合成生物学相关文章
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当前共找到 5053 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-25 |
A genetic manipulation tool based on the GP35 recombinase for targeted gene editing in mycoplasmas of ruminants
2026-Apr-27, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113096
PMID:42055338
|
研究论文 | 介绍了一种基于GP35重组酶的遗传操作工具，用于反刍动物支原体的靶向基因编辑 | 首次利用噬菌体SPP1的GP35重组酶实现长单链DNA重组工程，在牛支原体中实现精准基因插入和缺失，编辑率高达77.78%-100%，消除了随机脱氨的风险 | 未明确提及局限性，但可能需验证在其他反刍动物病原体中的转换效果 | 开发有效的遗传工具以促进反刍动物支原体的致病机制研究和疫苗开发 | 反刍动物支原体，特别是牛支原体 | 合成生物学 | 牛支原体病 | GP35重组酶介导的重组工程 | NA | 基因序列和突变体数据 | NA | GP35重组酶 | 牛支原体 | 基于GP35重组酶的基因编辑系统 | 医学, 农业 |
| 102 | 2026-05-25 |
Tunable low-rate genomic recombination with Cre-lox in Escherichia coli: a versatile tool for anoxic environmental biosensing and synthetic biology
2026-04-22, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01768-25
PMID:41870091
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研究论文 | 开发了一种在大肠杆菌中利用Cre-lox系统实现可调低速率基因组重组的方法，应用于厌氧环境生物传感和合成生物学 | 开发了严格调控、可滴定的Cre重组酶系统，实现了低重组率和最小基础活性，并展示了其在厌氧砷检测中的实用性 | 论文未明确说明系统的长期稳定性和潜在脱靶效应 | 开发可用于环境生物传感和合成生物学的可调低速率基因组重组工具 | 大肠杆菌及基于重组的砷生物传感器 | 合成生物学 | NA | Cre-lox位点特异性重组 | NA | NA | 未明确样本数量 | Cre-lox系统 | 大肠杆菌 | 基于Cre-lox的砷响应生物传感器电路 | 环境监测, 合成生物学 |
| 103 | 2026-05-25 |
Amalgamation of Biofilms and Synthetic Biology: A Paradigm Shift in Biotechnology
2026-Feb-17, Medical principles and practice : international journal of the Kuwait University, Health Science Centre
IF:2.9Q1
DOI:10.1159/000550994
PMID:41701651
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综述 | 本文综述了生物膜工程与合成生物学交叉领域的最新进展，重点介绍了调控生物膜行为以用于生物技术应用和解决相关挑战的策略 | 整合了噬菌体疗法、电遗传系统、微生物联合体设计、群体感应调控、遗传电路、胞外聚合物修饰和抗菌肽涂层表面等多种策略，实现了对生物膜结构、组成和代谢输出的精确调控 | 存在生物安全性、异质性、可扩展性和监管合规性等挑战 | 探讨合成生物学工具在生物膜工程中的应用，以优化生物膜在废水处理、生物修复、生物能源和诊断等领域的性能，并控制致病性生物膜 | 生物膜及其工程化系统 | 机器学习 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 遗传电路 | 环境, 能源, 医学 |
| 104 | 2026-05-25 |
Predicting lasso peptide structure with LassoPred
2026, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2026.01.037
PMID:42177065
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研究论文 | 提出LassoPred，一个基于机器学习的模块化计算流程，用于从序列预测套索肽的三维结构 | LassoPred通过整合ESM2嵌入训练的支持向量机分类器注释关键拓扑特征（异肽环和塞子残基），并采用拓扑感知的结构构建器组装和优化原子模型，实现了近实验精度，同时将预测时间缩短至分钟级，并将已知套索肽结构覆盖率从不足50个扩展至超过4000个基因组挖掘模型 | 输入标题与摘要中未明确提及局限性 | 从序列准确预测套索肽的三维结构，桥接序列发现与结构洞察的差距 | 套索肽（LaPs） | 机器学习 | NA | 机器学习、同源建模、能量最小化 | 支持向量机 | 序列数据 | 超过4000个基因组挖掘模型 | NA | NA | NA | 酶学、结构生物学、合成生物学、治疗学设计 |
