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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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461 | 2025-02-16 |
Study on the framework of ATP energy cycle system in Escherichia coli
2025-Feb-12, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13350-9
PMID:39937288
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研究论文 | 本研究旨在开发一种快速、无标记、多站点、多拷贝的基因组编辑系统,以推进合成生物学在Escherichia coli中的应用 | 识别并高效表达了ATP合成途径中的ppk基因(No.8),并利用MUCICAT技术将其插入E.coli基因组的不同位置和拷贝数,实现了不同活性水平 | 研究主要集中在E.coli中,未涉及其他生物体 | 开发一种快速、无标记、多站点、多拷贝的基因组编辑系统,以推进合成生物学 | Escherichia coli | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, MUCICAT | NA | 基因组数据 | NA |
462 | 2025-02-16 |
Oligonucleotide subsets selection by single nucleotide resolution barcode identification
2025-Feb-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56856-0
PMID:39939320
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研究论文 | 本文介绍了一种利用序列特异性循环核苷酸合成和模板寡核苷酸阻断的寡核苷酸子集选择方法 | 该方法无需引物进行选择性杂交,并能够以少于五个核苷酸的条形码长度编码和选择数百个子集,增强了寡核苷酸库的可编程性 | NA | 旨在解决复杂寡核苷酸库中子集选择的问题,提高基因组学、合成生物学和DNA数据存储领域的效率和成本效益 | 寡核苷酸库 | 合成生物学 | NA | 序列特异性循环核苷酸合成 | NA | NA | NA |
463 | 2025-02-16 |
Multiscale Mathematical Modeling in Systems Biology: A Framework to Boost Plant Synthetic Biology
2025-Feb-05, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14030470
PMID:39943032
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综述 | 本文探讨了多尺度数学建模在植物合成生物学中的应用,以评估和减轻相关风险 | 提出了将多尺度数学建模与农业数据分析技术结合,以全面理解作物在不同生物尺度上的表现 | 多尺度数学建模在植物中的应用仍然不足 | 通过多尺度数学建模提高植物合成生物学的安全性,增强作物对病虫害和干旱的抵抗力 | 玉米(Zea mays L.) | 系统生物学 | NA | 参数估计、分岔分析、敏感性分析 | 多尺度数学模型 | 农业数据 | NA |
464 | 2025-02-16 |
Efficient Site-Directed Mutagenesis Mediated by Primer Pairs with 3'-Overhangs
2025-Feb, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70104
PMID:39945594
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研究论文 | 本文介绍了一种优化的定点诱变方案,利用具有3'端突出部分的引物对提高诱变效率和降低错误率 | 通过使用部分互补的引物对和3'端突出部分,显著提高了定点诱变的效率和成功率,同时减少了错误率和所需时间 | 需要熟练的实验人员进行操作,且依赖于高转化效率的细菌细胞 | 开发一种更高效、可靠的定点诱变方法,用于分子生物学、蛋白质工程、质粒工程和合成生物学 | 定点诱变引物对和高转化效率的DH5α细菌细胞 | 分子生物学 | NA | 定点诱变技术 | NA | NA | 每个诱变反应通常需要分析3个菌落,熟练的实验人员可在一周内构建1到2打突变质粒 |
465 | 2025-02-16 |
The Establishment of Artificial RNA Cascade Circuits for Gene Regulation Based on Doxycycline-Induced Pre-mRNA Alternative Splicing
2025-Jan-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26031163
PMID:39940931
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研究论文 | 本研究开发了一种基于多西环素诱导的前mRNA选择性剪接的人工RNA级联电路,用于基因调控 | 通过将RNA核糖开关和TetR适配体整合到必需基因外显子中,意外获得了具有完全相反调控功能的'开-关'开关CTM和C2ITetR>4A,并创建了内含子剪接的双开关RNA级联系统 | NA | 开发一种基于多西环素诱导的前mRNA选择性剪接的人工RNA级联电路,用于基因调控 | 肿瘤细胞 | 合成生物学 | 肿瘤 | RNA剪接调控 | NA | 基因表达数据 | NA |
