合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-24	Quantum bioelectrochemical (QBIOL) software based on point stochastic processes 2025-Jul-19, Communications chemistry IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s42004-025-01603-1 PMID:40683983	研究论文	介绍了一种名为QBIOL的量子生物电化学软件，该软件结合分子动力学、应用数学、GPU编程和量子电荷传输，用于模拟生物电化学过程中的随机电子转移	QBIOL软件首次整合了分子动力学、应用数学、GPU编程和量子电荷传输，能够模拟生物电化学过程中的随机电子转移，填补了现有模拟方法在捕捉分子运动和电子转移随机性方面的不足	论文未明确提及QBIOL软件在实际应用中的具体限制，如计算资源需求或模拟精度等	开发一种能够模拟生物电化学过程中随机电子转移的软件工具，以推动合成生物学、医疗保健和催化领域的研究	生物电化学过程，特别是电极附着的氧化还原标记DNA或纳米限制的氧化还原物种在电激励下的电流生成	生物电化学	NA	分子动力学、量子电荷传输、GPU编程	NA	模拟数据	NA
42	2025-07-24	Engineering bi-directional chemically-modulated synthetic condensates for cellular control 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61877-w PMID:40675979	研究论文	本文提出了一种基于雄激素受体（AR）及其临床药物的理性工程方法，创建了一个名为ARDrop的化学遗传平台，用于调控相分离凝聚体的形成与溶解	开发了一种可逆操控生物分子凝聚体的强大工具包，为合成生物学应用中的设计凝聚体工程奠定了基础	未明确提及具体局限性	开发精确操控相分离凝聚体的工具，实现复杂细胞信号传导的解析	雄激素受体（AR）及其临床药物	合成生物学	NA	化学遗传平台	NA	NA	NA
43	2025-07-24	Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101302 PMID:40472848	研究论文	本研究应用迭代深度学习设计具有强细胞类型特异性的人类合成增强子	采用迭代深度学习优化模型，设计出比内源增强子更具选择性的合成增强子，并验证了其细胞类型特异性	研究仅针对两种人类细胞系，未涉及更广泛的细胞类型或体内环境	解决合成生物学中如何靶向特定细胞类型进行基因表达的问题	人类合成增强子	合成生物学	NA	迭代深度学习	深度学习模型	增强子活性和染色质可及性数据	两种人类细胞系
44	2025-07-24	Synthetic Biology-Based Strategy for Nanomedicine Design 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401969 PMID:40025899	综述	本文介绍了合成生物学与纳米医学结合的新概念——合成生物纳米医学，并探讨了其与传统和仿生纳米医学的关系与差异	提出了合成生物纳米医学这一新概念，整合了合成生物学的基因工程策略与纳米医学	未提及具体实验数据或案例研究，主要停留在概念层面	探索合成生物学在纳米医学设计中的应用潜力	合成生物纳米医学的设计原理与方法	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
45	2025-07-24	Microbial Biosensor for Sensing and Treatment of Intestinal Inflammation 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504364 PMID:40323169	研究论文	开发了一种用于检测和治疗肠道炎症的微生物生物传感器	利用锌摄取调节器(Zur)控制的启动子与记忆电路结合，开发了一种能够检测和记录体内肠道炎症的生物传感器，并具有诊断和治疗功能	目前仅在两种独立的小鼠结肠炎模型中进行了验证	开发用于肠道疾病诊断和治疗的合成生物体	肠道炎症	合成生物学	肠道炎症	合成生物学技术	NA	生物标志物数据	两种独立的小鼠结肠炎模型
46	2025-07-24	Living Biotherapeutics Using Nanoparticles-Armed Cyanobacteria for Boosting Photodynamic-Immunotherapy of Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502746 PMID:40344505	研究论文	本研究开发了一种结合氧气自供蓝藻与多功能前药纳米颗粒的生物治疗平台，用于增强光动力免疫治疗癌症的效果	创新点在于将蓝藻与多功能前药纳米颗粒结合，形成自供氧和纳米颗粒的生物治疗平台，同时实现光动力治疗和免疫调节	未提及具体的临床前或临床试验结果，可能缺乏实际应用验证	开发新型生物治疗平台以增强癌症的光动力免疫治疗效果	癌症治疗	纳米医学	癌症	光动力疗法、免疫疗法	NA	NA	NA
47	2025-07-24	Understanding, inhibiting, and engineering membrane transporters with high-throughput mutational screens 2025-Apr-17, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2025.03.003 PMID:40168989	研究论文	本文探讨了如何利用高通量突变筛选技术理解、抑制和设计膜转运蛋白	提出了高通量筛选方法在膜转运蛋白研究中的应用潜力，特别是在理解多特异性转运的分子基础、设计抑制剂以及工程化转运蛋白方面的创新应用	高通量筛选方法在转运蛋白领域的应用仍不广泛，影响有限	研究膜转运蛋白的功能和多特异性转运的分子基础	多特异性膜转运蛋白	生物技术	NA	高通量突变筛选	NA	NA	NA
48	2025-07-24	Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00094 PMID:39038807	研究论文	本研究通过调控藻胆素代谢，对蓝藻的藻胆蛋白和藻胆体进行功能修饰，实现了对光环境的适应性调整	构建了具有精细调控PEB生物合成能力的新型7942 PEB1菌株，实现了藻胆体结构的可逆颜色变化和稳定嵌合藻胆体复合物的形成	未对PEB结合藻胆体复合物的具体性质进行详细表征	研究藻胆体在不同光环境下的适应机制及其在生物工程中的应用	淡水蓝藻PCC 7942及其藻胆蛋白和藻胆体	合成生物学	NA	PEB合成酶(PebA和PebB)的异源表达	NA	NA	NA
49	2025-07-24	Leveraging yeast sequestration to study and engineer posttranslational modification enzymes 2024-03, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28621 PMID:38079116	综述	本文综述了利用酵母隔离技术研究和工程化翻译后修饰酶（PTM-enzymes）的原理和方法	首次详细讨论了酵母内质网隔离技术，并综述了酵母表面展示和细胞质隔离等方法的创新应用	不同系统的测量和控制酶催化效率的能力存在局限性	探索PTM-enzymes的酶学和生物学机制，开发能够探测和调控它们的分子，并赋予它们改进和新功能	翻译后修饰酶（PTM-enzymes）	合成生物学	NA	酵母隔离技术（包括酵母表面展示、细胞质隔离和内质网隔离）	NA	NA	NA
50	2025-07-24	Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli 2024-03, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28628 PMID:38116710	研究论文	该研究利用多色光遗传学工具EL222和CcaSR在大肠杆菌中调控三种糖酵解途径的流量比例	首次展示了通过蓝光和绿/红光调控大肠杆菌中EMP、PP和ED三种糖酵解途径的流量比例	研究仅在大肠杆菌中进行，未在其他生物体中验证	开发光遗传学工具调控代谢流量分布	大肠杆菌的糖酵解途径(EMP、PP和ED)	合成生物学	NA	光遗传学(EL222和CcaSR系统)	NA	NA	NA
51	2025-07-24	Synthetic Immunotherapy: Programming Immune Cells with Novel and Sophisticated Logic Capabilities 2022-09, Transplantation and cellular therapy IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.jtct.2022.06.001 PMID:35691572	review	本文回顾了CAR T细胞的当前逻辑能力、其局限性以及为解决这些问题所进行的工程改进，并探讨了合成生物学工具如何推动合成免疫疗法的发展	提出了“合成免疫疗法”这一新子领域，展示了合成生物学如何赋予免疫细胞更复杂的逻辑能力	当前CAR T细胞疗法依赖单一类型传感器，导致对表达抗原的正常组织产生不必要的毒性，且未调节的激活会导致不必要的细胞因子毒性	探讨如何通过合成生物学改进CAR T细胞疗法，以实现更精确和有效的癌症治疗	CAR T细胞及其在癌症治疗中的应用	合成生物学	癌症	合成生物学技术	NA	NA	NA
52	2025-07-23	Codes across (life)sciences 2025-Aug, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105515 PMID:40490067	综述	本文探讨了“代码”在不同学科中的含义、意图和形式化，并试图构建一个跨学科的代码研究框架	提出了一个跨学科的视角，探讨代码在生物学、心理学、文化等多个领域的作用，并尝试构建一个基于代码的统一生命理论	文章主要是一个概念性综述，缺乏具体的实验验证或数据分析	探讨代码在不同学科中的多样性和共同点，以促进跨学科的统一理论	代码在数学、计算机科学、心理学、文化、生物学等多个学科中的应用和影响	跨学科研究	NA	NA	NA	NA	NA
53	2025-07-23	Genetically programmable wearable devices for precision physiological and molecular monitoring 2025-Jul-21, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/adf25a PMID:40690926	综述	本文综述了基因可编程可穿戴设备在生理和分子监测中的应用及其在精准医学中的潜力	整合基因工程和合成生物学到可穿戴平台，提升特异性、响应性和功能多样性	生物安全性问题、生物组件的不稳定性以及转化障碍限制了更广泛的临床应用	推动精准医疗和实时疾病管理的下一代生物混合系统	可穿戴设备及其在健康监测中的应用	合成生物学	NA	基因工程和合成生物学	NA	生物化学标记物数据	NA
54	2025-07-23	Transformative protein scaffold designs for dual-modality cancer applications: Advances in therapeutic delivery and molecular imaging of tumor microenvironments 2025-Jul, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144881 PMID:40473172	综述	本文全面分析了基于支架的递送系统在癌症免疫治疗中的最新创新，重点关注工程化蛋白质支架作为多功能平台的设计原则、合成方法和治疗应用	探讨了能够同时解决系统性毒性、肿瘤穿透不足和免疫抑制性肿瘤微环境治疗不足等挑战的多功能蛋白质支架平台，并整合了AI驱动的生成模型和强化学习算法等先进技术	未提及具体的临床转化障碍或人体试验数据	开发能够同时实现治疗递送和肿瘤微环境分子成像的双模态癌症应用平台	工程化蛋白质支架及其在癌症免疫治疗中的应用	合成生物学	癌症	AI驱动的生成模型、强化学习算法、无细胞蛋白质合成系统、正交翻译机制	NA	NA	NA
55	2025-07-23	Molecular engineering and biotechnological advancements in β-glucosidase for industrial impact: A review 2025-Jul, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145133 PMID:40499858	综述	本文综述了β-葡萄糖苷酶（BGL）的分子工程和生物技术进展及其工业应用	探讨了多种酶工程策略，包括异源表达、CRISPR-Cas9基因编辑和组学方法，以提高BGL的催化性能和工业适用性	尽管有多种改进策略，BGL的低催化效率、底物特异性窄和对操作条件的敏感性仍限制其大规模应用	提高β-葡萄糖苷酶的催化效率、热稳定性和葡萄糖耐受性，以促进可持续和经济的生物转化过程	β-葡萄糖苷酶（BGL）	生物技术	NA	CRISPR-Cas9, 组学方法（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学）, 酶固定化	NA	NA	NA
56	2025-07-23	Functional identification of 10-hydroxygeraniol oxidoreductases related to camptothecin biosynthesis in Ophiorrhiza pumila 2025-Jul, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145253 PMID:40517854	研究论文	本研究在全基因组范围内鉴定了Ophiorrhiza pumila中的15种10-羟基香叶醇氧化还原酶(10HGOs)，并对其中的Op10HGO1、Op10HGO2和Op10HGO3进行了酶活性测定，发现Op10HGO2和Op10HGO3在NADP存在下能将10-羟基香叶醇转化为10-氧代香叶醇、10-氧代香叶醛和10-羟基香叶醛，而Op10HGO1催化产生10-氧代香叶醇和10-羟基香叶醛	首次在全基因组范围内鉴定了Ophiorrhiza pumila中的10HGOs，并明确了Op10HGO2在喜树碱生物合成中的关键作用	仅对三种10HGOs进行了功能验证，未全面研究所有15种10HGOs的功能	通过鉴定与喜树碱生物合成相关的酶编码基因，为利用合成生物学工具在异源系统中重建喜树碱生物合成途径提供元件	Ophiorrhiza pumila中的10-羟基香叶醇氧化还原酶(10HGOs)	合成生物学	癌症	基因组学分析、酶活性测定、转基因技术	NA	基因组数据、酶活性数据	15种10HGOs基因，其中3种进行了功能验证
57	2025-07-23	Ultra-high throughput mapping of genetic design space 2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.16.532704 PMID:36993481	研究论文	介绍了一种名为CLASSIC的遗传筛选平台，用于高通量评估任意长度构建体的表达谱	结合长读长和短读长NGS技术，实现对多kb长度尺度上基因电路设计的定量评估	未提及具体的技术限制或实验条件限制	加速合成生物学研究，通过高通量筛选揭示基因部件的可组合性规则	人类细胞中的基因电路设计	合成生物学	NA	NGS（长读长和短读长测序）	ML（机器学习模型）	基因序列数据	超过10种基因电路设计（5-20 kb长度）
58	2025-07-23	Xenotopic synthetic biology: Prospective tools for delaying aging and age-related diseases 2025-Mar-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu1710 PMID:40153513	综述	本文探讨了利用其他物种的酶来逆转与年龄相关的代谢变化，以延缓衰老和老年相关疾病	提出利用非哺乳动物酶作为延缓衰老和老年相关疾病的未开发资源	NA	探讨通过代谢调控延缓衰老和老年相关疾病的策略	来自低等生物的一组酶，这些酶影响与年龄相关过程的代谢参数	合成生物学	老年疾病	NA	NA	NA	NA
59	2025-07-23	Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00569 PMID:39898483	研究论文	该研究通过合理设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶，测试了三种dCas9-DNMT3A/3L变体在不同人类细胞系和原代人类T细胞中的表现	研究发现DNMT3A催化核心的突变可以稳定dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白在Jurkat T细胞中的表达，同时不牺牲DNA甲基化或基因沉默性能	研究主要局限于细胞系和原代T细胞，可能限制了在其他细胞类型或体内环境中的适用性	扩展表观遗传编辑的合成生物学工具包，并为工程化dCas基础的DNMTs在原代哺乳动物细胞类型中的应用提供路线图	人类细胞系和原代供体来源的人类T细胞	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9, DNA甲基转移酶技术	dCas9-DNMT3A/3L变体	基因表达和DNA甲基化数据	多种人类细胞系和原代供体来源的人类T细胞
60	2025-07-23	Harnessing the biology of regulatory T cells to treat disease 2025-02, Nature reviews. Drug discovery DOI:10.1038/s41573-024-01089-x PMID:39681737	review	本文综述了调节性T细胞（Treg细胞）在疾病治疗中的应用及其生物学机制	探讨了利用纳米医学和合成生物学技术精确调控Treg细胞功能的新一代临床试验	存在重要的未解决问题和局限性，如临床试验的结果尚不明确	研究调节性T细胞在疾病治疗中的潜力及其生物学机制	调节性T细胞（Treg细胞）	免疫学	过敏、移植、自身免疫病、癌症	NA	NA	NA	NA