| 105 | 2026-05-25 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-09-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
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研究论文 | 通过多组学分析和CRISPR-Cas基因编辑，破译海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物的降解途径，发现β-酮己二酸途径与β-氧化途径在硫解步骤的交叉对话 | 首次揭示海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物降解的完整途径，并发现途径交叉对话的新机制 | 研究主要基于模型化合物，对其他芳香化合物的适用性及海洋环境中的实际降解效率尚待验证 | 阐明海洋细菌中芳香化合物的生物转化途径，为环境修复和生物碳循环利用奠定基础 | 海洋玫瑰杆菌分支菌中的芳香化合物降解途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析, CRISPR-Cas基因编辑, NGS | NA | 基因组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌分支菌 | β-酮己二酸途径与β-氧化途径的交叉对话 | 环境, 工业生物技术 |
| 106 | 2026-05-25 |
Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes
2025-09-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152
PMID:40628214
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研究论文 | 本研究利用SCRaMbLE方法对关键基因进行进化，构建了由三株工程化大肠杆菌组成的合成菌群，用于高效降解菲 | 首次将SCRaMbLE方法应用于多环芳烃降解菌群关键基因的定向进化，显著提升了菲的降解效率 | 研究仅测试了100 mg/L的菲浓度，未评估其他浓度或实际污染环境中菌群的降解性能 | 开发基于合成生物学和SCRaMbLE的微生物菌群策略，以增强菲的生物降解 | 菲，一种多环芳烃污染物 | 环境工程 | NA | SCRaMbLE | NA | 生物降解数据 | 三个工程化大肠杆菌菌株（E. coli SCRPHE033、E. coli SCRKA065、E. coli CRSA）在含有100 mg/L菲的MSM培养基中测试 | SCRaMbLE | 大肠杆菌BL21(DE3) | 菲完全矿化的三个分解代谢模块（上游、下游及辅助模块），整合17个关键基因 | 环境生物修复 |
| 107 | 2026-05-25 |
CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy: Collaborative translation of scientific discoveries into advanced treatments for neurological rare genetic diseases and cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.051
PMID:39760072
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评论 | CTGCT卓越中心旨在将科学发现转化为针对神经系统罕见遗传病和癌症的先进基因与细胞疗法 | 斯洛文尼亚首个此类中心，整合合成生物学工具、基因编辑、RNA技术、免疫调控工程及新型递送系统，建立GMP设施推动临床转化 | 尚未提供具体实验数据或临床结果评估 | 推动基因与细胞疗法从基础研究向临床应用转化 | 神经系统罕见遗传病和癌症 | 数字病理学 | 神经系统罕见遗传病, 癌症 | 基因编辑, 剪接技术, RNA技术, 免疫调控工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 108 | 2026-05-24 |
Unveiling the adaptive structure-function synergy in thermophilic translation initiation factor 1: A molecular dynamics framework
2026-Aug, Biophysical chemistry
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.bpc.2026.107644
PMID:42085878
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研究论文 | 通过分子动力学模拟揭示嗜热翻译起始因子1的结构-功能协同适应性机制 | 首次通过全原子分子动力学模拟系统比较嗜热与中温翻译起始因子1的动态特性，揭示嗜热因子通过扩展氢键和盐桥网络增强结构刚性的分子机制 | 仅基于计算机模拟，缺乏体外实验验证；仅研究了单一嗜热菌株的IF1蛋白 | 阐明嗜热细菌翻译起始因子1的热稳定性分子机制，为工程化耐热蛋白建立框架 | 嗜热菌Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum的IF1蛋白（TT_IF1）与中温菌Flavobacterium kingsejongi的IF1蛋白（FK_IF1） | 分子生物学 | 不适用 | 分子动力学模拟，主成分分析 | 不适用 | 模拟轨迹数据 | 每种IF1蛋白3次独立模拟，每次1000纳秒 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学，工业生物技术 |
