业, 工业生物技术
11 2026-09-07
A genetic manipulation tool based on the GP35 recombinase for targeted gene editing in mycoplasmas of ruminants
2026-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本文介绍了一种基于GP35重组酶的质粒介导基因编辑工具,用于在牛支原体中实现精确的基因插入和缺失 首次将SPP1噬菌体的GP35重组酶应用于支原体基因组编辑,实现长单链DNA重组工程,阳性编辑率达77.78%-100%,且避免随机脱氨风险 未明确提及局限性,但可能限于支原体特定菌株及编辑窗口选择等 开发针对反刍动物支原体的高效基因编辑工具,以促进病原研究和疫苗开发 牛支原体(Mycoplasma bovis)及其他反刍动物支原体 合成生物学 牛支原体病 长单链DNA重组工程(recombineering) NA 基因序列数据 多个牛支原体突变体(具体数量未详) GP35重组酶 牛支原体(Mycoplasma bovis) NA 医学、农业
12 2026-08-29
Bioengineered bacteria in cancer immunotherapy: mechanistic advances, therapeutic strategies and clinical potential
2026-Jun-24, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了生物工程细菌在癌症免疫治疗中的进展,涵盖机制、治疗策略和临床潜力,并讨论了其面临的挑战。 系统总结了合成生物学、基因工程和理化修饰在细菌设计中的应用,强调了多模态协同治疗和下一代活体疗法的前景。 临床转化仍受限于免疫清除、遗传稳定性、毒性风险和肿瘤微环境变异性等问题。 探讨生物工程细菌在癌症免疫治疗中的设计原则和临床应用潜力。 生物工程细菌及其在肿瘤微环境中的免疫调节和治疗应用。 合成生物学 癌症 基因工程、合成生物学、理化修饰 NA 文本(综述性文献) NA CRISPR-Cas9、TALEN等(根据文本推断,未明确列出) 细菌(未具体指定) 群体感应电路、缺氧响应启动子等(未详细描述) 医学
13 2026-08-29
Integrative frameworks for plastic biodegradation in insect-microbiome systems: mechanistic insights, emerging multi-omics and enzyme engineering perspectives
2026-Jun-08, Biodegradation IF:3.1Q2
综述 本文综述了昆虫-微生物组系统中塑料生物降解的综合框架,重点探讨宿主与肠道微生物互作的机制、多组学进展及酶工程策略 将昆虫宿主生理与肠道微生物组整合为生物降解平台,提出多步骤降解机制并强调从相关性数据向酶工程验证的转化 现有数据多为相关性分析,缺乏对特定酶功能的直接实验验证,且真实生物降解程度与部分转化之间的界限尚未明确 总结昆虫-微生物组系统在塑料降解中的机制,并指导开发基于酶的可持续塑料废物管理策略 昆虫幼虫及其肠道微生物组,重点涉及聚乙烯和聚丙烯等聚烯烃塑料 生物降解 NA 多组学分析 NA 组学数据(如宏基因组、宏转录组等) NA 酶工程 昆虫幼虫 NA 环境
14 2026-08-25
Recognition of non-standard base pairs by triplex-forming oligonucleotides containing an expanded genetic alphabet
2026-Jun-12, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文通过扩展遗传字母表,利用人工扩展遗传信息系统中的核苷酸碱基,系统评估了120种碱基三联体组合,识别出至少12种模块化三联体,能够在中性pH下以纳摩尔亲和力靶向含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA,并展示了其在检测氧化损伤和AEGIS碱基对中的应用。 创新性地将人工扩展遗传信息系统(AEGIS)的非标准核苷酸碱基引入三链体形成寡核苷酸(TFO),显著扩展了三链体识别的靶序列范围,并在中性pH条件下实现了对含损伤或合成碱基对的DNA的稳定识别,突破了传统TFO对酸性条件和天然碱基的限制。 摘要未提及具体局限性,可能包括对靶序列的偏好性、TFO的化学稳定性或在复杂生物环境中的递送效率等未详细阐述的方面。 扩展三链体形成寡核苷酸(TFO)的识别空间,实现对含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA在中性pH下的序列特异性识别,并提供精准基因靶向、分子传感和核酸纳米技术的通用平台。 双链DNA中的标准、损伤(如氧化病变)和合成(AEGIS)碱基对,以及化学和酶学合成的三链体形成寡核苷酸(TFO)。 分子生物学, 合成生物学 NA 人工扩展遗传信息系统(AEGIS), 三链体形成寡核苷酸(TFO), 荧光检测, 酶学合成, 化学合成 NA 序列, 生化数据 120种碱基三联体组合 NA NA 三链体形成寡核苷酸(TFO)与双链DNA的Hoogsteen碱基配对识别系统 医学, 合成生物学, 纳米技术
15 2026-08-23
Genetic basis of phytoalexin-mediated chemical defense in plants
2026-Jun-25, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本文阐明了植物中植物抗毒素debneyol的生物合成途径、关键调控因子及其对多种病原体的防御作用 首次完整揭示了植物抗毒素debneyol的生物合成途径,并发现了调控因子MCD1通过增强EAS和EAE的相互作用及EAE活性来促进debneyol合成,从而赋予植物广谱抗性 未提及 阐明植物抗毒素介导的化学防御机制的遗传基础和调控机制,为工程化广谱抗性和工业规模生产debneyol提供途径 植物中的debneyol生物合成途径及其调控因子MCD1 植物生物学 植物病害 基因表达分析、蛋白质相互作用分析 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 NA NA NA NA 农业
