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当前共找到 152 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-05 |
Context-aware synthetic promoter design using neural networks enables rewiring of eukaryotic transcriptional networks
2026-Mar-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00684-5
PMID:41844670
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研究论文 | 该文提出一种人工神经网络框架，用于在酿酒酵母中基于上下文感知设计合成启动子，预测最佳转录因子结合位点插入位置和启动子改写程度，并通过实验验证实现高抑制率和转录网络重连。 | 首次开发了用于启动子-转录因子结合位点重组的ANN工具，能够预测最佳TFBS插入位点及所需启动子改写程度，实现了无需预先实验表征的合成启动子设计，并成功重连酵母转录网络。 | 研究仅针对酿酒酵母和TetR、Mig1等特定转录因子结合位点进行验证，模型的通用性和在其他真核生物中的适用性尚未充分证明。 | 开发一种基于神经网络的上下文感知合成启动子设计方法，实现真核转录网络的精准重编程。 | 酿酒酵母天然启动子和转录因子结合位点（TetR、Mig1） | 合成生物学 | NA | 人工神经网络预测、启动子工程、实验验证 | 人工神经网络（ANN） | 序列数据 | 6,011个天然酵母启动子 | NA | 酿酒酵母 | 转录因子结合位点插入的启动子重连、葡萄糖依赖的基因调控回路 | 医药, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-11-04 |
Advances in metabolic engineering of Bacillus subtilis towards high-efficiency cytidine biosynthesis
2026-Mar-30, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04924-y
PMID:41910824
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综述 | 综述了枯草芽孢杆菌代谢工程在高效合成胞苷方面的进展，并提出了宿主特异性动态热力学平衡的新概念框架 | 批判性重新评估现有策略，指出历史上过度依赖将大肠杆菌中心的静态途径破坏移植到枯草芽孢杆菌的问题，提出宿主特异性动态热力学平衡的新概念框架，强调从孤立遗传编辑转向系统整合枯草芽孢杆菌特异性调控逻辑、多组学约束建模和动态时空控制 | 现有策略过度依赖将大肠杆菌中心的静态途径破坏移植到枯草芽孢杆菌，缺乏宿主特异性的动态调控和系统整合 | 综述枯草芽孢杆菌代谢工程在胞苷生物合成中的进展，并提出新的概念框架以指导高效生物制造 | 枯草芽孢杆菌的胞苷生物合成途径及代谢工程策略 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 代谢工程, 合成生物学, 基因组编辑, 多组学 | NA | 文本 | NA | 基因组编辑工具 | 枯草芽孢杆菌 | 嘧啶生物合成途径, 中心碳代谢途径 | 医药, 食品, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-11-04 |
From hidden allies to precision symbionts: unleashing endophytes for sustainable agroecosystems
2026-Mar-30, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04896-z
PMID:41910822
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综述 | 本文综述了植物内生菌研究的十大融合领域进展，涵盖基因组学、合成生物学、微生物组工程及农业环境应用，并提出了未来精准共生体框架 | 系统整合了从基因组学到田间应用的多学科进展，提出标准化菌株基准测试、因果多组学工作流、合成群落设计和多地点农艺试验的前瞻性框架 | 大部分内生菌不可培养、互惠与致病性转换依赖环境背景、田间验证有限、生物安全框架尚不成熟 | 探讨内生菌在可持续农业和环境修复中的研究进展与应用潜力，并指出未来发展方向 | 植物内生菌及其与宿主植物的共生互作系统 | 微生物组学, 合成生物学, 农业生物技术 | NA | 基因组学, 宏基因组学, 功能基因组学, 系统生物学, 多组学整合, CRISPR, 生物信息学 | NA | 基因组, 转录组, 蛋白质组, 代谢组 | NA | CRISPR-Cas | 植物, 内生菌 | 合成微生物群落 | 农业, 环境 |
| 4 | 2026-11-04 |
Engineering Plant-Based Platforms for Saccharide Biosynthesis: Progress and Prospects
2026-Mar-25, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c14582
PMID:41805344