466 | 2025-02-16 |
Colored Proteins Act as Biocolorants in Escherichia coli
2025-Jan-21, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules30030432
PMID:39942539
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研究论文 | 本文探讨了彩色蛋白质在大肠杆菌中作为生物着色剂的应用,特别是GfasPurple在不同条件下的稳定性 | 研究发现GfasPurple在高温、乙醇、酸碱等恶劣条件下具有优异的耐受性,并通过突变扩展了色蛋白的颜色库 | 研究主要集中在大肠杆菌中,未涉及其他生物体或更广泛的应用场景 | 研究彩色蛋白质作为生物着色剂的潜力及其在不同条件下的稳定性 | 大肠杆菌及多种彩色蛋白质(如eGFP、sfGFP、mKate2、GfasPurple等) | 合成生物学 | NA | 突变技术、吸收光谱分析 | NA | 实验数据、光谱数据 | 多种彩色蛋白质及其突变体 |
467 | 2025-02-16 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-Jan-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 本文提出了一种主动学习方法,用于训练能够区分增强子和沉默子的模型,这些增强子和沉默子由光感受器转录因子CRX的结合位点组成 | 通过结合合成生物学和不确定性采样,生成多轮大规模并行报告实验数据,迭代训练模型,使其能够区分具有相同序列但功能相反的CRX位点 | 模型训练依赖于CRX结合位点的基因组数据,可能无法推广到其他转录因子或不同的细胞环境 | 开发一种能够区分增强子和沉默子的模型,以解释转录因子在不同环境下的激活或抑制功能 | 光感受器转录因子CRX的结合位点 | 机器学习 | NA | 主动学习、合成生物学、大规模并行报告实验 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | 几乎所有的CRX结合位点 |
468 | 2025-02-16 |
Enhancing active ingredient biosynthesis in Chinese herbal medicine: biotechnological strategies and molecular mechanisms
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18914
PMID:39950047
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综述 | 本文探讨了现代生物技术在中草药活性成分生物合成增强中的潜力,包括其化学组成、生物合成途径、分子调控机制以及提取和合成生产策略 | 整合了生物合成、分子调控、提取方法和合成生物学的见解,提出了增强中草药活性成分生产的理论和实践指导 | 未提及具体实验数据或案例研究,主要基于现有文献和理论分析 | 增强中草药活性成分的生物合成,促进其在现代医学中的广泛应用 | 中草药的活性成分 | 生物技术 | NA | 代谢工程、合成生物学工具 | NA | NA | NA |
469 | 2025-02-16 |
Synthetic biology in Mexico: Brief history, current landscape, and perspectives towards a bio-based economy
2025 Jan-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.12037
PMID:39950160
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综述 | 本文综述了合成生物学在墨西哥的发展历史、现状及向生物经济转型的展望 | 强调了iGEM竞赛在推动墨西哥合成生物学发展中的重要作用,并概述了当前的教育、公民科学倡议以及研究和工业景观 | 未具体提及研究方法的局限性 | 探讨合成生物学在墨西哥的发展及其对生物经济的潜在贡献 | 墨西哥的合成生物学发展 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
470 | 2025-02-16 |
Engineering artificial photosynthetic life-forms through endosymbiosis
2022-04-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29961-7
PMID:35474066
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研究论文 | 本文设计和工程化了光合蓝藻与芽殖酵母之间的人工、遗传可操作的光合内共生关系 | 通过工程化光合蓝藻作为酵母细胞内的内共生体,实现了在特定光合条件下支持酵母细胞生长的生物能量功能 | 对进化转变的理解仍然有限 | 研究光合内共生的进化及其在合成生物学中的应用 | 光合蓝藻和芽殖酵母 | 合成生物学 | NA | 遗传工程 | NA | NA | NA |
471 | 2025-02-14 |
Advances in magnetic nanoparticles for molecular medicine
