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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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501 | 2025-02-09 |
Towards polyethylene terephthalate valorisation into PHB using an engineered Comamonas testosteroni strain
2025-Mar-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.12.005
PMID:39708916
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研究论文 | 本研究通过工程化改造Comamonas testosteroni RW31菌株,验证了其能够将聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)降解为单体并生产生物塑料聚羟基丁酸酯(PHB)的能力 | 首次验证了Comamonas testosteroni RW31菌株能够通过异源表达PET降解酶FAST-PETase和IsMHETase,成功降解PET并生产PHB | 研究中PET的降解率在体外和体内分别为37.1%和0.83%,体内降解效率较低 | 探索将PET废料转化为生物塑料PHB的合成生物学策略 | Comamonas testosteroni RW31菌株 | 合成生物学 | NA | 异源表达、酶降解 | NA | 实验数据 | NA |
502 | 2025-02-08 |
Accurate phenotype-to-genotype mapping of high-diversity yeast libraries by heat-shock-electroporation (HEEL)
2025-Feb-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03197-24
PMID:39704499
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研究论文 | 本文介绍了一种创新的酵母文库转化方法HEEL,通过结合热休克和电穿孔技术,提高了单转化酵母细胞的比例,从而实现了近乎完美的表型到基因型的关联 | HEEL方法通过结合热休克和电穿孔技术,显著提高了单转化酵母细胞的比例,从20%提升至70%以上,解决了传统方法中多质粒摄取导致的异质基因型问题 | 尽管HEEL方法显著提高了转化效率和单转化细胞比例,但其在更大规模应用中的效果和稳定性仍需进一步验证 | 开发一种高效的酵母文库转化方法,以提高表型到基因型关联的准确性 | 酵母细胞 | 分子生物学 | NA | 热休克-电穿孔结合技术(HEEL) | NA | DNA文库 | 每个反应超过10个酵母细胞 |
503 | 2025-02-08 |
Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08306-y
PMID:39663458
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研究论文 | 本文开发了位点选择性交联探针,用于解析非核糖体肽合成酶中载体蛋白与其酶域之间的相互作用 | 使用四嗪点击化学捕获载体蛋白底物在缩合域活性位点的缩合过程,并报告了该复合物的高分辨率冷冻电镜结构 | 由于多域和多模块架构的固有动态性,这些合成酶的结构表征仍然具有挑战性 | 理解非核糖体肽合成酶的分子细节,并为未来的合成生物学设计提供关键信息 | 非核糖体肽合成酶中的载体蛋白及其酶域 | 生物化学 | NA | 四嗪点击化学,冷冻电镜,X射线晶体学 | NA | 结构数据 | NA |
504 | 2025-02-08 |
Bridging the gap: pathway programs for inclusion and persistence in microbiology
2025-Feb, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.12.007
PMID:39814665
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研究论文 | 本文概述了一个旨在为微生物学领域提供公平的高影响力研究经验和课程指导的途径项目 | 提出了一个途径项目,旨在通过高影响力研究经验和课程指导,促进微生物学领域的多样性和包容性 | NA | 促进微生物学领域的多样性和包容性,培养未来关键领域的多样化人才 | 微生物学领域的学生和研究人员 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
505 | 2025-02-08 |
Measuring XNA polymerase fidelity in a hydrogel particle format
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf038
PMID:39878216
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研究论文 | 本文介绍了一种在凝胶颗粒格式中测量XNA聚合酶保真度的新方法 | 开发了一种无需纯化的方法,通过在凝胶包覆的磁性颗粒基质中进行XNA转录和逆转录步骤,显著减少了测量XNA聚合酶保真度所需的时间和反应规模 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种更高效的方法来测量能够合成人工遗传聚合物(XNA)的聚合酶的保真度 | XNA聚合酶 | 合成生物学 | NA | 凝胶包覆的磁性颗粒基质中的XNA转录和逆转录 | NA | NA | NA |
