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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2025-10-05 |
Omics-driven onboarding of the carotenoid producing red yeast Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938
2024-Dec-28, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13379-w
PMID:39731599
|
研究论文 | 本研究通过转录组学数据开发了红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous的合成生物学元件库 | 首次将系统生物学与合成生物学结合,创建了从组学到元件的流程,为非常规微生物快速开发遗传工具 | 许多推定的调控型启动子在合成遗传背景下表现出组成型活性 | 开发Xanthophyllomyces dendrorhous的合成生物学工具并研究其光生物学特性 | 红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938 | 合成生物学 | NA | 转录组学, 差异基因表达分析, 基因本体分析, 荧光素酶检测 | NA | 转录组数据, 基因组数据 | 在不同波长光照和氧化应激条件下的X. dendrorhous样本 | 模块化克隆系统 | Xanthophyllomyces dendrorhous | 组成型和光调控启动子, 整合位点, 终止子, 选择标记, 报告基因 | 工业生物技术 |
| 922 | 2025-10-05 |
Development of a xylose-inducible and glucose-insensitive expression system for Parageobacillus thermoglucosidasius
2024-Oct-23, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13333-w
PMID:39441395
|
研究论文 | 本研究开发了一种木糖诱导且葡萄糖不敏感的基因表达系统IExyl*,并应用于提高Parageobacillus thermoglucosidasius的核黄素产量 | 通过组合xylA5p启动子和XylR调节因子,优化XylR表达强度并降低葡萄糖对木糖摄取的代谢物阻遏,创建了葡萄糖不敏感的木糖诱导表达系统 | NA | 开发适用于Parageobacillus thermoglucosidasius的诱导表达系统 | Parageobacillus thermoglucosidasius DSM 2542菌株 | 合成生物学 | NA | 启动子工程,代谢工程 | NA | NA | NA | 启动子工程,代谢通路重定向 | Parageobacillus thermoglucosidasius | 木糖诱导表达系统,包含xylA5p启动子和XylR转录调节因子 | 工业生物技术 |
| 923 | 2025-10-05 |
In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights
2024-Oct-08, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13322-z
PMID:39377797
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研究论文 | 本研究在三角褐指藻中鉴定并验证了具有凝血酶样活性的蛋白酶,推进了硅藻在生物技术中的应用 | 首次在三角褐指藻中发现具有凝血酶样活性的新型蛋白酶,并通过体内实验验证其切割效率 | NA | 探索三角褐指藻中凝血酶样蛋白的存在及其在生物工程中的应用潜力 | 三角褐指藻中的凝血酶样蛋白序列及其功能特性 | 合成生物学 | NA | 计算机模拟分析、蛋白质结构预测、分子对接、Western blot | NA | 基因组序列、蛋白质序列、蛋白质结构数据 | NA | NA | 三角褐指藻 | 凝血酶识别序列LVPRGS的融合蛋白构建 | 工业生物技术 |
| 924 | 2025-10-05 |
A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00092
PMID:39120429
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研究论文 | 本研究开发了一种通过改造启动子区域来创建稳健基因表达工具的简单有效策略 | 通过在原始启动子-35区域上游引入额外的-35样基序,并在5'-UTR区域整合回文元件,显著增强了启动子活性 | NA | 开发稳健的启动子中心基因表达工具 | 链霉菌及其基因表达系统 | 合成生物学 | NA | 启动子工程 | NA | NA | NA | 启动子改造 | 链霉菌 | 组成型和诱导型基因表达系统,包括木四环素诱导型基因表达系统 | 工业生物技术 |
| 925 | 2025-10-05 |
Desiccated Cyanobacteria Serve As Efficient Plasmid DNA Carriers in Space Flight
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00672
PMID:39150229