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综述 | 综述了利用植物底盘进行糖类生物合成的关键技术进展、不同结构形式糖类的研究现状以及系统优化的技术挑战与策略 | 系统总结了植物底盘在糖类生物合成中的独特优势，即结合光合碳固定与天然糖类生物合成与代谢，提供了可持续且潜在大规模的糖类生产平台 | 未提及具体实验验证或定量数据，主要基于文献总结，缺乏对植物底盘与微生物底盘在糖类产量、成本和可扩展性方面的系统性比较 | 为植物底盘在糖类生物合成中的合成生物学发展和商业潜力提供见解 | 植物底盘及糖类生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | 糖类生物合成代谢途径 | 医药,食品,工业生物技术 |
| 5 | 2026-11-04 |
Hybrid seed production: new paradigms and challenges in the twenty-first century
2026-Mar-11, Planta
IF:3.6Q1
DOI:10.1007/s00425-026-04959-3
PMID:41811507
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综述 | 本文综述了杂交种子生产技术的演进，包括基因组学、CRISPR/Cas、分子标记辅助选择、基因组选择、人工智能与机器学习等现代技术，以及相关政策与挑战 | 系统整合了先进基因组工具（CRISPR/Cas、MAS、GS）与传统杂交系统（CMS、Rf、CHA），并探讨了AI/ML性状预测、多亲本群体和表观遗传学在气候韧性杂交种工程中的应用前景 | 文章为综述性质，未提供原始实验数据；监管障碍、知识产权争端、种质资源交换限制及社会经济壁垒等制约因素尚未有系统性解决方案 | 审视杂交种子生产的各类技术，探讨基因组学、合成生物学、自动化与预测性育种的协同发展，以及平衡知识产权保护与种质资源可及性的政策框架 | 杂交种子生产技术及相关作物 | 农业科学 | NA | CRISPR/Cas、分子标记辅助选择、基因组选择、细胞质雄性不育、育性恢复系统、化学杂交剂、人工智能/机器学习、表观遗传学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业 |
| 6 | 2026-11-01 |
Dynamics of genetic circuits in Pseudomonas protegens
2026-Mar-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101513
PMID:41763221
|
研究论文 | 该文开发了实验-理论流程，在土壤细菌 Pseudomonas protegens Pf-5 中评估 NOT 逻辑电路（反相器），并建立数学模型分析电路动态特性 | 首次在 Pseudomonas protegens Pf-5 中系统表征和建模 NOT 逻辑电路，发现其开关转换比 Pseudomonas putida 更陡峭，并验证了两个兼容反相器串联产生 YES 逻辑响应 | 研究仅针对 NOT 逻辑电路，未探索更复杂的电路拓扑；且仅在单一非模式宿主中验证，普适性有待进一步验证 | 扩展合成生物学底盘选项，评估 Pseudomonas protegens Pf-5 作为环境合成生物学底盘的潜力 | Pseudomonas protegens Pf-5 中的 NOT 逻辑电路（反相器） | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA | NA | Pseudomonas protegens Pf-5 | NOT 逻辑电路（反相器）及其串联组成的 YES 逻辑电路 | 环境 |
| 7 | 2026-10-31 |
Biofilm engineering through c-di-GMP tuning boosts bioleaching efficiency and arsenic tolerance in Acidithiobacillus ferrooxidans
2026-03-18, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.02288-25
PMID:41705824
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研究论文 | 通过调控胞内c-di-GMP信号水平来工程化改造嗜酸氧化亚铁硫杆菌的生物膜，从而提升生物浸出效率和砷耐受性 | 首次通过靶向调控全局调控分子c-di-GMP来实现生物膜基质组成的可调重塑，同时提升生物浸出效率和重金属耐受性，克服了传统单性状改造策略的局限性 | 研究仅针对模式生物浸出微生物嗜酸氧化亚铁硫杆菌，未在其他浸矿微生物中验证；砷胁迫下的长期适应性及工业规模应用效果尚待进一步评估 | 通过调节胞内c-di-GMP信号增强生物膜形成、生物浸出效率和砷耐受性，为环境友好型生物浸出和尾矿回收提供合成生物学策略 | 嗜酸氧化亚铁硫杆菌（Acidithiobacillus ferrooxidans） | 合成生物学、环境生物技术 | NA | 基因过表达、转录组分析、c-di-GMP定量检测 | NA | 转录组数据、生化指标数据 | 3株工程菌株（S-222、S-306、S-651）及空载体对照菌株 | 基因过表达（二鸟苷酸环化酶基因过表达） | 嗜酸氧化亚铁硫杆菌（Acidithiobacillus ferrooxidans） | c-di-GMP信号通路调控（过表达二鸟苷酸环化酶基因） | 环境、工业生物技术、采矿冶金 |
| 8 | 2026-10-24 |
Programming Next-Generation Synthetic Biosensors by Genetic Circuit Design
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524172
PMID:41655251