2025-Feb-13, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc05167j
PMID:39846549
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综述 | 本文综述了磁性纳米粒子(MNPs)在分子医学中的最新进展及其在疾病治疗中的潜在应用 | 磁性纳米粒子通过外部磁场生成机械或热刺激,能够在组织和分子水平上精确远程控制生物过程,开辟了基因组编辑、细胞治疗和神经科学等新兴领域的新途径 | NA | 总结磁性纳米粒子在分子医学中的经典应用,并探索其在疾病治疗中的整合,以激发下一代基于磁性纳米粒子的平台开发 | 磁性纳米粒子(MNPs) | 分子医学 | NA | NA | NA | NA | NA |
472 | 2025-02-14 |
A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA
2025-Feb-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98110
PMID:39937081
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研究论文 | 本文介绍了一种基于工程化双组分引导RNA的分子邻近传感器,旨在将蛋白质-蛋白质相互作用或诱导邻近作为基因组编辑的触发器 | 提出了一种名为'P3编辑'的策略,通过工程化crRNA:tracrRNA相互作用,将蛋白质-蛋白质邻近与功能性CRISPR-Cas9双组分引导RNA的形成联系起来,从而激活人类细胞中的主要编辑或碱基编辑 | NA | 增强基于CRISPR的基因组编辑的可控性,促进其在活细胞中部署的合成分子电路中的应用 | 人类细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, 主要编辑, 碱基编辑 | NA | NA | NA |
473 | 2025-02-14 |
Modular plasmid design for autonomous multi-protein expression in Escherichia coli
2025-Feb-10, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00483-2
PMID:39930458
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研究论文 | 本研究描述了一组用于大肠杆菌中重组表达的细菌质粒,这些质粒可以独立诱导表达多达三种重组蛋白 | 提出了一种新的多基因表达策略,通过使用四种不同的细菌表达盒,实现了在一个质粒中独立表达多达三种重组蛋白 | 尽管系统展示了多基因表达的潜力,但每种表达盒的潜在限制和代谢机制的影响仍需进一步研究 | 探索独立且可控的多基因共表达系统,以优化重组蛋白的生产 | 大肠杆菌中的重组蛋白表达 | 合成生物学 | NA | Golden Standard Molecular Cloning kit组装 | NA | NA | NA |
474 | 2025-02-14 |
Synthetic tunable promoters for flexible control of multi-gene expression in mammalian cells
2025-Feb-10, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.008
PMID:39938795
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研究论文 | 本研究构建了一个多样化的合成可调启动子库,用于在哺乳动物细胞中灵活控制多基因表达 | 设计了包含通用激活位点(UAS)和特定激活位点(SAS)的合成可调启动子(STPs),通过CRISPR激活系统实现多层次表达控制 | NA | 构建一个多样化的合成可调启动子库,以实现对哺乳动物细胞中多基因表达的灵活控制 | 哺乳动物细胞中的多基因系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR激活系统(CRISPRa),大规模平行报告基因检测(MPRA) | NA | 基因表达数据 | 24,960个独特的非冗余启动子 |
475 | 2025-02-14 |
Effectors of the Future: Universal Chimeric Antigen Receptor
2025-Feb, Transfusion medicine and hemotherapy : offizielles Organ der Deutschen Gesellschaft fur Transfusionsmedizin und Immunhamatologie
IF:1.9Q4
DOI:10.1159/000539609
PMID:39944409
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review | 本文综述了通用嵌合抗原受体(CAR)技术在癌症免疫治疗中的应用及其潜力 | 提出了通用适配器CAR技术,以解决肿瘤抗原异质性和抗原逃逸机制的问题,并展示了其在多靶点免疫治疗中的潜力 | NA | 探讨通用CAR技术在癌症免疫治疗中的应用及其未来发展方向 | 通用嵌合抗原受体(CAR)技术及其在癌症治疗中的应用 | 免疫治疗 | 癌症 | 合成生物学、基因组编辑 | NA | NA | NA |
476 | 2025-02-14 |
Elucidation of the key flavonol biosynthetic pathway in golden Camellia and its application in genetic modification of tomato fruit metabolism