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研究论文 | 本研究探索利用干燥蓝藻作为质粒DNA载体在太空飞行中的有效运输方法 | 首次利用天然耐干燥的蓝藻作为质粒DNA载体,实现无需低温储存的太空往返运输 | 仅为概念验证研究,样本规模有限,需要进一步验证不同质粒和环境的适用性 | 开发适用于太空环境的生物部件运输方法,支持太空合成生物学和生物制造 | 蓝藻菌株PC73102和pSCR119质粒 | 合成生物学 | NA | 质粒提取、细菌转化 | NA | 分子生物学数据 | 概念验证规模,具体样本数量未明确说明 | NA | 蓝藻PC73102, 大肠杆菌 | 质粒载体系统,包含卡那霉素抗性基因 | 太空生物技术 |
| 926 | 2025-10-05 |
Genetic Code Expansion in Shewanella oneidensis MR-1 Allows Site-Specific Incorporation of Bioorthogonal Functional Groups into a c-Type Cytochrome
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00248
PMID:39158169
|
研究论文 | 本研究开发了在希瓦氏菌MR-1中实现位点特异性非经典氨基酸掺入的高效方法 | 首次在电活性细菌MR-1中建立遗传密码扩展系统,实现c型细胞色素MtrC的位点特异性修饰 | NA | 扩展电活性细菌中蛋白质的化学功能多样性 | 希瓦氏菌MR-1及其c型细胞色素MtrC | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术 | NA | 蛋白质结构数据、电化学数据 | NA | 遗传密码扩展 | Shewanella oneidensis MR-1 | 非经典氨基酸掺入系统 | 工业生物技术 |
| 927 | 2025-10-05 |
GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00296
PMID:39162314
|
研究论文 | 提出名为GOLDBAR的组合生物设计框架,用于支持合成生物学中的自动化分析和机器学习 | 能够对生物设计类别进行交集和合并操作,提取共同设计模式并推断新设计,相比现有框架支持形式化设计比较 | NA | 开发支持合成生物学中组合设计形式化比较的框架 | 组合生物设计库和设计规则 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | 基于文法的机器学习 | 生物设计数据 | NA | NA | NA | TetR同源转录逻辑电路、基因簇 | 工业生物技术 |
| 928 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00391
PMID:39163395
|
综述 | 本文系统总结了合成生物学在天然产物工程领域的最新进展,涵盖从发现到学习的完整生物工程周期 | 整合了AI辅助基因组挖掘、酶与途径工程、新型宿主系统等最新技术进展,并强调在工艺开发早期进行预期分析的重要性 | NA | 总结天然产物工程领域合成生物学技术的最新发展 | 天然产物生物合成工程 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、AI辅助基因组挖掘、酶工程、途径工程 | NA | NA | NA | NA | 新型宿主系统 | 生物合成途径工程 | 医药, 工业生物技术 |
| 929 | 2025-10-05 |
MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00316
PMID:39190860
|
研究论文 | 开发了一种名为MutaT7GDE的新型嵌合酶,能够在体内高效安装所有可能的转换突变 | 首次利用底物混杂性通用脱氨酶构建单一嵌合酶,可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷进行突变 | NA | 开发更高效的定向进化工具,实现目标基因的多样化 | MutaT7嵌合酶系统 | 合成生物学 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术 | NA | 突变分析数据 | 四种不同的MutaT7构建体 | 蛋白质工程 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶嵌合系统 | 工业生物技术 |
| 930 | 2025-10-05 |
Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00371
PMID:39229974
|
研究论文 | 提出一种深度学习与合成生物学协同设计的少样本训练工作流程,用于优化N端编码序列以增强基因表达 | 开发了结合k近邻编码、word2vec、注意力机制和时间序列网络的深度学习模型,仅需六次迭代实验即可显著提升基因表达 | 仅使用GFP作为报告蛋白验证,在其他蛋白中的应用效果需进一步验证 | 优化N端编码序列以最大化基因表达 | 绿色荧光蛋白(GFP)和N-乙酰神经氨酸合成相关基因 | 机器学习 | NA | 深度学习,基因表达优化 | 注意力机制,时间序列网络,word2vec | 基因序列数据,荧光强度数据 | 少样本训练(六次迭代实验) | NA | 大肠杆菌 | 基因表达优化系统 | 工业生物技术,医药 |
| 931 | 2025-10-05 |
Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00280
PMID:39262282
|
研究论文 | 通过多层级系统优化开发大肠杆菌高效整合表达系统 | 从整合位点筛选、启动子优化和T7 RNA聚合酶过表达三个层面系统优化,构建了无需抗生素和诱导剂的高效整合表达系统 | 研究仅针对大肠杆菌BL21(DE3)菌株,未在其他宿主中验证通用性 | 开发稳定高效的外源基因基因组整合表达系统 | 大肠杆菌BL21(DE3)基因组和外源基因表达元件 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、启动子工程、蛋白表达分析 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | 18个基因组整合位点、16个内源启动子 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 组成型高效整合表达系统,包含优化整合位点、Plpp-T7杂合启动子和T7 RNA聚合酶过表达模块 | 工业生物技术, 酶工程 |
| 932 | 2025-10-05 |
Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00708
PMID:39264040
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研究论文 | 比较五种计算模型对三种实现相同逻辑功能的遗传电路进行预测能力评估 | 首次系统比较不同复杂度模型在预测合成遗传电路鲁棒性方面的表现差异 | 研究基于仿真分析,需要实际实验验证;模型参数获取仍存在挑战 | 评估模型复杂度对合成遗传电路鲁棒性预测能力的影响 | 三种实现相同逻辑功能的遗传电路和五种计算模型 | 合成生物学 | NA | 计算建模、仿真分析 | 多种复杂度计算模型 | 仿真数据 | 五种模型对三种电路设计的分析 | NA | NA | 实现相同逻辑功能的遗传电路 | 工业生物技术 |
| 933 | 2025-10-05 |
Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00317
PMID:39256183
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研究论文 | 本研究开发了一种基于酵母表面展示淬灭体的新型全细胞生物传感器,用于一步检测甲型流感(H1N1)病毒 | 首次在酵母细胞表面展示VHH基淬灭体,创建了无需分析物跨膜运输即可检测病毒颗粒的全细胞生物传感器新设计 | 检测范围有限(H1N1-HA:0.5-16 μg/mL;H1N1病毒:2.4×10至1.5×10 PFU/mL),未在真实环境样本中进行验证 | 开发能够高效检测空气传播病毒的新型全细胞生物传感器 | 甲型流感(H1N1)病毒及其血凝素蛋白H1N1-HA | 合成生物学 | 流感 | 酵母表面展示技术、VHH抗体片段筛选、淬灭体技术 | NA | 荧光信号数据 | 17个VHH抗体片段 | 酵母表面展示系统 | 酵母 | 表面展示淬灭体生物传感器 | 医学诊断,环境监测 |
| 934 | 2025-10-05 |
Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00276
PMID:39300908
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综述 | 本文回顾了冷泉港实验室合成生物学暑期课程十年来的发展历程、课程结构和教育成果 | 首次系统总结该旗舰课程的教学模式及其对合成生物学人才培养的深远影响 | NA | 分析合成生物学教育课程的设计理念与实际成效 | 冷泉港实验室合成生物学暑期课程 | 合成生物学教育 | NA | 无细胞转录翻译、DNA构建、基因回路计算建模、基因调控工程、CRISPR技术 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | 基因回路 | 教育 |
| 935 | 2025-10-05 |
The BioRECIPE Knowledge Representation Format
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00096
PMID:39051984
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研究论文 | 介绍BioRECIPE知识表示格式,用于标准化和促进人类与机器在创建、验证和执行细胞内外信号传导可执行模型时的交互 | 开发了一种同时支持人类可读和机器可处理的新型知识表示格式,实现模型组件的便捷预览和修改 | NA | 为系统和合成生物学社区提供标准化的知识表示格式 | 细胞内外信号传导的可执行模型 | 合成生物学 | NA | 知识表示格式 | NA | 模型数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 936 | 2025-10-05 |
ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00251
PMID:38991172
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研究论文 | 开发了一个名为ShuffleAnalyzer的综合性工具,用于可视化DNA改组分析结果 | 首个提供直接图形化输出的DNA改组分析工具,同时支持肽插入的分析和可视化 | NA | 开发一个用户友好的DNA改组分析可视化工具 | DNA改组产生的嵌合序列和肽插入 | 合成生物学 | NA | DNA改组技术 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 基因治疗, 合成生物学 |
| 937 | 2025-10-05 |
Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00423
PMID:39110782
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研究论文 | 本研究在大肠杆菌中设计了一种新型温度和非常规氨基酸控制的生物逻辑门 | 利用外源aaRS/tRNA对在高温下引起的温度敏感性,构建了响应BzF和低温的双输入AND逻辑门 | 对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限 | 研究外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建生物逻辑门 | 大肠杆菌DH10β Δ菌株 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术、双杂交系统 | NA | 基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | AND逻辑门、利用分支酸变位酶和腺苷酸环化酶分裂亚基构建的传感系统 | 工业生物技术 |
| 938 | 2025-10-05 |
Promoting efficient synthesis and customization of sphingans based on metabolic engineering and synthetic biology strategies
2025-Sep-01, Carbohydrate polymers
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.carbpol.2025.123734
PMID:40441843
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综述 | 本文综述了基于代谢工程和合成生物学策略促进鞘聚糖高效合成与定制的方法 | 结合基因组代谢网络模型和CRISPR等高效工具调控代谢途径,通过分子量调控和可控取代基修饰实现鞘聚糖定制 | 野生型菌株研究背景不清晰及复杂合成路径等限制因素尚未完全解决 | 解决鞘聚糖生产能力受限和设计难题,实现高性能鞘聚糖的高效合成与定制 | 鞘聚糖(外多糖)及其生产菌株 | 合成生物学 | NA | 经典诱变、高通量筛选、CRISPR | 基因组代谢网络模型(GSMM) | NA | NA | CRISPR | 底盘细胞 | 代谢途径调控、分子量调控、取代基修饰 | 工业生物技术 |
| 939 | 2025-10-05 |
The bacterial symbionts of Entomopathogenic nematodes and their role in symbiosis and pathogenesis
2025-Jul, Journal of invertebrate pathology
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.jip.2025.108295
PMID:40032241
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综述 | 本文总结了昆虫病原线虫与其细菌共生体之间的共生关系,重点关注它们的适应性和利用昆虫宿主的能力,并回顾了天然产物研究的历史 | 系统总结了昆虫病原线虫-细菌共生体-昆虫三方伙伴关系的研究进展,并强调了利用合成生物学方法改进天然产物生物活性的最新方法 | NA | 研究昆虫病原线虫与其细菌共生体之间的共生关系和致病机制 | 昆虫病原线虫(Steinernema和Heterorhabditis属)及其细菌共生体(Xenorhabdus和Photorhabdus属) | 微生物学 | NA | 合成生物学方法、高通量技术 | NA | NA | NA | NA | 昆虫病原线虫、Xenorhabdus细菌、Photorhabdus细菌 | NA | 农业、生物防治 |
| 940 | 2025-10-05 |
Engineering nitrogen and carbon fixation for next-generation plants
2025-Jun, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102699
PMID:40056871
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综述 | 本文探讨利用合成生物学技术优化植物固氮和固碳机制以培育新一代作物 | 整合定向进化、人工智能引导的酶设计和代谢工程来优化植物固氮固碳途径,并探索在极端环境的应用潜力 | NA | 通过工程化改造提升植物氮碳获取同化能力,解决全球农业和生态可持续发展挑战 | 植物固氮固碳机制、根瘤菌等固氮微生物、作物光合作用效率 | 合成生物学 | NA | 定向进化, 人工智能引导的酶设计, 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 豆科作物, 非豆科作物, 根瘤菌, 固氮细菌 | 固氮途径优化, 固碳循环增强, 源-库关系调控 | 农业, 环境, 太空探索 |