506 | 2025-02-08 |
Unexplored regions of the protein sequence-structure map revealed at scale by a library of foldtuned language models
2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.22.573145
PMID:38187750
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研究论文 | 本文介绍了一种名为“foldtuning”的新方法,利用蛋白质语言模型(pLMs)探索蛋白质序列-结构图中未探索的区域 | 通过foldtuning方法,利用pLMs生成和自反馈能力,探索与自然序列无同源性的蛋白质“深空”区域,并构建了一个包含700多种自然折叠的foldtuned pLMs库 | 尽管foldtuning方法展示了在蛋白质序列设计中的潜力,但其生成的蛋白质变体的功能和稳定性仍需进一步实验验证 | 探索蛋白质序列-结构图中未探索的区域,推动合成生物学系统的重新设计和重构 | 蛋白质序列和结构 | 自然语言处理 | NA | 蛋白质语言模型(pLMs) | pLMs | 蛋白质序列和结构数据 | 超过700种自然折叠的蛋白质 |
507 | 2025-02-08 |
Modeling ncRNA-Mediated Circuits in Cell Fate Decision: From Systems Biology to Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4290-0_6
PMID:39702707
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综述 | 本文回顾并总结了非编码RNA(ncRNA)在细胞命运决定中的数学模型框架及其在真实生物过程中的应用 | 探讨了ncRNA与转录因子之间的正反馈环以及miRNA-mRNA相互调控的新兴特性,这些特性使得双稳态开关能够指导细胞命运决定 | ncRNA介导的双稳态开关的分子机制仍然不明确且存在争议 | 阐明ncRNA介导的细胞命运决定过程的分子机制 | 非编码RNA(ncRNA)、mRNA、miRNA和竞争性内源mRNA(ceRNA) | 系统生物学与合成生物学 | NA | 数学模型与定量实验分析 | NA | NA | NA |
508 | 2025-02-08 |
The role of Micro-biome engineering in enhancing Food safety and quality
2025, Biotechnology notes (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.biotno.2025.01.001
PMID:39912062
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综述 | 本文探讨了微生物组工程在提高食品安全和质量方面的作用,并评估了相关的最新技术和社会伦理问题 | 本文综合评估了合成生物学、人工智能和系统生物学等前沿技术在微生物组工程中的应用,并强调了跨学科合作的重要性 | 需要进一步研究以解决复杂食品系统中微生物动态的理解和统一监管框架的制定等关键挑战 | 探讨微生物组工程在提高食品安全和质量方面的潜力 | 微生物组及其在食品系统中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、人工智能、系统生物学 | NA | NA | NA |
509 | 2025-02-08 |
Development of robust constitutive synthetic promoter using genetic resources of plant pararetroviruses
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1515921
PMID:39911660
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研究论文 | 本研究旨在通过开发高效的合成启动子来增加植物基因工程中使用的组成型启动子库,特别是针对高水平基因表达的启动子 | 开发了一种新的三杂交启动子MuasFuasH17(MFH17),该启动子在双子叶和单子叶植物中均表现出高度的组成型和高效性 | 研究中未提及该启动子在所有植物种类中的广泛适用性,且未详细讨论其在环境压力下的表现 | 增加植物基因工程中使用的组成型启动子库,特别是针对高水平基因表达的启动子 | 植物合成生物学中的基因调控元件(启动子) | 植物合成生物学 | NA | DNA shuffling技术 | NA | 基因表达数据 | 转基因植物幼苗 |
510 | 2025-02-08 |
Closing the loop: establishing an autonomous test-learn cycle to optimize induction of bacterial systems using a robotic platform
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1528224
PMID:39911814
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研究论文 | 本文介绍了一个软件框架,使机器人平台能够自主调整测试参数,实现完全自动化的设计-构建-测试-学习(DBTL)循环 | 开发了一个软件框架,将静态机器人平台转变为动态平台,实现自主调整测试参数,推动完全自动化的DBTL循环 | 尽管机器人平台可以显著加快数据收集过程,但数据的整理和分析仍然需要人工干预 | 优化细菌系统的诱导过程,实现完全自动化的设计-构建-测试-学习(DBTL)循环 | 细菌系统和绿色荧光报告蛋白(GFP) | 合成生物学 | NA | 机器人平台和软件框架 | NA | 测量数据 | NA |