2025-Feb, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae308
PMID:39944987
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研究论文 | 本研究揭示了金花茶中关键黄酮醇生物合成途径,并将其应用于番茄果实代谢的遗传改良 | 发现了金花茶中黄酮醇生物合成的关键基因CnFLS1,并通过转基因技术成功改良了番茄果实的代谢途径,使其具有金花茶特有的黄酮醇成分和增强的抗氧化能力 | 研究中仅涉及23种金花茶物种,样本量相对较小,且转基因番茄的长期稳定性和安全性尚未验证 | 揭示金花茶中黄酮醇生物合成机制,并利用这些机制改良番茄果实的代谢途径 | 金花茶物种和栽培番茄 | 合成生物学 | NA | 转录组学、共表达网络分析、酶活性测定、转基因技术 | NA | 基因表达数据、代谢物数据 | 23种金花茶物种 |
477 | 2025-02-14 |
Challenges and limitations in using bacterial metabolites as immunomodulators
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1535394
PMID:39944722
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review | 本文探讨了利用细菌代谢物作为免疫调节剂在治疗免疫相关疾病中的潜力和挑战 | 强调了细菌代谢物在免疫调节中的潜力,并探讨了其在发现、生产、表征、稳定性、配方、安全性和个体差异方面的挑战 | 许多代谢物的生物利用度有限,存在脱靶效应的可能性,且需要精确靶向 | 探讨细菌代谢物作为免疫调节剂的临床转化潜力 | 细菌代谢物及其在免疫调节中的应用 | 免疫学 | 免疫相关疾病 | NA | NA | NA | NA |
478 | 2025-02-14 |
Challenges in observing transcription-translation for bottom-up synthetic biology
2025, QRB discovery
DOI:10.1017/qrd.2024.27
PMID:39944880
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review | 本文详细讨论了如何使用PURE系统和细胞裂解液在体外重建转录-翻译过程,并探讨了将这些系统封装在GUVs中的现有方法 | 本文创新性地评估了使用多种荧光显微镜技术和探针来成像转录和翻译的方法,并提出了解决PURE系统中两个系统解耦挑战的方案 | 本文主要讨论了体外系统的挑战,未涉及体内系统的复杂性和实际应用中的限制 | 本文的研究目标是探讨如何重建和观察转录-翻译系统,以实现合成生物学的目标 | 本文的研究对象是转录和翻译系统,特别是PURE系统和细胞裂解液 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜技术 | NA | 图像 | NA |
479 | 2025-02-14 |
Herbgenomics meets Papaveraceae: a promising -omics perspective on medicinal plant research
2024-Sep-27, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad050
PMID:37952099
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综述 | 本文综述了罂粟科药用植物的基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学研究的最新进展,并探讨了这些技术在制药工业和农业生物技术领域的潜在应用 | 结合基因组信息与其他组学研究,揭示药用植物遗传基础和次生代谢物生物合成途径,并探讨了现代基因编辑技术如CRISPR/Cas9和RNA干扰的应用 | NA | 探讨罂粟科药用植物的基因组学及其他组学研究,以揭示其药用活性的遗传基础 | 罂粟科药用植物,如罂粟(Papaver somniferum)和白屈菜(Chelidonium majus) | 基因组学 | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、CRISPR/Cas9、RNA干扰 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA |
480 | 2025-02-14 |
A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553235
PMID:37645782
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研究论文 | 本文介绍了一种基于工程化双组分引导RNA的分子邻近传感器,称为“P3编辑”,它将蛋白质-蛋白质邻近性与功能性CRISPR-Cas9双组分引导RNA的形成联系起来 | 通过工程化crRNA:tracrRNA的相互作用,展示了已知蛋白质-蛋白质相互作用以及化学诱导的蛋白质结构域二聚化如何激活人类细胞中的prime编辑或碱基编辑,并探索了P3编辑如何整合基于ADAR的RNA传感器的输出 | NA | 增强CRISPR基因组编辑的可控性,促进其在活细胞中部署的合成分子电路中的应用 | 人类细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, prime编辑, 碱基编辑 | NA | 分子数据 | NA |