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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-08-26 |
Living drug carriers: Microbial and bioengineered platforms redefining precision therapeutic and immunomodulatory delivery
2026-Aug-24, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.115274
PMID:42636890
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综述 | 本文综述了工程化微生物活体药物载体,包括基因修饰细菌和益生菌平台,在精准治疗和免疫调节递送方面的最新进展 | 强调了微生物活体药物载体将可编程生物传感、原位治疗合成、适应性免疫调节和可控药物递送整合于单一活体底盘中的独特优势 | 未具体说明局限性,但提及了临床转化中的挑战,如微生物活性、生物分布、安全性和复杂生理环境中的可控激活 | 探讨工程化微生物活体药物载体在精准医学中的潜力和临床应用前景 | 工程化微生物活体药物载体,包括基因修饰细菌和益生菌平台 | 合成生物学 | 癌症、自身免疫性疾病、炎症性疾病、代谢和内分泌疾病、神经免疫疾病(如肌萎缩侧索硬化症)、感染性疾病(如寨卡病毒)、罕见遗传病 | 合成生物学、基因电路设计、生物封存、封装技术、生物材料-微生物杂交、刺激响应释放平台 | NA | NA | NA | NA | 微生物(如细菌) | 可编程生物传感、基因表达程序控制、原位治疗合成、适应性免疫调节 | 医学 |
| 122 | 2026-08-26 |
Prophage Activation Triggers Extracellular Synthesis of DNA in Bacterial Biofilms via Rolling Circle Replication
2026-Aug-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.3695434
PMID:42638202
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研究论文 | 本文揭示了前噬菌体激活通过滚环复制触发细菌生物膜中细胞外DNA合成的新机制,并展示了利用该机制构建功能性DNA超结构的生物技术平台。 | 首次发现前噬菌体可被利用来合成具有特定功能的程序化eDNA超结构,通过设计自定义环形模板引导G-四链体序列的滚环复制,在营养限制条件下触发前噬菌体激活和细胞裂解,形成球形或线状超结构,并增强电化学性能或表现出过氧化物酶活性。 | 本研究主要基于环境细菌(Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis),且eDNA合成依赖于营养限制条件,可能限制了其在其他宿主或条件下的普适性。 | 探究前噬菌体在控制eDNA合成、结构和活性中的作用,并开发一种利用前噬菌体工程化功能性DNA材料的新平台。 | Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis及其携带的前噬菌体。 | 合成生物学 | NA | 滚环复制,荧光报告基因,实时监测,G-四链体-血红素DNAzyme分析,电化学测量 | NA | 图像(荧光显微),电化学数据 | 涉及两种细菌菌株,具体样本量未说明 | NA | Shewanella oneidensis, Bacillus subtilis | 自定义环形模板指导的G-四链体序列滚环复制,前噬菌体激活触发细胞裂解和eDNA合成 | 合成生物学, 生物技术 |
| 123 | 2026-08-26 |
Next-Generation Food Enzymology: From Metagenomic Discovery to AI-Driven Biocatalyst Design
2026-Jul-29, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c04349
PMID:42461222
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评述 | 本文探讨了宏基因组学、人工智能和合成生物学融合如何推动食品酶学进入新时代,实现从传统生物催化剂到定制化新型酶的转变。 | 强调宏基因组发现与AI驱动的生物催化剂设计的整合,将酶工程从经验性过程转变为预测性学科。 | 未提供实验验证或具体案例,仅基于前瞻性视角讨论。 | 探讨宏基因组学、AI和合成生物学在开发定制化生物催化剂用于可持续、精准的下一代食品加工中的应用。 | 食品酶学生物催化剂 | 合成生物学 | NA | 宏基因组学、多组学、蛋白质结构预测、de novo蛋白设计 | NA | 序列数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 124 | 2026-08-26 |
In vitro properties of large serine integrase hybrids derived from ϕC31 and TG1 integrases
2026-Jul-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag750
PMID:42535648