511 | 2025-02-08 |
Public attitudes to genetic technology for invasive pest control and preferences for engagement and information: a segmentation analysis
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1388512
PMID:39911817
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研究论文 | 本文通过调查1149名澳大利亚人,分析了公众对基因技术用于入侵性害虫控制的态度,并探讨了公众参与和信息需求的差异 | 通过将样本分为四类态度群体(Certain Objectors, Fence Sitters, Cautious Supporters, Certain Supporters),揭示了公众对基因技术的多样化观点及其相关的信念和情感 | 研究仅基于澳大利亚样本,可能无法完全代表其他地区或文化背景的公众态度 | 了解公众对基因技术用于入侵性害虫控制的看法,并探索公众参与和信息需求的差异 | 1149名澳大利亚人 | 合成生物学 | NA | 基因编辑技术 | NA | 调查数据 | 1149名澳大利亚人 |
512 | 2025-02-07 |
Structural dynamics of a designed peptide pore under an external electric field
2025-Mar, Biophysical chemistry
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.bpc.2024.107380
PMID:39752811
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研究论文 | 本研究通过分子动力学模拟和单通道电流记录实验,探讨了在外部电场作用下设计的肽孔的结构动态 | 在GENESIS MD模拟包中实现了均匀外部电场功能,用于研究从头设计的肽孔的构象动态 | 研究仅关注了特定设计的肽孔,未涉及其他类型的膜蛋白 | 研究在膜电位下工作的设计蛋白质的结构稳定性和动态 | 从头设计的肽孔 | 分子动力学 | NA | 分子动力学模拟(MD),单通道电流记录实验 | NA | 模拟数据,实验数据 | NA |
513 | 2025-02-07 |
Maize2035: A decadal vision for intelligent maize breeding
2025-Feb-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.012
PMID:39827366
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研究论文 | 本文概述了玉米育种的未来十年愿景,探讨了通过多组学方法、智能育种和合成生物学等手段实现可持续农业的育种目标 | 提出了结合多组学方法、智能育种技术和合成生物学的综合育种策略,以应对全球玉米生产面临的挑战 | 未具体提及研究中的局限性 | 探讨如何通过先进技术实现玉米育种的可持续发展和全球粮食安全 | 玉米育种及其相关技术 | 农业科技 | NA | 多组学方法、智能育种技术、合成生物学 | NA | 多组学数据、农业数据 | NA |
514 | 2025-02-07 |
All Roads Lead to Rome: Pathways to Engineering Disease Resistance in Plants
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412223
PMID:39691979
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综述 | 本文综述了植物抗病性的基础机制及开发植物抗病性的不同策略,并总结了可用于关键作物抗病育种的潜在基因 | 结合基因工程、基因编辑和合成生物学的最新进展,全面解释了病原体与宿主之间的斗争机制,并提供了开发植物抗病性的详细策略 | 讨论了这些策略的局限性及其可能的解决方案 | 开发新的策略以控制植物病害,减少全球作物产量损失 | 植物及其与微生物病原体和有害害虫的相互作用 | 植物生物学 | 植物病害 | 基因工程、基因编辑、合成生物学 | NA | NA | NA |
515 | 2025-02-07 |
Next-generation chimeric antigen receptors for T- and natural killer-cell therapies against cancer
2023-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13255
PMID:37548050
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综述 | 本文综述了下一代嵌合抗原受体(CAR)在T细胞和自然杀伤(NK)细胞治疗癌症中的应用 | 讨论了通过合成生物学和基因工程重新编程免疫效应细胞,以增强其对肿瘤的选择性,从而减轻靶向非肿瘤组织的副作用 | CAR技术在髓系恶性肿瘤和实体瘤中的广泛应用受到靶抗原表达稀少和异质性以及缺乏真正的肿瘤特异性抗原的限制 | 提高CAR对肿瘤细胞的选择性,特别是针对NK细胞的策略 | T细胞和自然杀伤(NK)细胞 | 生物医学工程 | 癌症 | 合成生物学和基因工程 | NA | NA | NA |
