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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-10-05 |
Improving Bacillus subtilis as Biological Chassis Performance by the CRISPR Genetic Toolkit
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00844
PMID:40040244
|
综述 | 本文综述了CRISPR基因工具包在提升枯草芽孢杆菌作为生物底盘性能方面的最新进展 | 系统总结了CRISPR技术在枯草芽孢杆菌中基因编辑、转录调控和酶活性调节等方面的关键工具设计进展 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 提升枯草芽孢杆菌作为工业生物底盘的生产性能 | 枯草芽孢杆菌及其CRISPR基因编辑工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑技术 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 基因编辑工具、转录调控系统、酶活性调节模块 | 工业生物技术 |
| 982 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies for the Production of Natural Colorants and Their Non-Natural Derivatives
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00799
PMID:40066730
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综述 | 本文综述了利用合成生物学策略高效生产天然色素及其非天然衍生物的最新进展 | 开发了多样化天然色素以生产具有增强特性和扩展色谱的非天然衍生物的策略 | 未明确说明具体技术实施中的技术瓶颈或具体产量数据 | 通过合成生物学方法提高天然色素及其衍生物的生产效率和性能 | 天然色素及其非天然衍生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品,化妆品,医药,材料 |
| 983 | 2025-10-05 |
A Nitrate/Nitrite Biosensor Designed with an Antiterminator for In Vivo Diagnosis of Colitis Based on Bacteroides thetaiotaomicron
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00602
PMID:39801064
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研究论文 | 本研究基于Bacteroides thetaiotaomicron开发了一种抗终止子微生物全细胞生物传感器,用于通过检测硝酸盐/亚硝酸盐在小鼠体内诊断结肠炎 | 开发了基于抗终止子的新型生物传感元件,通过结合组成型启动子和诱导型终止子创建了硝酸盐/亚硝酸盐诱导型启动子 | NA | 开发基于Bacteroides thetaiotaomicron的诊断性工程益生菌用于结肠炎诊断 | Bacteroides thetaiotaomicron微生物和溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学 | 溃疡性结肠炎 | 微生物全细胞生物传感器技术 | NA | 生物传感响应数据 | 化学诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学元件设计 | Bacteroides thetaiotaomicron | 抗终止子生物传感器,硝酸盐/亚硝酸盐响应型基因回路 | 医学诊断 |
| 984 | 2025-10-05 |
Construction and Characterization of MoClo-Compatible Vectors for Modular Protein Expression in E. coli
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00564
PMID:39801078
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研究论文 | 本研究构建并表征了与MoClo系统兼容的低拷贝和中拷贝载体,扩展了模块化蛋白表达工具包 | 扩展了现有MoClo工具包,新增低拷贝(p15A)和中拷贝(pBR322)目标载体,实现500倍荧光输出差异的蛋白表达范围 | NA | 开发模块化蛋白表达系统,优化生长耦合酶表达条件 | 大肠杆菌(E. coli)蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆,模块化克隆(MoClo) | NA | 荧光输出数据,生长曲线数据 | 28个载体(Addgene目录号217582-217609) | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌(E. coli) | 模块化蛋白表达系统,包含不同拷贝数的表达载体 | 工业生物技术 |
| 985 | 2025-10-05 |
Microbial Production of Ectoine: A Review
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00490
PMID:39834017
|
综述 | 本文综述了微生物生产四氢嘧啶的策略,包括野生菌株筛选、诱变育种和模式菌株代谢工程 | 系统总结了利用合成生物学和代谢工程技术替代传统嗜盐菌生产四氢嘧啶的最新进展 | NA | 阐明四氢嘧啶微生物生产的当前研究现状并为工业化生产提供见解 | 四氢嘧啶及其微生物生产菌株 | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 嗜盐细菌、非嗜盐工程菌株 | 四氢嘧啶合成途径 | 生物医学、化妆品、食品工业 |
| 986 | 2025-10-05 |
Do the Shuffle: Expanding the Synthetic Biology Toolkit for Shufflon-like Recombination Systems
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00790
PMID:39869770
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研究论文 | 本研究通过鉴定新型shufflon倒置酶并建立单分子测序检测方法,扩展了合成生物学工具包中的DNA重组系统 | 鉴定了14种先前未经测试的shufflon倒置酶基因及其识别位点,建立了基于单分子测序的定量检测方法,发现了具有显著改善重组效率的酶 | NA | 扩展合成生物学工具包中的shufflon样重组系统 | shufflon倒置酶及其识别位点 | 合成生物学 | NA | 单分子测序 | NA | 基因组序列数据 | 14种shufflon倒置酶基因 | shufflon倒置酶 | 大肠杆菌 | 合成shufflon系统,用于产生数百万序列变体 | 工业生物技术 |
| 987 | 2025-10-05 |
Cell-Free Systems to Mimic and Expand Metabolism
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00729
PMID:39878226
|
综述 | 本文探讨无细胞合成生物学系统在代谢模拟与扩展中的应用 | 将无细胞系统从传统蛋白质合成扩展到代谢途径原型设计和非天然反应网络构建 | 目前仅探索了少量代谢可能性,且主要依赖模式生物提取物 | 通过无细胞系统理解和工程化生物基化学转化过程 | 无细胞合成生物学系统及其代谢组件 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统、酶组合设计 | NA | NA | NA | NA | 模式生物提取物 | 代谢途径原型、非天然反应网络 | 工业生物技术 |
| 988 | 2025-10-05 |
Considerations for Domestication of Novel Strains of Filamentous Fungi
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00672
PMID:39883596
|
综述 | 本文探讨丝状真菌作为微生物细胞工厂的驯化挑战与应用前景 | 系统阐述利用合成生物学工具开发丝状真菌生物技术潜力的新视角 | NA | 探讨丝状真菌菌株驯化策略以促进其生物技术应用 | 丝状真菌及其遗传与代谢特性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 丝状真菌 | 代谢通路、信号转导通路 | 工业生物技术, 能源, 食品 |
| 989 | 2025-10-05 |
DRIMS: A Synthetic Biology Platform that Enables Deletion, Replacement, Insertion, Mutagenesis, and Synthesis of DNA
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00649
PMID:39902634
|
研究论文 | 开发了一种基于PCR的合成生物学平台DRIMS,能够实现DNA的删除、替换、插入、突变和合成 | 利用recA非依赖性重组途径,在单一扩增步骤中完成多种DNA操作,无需DNA模板即可合成DNA | 仅提供了概念验证,尚未在更广泛的应用场景中验证 | 开发高效、简单、低成本的DNA操作平台以加速合成生物学和疾病治疗研究 | DNA片段、DNA结合序列、嵌合抗原受体组件、人工microRNA、点突变 | 合成生物学 | 癌症 | PCR, DpnI消化, 转化 | NA | DNA序列 | 4个删除、64个替换、4个组件替换、51个插入、5种点突变、8个DNA合成 | PCR, DpnI | 感受态细胞 | DNA删除、替换、插入、突变和合成操作平台 | 医学, 工业生物技术 |
| 990 | 2025-10-05 |
BioTRY: A Comprehensive Knowledge Base for Titer, Rate, and Yield of Biosynthesis
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00347
PMID:39423319
|
研究论文 | 开发了一个包含生物合成关键经济指标(滴度、速率和产量)的综合知识库BioTRY | 首个专门收集生物合成TRY原始研究数据的数据库 | NA | 评估发酵过程的经济可行性 | 生物合成过程中的滴度、速率和产量数据 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 生物合成数据 | >5,000种生化物质、>3,800个菌株和52,000个TRY条目 | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 991 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas-Based Gene Editing Tools for Large DNA Fragment Integration
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00632
PMID:39680738
|
综述 | 本文全面综述了过去五年开发的大片段DNA整合方法,特别关注新兴的CRISPR相关技术 | 重点关注新兴的CRISPR转座酶和CRISPR重组酶策略,及其革新复杂疾病基因疗法的潜力 | 现有大片段基因整合技术面临效率低、脱靶效应和高成本等挑战 | 开发能够精确插入千碱基大小DNA片段的高效工具,支持基因工程、基因治疗和合成生物学应用 | 大DNA片段的整合技术 | 合成生物学 | 遗传疾病 | CRISPR基因编辑, HDR, CRISPR转座酶, CRISPR重组酶 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 哺乳动物细胞 | 大片段DNA整合 | 医学, 工业生物技术 |
| 992 | 2025-10-05 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
|
综述 | 回顾转录因子生物传感器的发展历程,分析关键里程碑并展望未来前景 | 系统梳理了从基础研究到工程策略的生物传感器发展时间线,涵盖DNA和蛋白质层面的创新 | 仍存在许多障碍需要克服才能充分释放生物传感器技术的潜力 | 分析转录因子生物传感器的发展历程和未来前景 | 转录因子生物传感器 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA | NA | 原核生物 | 转录调控、生物传感器 | 生物技术 |
| 993 | 2025-10-05 |
Fine-Tuning Genetic Circuits via Host Context and RBS Modulation
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00551
PMID:39754601
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研究论文 | 本研究通过调控核糖体结合位点和宿主环境来优化遗传开关电路性能 | 将宿主生物重新概念化为合成生物学工具箱中的重要组成部分,系统探索了底盘设计空间作为工程变量的价值 | 仅测试了9种RBS组合和3种宿主环境,设计空间探索仍有限 | 研究如何通过宿主环境和RBS调控来精细调节遗传电路特性 | 遗传开关电路及其在三种不同宿主环境中的表现 | 合成生物学 | NA | 遗传电路工程 | NA | 性能指标数据 | 27个电路变体(9种RBS组合×3种宿主环境) | NA | 三种不同的宿主生物(具体未指明) | 遗传开关电路,具有可调节的信号强度、诱导剂敏感性和耐受性 | 工业生物技术 |
| 994 | 2025-10-05 |
ATP Regeneration from Pyruvate in the PURE System
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00697
PMID:39754602
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研究论文 | 本研究通过在PURE系统中整合基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生系统,扩展了无细胞蛋白质合成的能力 | 开发了基于丙酮酸的新ATP再生途径,可与现有肌酸系统协同工作,将mCherry蛋白产量提高78% | 需要高初始磷酸盐缓冲液浓度(约10 mM),但未明确说明对其他蛋白质合成的影响 | 工程化改造PURE系统以增强ATP再生能力和蛋白质合成效率 | PURE无细胞蛋白质合成系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成,ATP再生系统 | NA | 生化实验数据 | 多批次自制PURE系统和商业PURExpress系统 | Gibson Assembly | NA | 基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生代谢途径 | 合成生物学,合成细胞构建 |
| 995 | 2025-10-05 |
Long-Term Protein Synthesis with PURE in a Mesoscale Dialysis System
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00618
PMID:39757539
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研究论文 | 本研究开发了一种易于组装的中尺度透析系统,用于延长无细胞系统中蛋白质合成的反应寿命和提高产量 | 使用商业组件构建简单易组装的中尺度透析系统,在PURE无细胞系统中实现了长达12.5天的连续蛋白质合成 | 未明确说明系统的可扩展性和成本效益分析 | 解决无细胞系统反应寿命短和产量低的问题 | PURE无细胞系统和绿色荧光蛋白(GFP) | 合成生物学 | NA | 透析技术、周期性补料交换 | NA | 蛋白质产量数据 | NA | PURE无细胞系统 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 996 | 2025-10-05 |
Identification of acidic stress-responsive genes and acid tolerance engineering in Synechococcus elongatus PCC 7942
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12984-5
PMID:38204133
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析鉴定了集胞藻PCC 7942中响应酸性胁迫的关键基因,并通过基因工程成功提高了其耐酸性 | 首次系统鉴定集胞藻PCC 7942中参与酸性胁迫响应的六个关键基因,并通过过表达chlL和chlN基因成功增强菌株耐酸性 | NA | 探究集胞藻PCC 7942的酸性胁迫响应机制并开展耐酸工程改造 | 集胞藻Synechococcus elongatus PCC 7942 | 合成生物学 | NA | RNA测序, 转录组分析, 基因敲除, 表型分析, 基因过表达 | NA | 基因表达数据 | NA | 基因敲除, 基因过表达 | Synechococcus elongatus PCC 7942 | NA | 工业生物技术 |
| 997 | 2025-10-05 |
Regulation of genes encoding polysaccharide-degrading enzymes in Penicillium
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12892-8
PMID:38170318
|
综述 | 本文综述了青霉菌中植物多糖降解酶(PPDEs)的分布、功能、生物合成调控机制及高产菌株选育研究进展 | 系统总结了青霉菌PPDE生物合成调控机制的最新研究进展,并提出了通过合成生物学和代谢工程提高PPDE产量的新策略 | 作为小型综述,未包含所有相关研究,且主要关注青霉菌属 | 提高青霉菌植物多糖降解酶(PPDEs)的产量和效率,促进其工业化应用 | 青霉菌属真菌,特别是草酸青霉菌(Penicillium oxalicum) | 合成生物学 | NA | 分子育种、代谢工程、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 青霉菌 | NA | 工业生物技术, 能源 |
| 998 | 2025-10-05 |
Microbial host engineering for sustainable isobutanol production from renewable resources
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12821-9
PMID:38175234
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综述 | 本文总结了利用合成生物学方法改造微生物宿主以提高可再生资源生产异丁醇效率的策略 | 系统综述了近年来通过基因工程技术改造天然和非天然微生物宿主以提高异丁醇产量的合成生物学策略 | NA | 提高从可再生资源微生物发酵生产异丁醇的效率 | 天然和非天然微生物宿主 | NA | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 微生物宿主 | 异丁醇生物合成途径 | 能源, 环境 |
| 999 | 2025-10-05 |
Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes
2024-10-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52816-2
PMID:39482321
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研究论文 | 本研究通过计算机合成生物学流程构建最小代谢网络,定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子 | 提出了网络效率决定因子这一新的功能基因类别,并开发了新的计算机合成生物学流程来构建最小代谢网络 | 研究主要基于计算机模拟,需要实验验证 | 通过最小化代谢网络来识别对代谢效率至关重要的基因 | 代谢网络中的基因和蛋白质 | 合成生物学 | NA | 计算机模拟、生物信息学分析 | NA | 基因组规模代谢模型数据 | NA | 计算机合成生物学流程 | 酵母 | 最小代谢网络设计 | 工业生物技术 |
| 1000 | 2025-10-05 |
Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)
2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13284-2
PMID:39207499
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综述 | 本文综述了目前可用于修饰和增强Ralstonia eutropha生物生产的不同合成生物学技术 | 正在开发用户友好的合成生物学工具包,赋予R. eutropha菌株新能力 | NA | 开发适用于Ralstonia eutropha的合成生物学工具包 | Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)工业微生物 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator) | 代谢途径工程,生物传感器 | 工业生物技术,能源,材料 |