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综述 | 本文综述了基因电路驱动的合成生物传感器的最新进展，聚焦其感知机制、设计原理、工程策略及应用 | 系统分析了高性能合成生物传感器的设计原则与使能工具，深入探讨了调节剂量响应曲线各特性（检测限、检测阈值、操作范围、动态范围、泄漏）的方法，并讨论了通过定制信号处理与输出模块实现功能扩展 | 合成生物传感器在灵敏度、特异性、速度、稳定性与生物安全性方面仍面临挑战，从实验室到现场应用的转化尚未充分实现 | 总结基因电路使能的合成生物传感器的研究进展，分析设计原则与工程策略，并展望未来发展方向 | 基因电路设计的合成生物传感器 | 合成生物学 | NA | 基因电路设计 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 基因电路，包括传感模块、信号处理模块与输出模块 | 医学，环境，食品，工业生物技术 |
| 9 | 2026-10-13 |
Energy-driven innovations in computational de novo protein engineering
2026-03, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2026.01.005
PMID:41570866
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综述 | 系统分析了计算从头蛋白质工程中的能量驱动方法，包括分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样以及机器学习和深度学习等，并提供了定量基准测试和决策框架 | 整合了经典力场、量子力学方法和AI驱动预测与实验验证，并提出了基于精度-成本-通量权衡的方法选择决策框架，勾勒了通过物理和数据驱动协同策略推进蛋白质设计的路线图 | 作为综述文章，可能缺乏原始实验数据，且对新兴方法的覆盖可能不够全面，决策框架的实际适用性有待验证 | 系统分析能量模型在计算从头蛋白质工程中的最新进展，提供主要计算平台的定量基准，并建立方法选择的决策框架 | 计算从头蛋白质工程中的能量模型、计算工具和方法 | 计算生物学、蛋白质工程 | NA | 分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样、机器学习、深度学习、量子力学方法 | 机器学习、深度学习 | 模拟数据、实验数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 10 | 2026-10-01 |
Radiation-Responsive Promoters: Molecular Mechanisms, Screening Strategies, and Translational Applications as Radiation Biomarkers
2026-Mar-26, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48040348
PMID:42042008
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综述 | 系统分析五类辐射响应启动子（miRNA、tsRNA、急性期蛋白、DNA修复、lncRNA启动子）的调控逻辑、剂量响应特征及临床应用证据，并描述四种筛选策略和两类应用框架 | 首次系统整合五类辐射响应启动子的分子机制、筛选策略和转化应用，提出区分生物标志物导向（Track A）和工具导向报告基因系统（Track B）的双轨框架 | 缺乏临床级验证、无标准化剂量响应曲线、可重复性不足，与金标准细胞遗传学方法存在证据差距 | 系统综述辐射响应启动子的分子机制、筛选策略及作为辐射生物标志物的转化应用 | 辐射响应启动子（miRNA启动子、tsRNA启动子、急性期蛋白基因启动子、DNA修复基因启动子、lncRNA启动子） | NA | NA | 功能基因组学、转录组学、表观遗传修饰分析、合成生物学启动子工程 | NA | 文本 | NA | 合成生物学启动子工程 | NA | 报告基因系统 | 医学 |
| 11 | 2026-09-26 |
Unintended Creation or Insertion of Antisense Promoter Motifs During Codon Optimization: A Cyber-Biosecurity Risk
2026-Mar-12, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14030638
PMID:41900397
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研究论文 | 该研究开发计算流程，发现密码子优化可能无意引入或故意插入反义启动子基序，构成网络生物安全风险 | 首次揭示密码子优化中反义启动子基序的意外引入或有意插入风险，并提出双向筛选策略 | 仅基于计算分析，未进行湿实验验证；主要关注细菌反义启动子基序 | 探究密码子优化是否无意引入反义基序，以及能否在不改变蛋白质序列的情况下故意插入 | 484,741条蛋白质编码序列 | 合成生物学 | NA | 密码子优化、计算扫描、沉默插入算法 | NA | 基因组序列 | 484,741条蛋白质编码序列 | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 12 | 2026-09-26 |
Design-driven optimization of low-cost reagent formulations for reproducible and high-yielding cell-free gene expression
2026-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69605-8
PMID:41786720
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研究论文 | 通过设计驱动优化无细胞基因表达试剂配方，实现低成本、可重复且高产量的蛋白质合成 | 采用多维确定性筛选设计，从1231种配方中筛选出仅含12种组分的简单可重复系统，去除昂贵的次级能量底物，成本降低95%，并证明可合成包括单克隆抗体在内的20多种蛋白质 | 研究未详细说明优化的试剂配方在极端条件或工业规模下的稳定性，以及长期储存的可行性 | 优化无细胞基因表达系统，降低成本并提高可重复性和产量 | 无细胞基因表达试剂配方及蛋白质合成 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达系统 | NA | 实验数据 | 1231种不同的试剂配方 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 13 | 2026-09-21 |
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec9175
PMID:41880514
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研究论文 | 开发了一种基于热力学的机器学习指导的可编程核酸扩增方法，实现扩增效率的连续精确调控 | 通过引物标签补偿策略将序列特异性与杂交能量调控解耦，实现高分辨率可编程扩增；利用2483个实验数据构建机器学习模型，将预测准确度从0.62提升至0.86；在DNA数据存储和临床RNA变异检测中展示了应用优势 | 未明确说明 | 实现核酸扩增效率的连续精确调控，并探索其在分子诊断和DNA数据存储中的应用 | 核酸扩增反应、DNA数据存储、宫颈癌RNA变异 | 机器学习, 分子诊断, 合成生物学 | 宫颈癌 | 核酸扩增, 机器学习 | 机器学习模型 | 实验数据, 序列数据 | 2483个实验数据；临床验证中10个模拟测序深度样本 | NA | NA | NA | 医学, 数据存储 |
| 14 | 2026-09-21 |
Quantification of cholesterol incorporation in giant unilamellar vesicles produced by a modified cDICE method
2026-Mar-25, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d5sm01124h
PMID:41801146
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研究论文 | 该研究开发了一种基于甲基-β-环糊精-胆固醇复合物向eDICE法制备的巨型单层囊泡中递送胆固醇的方法，并利用荧光膜生物传感器定量评估胆固醇掺入程度 | 首次将甲基-β-环糊精-胆固醇复合物用于eDICE法制备的GUVs的胆固醇递送，并建立了利用NR12A光谱成像和Flipper-TR荧光寿命成像定量检测胆固醇含量的非破坏性方法，证明胆固醇含量可提升至至少40 mol%，且能触发液态有序结构域形成 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决基于乳液的GUV制备方法难以有效掺入胆固醇的问题，建立定量、非破坏性的胆固醇含量调控与评估方法 | eDICE法制备的巨型单层囊泡，包括纯DOPC GUVs以及DOPC与饱和脂质（DMPC和PC(18:0-14:0)）的二元混合物GUVs | 膜生物物理学，合成生物学 | NA | 光谱成像，荧光寿命成像，eDICE法，凝胶辅助溶胀法 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | 医学，材料 |
| 15 | 2026-09-21 |
Ornithine lipids and other acyloxyacyl amino lipids: the coming-of-age story of a group of non-canonical membrane lipids
2026-Mar-08, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13777-2
PMID:41794944
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综述 | 本文综述了鸟氨酸脂（OLs）和其他酰氧酰基氨基脂的合成途径、修饰、分布及其在应激抗性和宿主相互作用中的作用 | 系统分析了编码推定OL合酶的基因的分类学分布，并讨论了OLs在合成生物学中的潜在应用 | 未提及具体实验验证，主要基于已有文献的综述 | 总结鸟氨酸脂及其他非经典膜脂的研究进展，包括合成、修饰、功能和应用 | 鸟氨酸脂（OLs）和其他酰氧酰基氨基脂 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 16 | 2026-09-19 |
The rise and future of peptide-based antimicrobials
2026-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2510002
PMID:41736369
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综述 | 该综述总结了肽类抗生素从发现、优化到应用的最新进展，涵盖其生物来源、结构分类以及人工智能、合成生物学和现代递送技术等新兴策略 | 系统整合了人工智能、合成生物学和连续制造等新兴技术如何重塑肽类药物的设计与生产，并强调递送系统创新对稳定性和生物利用度的改善 | 作为综述，未提供原始实验数据，且对各类肽的临床转化障碍和具体疗效比较缺乏定量分析 | 概述肽类抗生素的发现、优化和应用进展，探讨其作为应对抗菌素耐药性替代方案的潜力 | 肽类抗生素（天然、半合成、全合成肽） | 机器学习, 合成生物学, 药物发现 | 感染性疾病 | 人工智能, 合成生物学, 现代递送技术, 连续制造 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-09-19 |
Emerging synthetic biology-assisted technologies for overcoming antibiotic resistance: CRISPR-Cas, bacteriophage, microbiome, and metabolic engineering-based solutions
2026-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2512002
PMID:41923586
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综述 | 本文综述了合成生物学辅助的抗菌策略，包括CRISPR-Cas系统、噬菌体工程、微生物组工程和代谢工程驱动的抗生素发现，以应对抗生素耐药性 | 整合工程原理与生物工程方法，实现生物过程的精确可编程控制，提供可持续且高度特异性的抗菌策略，形成精准抗菌范式 | 未提及具体实验验证或临床数据，主要基于现有文献综述，缺乏原始研究数据支持 | 探讨合成生物学辅助技术如何克服抗生素耐药性，并综述相关最新进展 | 抗生素耐药细菌、噬菌体、微生物组、代谢工程相关途径 | 合成生物学 | 感染性疾病 | CRISPR-Cas、噬菌体工程、微生物组工程、代谢工程 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 18 | 2026-09-15 |
Assetizing Diversity: Microbial Culture Collections in an Age of Biotechnology, Biodiversity, and Speculative Value Generation (1972-2022)
2026-03, Journal of the history of biology
IF:0.7Q2
DOI:10.1007/s10739-026-09853-y
PMID:42118395
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研究论文 | 本文追溯了1972年至2022年间微生物菌种保藏中心的历史，探讨了微生物多样性保护与生物技术价值化的演变 | 从资产化角度分析微生物资源的价值演变，揭示了全球微生物公地的圈占过程，并综合分析了欧洲、美洲、亚洲及WFCC的菌种保藏中心 | 未涉及具体的实验数据，主要基于历史文献和案例分析，可能缺乏定量分析 | 探究微生物菌种保藏中心在生物技术、生物多样性和价值生成方面的历史演变 | 欧洲、美洲、亚洲的微生物菌种保藏中心以及世界菌种保藏联合会（WFCC） | 生物技术 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-11 |
A modular biodevice assembly tool kit for combinatorial screening and benchmarking multiple cell surface display platforms in Escherichia coli
2026-Mar-14, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00660-x
PMID:41832591
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研究论文 | 本文设计并构建了一个模块化、组合式的大肠杆菌表面展示工具包，用于筛选和基准测试多种细胞表面展示平台 | 开发了模块化组合工具包，可同时筛选多种锚定支架与生物部件的组合，并基准测试多个表面展示平台；发现了两种先前未表征的锚定支架YdhQ和YcgV | 研究主要局限于大肠杆菌宿主，未在其他细菌或真核系统中验证工具包的通用性 | 促进筛选最优的表面展示平台，并基准测试多种大肠杆菌表面展示平台的性能 | 大肠杆菌表面展示平台、锚定支架蛋白、信号肽、启动子和终止子 | 合成生物学 | NA | 表面展示技术、模块化组合组装 | NA | 荧光、酶活性、发光 | 20种全长或截短的锚定支架设计，结合多种信号肽、启动子和终止子，使用三种报告蛋白（sfGFP、琼脂酶、NanoLuc） | NA | 大肠杆菌 | 模块化组合表面展示工具包 | 医学、工业生物技术 |
| 20 | 2026-08-27 |
Over-Expression of a Phycocyanin-Interferon Fusion and Differential Cleaving Efficiency in Cyanobacteria (Synechocystis sp. PCC 6803)
2026-03, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70126
PMID:41388596
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研究论文 | 本研究在蓝藻（集胞藻PCC 6803）中过表达藻蓝蛋白-干扰素融合蛋白，并比较TEV和HRV蛋白酶的切割效率 | 首次在蓝藻中比较TEV和HRV 3C蛋白酶的切割效率，发现HRV蛋白酶更优，可整合到蓝藻合成生物学工具包中 | 未详细说明切割效率的具体量化数据或优化条件 | 评估蓝藻作为重组蛋白生产平台，并优化融合蛋白的切割与分离方法 | 人干扰素α-2（IFN）与藻蓝蛋白CpcB亚基的融合蛋白 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达 | NA | 蛋白质数据 | NA | NA | 集胞藻PCC 6803 | 融合蛋白构建，含TEV或HRV蛋白酶切割位点 | 工业生物技术, 医药 |