516 | 2025-02-07 |
A synthetic biology approach to engineering circuits in immune cells
2023-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13244
PMID:37464881
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综述 | 本文讨论了合成受体回路在增强免疫细胞功能以用于癌症免疫治疗中的最新策略和应用 | 利用合成生物学和特定回路架构的特性,设计新一代免疫细胞,以识别癌细胞并最小化脱靶毒性 | NA | 克服当前癌症免疫治疗中的挑战,如特定靶向癌细胞、增加T细胞增殖和在肿瘤微环境中的持久性 | T细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
517 | 2025-02-07 |
Eras of designer Tregs: Harnessing synthetic biology for immune suppression
2023-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13254
PMID:37522861
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综述 | 本文回顾了通过合成生物学方法设计的调节性T细胞(Tregs)的发展历程,分为三个时代:FOXP3工程时代、抗原特异性时代和当前利用先进基因组编辑技术的时代 | 通过合成生物学方法设计Tregs,克服了多克隆Tregs的局限性,并引入了新的特性 | Treg疗法的疗效尚未明确,可能受到体内持久性差和缺乏抗原特异性的限制 | 探讨设计Tregs在免疫介导疾病中的应用和疗效 | CD4 CD25 FOXP3调节性T细胞(Tregs) | 合成生物学 | 免疫介导疾病 | 基因组编辑技术 | NA | NA | NA |
518 | 2025-02-06 |
Molecular insights into the elevator-type mechanism of the cyanobacterial bicarbonate transporter BicA
2025-Jan-21, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.12.013
PMID:39674889
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研究论文 | 本文通过分子动力学模拟揭示了蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的构象动态及其转运机制 | 通过超过1毫秒的全原子分子动力学模拟数据,阐明了BicA二聚体在底物转运过程中的结构重排,并研究了降低构象转变自由能垒的潜在突变 | 尽管进行了广泛的生化表征和晶体结构解析,但对碳酸氢盐转运机制的动态理解仍然不足 | 研究蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的转运机制,以增强光合作用产量 | 蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA | 分子动力学模拟 | NA | 全原子分子动力学模拟 | NA | 分子动力学模拟数据 | 超过1毫秒的模拟数据 |
519 | 2025-02-06 |
A cross-species inducible system for enhanced protein expression and multiplexed metabolic pathway fine-tuning in bacteria
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1315
PMID:39797735
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研究论文 | 本研究设计并展示了一种跨物种诱导系统的开发工作流程,用于增强蛋白质表达和多路代谢途径的精细调控 | 开发了一种跨物种诱导系统,适用于多种模型微生物,并成功应用于蛋白质表达和基因表达的同步激活与抑制 | NA | 开发一种跨物种诱导系统,用于增强蛋白质表达和多路代谢途径的精细调控 | 三种模型微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和谷氨酸棒状杆菌) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 三种模型微生物 |
520 | 2025-02-06 |
Engineered Bacteria for Disease Diagnosis and Treatment Using Synthetic Biology
2025-01, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70080
PMID:39801378
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mini-review | 本文综述了利用合成生物学技术设计的细菌在疾病诊断和治疗中的应用 | 探讨了工程细菌作为微型机器人在疾病诊断和治疗中的创新应用,以及微生物联合体的协同效应 | 面临细菌长期存活和安全性、新型底盘微生物和基因编辑技术的发展、潜在毒性的最小化以及细菌与宿主微生物群相互作用的挑战 | 研究工程细菌和微生物联合体在疾病诊断和治疗中的应用 | 工程细菌和微生物联合体 | 合成生物学 | 癌症、肠道疾病、代谢紊乱 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |