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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-09 |
[Application and prospects of synthetic biology in the genetic improvement of rice]
2025-Oct-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250347
PMID:41203287
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综述 | 系统总结合成生物学在水稻遗传改良中的应用进展与突破成果 | 通过模块化、标准化和系统化方法实现精准基因组和代谢途径工程,有效克服传统育种周期长和性状改良能力受限的局限性 | NA | 探讨合成生物学在水稻遗传改良中的应用前景 | 水稻遗传改良 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、遗传电路设计、代谢工程、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 水稻 | 遗传电路设计、代谢途径工程 | 农业 |
| 82 | 2025-11-09 |
Biophysical and structural studies on transketolases
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.07.011
PMID:41203347
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研究论文 | 本文介绍了转酮醇酶的生物物理和结构研究协议,包括活性分析、催化机制和结构研究方法 | 提供了一套全面的转酮醇酶研究工具包,整合了稳态动力学、辅因子结合、催化中间体检测和快速动力学研究等多种光谱和生物物理技术 | NA | 深入理解转酮醇酶的机制和结构,促进其在酶学、合成生物学和药物开发等领域的应用 | 转酮醇酶及其催化机制 | 酶学 | 癌症、代谢疾病、神经退行性疾病 | 稳态动力学、辅因子结合研究、催化中间体检测、快速动力学研究、光谱技术、生物物理技术 | NA | 生物物理数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物催化、合成生物学 |
| 83 | 2025-11-08 |
Boosting microalgae-based carbon sequestration with the artificial CO2 concentration system
2025-Dec, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2025.2498464
PMID:40374568
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综述 | 本文综述了微藻人工CO2封存技术的现状,重点探讨了CO2耐受物种筛选、培养优化、反应器设计及合成生物学应用 | 系统整合了微藻固碳技术的光反应与暗反应优化策略,并引入合成生物学手段提升CO2溶解与生物固定效率 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述的理论分析 | 推动微藻基CO2封存技术发展,应对全球变暖挑战 | 微藻光合微生物及其碳封存系统 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、生命周期评估、技术经济分析 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学工具 | 微藻 | CO2生物固定代谢通路 | 环境,能源 |
| 84 | 2025-11-08 |
AI and mechanistic modeling for characterizing biosynthetic pathways of natural products
2025-Nov-07, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00059a
PMID:41200906
|
综述 | 本文综述了2020-2025年间人工智能和机制建模在天然产物生物合成途径表征中的应用进展 | 整合人工智能预测方法与机制建模模拟,为天然产物生物合成提供能量和结构层面的新见解 | 未涉及具体实验验证数据,主要基于已有文献和数据库分析 | 加速天然产物在药物发现、生物技术和合成生物学中的发现、工程化与应用 | 天然产物的生物合成途径 | 生物信息学 | NA | 人工智能,机制建模,计算模拟 | NA | 生物信息学数据,结构数据,能量数据 | NA | NA | NA | NA | 药物发现,生物技术,合成生物学 |
| 85 | 2025-11-08 |
Electron-Mediator-Free Microfluidic Photocatalytic Coenzyme Regeneration with 100% Conversion Efficiency within 126 S
2025-Nov-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513720
PMID:41201076
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研究论文 | 设计了一种无需电子介体的微流控光催化平台,用于辅酶NAD(P)H再生,在126秒内实现100%转化效率 | 通过集成超薄BiOBr纳米片实现直接电子-质子耦合,无需电子介体即可高效再生辅酶 | NA | 开发高效光催化辅酶再生系统 | 辅酶NAD(P)H的再生过程 | 生物催化 | NA | 微流控技术、光催化 | NA | 催化效率数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、合成生物学、可再生能源 |
| 86 | 2025-11-08 |
Precise control of transcriptional stoichiometry in bacteria: From mechanisms to synthetic biology applications
2025-Nov-02, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108748
PMID:41187847
|
综述 | 探讨细菌如何通过RNA水平机制精确控制蛋白质亚基化学计量比,及其在合成生物学中的应用 | 超越经典转录调控,聚焦转录后精细调控机制,并展示如何将这些天然策略转化为可编程的合成基因电路 | NA | 解析细菌转录化学计量控制机制并开发合成生物学应用 | 细菌转录调控机制和合成基因电路 | 合成生物学 | NA | RNA处理与稳定化系统 | NA | NA | NA | 启动子库、工程化终止子、RNase处理模块 | 细菌 | 合成基因电路、代谢通路、蛋白质组装 | 生物技术、生物医学 |
| 87 | 2025-11-08 |
A comprehensive review of genomic-scale genetic engineering as a strategy to improve bacterial productivity
2025-Nov, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001628
PMID:41182907
|
综述 | 本文系统回顾了基因组规模遗传工程作为提高细菌生产力的策略发展历程 | 首次整合多种基因组工程方法,提供统一视角来总结细菌基因组工程工具的历史里程碑和实际应用 | CRISPR/Cas等工具仍需持续改进才能完全成熟 | 总结基因组工程工具在提高细菌生产力方面的发展和应用 | 细菌基因组工程工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas, 随机诱变, 多重化策略 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 工业生物技术 |
| 88 | 2025-11-08 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本研究探索了从头设计的微型结合蛋白在合成生物学传感工具中的广泛应用潜力 | 首次系统验证微型结合蛋白可适配多种细胞工程工具,相比传统抗体具有独特表位靶向能力和更快生产周期 | 研究主要聚焦于SARS-CoV-2 Spike蛋白和EGFR靶点,尚未验证对其他抗原的普适性 | 拓展合成生物学中抗原传感工具的种类和性能 | 微型结合蛋白及其在合成受体中的应用 | 合成生物学 | COVID-19, 癌症 | 蛋白质从头设计, 细胞工程 | NA | 实验数据 | NA | synNotch, SNIPR, CAR | 哺乳动物细胞, T细胞 | 合成受体, 抗原传感器, 嵌合抗原受体 | 医学, 治疗性细胞工程 |
| 89 | 2025-11-07 |
Microplastic pollution in rice systems: Impacts, mechanisms and green remediation strategies
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180734
PMID:41124903
|
综述 | 本文系统综述了稻田系统中微塑料污染的来源、分布、影响机制及绿色修复策略 | 首次全面整合了稻田微塑料污染的多维度影响机制,并系统提出了涵盖植物修复、生物修复和生物技术干预的综合性绿色修复方案 | 许多生物修复方法在控制环境中表现良好,但在实际田间条件下面临应用挑战 | 评估稻田微塑料污染的影响机制并探索绿色修复策略 | 稻田系统中的微塑料污染 | 环境科学 | NA | NA | NA | 文献综述数据 | NA | 合成生物学, 酶封装技术 | 细菌, 真菌, 藻类, 土壤大型动物 | 生物降解通路, 生物传感器 | 农业, 环境 |
| 90 | 2025-11-07 |
Leveraging synthetic biology for the commercialization of renewable fuels and chemicals aligning sustainable development goals
2025-Nov-05, Preparative biochemistry & biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1080/10826068.2025.2578270
PMID:41191734
|
综述 | 探讨合成生物学在生物燃料和绿色化学品生产中的作用,重点关注可再生能源开发应用 | 利用DNA建模、代谢工程和微生物发酵等合成生物学创新方法优化生物燃料生产,特别是来自非粮原料 | 存在生物安全、知识产权和监管方面的挑战,以及合成生物学可能被滥用于生物安全和生物剽窃的担忧 | 研究合成生物学在可再生燃料和化学品商业化中的应用,以支持可持续发展目标 | 工程微生物、木质纤维素生物质、生物燃料和生物化学品 | NA | NA | DNA建模、代谢工程、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | 代谢途径工程 | 能源, 环境 |
| 91 | 2025-11-07 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-Nov-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
|
研究论文 | 本研究揭示了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小SUF系统作为[4Fe-4S]簇支架的功能机制 | 发现仅由两个蛋白组成的最小SUF系统,揭示SufC是主要簇结合组分,代表铁硫簇生物合成的祖先形式 | NA | 阐明专性厌氧古菌中铁硫簇的生物合成机制 | 产甲烷古菌中的SufB和SufC蛋白复合物 | 生物化学 | NA | 突变分析、进化比较、蛋白相互作用研究 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 92 | 2025-11-07 |
Artificial intelligence-powered biofoundries for protein engineering and metabolic engineering
2025-Nov-04, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103380
PMID:41192167
|
综述 | 本文综述了人工智能与自动化生物铸造厂在蛋白质工程和代谢工程中的整合应用 | 将人工智能与自动化生物铸造厂相结合,推动蛋白质工程和代谢工程从劳动密集型实验向自主实验转变 | NA | 总结人工智能驱动的生物铸造厂在合成生物学中的工作流程发展和应用潜力 | 蛋白质工程和代谢工程的工作流程、AI模型及其与生物铸造厂的整合 | 合成生物学 | NA | 人工智能、自动化生物铸造厂 | NA | NA | NA | 生物铸造厂 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 93 | 2025-11-07 |
A tool for modeling gene regulatory networks (GRN_modeler) and its applications to synthetic biology
2025-Nov, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00148-8
PMID:41023501
|
研究论文 | 开发了一个用于基因调控网络建模的用户友好工具GRN_modeler,并展示了其在合成生物学中的应用 | 开发了具有图形界面的GRN_modeler工具,使无编程经验的用户能够创建现象学模型,同时支持命令行操作,并展示了设计具有偶数节点的振荡器家族和光检测生物传感器的新应用 | NA | 开发易用的基因调控网络建模工具以促进合成生物学研究 | 基因调控网络的建模与仿真 | 合成生物学 | NA | 基因调控网络建模与仿真 | 现象学模型 | NA | NA | GRN_modeler | 大肠杆菌 | 振荡器电路、光检测生物传感器电路 | 合成生物学 |
| 94 | 2025-11-07 |
Overcoming antimicrobial resistance: Phage therapy as a promising solution to combat ESKAPE pathogens
2025-Oct-08, International journal of antimicrobial agents
IF:4.9Q1
|
综述 | 本文系统评估噬菌体疗法对抗多重耐药ESKAPE病原体的治疗潜力 | 重点探讨噬菌体裂解-溶原性转换的分子调控机制,并整合纳米技术递送系统和CRISPR-Cas等前沿工程技术 | 存在监管、耐药性和可扩展性等挑战 | 评估噬菌体疗法作为对抗抗生素耐药性替代方案的潜力 | 多重耐药的ESKAPE病原体 | 微生物学 | 医院获得性感染 | 噬菌体疗法、CRISPR-Cas技术、合成生物学方法 | NA | 文献资料、临床证据 | NA | CRISPR-Cas | 噬菌体 | 裂解-溶原性转换调控 | 医学 |
| 95 | 2025-11-07 |
Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation
2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03042-3
PMID:40974488
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综述 | 探讨肿瘤学从传统细胞毒性疗法向整合精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调制的智能驱动框架转变 | 提出将癌症视为复杂适应系统,整合AI引导的适应性给药、合成生物学增强的CAR-T细胞和代谢重编程等协同治疗方法 | 存在治疗耐药性、毒性、可及性和伦理问题等挑战 | 推动肿瘤治疗向整合性、系统性和精准化方向发展 | 癌症作为复杂适应系统的多维度治疗策略 | 数字病理 | 肿瘤 | 多组学分析、分子图谱、量子生物学、合成肿瘤学、暗基因组挖掘 | 数字孪生 | 基因组数据、微环境数据 | NA | 合成生物学 | CAR-T细胞 | 逻辑门控CAR-T细胞 | 医学 |
| 96 | 2025-11-06 |
Synthetic Biology of Terpenoid and Flavonoid Natural Food Additives: Research Progress and Future Challenges
2025-Nov-05, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05422
PMID:41124328
|
综述 | 本文总结了萜类和黄酮类天然食品添加剂的研究进展,重点介绍了合成生物学技术在生物生产中的应用 | 系统总结了提高萜类和黄酮类天然食品添加剂产量的前沿代谢工程策略 | NA | 探讨合成生物学在天然食品添加剂生产中的应用前景与挑战 | 萜类和黄酮类天然食品添加剂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 生物传感器动态调控、微生物群落工程 | 食品,工业生物技术 |
| 97 | 2025-11-06 |
Orthogonal in vivo and in vitro membrane engineering enables human-like lipid remodeling of bacterial magnetosomes for functional TrkA display
2025-Nov-05, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01710-25
PMID:41190832
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研究论文 | 通过正交膜工程技术改造细菌磁小体脂质双层,实现人源TrkA受体的功能性展示 | 结合体内磷脂酰胆碱生物合成与体外胆固醇加载的双重脂质策略,首次实现细菌磁小体膜的人类脂质重塑 | 研究主要聚焦TrkA受体,未验证该策略对其他膜蛋白的普适性 | 建立功能性人类膜受体的微生物表达平台 | 磁螺菌AMB-1产生的磁小体及人源神经营养因子受体TrkA | 合成生物学 | 阿尔茨海默病,癌症 | 膜工程,脂质重塑,甲基-β-环糊精胆固醇加载 | NA | 蛋白质功能数据 | NA | CRISPR-Cas9,Gibson Assembly | 磁螺菌AMB-1 | 磷脂酰胆碱合成通路,人类膜受体展示系统 | 医学,工业生物技术 |
| 98 | 2025-11-06 |
Open Enzyme Database: a community-wide repository for sharing enzyme data
2025-Nov-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1082
PMID:41188073
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研究论文 | 开发了一个名为开放酶数据库的社区范围存储库,用于促进酶数据的共享和探索 | 提供全面标准化的酶数据,集成人工智能预测工具和化学信息学算法,支持机器学习和酶工程应用 | 未提及数据库的具体数据覆盖范围和更新频率 | 构建一个社区范围的酶数据库基础设施,解决现有数据库更新不及时、缺乏标准化和机器学习支持不足的问题 | 酶及其相关数据,包括动力学参数、结构数据、酶促反应、测定条件和功能注释 | 生物信息学 | NA | 人工智能、化学信息学、数据挖掘 | NA | 酶动力学参数、结构数据、反应数据、注释数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、系统生物学、合成生物学、酶工程、人工智能 |
| 99 | 2025-11-06 |
Efficient site-specific integration of kilobase-length DNA fragments in plant cells via Kp03 recombinase
2025-Nov-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116508
PMID:41187057
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研究论文 | 本研究评估了Kp03重组酶在植物细胞中实现大片段DNA定点整合的效率 | 首次证明Kp03重组酶可在植物中高效整合长达27.3 kb的DNA片段,并确定了仅需15-bp attB序列的最小需求 | 研究主要基于瞬时原生质体实验和愈伤组织,尚未在完整植株中验证稳定性 | 开发植物基因组工程中大片段DNA定点整合的新方法 | 水稻和拟南芥的细胞及愈伤组织 | 合成生物学 | NA | 重组酶介导的整合、基因组编辑 | NA | 分子生物学实验数据 | 植物原生质体和愈伤组织样本 | Kp03重组酶, NM-PE基因组编辑系统 | 水稻, 拟南芥 | 基于attB/attP重组系统的DNA整合平台 | 农业, 工业生物技术 |
| 100 | 2025-11-06 |
Programmable probiotics as next-generation living therapeutics: bridging synthetic biology and precision medicine
2025-Nov-03, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103375
PMID:41187701
|
综述 | 本文探讨了可编程益生菌作为下一代活体治疗剂的发展现状,重点介绍了其在炎症性肠病、代谢疾病和癌症治疗中的应用 | 将合成生物学与精准医学相结合,通过模块化遗传电路将共生细菌改造成可编程的智能治疗剂 | 存在生物安全控制、监管复杂性和微生物组变异性等转化瓶颈 | 推动可编程益生菌从概念走向常规临床应用,重塑制药生物技术 | 工程化益生菌及其在疾病治疗中的应用 | 合成生物学 | 炎症性肠病,代谢疾病,癌症 | 模块化遗传电路 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 共生细菌 | 能够定位疾病部位、感知局部信号并递送治疗活性的遗传电路 | 医药 |