| 109 | 2026-05-24 |
Membrane-Spanning Nanopores Formed from Nucleic Acids
2026-May-22, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.5c00905
PMID:42173496
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综述 | 本文综述了基于核酸（尤其是DNA）构建的跨膜纳米孔的最新进展 | 系统总结了从亚纳米通道到可定制大分子传输几何结构的设计原则，并强调RNA折纸技术用于创建基因可编码纳米孔的独特机遇 | NA（摘要未明确提及局限性） | 探讨合成核酸纳米孔的设计原理、优势及在单分子传感和合成生物学中的应用前景 | 基于核酸（DNA和RNA）的自组装跨膜纳米孔 | 合成生物学, 生物物理学 | NA | DNA纳米技术, RNA折纸, 单分子传感 | NA | NA | NA | DNA折纸, RNA折纸 | NA（未指定宿主生物） | 跨膜纳米孔通道 | 医学, 合成生物学, 生物技术 |
| 110 | 2026-05-24 |
PURE makes PURE: reconstitution of the PURE cell-free system from self-synthesized proteins
2026-May-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73337-0
PMID:42173857
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研究论文 | 本研究展示了PURE无细胞系统可以从其自身合成的蛋白质中重建，实现非核糖体蛋白质组分的自我再生 | 首次证明PURE系统中的36种非核糖体蛋白质可以完全通过该系统自身合成，并重建出功能完整的PURE系统，标志着向通用生化构建器迈出关键一步 | 尚未完全实现整个系统（包括核糖体和其他复杂组分）的自主复制，未提及长期稳定性和实际应用中的瓶颈 | 探索无细胞系统自我再生能力，推动通用生化构建器的实现 | PURE无细胞系统中36种非核糖体蛋白质 | 合成生物学 | NA | PURE无细胞系统，蛋白质纯化 | NA | NA | 36种非核糖体蛋白质及其组合 | NA | E. coli（用于制备PURE系统组分） | 自我再生回路（PURE系统组分自我合成与重建） | 合成生物学，生物技术 |
| 111 | 2026-05-24 |
The interaction between the RNA aptamer Dap1 and DasR mirrors DNA operator site recognition in GntR repressors
2026-May-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag489
PMID:42165134
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研究论文 | 揭示了RNA适配体Dap1与细菌阻遏蛋白DasR的相互作用机制，类似于GntR阻遏物中的DNA操纵子位点识别 | 首次解析了SELEX衍生的RNA适配体Dap1与GntR/HutC家族阻遏蛋白DasR的复合物晶体结构，发现其识别模式与DNA双链结合高度相似，并基于结构设计出新型适配体Dap1m1，实现了对同源蛋白NagR的调控 | 未提及实验的局限性，如适配体设计仅针对少数位点随机化，或对其他GntR家族成员的通用性有待验证 | 研究RNA适配体与细菌阻遏蛋白的相互作用，并探索设计新型适配体-蛋白相互作用对 | RNA适配体Dap1及其靶标GntR/HutC家族阻遏蛋白DasR，以及同源蛋白NagR | 合成生物学 | NA | X射线晶体学、SELEX | NA | 三维结构数据 | NA | SELEX | NA | RNA适配体调控回路（适配体-阻遏蛋白相互作用对） | 合成生物学、医学（基因调控应用） |
| 112 | 2026-05-24 |
Quantitative Measurement of Synthetic Repression Curves Reveals Design Challenges for Genetic Circuit Engineering under Growth Arrest
2026-May-13, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00123
PMID:42125829
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研究论文 | 在生长停滞条件下定量测量合成抑制曲线，揭示基因电路工程的设计挑战 | 首次系统性研究生长停滞对遗传NOT门电路行为的影响，发现非抑制表达水平下降超过100倍是主导因素，并指出只需解决单一性能参数即可改善电路功能 | 仅关注生长停滞对抑制曲线的影响，未涉及其他生理状态或更复杂电路；样本量有限，仅使用单细胞分辨率测量 | 探究生长停滞对工程化遗传电路性能的影响 | 基因NOT门文库 | 合成生物学 | NA | 单细胞分辨率测量 | NA | 基因表达数据 | 基因NOT门文库（具体数量未提及） | NA | 细菌 | 遗传NOT门 | 工业生物技术，环境 |