16 2026-08-23
SynBio-DSP: an integrated synthetic biology platform with fed-batch fermentation and continuous downstream processing for sustainable production of thermostable cellulases
2026-Jun-14, Biotechnology for biofuels and bioproducts IF:3.3Q3
研究论文 开发了SynBio-DSP集成平台,结合合成生物学、机器学习引导的生物过程优化和连续下游处理,可持续生产热稳定纤维素酶。 创新性地将菌株工程、发酵和下游处理集成优化,引入Qubum-Lysis-Modulation系统、CRISPRi介导的细胞壁弱化、脉冲电场辅助裂解系统及多目标优化。 研究主要基于实验室规模,工业规模应用尚需验证,且sfGFP融合导致酶比活性下降8.3%。 开发一套可持续、经济可行的热稳定纤维素酶生产平台,提升酶产量并降低生产成本和环境影响。 工程改造的枯草芽孢杆菌菌株,表达热稳定纤维素酶CtCel9A。 合成生物学,生物过程工程 NA CRISPRi、重组蛋白表达、高斯过程回归、响应面法、脉冲电场辅助裂解、技术经济分析 高斯过程回归、NSGA-III多目标优化 发酵过程数据、酶活测定数据、技术经济数据 研究涉及实验室规模的发酵和下游处理,未明确样本数量;技术经济分析基于500公斤/年设施。 CRISPRi 枯草芽孢杆菌 Qubum-Lysis-Modulation自诱导系统、CRISPRi介导的细胞壁弱化 工业生物技术,能源
17 2026-08-14
Metabolic Pathways and Molecular Regulatory Mechanisms of Nervonic Acid Biosynthesis in Malania oleifera
2026-Jun-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 本文系统总结了马拉尼奥油藤中神经酸生物合成的代谢途径与分子调控机制,包括脂肪酸合成、极长链脂肪酸延伸和Δ15去饱和过程,并讨论了多组学数据、转录调控和表观遗传调控。 整合多组学数据,分析了KCS基因家族的系统发育和共线性分布,并讨论了转录调控网络及表观遗传调控在神经酸积累中的作用,提出了代谢工程和合成生物学应用的展望。 未提供具体的实验验证数据,主要基于已有研究进行综述和推测。 系统总结神经酸在马拉尼奥油藤中的生物合成途径和调控机制,为可持续神经酸生产的代谢工程和合成生物学提供理论基础。 马拉尼奥油藤(Malania oleifera)中的神经酸生物合成相关酶和调控因子。 植物分子生物学、代谢工程 NA 多组学数据分析 NA 基因组、转录组等组学数据 NA NA NA NA 生物技术、农业
18 2026-08-14
Next-Generation Bionic Sensors for Small Molecule Detection: Integrating Synthetic Biology, Nanomaterials, and Artificial Intelligence
2026-Jun-15, Micromachines IF:3.0Q2
综述 本文综述了结合合成生物学、纳米材料和人工智能的下一代仿生传感器在小分子检测中的最新进展,重点讨论了如何克服传统方法的局限性并实现复杂环境中的实时检测。 首次系统性地整合合成生物学、纳米材料和人工智能三个领域,提出了一种问题导向的视角来设计下一代仿生传感器,涵盖了从生物识别元件到信号处理的全流程创新。 讨论中提及了AI驱动系统在可扩展性、成本、数据可靠性和伦理方面面临的挑战,但未提供具体的解决方案或实验验证。 旨在提供一个全面的概述,展示下一代仿生传感器如何通过跨学科整合解决小分子检测中的关键难题,推动实际应用。 小分子检测中的生物识别元件(如酶、抗体、适配体、分子印迹聚合物)以及纳米材料(如石墨烯、碳纳米管、量子点、MXenes)和AI技术。 机器学习 NA NA NA NA NA NA NA NA 医学, 环境, 食品
19 2026-08-14
Global Probiotic Markets Meet Synthetic Biology: Translational Challenges and Escherichia coli Nissle 1917 as a Model Chassis
2026-Jun-11, Microorganisms IF:4.1Q2
综述 本文综述了全球益生菌市场扩张与合成生物学在活体生物治疗产品开发中的应用,重点讨论了以大肠杆菌Nissle 1917为模型底盘的工程化策略、治疗机遇及转化障碍 将益生菌市场扩张与活体生物治疗产品开发联系起来,并以大肠杆菌Nissle 1917作为模型底盘,探讨其外膜囊泡在治疗递送中的潜力 未提及具体实验数据或临床验证结果,可能缺乏实证支持 探讨合成生物学如何将益生菌转化为可编程微生物平台,以弥合市场扩张与临床转化之间的差距 全球益生菌市场、活体生物治疗产品、大肠杆菌Nissle 1917 合成生物学 肠道相关疾病 NA NA 综述文献 NA NA 大肠杆菌Nissle 1917 可编程微生物平台,用于感知疾病相关信号并产生治疗输出 医学
20 2026-08-14
Design and Implementation of a Blue-Light-Controlled Gene-Switch System
2026-Jun-10, Molecules (Basel, Switzerland)
研究论文 开发并优化了一种蓝光诱导的T7RNAP双输入调控基因开关系统,实现了精确的时空基因控制,并集成了苯甲酸响应模块以实现化学关闭功能 结合蓝光精确诱导与苯甲酸化学关闭的双输入调控,实现了非侵入性、按需激活及生态应用中的可控关闭 未提及 构建可预测、可编程的基因开关系统,用于生物制造、治疗和微生物工程中的精确基因控制 蓝光诱导的T7RNAP系统及其变体,包括RBS序列、串联T7启动子和split-T7RNAP变体 合成生物学 NA 基因表达调控 NA 荧光输出和实时生长曲线数据 未明确样本数量,涉及多种RBS变体、启动子构建和模块测试 NA 未明确 蓝光诱导的双输入基因开关,包含苯甲酸响应模块 医学、环境、工业生物技术
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