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当前共找到 152 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-13 |
Energy-driven innovations in computational de novo protein engineering
2026-03, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2026.01.005
PMID:41570866
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综述 | 系统分析了计算从头蛋白质工程中的能量驱动方法，包括分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样以及机器学习和深度学习等，并提供了定量基准测试和决策框架 | 整合了经典力场、量子力学方法和AI驱动预测与实验验证，并提出了基于精度-成本-通量权衡的方法选择决策框架，勾勒了通过物理和数据驱动协同策略推进蛋白质设计的路线图 | 作为综述文章，可能缺乏原始实验数据，且对新兴方法的覆盖可能不够全面，决策框架的实际适用性有待验证 | 系统分析能量模型在计算从头蛋白质工程中的最新进展，提供主要计算平台的定量基准，并建立方法选择的决策框架 | 计算从头蛋白质工程中的能量模型、计算工具和方法 | 计算生物学、蛋白质工程 | NA | 分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样、机器学习、深度学习、量子力学方法 | 机器学习、深度学习 | 模拟数据、实验数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 2 | 2026-10-01 |
Radiation-Responsive Promoters: Molecular Mechanisms, Screening Strategies, and Translational Applications as Radiation Biomarkers
2026-Mar-26, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48040348
PMID:42042008
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综述 | 系统分析五类辐射响应启动子（miRNA、tsRNA、急性期蛋白、DNA修复、lncRNA启动子）的调控逻辑、剂量响应特征及临床应用证据，并描述四种筛选策略和两类应用框架 | 首次系统整合五类辐射响应启动子的分子机制、筛选策略和转化应用，提出区分生物标志物导向（Track A）和工具导向报告基因系统（Track B）的双轨框架 | 缺乏临床级验证、无标准化剂量响应曲线、可重复性不足，与金标准细胞遗传学方法存在证据差距 | 系统综述辐射响应启动子的分子机制、筛选策略及作为辐射生物标志物的转化应用 | 辐射响应启动子（miRNA启动子、tsRNA启动子、急性期蛋白基因启动子、DNA修复基因启动子、lncRNA启动子） | NA | NA | 功能基因组学、转录组学、表观遗传修饰分析、合成生物学启动子工程 | NA | 文本 | NA | 合成生物学启动子工程 | NA | 报告基因系统 | 医学 |
| 3 | 2026-09-26 |
Unintended Creation or Insertion of Antisense Promoter Motifs During Codon Optimization: A Cyber-Biosecurity Risk
2026-Mar-12, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14030638
PMID:41900397
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研究论文 | 该研究开发计算流程，发现密码子优化可能无意引入或故意插入反义启动子基序，构成网络生物安全风险 | 首次揭示密码子优化中反义启动子基序的意外引入或有意插入风险，并提出双向筛选策略 | 仅基于计算分析，未进行湿实验验证；主要关注细菌反义启动子基序 | 探究密码子优化是否无意引入反义基序，以及能否在不改变蛋白质序列的情况下故意插入 | 484,741条蛋白质编码序列 | 合成生物学 | NA | 密码子优化、计算扫描、沉默插入算法 | NA | 基因组序列 | 484,741条蛋白质编码序列 | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 4 | 2026-09-26 |
Design-driven optimization of low-cost reagent formulations for reproducible and high-yielding cell-free gene expression
2026-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69605-8
PMID:41786720
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研究论文 | 通过设计驱动优化无细胞基因表达试剂配方，实现低成本、可重复且高产量的蛋白质合成 | 采用多维确定性筛选设计，从1231种配方中筛选出仅含12种组分的简单可重复系统，去除昂贵的次级能量底物，成本降低95%，并证明可合成包括单克隆抗体在内的20多种蛋白质 | 研究未详细说明优化的试剂配方在极端条件或工业规模下的稳定性，以及长期储存的可行性 | 优化无细胞基因表达系统，降低成本并提高可重复性和产量 | 无细胞基因表达试剂配方及蛋白质合成 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达系统 | NA | 实验数据 | 1231种不同的试剂配方 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-21 |
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec9175
PMID:41880514
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研究论文 | 开发了一种基于热力学的机器学习指导的可编程核酸扩增方法，实现扩增效率的连续精确调控 | 通过引物标签补偿策略将序列特异性与杂交能量调控解耦，实现高分辨率可编程扩增；利用2483个实验数据构建机器学习模型，将预测准确度从0.62提升至0.86；在DNA数据存储和临床RNA变异检测中展示了应用优势 | 未明确说明 | 实现核酸扩增效率的连续精确调控，并探索其在分子诊断和DNA数据存储中的应用 | 核酸扩增反应、DNA数据存储、宫颈癌RNA变异 | 机器学习, 分子诊断, 合成生物学 | 宫颈癌 | 核酸扩增, 机器学习 | 机器学习模型 | 实验数据, 序列数据 | 2483个实验数据；临床验证中10个模拟测序深度样本 | NA | NA | NA | 医学, 数据存储 |
| 6 | 2026-09-21 |
Quantification of cholesterol incorporation in giant unilamellar vesicles produced by a modified cDICE method
2026-Mar-25, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d5sm01124h
PMID:41801146
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研究论文 | 该研究开发了一种基于甲基-β-环糊精-胆固醇复合物向eDICE法制备的巨型单层囊泡中递送胆固醇的方法，并利用荧光膜生物传感器定量评估胆固醇掺入程度 | 首次将甲基-β-环糊精-胆固醇复合物用于eDICE法制备的GUVs的胆固醇递送，并建立了利用NR12A光谱成像和Flipper-TR荧光寿命成像定量检测胆固醇含量的非破坏性方法，证明胆固醇含量可提升至至少40 mol%，且能触发液态有序结构域形成 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决基于乳液的GUV制备方法难以有效掺入胆固醇的问题，建立定量、非破坏性的胆固醇含量调控与评估方法 | eDICE法制备的巨型单层囊泡，包括纯DOPC GUVs以及DOPC与饱和脂质（DMPC和PC(18:0-14:0)）的二元混合物GUVs | 膜生物物理学，合成生物学 | NA | 光谱成像，荧光寿命成像，eDICE法，凝胶辅助溶胀法 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | 医学，材料 |
| 7 | 2026-09-21 |
Ornithine lipids and other acyloxyacyl amino lipids: the coming-of-age story of a group of non-canonical membrane lipids
2026-Mar-08, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13777-2
PMID:41794944
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综述 | 本文综述了鸟氨酸脂（OLs）和其他酰氧酰基氨基脂的合成途径、修饰、分布及其在应激抗性和宿主相互作用中的作用 | 系统分析了编码推定OL合酶的基因的分类学分布，并讨论了OLs在合成生物学中的潜在应用 | 未提及具体实验验证，主要基于已有文献的综述 | 总结鸟氨酸脂及其他非经典膜脂的研究进展，包括合成、修饰、功能和应用 | 鸟氨酸脂（OLs）和其他酰氧酰基氨基脂 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 8 | 2026-09-19 |
The rise and future of peptide-based antimicrobials
2026-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2510002
PMID:41736369
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综述 | 该综述总结了肽类抗生素从发现、优化到应用的最新进展，涵盖其生物来源、结构分类以及人工智能、合成生物学和现代递送技术等新兴策略 | 系统整合了人工智能、合成生物学和连续制造等新兴技术如何重塑肽类药物的设计与生产，并强调递送系统创新对稳定性和生物利用度的改善 | 作为综述，未提供原始实验数据，且对各类肽的临床转化障碍和具体疗效比较缺乏定量分析 | 概述肽类抗生素的发现、优化和应用进展，探讨其作为应对抗菌素耐药性替代方案的潜力 | 肽类抗生素（天然、半合成、全合成肽） | 机器学习, 合成生物学, 药物发现 | 感染性疾病 | 人工智能, 合成生物学, 现代递送技术, 连续制造 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-09-19 |
Emerging synthetic biology-assisted technologies for overcoming antibiotic resistance: CRISPR-Cas, bacteriophage, microbiome, and metabolic engineering-based solutions
2026-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2512002
PMID:41923586
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综述 | 本文综述了合成生物学辅助的抗菌策略，包括CRISPR-Cas系统、噬菌体工程、微生物组工程和代谢工程驱动的抗生素发现，以应对抗生素耐药性 | 整合工程原理与生物工程方法，实现生物过程的精确可编程控制，提供可持续且高度特异性的抗菌策略，形成精准抗菌范式 | 未提及具体实验验证或临床数据，主要基于现有文献综述，缺乏原始研究数据支持 | 探讨合成生物学辅助技术如何克服抗生素耐药性，并综述相关最新进展 | 抗生素耐药细菌、噬菌体、微生物组、代谢工程相关途径 | 合成生物学 | 感染性疾病 | CRISPR-Cas、噬菌体工程、微生物组工程、代谢工程 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 10 | 2026-09-15 |
Assetizing Diversity: Microbial Culture Collections in an Age of Biotechnology, Biodiversity, and Speculative Value Generation (1972-2022)
2026-03, Journal of the history of biology
IF:0.7Q2
DOI:10.1007/s10739-026-09853-y
PMID:42118395
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研究论文 | 本文追溯了1972年至2022年间微生物菌种保藏中心的历史，探讨了微生物多样性保护与生物技术价值化的演变 | 从资产化角度分析微生物资源的价值演变，揭示了全球微生物公地的圈占过程，并综合分析了欧洲、美洲、亚洲及WFCC的菌种保藏中心 | 未涉及具体的实验数据，主要基于历史文献和案例分析，可能缺乏定量分析 | 探究微生物菌种保藏中心在生物技术、生物多样性和价值生成方面的历史演变 | 欧洲、美洲、亚洲的微生物菌种保藏中心以及世界菌种保藏联合会（WFCC） | 生物技术 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 11 | 2026-09-11 |
A modular biodevice assembly tool kit for combinatorial screening and benchmarking multiple cell surface display platforms in Escherichia coli
2026-Mar-14, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00660-x
PMID:41832591
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研究论文 | 本文设计并构建了一个模块化、组合式的大肠杆菌表面展示工具包，用于筛选和基准测试多种细胞表面展示平台 | 开发了模块化组合工具包，可同时筛选多种锚定支架与生物部件的组合，并基准测试多个表面展示平台；发现了两种先前未表征的锚定支架YdhQ和YcgV | 研究主要局限于大肠杆菌宿主，未在其他细菌或真核系统中验证工具包的通用性 | 促进筛选最优的表面展示平台，并基准测试多种大肠杆菌表面展示平台的性能 | 大肠杆菌表面展示平台、锚定支架蛋白、信号肽、启动子和终止子 | 合成生物学 | NA | 表面展示技术、模块化组合组装 | NA | 荧光、酶活性、发光 | 20种全长或截短的锚定支架设计，结合多种信号肽、启动子和终止子，使用三种报告蛋白（sfGFP、琼脂酶、NanoLuc） | NA | 大肠杆菌 | 模块化组合表面展示工具包 | 医学、工业生物技术 |
| 12 | 2026-08-27 |
Over-Expression of a Phycocyanin-Interferon Fusion and Differential Cleaving Efficiency in Cyanobacteria (Synechocystis sp. PCC 6803)
2026-03, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70126
PMID:41388596
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研究论文 | 本研究在蓝藻（集胞藻PCC 6803）中过表达藻蓝蛋白-干扰素融合蛋白，并比较TEV和HRV蛋白酶的切割效率 | 首次在蓝藻中比较TEV和HRV 3C蛋白酶的切割效率，发现HRV蛋白酶更优，可整合到蓝藻合成生物学工具包中 | 未详细说明切割效率的具体量化数据或优化条件 | 评估蓝藻作为重组蛋白生产平台，并优化融合蛋白的切割与分离方法 | 人干扰素α-2（IFN）与藻蓝蛋白CpcB亚基的融合蛋白 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达 | NA | 蛋白质数据 | NA | NA | 集胞藻PCC 6803 | 融合蛋白构建，含TEV或HRV蛋白酶切割位点 | 工业生物技术, 医药 |
| 13 | 2026-08-23 |
Synthetic bioengineered macrophages for immune cell functions in infectious disease cellular therapy
2026-03, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70254
PMID:41420534
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研究论文 | 本文提出一种利用合成生物学重编程巨噬细胞治疗皮肤利什曼病的新策略，通过可诱导的TET-ON基因回路表达AI设计的免疫调节肽PepA，增强IL-12产生和寄生虫清除效果 | 创新性地结合人工智能肽设计与合成生物学基因回路，实现对巨噬细胞M1表型的可控重编程，并利用Tac-6纳米凝胶和过继转移实现体内递送，克服了物种特异性药物耐药等限制 | 摘要中未提及该策略在体内长期安全性、免疫原性或临床转化可行性方面的潜在局限性 | 开发一种针对皮肤利什曼病的合成生物学免疫疗法，通过重编程巨噬细胞增强免疫应答，并提供一个可推广的巨噬细胞相关疾病研究平台 | 巨噬细胞和皮肤利什曼病寄生虫 | 合成生物学 | 皮肤利什曼病 | 合成生物学、分子动力学模拟、人工智能肽设计 | 基因回路模型 | 分子模拟数据、基因表达数据 | NA | TET-ON基因回路 | 巨噬细胞（哺乳动物细胞） | 可诱导的TET-ON基因回路用于表达免疫调节肽PepA | 医学 |
| 14 | 2026-08-06 |
Harnessing engineered cyanobacteria for next-generation therapeutics
2026-Mar-17, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04790-0
PMID:41842959
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综述 | 本文综述了利用工程化蓝藻进行下一代治疗药物生产的最新进展，涵盖代谢产物多样性、途径工程、调控优化及系统级优化等方面 | 整合蓝藻代谢物多样性与合成生物学工具（如CRISPR、模块化克隆、光遗传学）的最新发展，提出蓝藻作为可编程平台用于可持续、精准治疗制造的互补性优势 | 蓝藻作为生产宿主存在技术、生物安全和监管障碍，且不能普遍替代异养系统，需进一步整合工程工具和生物工艺优化 | 探讨合成生物学和代谢工程如何将蓝藻转化为可编程的治疗药物生产平台，并评估其应用前景和挑战 | 蓝藻及其生物合成基因簇、代谢产物和工程化改造系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因调控、模块化克隆、光遗传控制、异源表达 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 蓝藻 | 生物合成途径调控、光遗传控制系统 | 医学、工业生物技术 |
| 15 | 2026-07-28 |
The disputed identity of Pseudomonas putida KT2440: when taxonomists rename your favorite microbe
2026-03-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03390-25
PMID:41589905
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评论 | 讨论恶臭假单胞菌KT2440因分类学重新命名引发的争议，呼吁保留传统名称以维护科学实践和社区共识 | 首次系统评估微生物分类学重新命名对长期研究实践的负面影响，强调命名应兼顾实用性和社区认同 | 未提供具体的替代命名方案或量化分析命名变更对研究成果的直接影响 | 探讨微生物命名中分类学严谨性与科学实践连续性之间的平衡问题 | 恶臭假单胞菌KT2440菌株的命名争议 | 微生物学 | NA | 系统发育分析 | NA | 文本数据 | 单一菌株KT2440 | NA | 恶臭假单胞菌 | NA | 环境微生物学、生物技术、合成生物学 |
| 16 | 2026-07-28 |
Synthetic overlapping genes stabilize genetic systems
2026-03-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02725-25
PMID:41649272
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研究论文 | 提出了一种名为OAFI的新方法，用于在抗生素抗性基因中创建合成重叠基因对，从而稳定基因系统 | 首次提出OAFI方法，通过将内部基因插入外部基因的柔性区域，实现重叠基因对的简单构建，并展示了限制抗生素抗性基因水平转移的能力 | 内部基因翻译效率受其在外基因中重叠位置的影响，部分重设计可能在功能保留上有局限性 | 开发合成重叠基因的方法，用于基因稳定和生物遏制 | 抗生素抗性基因、细菌毒素、遗传报告基因 | 合成生物学 | NA | OAFI | NA | NA | NA | OAFI | 细菌 | 合成重叠基因对，包括遗传报告基因和细菌毒素的嵌入 | 基因稳定、生物遏制 |
| 17 | 2026-03-16 |
Sustainable bioenergy manufacturing in plants
2026-03-09, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101711
PMID:41517869
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综述 | 本文综述了如何通过合成生物学、基因组学、人工智能和化学等多学科融合，克服传统生物质转化的效率、成本和多功能性限制，以推动可持续生物能源制造，并以自发光植物为例进行了深入探讨 | 提出利用多学科融合（合成生物学、基因组学、AI、化学）革新生物能源生产，并重点介绍了基于真菌生物发光途径（FBP）的自发光植物这一前沿应用，其利用内源性代谢物咖啡酸实现可持续自主生物照明 | 作为一篇综述文章，未报告原始实验数据或具体技术细节，主要基于现有文献进行总结和展望 | 探讨如何通过多学科方法克服传统生物能源制造的局限性，推动可持续植物基能源生产的发展 | 生物能源制造过程、能源作物、生物精炼厂、自发光植物 | NA | NA | 基因组编辑、组学技术、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9（可能用于基因组编辑，文中提及但未明确指定） | 植物（能源作物） | 真菌生物发光途径（FBP），利用内源性咖啡酸代谢物将光合作用能量转化为可见光发射的生物传感器/照明系统 | 能源, 环境 |
| 18 | 2026-03-28 |
Plant non-canonical peptides: From identification to mechanisms
2026-03-09, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101739
PMID:41580897
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综述 | 本文全面概述了植物肽的分类、生物合成及其在调控多种生物过程中的功能机制，并系统总结了植物肽鉴定的历史发展和最新进展 | 整合高通量技术、功能基因组学和合成生物学，以挖掘植物肽在作物改良和跨学科创新中的潜力 | 肽的发现和功能注释仍然具有挑战性 | 探索植物肽在植物生长、发育、免疫和环境适应中的调控作用及其应用潜力 | 植物肽，包括典型肽、非典型肽和非核糖体肽 | NA | NA | 肽组基因组学和质谱分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 19 | 2026-06-13 |
Editing and synthetic engineering of chloroplast genomes
2026-03-09, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101783
PMID:41761616
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综述 | 本文综述了叶绿体基因组最小化、高效基因组编辑及代谢途径重新设计的最新进展，旨在优化叶绿体功能并推动合成生物学发展 | 系统整合了叶绿体基因转移、精密编辑工具（如基因敲除、敲入、碱基替换和多靶点修饰）以及能量代谢动态调控和代谢通路重新设计等创新策略 | 未提及当前技术在植物转化效率、脱靶效应或不同物种中的适应性限制 | 探索通过叶绿体基因组工程提升作物性状和高效生产高价值化合物的方法 | 叶绿体基因组及相关代谢途径 | 合成生物学 | NA | 叶绿体基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 植物, 藻类 | 代谢通路重新设计, 能量代谢动态调控 | 生物技术, 农业 |
| 20 | 2026-06-13 |
Biosynthesis of benzylisoquinoline alkaloids and its evolution in plants
2026-03-09, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101786
PMID:41776991
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综述 | 系统综述了苄基异喹啉生物碱（BIAs）的生物合成途径、关键酶及其进化机制 | 整合了BIAs结构多样化的酶促机制与进化驱动力（基因重复、新功能化、基因簇组装） | 仍存在途径空白、酶底物混杂性及调控网络未完全表征的挑战 | 阐明BIAs生物合成途径及其在植物中的进化规律 | 苄基异喹啉生物碱及其关键酶（甲基转移酶、细胞色素P450单加氧酶、小檗碱桥酶、去甲基酶、酰基转移酶） | 植物生物学、生物化学 | NA | 多组学、蛋白质工程、合成生物学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 植物 | 代谢途径 | 医学、农业、工业生物技术 |