| 113 | 2026-05-24 |
Repurposing the Diatom Periplastidial Compartment for Heterologous Terpenoid Production
2026-May-08, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00919
PMID:42101919
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研究论文 | 系统剖析了硅藻周质体区室用于异源萜类化合物生产的潜力，并提出了该区室作为可工程化细胞内空间的策略 | 首次系统评估了硅藻中周质体区室（PPC）用于萜类生物合成的能力，揭示了所有主要异戊二烯磷酸前体在各区室中的可及性，并提出PPC作为与质体整合的可工程化空间 | 未明确说明本研究的局限性，但可能包括各区间产率差异及生理负担的未完全评估 | 探索硅藻周质体区室在异源萜类生产中的工程化潜力，并建立区室特异性工程策略 | 硅藻（三角褐指藻等）及其亚细胞区室（细胞质、叶绿体、周质体区室） | 合成生物学 | NA | 靶向异源合成酶表达、代谢工程 | NA | 代谢产物分析数据 | NA（涉及代表性半萜、单萜、倍半萜和四萜合成酶的多区室靶向实验） | NA | 硅藻 | 异源萜类生物合成通路（涉及DMAPP、GPP、FPP、GGPP前体的通路） | 工业生物技术、可持续生产 |
| 114 | 2026-05-24 |
Modeling the cost and benefit of proteome regulation in a growing bacterial cell
2018-05-09, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aabe43
PMID:29658492
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研究论文 | 构建了一个描述生长分裂细菌细胞中蛋白质组调控成本与收益的数学模型 | 通过内部动态机制内源性决定细胞生长速率，并利用模型研究调控的生态位边界 | 模型基于简化假设，可能未涵盖真实细胞中所有调控复杂性 | 研究细菌细胞中蛋白质组调控的成本与收益平衡，确定有利于调控进化的环境条件 | 大肠杆菌细胞中的代谢蛋白和核糖体蛋白分配调控 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 蛋白质组资源分配调控回路 | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 115 | 2026-05-24 |
Template mediated protein self-assembly as a valuable tool in regenerative therapy
2018-04-11, Biomedical materials (Bristol, England)
DOI:10.1088/1748-605X/aab2fe
PMID:29489458
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研究论文 | 利用硅表面通过扩散限制聚集法自组装多种蛋白质，形成树枝状结构，用于再生治疗 | 提出一种无需电解质的扩散限制聚集方法，实现多种蛋白质在硅表面的自组装，并通过分形分析解释不同蛋白质的聚集路径差异 | 未讨论自组装结构在体内的长期稳定性和免疫原性 | 开发一种模板介导的蛋白质自组装平台，用于再生治疗中的表面修饰和细胞行为调控 | I型胶原蛋白、牛血清白蛋白、细胞色素C等蛋白质及大鼠骨髓干细胞 | 生物材料、再生医学 | NA | 扩散限制聚集法、分形分析 | NA | 图像 | 3种实验蛋白质和1种细胞模型（大鼠骨髓干细胞） | NA | NA | NA | 医学 |
| 116 | 2026-05-24 |
Bottom-up synthetic biology: modular design for making artificial platelets
2017-12-06, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aa9768
PMID:29091050
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研究论文 | 本文提出了利用自下而上的合成生物学构建人工血小板的模块化设计方案 | 首次提出利用自下而上合成生物学概念构建人工血小板，并定义了四个功能模块以实现这一目标 | 未提供具体的实验验证或模块实现的详细技术细节 | 探索利用合成生物学构建人工血小板的可行性 | 人工血小板的模块化设计功能 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人工血小板功能模块，包括凝血、黏附、释放等 | 医学 |
| 117 | 2026-05-23 |
Enhancing CRISPR/Cas-Mediated Gene Knockout With Short Non-Homologous Oligonucleotides