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研究论文 | 本研究报道了来源于ϕC31和TG1整合酶的杂合整合酶的体外活性,这些酶能高效重组杂合attP×attB底物,同时通过TG1衍生的卷曲螺旋结构域保留与同源重组方向性因子(RDF)的相互作用 | 提出了一种模块化框架,通过混合ϕC31和TG1整合酶来工程化具有定制特异性的丝氨酸整合酶,并验证了DNA结合域与att位点识别基序在决定特异性中的关键作用 | 研究仅限于体外实验,未涉及体内应用或靶向自定义基因组位点的实际验证 | 开发可编程的丝氨酸整合酶,以扩展其靶向特定基因组位点的应用范围 | ϕC31和TG1整合酶及其杂合变体 | 合成生物学 | NA | 体外重组分析 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 杂合整合酶系统,涉及attP和attB底物重组及attL×attR重组 | 基因组工程, 合成生物学 |
| 125 | 2026-08-26 |
Functional Diversity of Probiotic Effector Molecules: Insights into Their Role in Improving Gut Health
2026-04, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
|
综述 | 本文综述了益生菌效应分子(PEMs)的功能多样性,重点探讨其在改善肠道健康中的作用机制 | 系统总结了PEMs的类别、作用机制及面临的挑战,并提出利用比较基因组学、合成生物学和下一代益生菌等新兴方法开发其治疗潜力 | 未提及具体实验数据或临床验证,缺乏定量分析 | 阐明PEMs的多样性和功能,以促进靶向益生菌疗法和创新功能食品的设计 | 益生菌效应分子,包括细菌聚糖聚合物、表面蛋白、分泌肽和酶、细胞外囊泡及小分子代谢物 | 微生物组学 | 肠道疾病 | 比较基因组学、合成生物学 | NA | 文本 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学、食品 |
| 126 | 2026-08-26 |
Synthetic Biology Approaches in Reducing Mycotoxin Contamination and Enhancing Food System Sustainability
2026-04, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
|
综述 | 本文探讨了合成生物学在减少霉菌毒素污染和提升食品系统可持续性方面的作用,包括快速检测、有效控制及副产物增值转化等应用 | 整合人工智能和多组学技术开发识别元件、抗菌剂和降解酶,并强调CRISPR多重编辑和微生物细胞工厂等新兴技术 | 未提及具体实验数据或局限性,可能缺乏定量评估 | 阐述合成生物学在霉菌毒素降解和食品及副产物增值转化中的关键作用,推动食品安全和循环生物经济 | 霉菌毒素、产毒真菌、食品及加工副产物 | 合成生物学 | 霉菌毒素中毒 | CRISPR、多组学、人工智能 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 微生物细胞工厂 | 食品, 农业, 环境 |
| 127 | 2026-08-26 |
Protein engineering: status report
2026-Jan-09, Protein engineering, design & selection : PEDS
DOI:10.1093/protein/gzag020
PMID:42466865
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综述 | 本报告概述了蛋白质工程领域作为快速发展的学科现状,涵盖核心方法与应用领域,强调机器学习与人工智能方法的影响力。 | 强调机器学习和人工智能方法在蛋白质工程中的日益增长影响,并指出领域正进入黄金时代,同时指出设计、筛选和实际应用中的挑战。 | 未在摘要中明确列出具体局限性,但提及设计、筛选和实际应用中仍存在重大挑战。 | 提供蛋白质工程领域的及时快照,组织为八个主题领域,涵盖核心方法和主要应用领域。 | 蛋白质工程领域的方法和应用,包括酶、治疗药物、检测、合成生物学和材料。 | 蛋白质工程 | NA | 计算、分子生物学、结构引导、进化、合成方法 | 机器学习、人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术、环境、材料 |
| 128 | 2026-08-26 |
Chemical organizations as a conceptual tool: from synthetic biology to interdisciplinary systems and back
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1801128
PMID:42453133
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研究论文 | 本文提出一种名为化学组织理论(COT)的合成生物学框架,通过反应网络形式化合成生物学概念,并展示其在不同尺度上的应用及教学效果 | 将化学组织理论作为跨学科的通用形式化工具,应用于合成生物学教育,并发现通过非生物系统先引入组织概念可增强系统思维 | 未提及具体局限性 | 探索化学组织理论在合成生物学及其跨学科教育中的应用,以提升系统思维和复杂适应系统素养 | 合成生物学中的遗传电路、代谢工程、合成群落,以及跨学科学生群体 | 合成生物学、系统生物学 | NA | 反应网络建模 | 化学组织理论(COT) | 概念性框架及教学数据 | 4年教学实施,涉及设计、社会科学、数学、生态学等多学科学生群体 | NA | NA | 遗传电路、代谢途径、合成群落 | 教育、合成生物学 |
| 129 | 2026-08-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 通过定向进化和分子对接分析,将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为针对SARS-CoV-2的抗体,并验证其功能与机制 | 结合定向进化与分子对接分析,仅通过少量协同突变(R56W和N57Y)成功将抗体特异性从SARS-CoV-1重定向至SARS-CoV-2,同时保留原有交叉反应性,展示了基于合成生物学原理的模块化抗体重编程平台 | 未提及抗体在体内模型中的中和效果及潜在免疫原性评估 | 开发一种基于合成生物学的模块化抗体重编程方法,以快速适应新出现的病原体 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其变体IJ36和IJ36-V | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌表面展示、噬菌体展示 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未明确样本数量,使用抗体克隆库筛选 | 易错PCR | 大肠杆菌 | 抗体工程改造,非典型合成基因线路 | 医学 |
| 130 | 2026-08-26 |
Expression of Viral DNA Polymerase in Synthetic Recombinant Adeno-Associated Virus Producer Cell Line Enhances Full Particle Productivity
2025-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28885
PMID:39578398
|
研究论文 | 本文开发了一种合成生物学策略,通过在HEK293细胞系中诱导表达HSV-1 DNA聚合酶复合物,提高重组腺相关病毒(rAAV)的全颗粒产量。 | 首次在合成rAAV生产细胞系中整合并诱导表达HSV-1 DNA聚合酶(UL30/UL42),显著提高病毒基因组滴度和全颗粒含量,而不影响衣壳产量。 | 未提及具体的局限性,如长期稳定性、规模化生产的潜在问题等。 | 提高rAAV生产细胞系的全颗粒产量,以满足基因治疗的临床需求。 | 重组腺相关病毒(rAAV)生产细胞系(HEK293来源)及其产生的病毒颗粒。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因整合、诱导表达 | NA | 实验数据(病毒滴度、基因组拷贝数等) | 涉及多个克隆细胞系,具体数量未在摘要中提及。 | NA | HEK293细胞 | 诱导型启动子控制HSV-1 DNA聚合酶复合物(UL30/UL42)的表达回路 | 医学(基因治疗) |
| 131 | 2026-08-26 |
Blue-Purple evaluation: Chromoproteins facilitate the identification of BioBrick compatibility
2025-01, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28862
PMID:39402779
|
research paper | 本文提出了一种利用色素蛋白(chromoproteins)评估BioBrick兼容性的方法,命名为BP评估,通过观察和量化大肠杆菌菌落的蓝紫比例来验证构建的兼容性。 | 首次采用色素蛋白作为可视化和量化工具,在一锅反应中快速、简便地评估BioBrick兼容性,无需复杂设备。 | 该方法依赖于LB-agar板上菌落颜色的可视化和量化,可能受限于菌落计数的主观性,且尚未广泛验证于多种宿主或复杂构建。 | 开发一种简单、快速且可靠的方法来评估合成BioBrick的兼容性,以避免组装DNA片段在宿主细胞中引起负面影响。 | 大肠杆菌(E. coli)中的BioBrick组装,包括抗毒素-毒素对ccdA-ccdB、裂解蛋白E和异源蛋白sfGFP。 | synthetic biology | NA | NA | NA | image | NA | BioBrick | E. coli | NA | industrial biotechnology |
| 132 | 2026-08-26 |
Computational analysis into the potential of azo dyes as a feedstock for actinorhodin biosynthesis in Pseudomonas putida
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299128
PMID:38437212
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研究论文 | 本研究通过计算分析探索利用偶氮染料作为假单胞菌生产放线紫红素的潜在可行性 | 首次采用约束最小割集方法评估偶氮染料作为非常规碳源用于聚酮化合物生物合成的潜力,并发现其比葡萄糖更优的生长耦合策略 | 未提供实验验证,仅基于计算预测结果 | 探究将偶氮染料用作底物,通过工程改造恶臭假单胞菌来生产放线紫红素 | 恶臭假单胞菌KT2440,偶氮染料,葡萄糖,放线紫红素 | 合成生物学,代谢工程 | 不适用 | 约束最小割集分析,通量平衡分析 | 代谢模型 | 基因组规模代谢模型数据 | 不适用 | 不适用 | 恶臭假单胞菌 | 不适用 | 工业生物技术,环境 |
| 133 | 2026-08-25 |
Deep learning-driven de novo design of ribosome binding sites in Paracoccus denitrificans
2027-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.07.013
PMID:42630760
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和蛋白质组分析,系统表征了副球菌中1335个天然核糖体结合位点,并开发了基于深度学习的RBS设计平台,实现精确的翻译调控 | 首次为副球菌建立深度学习驱动的RBS设计平台,整合多组学数据揭示嘌呤丰富的SD序列特征,并通过CNN和WGAN-GP实现新RBS序列的生成与预测 | 摘要未提及具体局限性,可能包括预测准确率仍有提升空间或仅针对单一菌株 | 开发精确的翻译水平调控工具,以支持副球菌在环境合成生物学中的应用 | 副球菌中的核糖体结合位点序列及其调控功能 | 机器学习 | NA | RNA-seq、蛋白质组学分析 | CNN、BiLSTM、Transformer、WGAN-GP | 序列数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 1335个天然RBS序列 | NA | 副球菌 | 核糖体结合位点设计,涉及SD序列和辅助元件 | 环境生物技术 |
| 134 | 2026-08-25 |
Icariin: Unraveling Ferroptosis Mechanisms, Metabolic Networks, and Innovative Therapy Strategies
2026-Aug-24, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X26500655
PMID:42634093
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综述 | 本文系统性综述了淫羊藿苷通过调控铁死亡机制在神经退行性疾病和耐药肿瘤中的双重作用,并探讨其代谢网络及治疗策略。 | 首次系统阐述ICA在铁死亡调控中的双向作用机制,并强调其作为天然前体优于合成抑制剂的潜力 | ICA全身生物利用度低,限制了临床转化,且研究主要基于现有文献,缺乏原始实验数据 | 系统阐明ICA在铁死亡中的调控机制、代谢网络及其作为创新治疗策略的潜力 | 淫羊藿苷及其在神经退行性疾病和耐药癌细胞中的铁死亡调控作用 | 药物发现 | 神经退行性疾病, 癌症 | 文献综述 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 135 | 2026-08-25 |
Peptide barcoding: an alternative to the phenotype-genotype problem
2026-Aug-23, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.08.007
PMID:42633869
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综述 | 本文综述了肽条形码作为表型-基因型问题替代方法的最新进展,涵盖结合亲和力、脂质纳米颗粒、mRNA非翻译区和设计蛋白质库的筛选应用。 | 提出肽条形码作为蛋白质中心方法代表概念转变,替代传统DNA中心方法用于基因型-表型映射。 | 未明确说明具体限制,但讨论包括条形码设计、库构建和质谱方法准确性和可扩展性的挑战。 | 探讨肽条形码在筛选和蛋白质工程中的应用及未来角色。 | 肽条形码及其在蛋白质库筛选中的应用。 | 机器学习, 合成生物学 | NA | 质谱法 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 136 | 2026-08-25 |
Engineered platforms for melanogenesis research: Bridging synthetic biology, bioengineering, and biomimetics
2026-Aug-21, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.70159
PMID:42630831
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综述 | 本文综述了合成生物学平台在黑色素生成研究中的应用,整合了基因工程、异源表达系统、仿生构建和细胞-free检测等技术,提出统一框架以促进色素生物学的基础研究和转化应用 | 首次将合成生物学策略整合到黑色素生成研究的更广泛背景中,提出统一框架,强调非传统系统在皮肤病学和生物技术中的转化潜力 | 文献缺乏对合成生物学策略的全面综合,传统模型存在生理相关性、伦理限制、高维护成本和可扩展性有限的问题 | 整合合成生物学平台用于研究和操纵色素生物学,促进机制研究和个性化治疗策略 | 黑色素合成途径、黑色素生成相关细胞和模型系统 | 合成生物学、生物工程、仿生学 | 色素性疾病 | 基因工程、异源表达、仿生构建、细胞-free检测 | NA | NA | NA | 基因工程 | 微生物、哺乳动物细胞 | 黑色素合成途径工程 | 医学、生物技术 |
| 137 | 2026-08-25 |
CRISPR-CAS9-Mediated Genetic Enhancement and Metabolic Engineering of Medicinal Crops: An Integrative Review
2026-Aug-03, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
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综述 | 本文全面综述了通过CRISPR-Cas9基因组编辑技术改良药用植物的最新进展,强调其在生物技术和生药学中的变革潜力 | 系统性地整合了CRISPR-Cas9在药用植物遗传改良和代谢工程中的应用,并突出了与组学技术和合成生物学协同优化次生代谢物生物合成的策略 | 未明确讨论该技术的潜在脱靶效应、长期稳定性及法规限制 | 探讨CRISPR-Cas9在提升药用植物次生代谢物产量、增强逆境耐受性和调控代谢通路中的应用 | 药用植物,包括青蒿和长春花等代表性物种 | 基因组编辑 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 药用植物(如青蒿、长春花) | 代谢生物合成途径 | 医药, 生物技术 |
| 138 | 2026-08-25 |
[Construction of a butyrate-producing engineered bacteria and its therapeutic effects on atopic dermatitis]
2026-Aug, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:42634901
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研究论文 | 本研究构建了能够高效稳定分泌丁酸盐的工程化大肠杆菌Nissle 1917(EcN-But),并在钙泊三醇(MC903)诱导的特应性皮炎小鼠模型中评估其治疗效果 | 利用合成生物学策略,将源自普拉梭菌的丁酸合成基因模块(bcd, but)进行密码子优化并导入益生菌底盘EcN,构建了能原位分泌丁酸盐的活体生物治疗产品,为特应性皮炎提供了一种新的治疗策略 | 摘要中未提及研究的局限性 | 构建能高效稳定分泌丁酸盐的工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株,并评估其在特应性皮炎小鼠模型中的治疗功效 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株(EcN-But)及MC903诱导的特应性皮炎小鼠模型 | 合成生物学 | 特应性皮炎 | 高效液相色谱法(HPLC)、RT-qPCR、电穿孔 | NA | 实验数据 | 未明确样本数量,使用MC903诱导的AD小鼠模型 | 电穿孔 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 丁酸合成基因模块(bcd, but) | 医学 |
| 139 | 2026-08-25 |
Synthetic developmental engineering of human liver organogenesis
2026-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205040
PMID:42440359
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综述 | 本文综述了人类肝脏发育过程及当前用于体外生成肝脏类器官的模型,并探讨了如何整合合成生物学和计算分析来提升类器官的成熟度和复杂性 | 提出将合成生物学与计算分析相结合,以促进血管化、建立分区、优化命运特化和增强对外部信号的响应,从而推动下一代多细胞人类干细胞来源系统的开发 | 当前模型在重现性和成人水平成熟度方面存在挑战 | 探讨如何利用发育工程原理和合成生物学手段改进肝脏类器官模型,以用于疾病建模和再生医学 | 人类胚胎肝脏发育过程及体外肝脏类器官模型 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人类多能干细胞 | NA | 医学、再生医学 |
| 140 | 2026-08-25 |
Recognition of non-standard base pairs by triplex-forming oligonucleotides containing an expanded genetic alphabet
2026-Jun-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74375-4
PMID:42286010
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研究论文 | 本文通过扩展遗传字母表,利用人工扩展遗传信息系统中的核苷酸碱基,系统评估了120种碱基三联体组合,识别出至少12种模块化三联体,能够在中性pH下以纳摩尔亲和力靶向含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA,并展示了其在检测氧化损伤和AEGIS碱基对中的应用。 | 创新性地将人工扩展遗传信息系统(AEGIS)的非标准核苷酸碱基引入三链体形成寡核苷酸(TFO),显著扩展了三链体识别的靶序列范围,并在中性pH条件下实现了对含损伤或合成碱基对的DNA的稳定识别,突破了传统TFO对酸性条件和天然碱基的限制。 | 摘要未提及具体局限性,可能包括对靶序列的偏好性、TFO的化学稳定性或在复杂生物环境中的递送效率等未详细阐述的方面。 | 扩展三链体形成寡核苷酸(TFO)的识别空间,实现对含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA在中性pH下的序列特异性识别,并提供精准基因靶向、分子传感和核酸纳米技术的通用平台。 | 双链DNA中的标准、损伤(如氧化病变)和合成(AEGIS)碱基对,以及化学和酶学合成的三链体形成寡核苷酸(TFO)。 | 分子生物学, 合成生物学 | NA | 人工扩展遗传信息系统(AEGIS), 三链体形成寡核苷酸(TFO), 荧光检测, 酶学合成, 化学合成 | NA | 序列, 生化数据 | 120种碱基三联体组合 | NA | NA | 三链体形成寡核苷酸(TFO)与双链DNA的Hoogsteen碱基配对识别系统 | 医学, 合成生物学, 纳米技术 |