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70548
PMID:41725298
|
研究论文 | 报告了一种通过共递送短双链非同源寡核苷酸（dsNHO）大幅提高莱茵衣藻中CRISPR/Cas介导的基因敲除效率的方法 | 首次发现非同源寡核苷酸增强（NOE）现象，能提升基因敲除效率高达100倍，并揭示其通过KU70/80异二聚体介导的DSB传感通路干扰机制，将DNA修复从c-NHEJ转向MMEJ | 研究主要基于莱茵衣藻，未广泛验证于其他物种；dsNHO的长度、结构和化学修饰的影响需进一步优化 | 提高莱茵衣藻中CRISPR/Cas基因敲除效率，以促进合成生物学和功能基因组学研究 | 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii） | 基因组编辑 | NA | CRISPR-Cas9、非同源寡核苷酸增强（NOE） | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii） | NA | 工业生物技术、合成生物学 |
| 118 | 2026-05-23 |
The BAHD Acyltransferase Gene Family: Evolutionary Dynamics, Biochemical Mechanisms, and Roles in Plant Stress Adaptation
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70597
PMID:41810805
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综述 | 系统综述了BAHD酰基转移酶基因家族的进化动态、生化机制及其在植物逆境适应中的作用 | 整合了进化、结构和调控层面的见解，揭示了BAHD酶作为植物适应性核心介导物及可持续农业和生物技术创新工具的新视角 | 功能冗余、底物混杂性及生物安全考虑等挑战 | 阐明BAHD酰基转移酶在植物次生代谢和逆境适应中的功能，探索其在代谢工程和作物改良中的应用潜力 | 植物中的BAHD酰基转移酶基因家族 | 机器学习 | NA | 比较基因组分析、组学研究、结构生物学、生物化学 | NA | 基因组序列、转录组数据、蛋白结构数据 | NA | NA | 植物 | 苯丙烷代谢流调控、角质和木栓质聚合、挥发性酯合成、酰化黄酮类化合物稳定化 | 农业, 工业生物技术 |
| 119 | 2026-05-23 |
Chromosome-Level Genome Assembly of the Allotetraploid Gynostemma pentaphyllum Provides Novel Insights Into the Biosynthesis of Ginsenoside and Gypenoside LVI
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70598
PMID:41821502
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研究论文 | 组装了四倍体绞股蓝的染色体级别基因组，揭示了人参皂苷和绞股蓝皂苷LVI生物合成的机制 | 首次组装了四倍体绞股蓝的染色体级别基因组，发现其是异源四倍体，并鉴定出GpCYP88AB3为双功能酶，证明该酶在绞股蓝和五加科植物中通过趋同进化实现功能 | 未明确说明研究局限性 | 阐明绞股蓝中人参皂苷和绞股蓝皂苷LVI差异积累的机制 | 四倍体绞股蓝（遂宁种群）和二倍体绞股蓝（南宁种群） | 数字病理学 | NA | 基因组组装、多组学分析、体内体外实验 | NA | 基因组、多组学数据 | 两个绞股蓝种群样品（遂宁和南宁） | NA | NA | NA | 医学、农业、工业生物技术 |
| 120 | 2026-05-23 |
Common γ-chain cytokines in brain tumor immunotherapy: Biological barriers and advances in macromolecular delivery systems
2026-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152288
PMID:42092664
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综述 | 本文综述了常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的应用，重点讨论了生物屏障和基于大分子的递送系统的进展 | 系统阐述了血脑屏障和血液肿瘤屏障对免疫治疗的阻碍，并总结了纳米颗粒、外泌体和细胞载体等递送平台在增强细胞因子稳定性、肿瘤选择性和降低系统毒性方面的创新应用 | 未明确提及具体局限性，但暗示细胞因子疗法仍面临生物屏障、半衰期短和脱靶毒性等挑战 | 探讨常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的潜力，并分析递送系统如何克服生物屏障以改善治疗效果 | 脑肿瘤（尤其是胶质瘤）及其免疫抑制微环境 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 纳米颗粒、外泌体、细胞载体 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |